genome.fa.s7952.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007952.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3169409

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752121--752172	16	3.4	16	81	10	72	59	0	1	38	1.08
752319--752720	99	4.1	98	90	1	597	32	16	15	35	1.91
759433--759523	46	2.0	46	86	6	130	32	17	12	37	1.87
761882--761912	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
761885--761916	16	2.1	15	94	5	55	62	0	0	37	0.95
761882--761916	13	2.8	13	95	4	63	62	0	0	37	0.95
769068--769104	13	2.8	13	87	4	56	51	0	0	48	1.00
769073--769349	150	1.8	148	83	11	364	45	7	9	36	1.66
769457--769481	10	2.5	10	100	0	50	88	0	0	12	0.53
770736--771066	113	2.9	111	88	5	504	26	20	15	37	1.93
771021--771118	47	2.1	47	90	5	153	27	16	17	38	1.91
770912--771231	159	2.0	160	99	0	633	26	18	16	37	1.92
771071--771344	113	2.4	112	90	4	437	25	18	17	37	1.93
773009--773173	75	2.2	75	90	2	251	30	23	18	27	1.98
775690--775751	32	1.9	32	93	0	106	22	17	16	43	1.87
781683--781792	2	56.5	2	94	5	199	50	0	0	50	1.00
781923--781955	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
795624--795807	64	2.9	64	80	7	178	28	15	23	32	1.95
795788--795827	21	1.9	21	90	10	64	25	15	27	32	1.95
799364--799415	2	26.5	2	96	3	97	51	0	0	48	1.00
800601--800914	105	3.0	104	90	2	465	22	18	26	32	1.97
801619--801859	36	6.9	35	74	15	176	41	14	18	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801757--801893	36	3.8	36	82	6	127	40	16	20	22	1.91
802340--802375	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
802761--802811	22	2.3	22	93	0	84	25	11	25	37	1.90
803435--803488	24	2.3	24	81	12	67	0	12	7	79	0.92
803446--803497	13	4.2	12	80	5	59	0	9	5	84	0.77
803446--803503	7	7.4	8	79	12	59	0	10	5	84	0.77
803452--803503	9	5.3	9	74	17	50	0	9	5	84	0.77
803436--803512	31	2.5	31	78	6	93	0	15	6	77	0.95
803446--803505	16	3.8	16	75	20	63	0	11	6	81	0.86
807800--807835	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
807840--807882	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
812017--812076	30	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
814699--814754	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
816292--816335	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
817375--817413	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
817443--817493	19	2.7	19	100	0	102	31	29	21	17	1.96
817376--817540	83	2.0	84	85	3	226	29	26	16	26	1.97
820800--820868	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
820809--820868	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
820948--821004	21	2.7	21	97	0	105	22	35	17	24	1.95
820978--821045	13	5.0	13	70	19	50	27	29	16	26	1.97
822885--823137	127	2.0	127	98	0	490	42	11	13	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825634--825667	16	2.2	15	89	5	50	67	2	20	8	1.31
832921--832967	23	2.1	23	84	4	60	44	0	4	51	1.21
832913--832979	23	3.0	23	68	23	54	37	1	5	55	1.34
837896--837939	18	2.4	18	81	11	54	61	2	2	34	1.21
838898--838931	17	2.1	17	89	10	54	14	61	5	17	1.52
840567--840623	19	2.9	20	78	5	62	45	1	0	52	1.11
847177--847224	19	2.5	19	78	18	55	8	29	0	62	1.24
847748--847825	20	3.9	19	72	11	66	30	24	17	26	1.97
848841--848942	44	2.3	45	84	1	134	20	19	32	27	1.97
851711--851756	15	2.9	16	87	6	67	45	10	19	23	1.82
858502--858538	3	12.3	3	100	0	74	67	32	0	0	0.91
866957--866987	11	2.8	11	95	0	53	64	9	9	16	1.48
867479--867527	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
870652--870714	20	3.0	21	77	15	67	63	0	15	20	1.31
