genome.fa.s7956.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007956.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3102597

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100080--2100111	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
2102447--2102502	20	2.8	20	91	0	94	26	19	17	35	1.94
2108389--2108422	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2122527--2122572	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
2125723--2125752	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2127279--2127329	3	17.3	3	78	11	52	60	0	1	37	1.08
2127285--2127329	20	2.3	19	88	3	63	60	0	2	37	1.09
2127566--2127640	25	3.2	24	63	18	59	36	14	26	22	1.93
2127611--2127685	25	3.2	25	61	18	61	37	16	24	22	1.93
2127563--2128338	46	17.0	46	94	2	1237	33	19	22	24	1.97
2132560--2132621	32	1.9	32	93	0	106	19	17	17	45	1.86
2133062--2133130	8	8.8	8	90	9	115	0	21	0	78	0.76
2137422--2137479	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2139718--2139785	3	23.3	