878937--878997	28	2.2	28	100	0	122	39	6	19	34	1.78
880183--880242	31	1.9	31	89	0	93	55	5	6	33	1.48
880599--880638	19	2.0	21	90	9	66	60	5	5	30	1.40
890720--890786	2	33.5	2	93	0	116	47	0	2	49	1.16
890943--890994	13	4.0	13	87	0	68	32	15	19	32	1.93
892025--892181	60	2.6	60	84	4	192	31	21	5	42	1.74
892396--892437	19	2.2	19	87	8	59	47	2	19	30	1.62
896895--897182	38	7.5	38	85	11	349	46	2	6	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897041--897141	47	2.2	45	85	7	139	49	1	3	44	1.32
897090--897186	36	2.7	35	89	10	144	49	2	5	43	1.36
897090--897249	36	4.5	37	77	15	142	44	2	7	45	1.45
897254--897324	14	5.5	13	68	25	53	15	7	0	77	0.97
897257--897323	29	2.3	29	82	12	75	14	7	0	77	0.97
897285--897330	15	3.1	14	81	9	56	13	8	0	78	0.97
897282--897338	20	3.0	20	82	12	68	15	7	0	77	0.98
898620--898651	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
899233--899312	13	6.2	13	73	0	70	53	17	8	20	1.69
899233--899320	26	3.4	26	90	3	133	52	18	9	20	1.72
901352--901390	10	3.9	10	89	0	60	20	10	7	61	1.52
904387--904464	31	2.5	30	83	6	93	53	14	12	19	1.72
904556--904616	31	2.0	31	90	0	95	22	19	14	42	1.88
905097--905134	16	2.4	16	90	0	58	13	26	31	28	1.93
905173--905209	16	2.3	16	90	0	56	35	24	21	18	1.96
906210--906243	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
906285--906318	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
906787--907034	130	1.9	130	93	0	424	35	12	15	36	1.86
907432--907507	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
908114--908168	18	3.1	18	97	0	101	54	0	0	45	0.99
908147--908202	22	2.5	22	75	16	62	58	0	5	35	1.21
908838--908888	24	2.1	24	85	7	68	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912464--912722	128	2.0	128	97	0	491	39	10	19	30	1.85
913966--914029	32	2.0	33	90	3	103	28	14	14	43	1.83
915340--915378	20	2.0	20	94	0	69	30	7	5	56	1.49
916857--916908	3	17.7	3	80	11	63	61	0	1	36	1.07
916844--916909	9	6.9	10	77	14	68	57	0	1	40	1.08
917263--917799	113	4.8	113	85	4	678	28	19	14	37	1.90
918503--918726	114	2.0	114	91	0	367	30	19	15	34	1.93
919021--919068	16	2.8	17	78	12	53	45	6	10	37	1.64
919421--919452	9	3.4	9	95	4	55	3	9	0	87	0.64
919421--919455	17	2.0	18	88	5	54	2	11	0	85	0.69
919421--919457	9	3.8	10	92	7	51	5	13	0	81	0.86
926776--926809	15	2.3	15	89	0	50	41	8	23	26	1.83
928148--928333	93	2.0	93	100	0	372	33	24	13	27	1.94
929986--930024	15	2.4	16	87	12	62	69	0	0	30	0.89
929969--930013	20	2.2	20	84	7	56	73	2	2	22	1.05
929986--930023	17	2.3	16	90	4	58	71	0	0	28	0.87
929988--930056	22	3.1	22	78	11	70	66	0	2	30	1.06
930006--930071	22	2.8	24	77	13	66	60	0	4	34	1.17
930468--930505	13	2.7	14	88	8	51	55	0	0	44	0.99
932067--932106	3	13.7	3	85	15	57	67	0	0	32	0.91
932054--932107	9	5.9	10	82	10	55	61	0	0	38	0.96
932300--932352	20	2.7	20	74	11	63	28	33	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932361--932405	21	2.1	21	91	0	72	17	24	17	40	1.91
932423--932570	20	7.3	20	76	15	144	43	23	12	19	1.85
932418--932570	61	2.5	61	83	8	181	44	22	13	19	1.85
932567--932608	19	2.2	19	95	0	75	40	23	9	26	1.85
932423--932614	20	9.6	20	74	14	123	43	22	12	21	1.86
933356--933389	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
933515--933568	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
936590--936676	39	2.2	39	89	0	138	48	19	14	17	1.81
936621--936973	176	2.0	177	99	0	699	29	13	18	37	1.89
938209--938301	21	4.4	21	71	12	57	20	20	34	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16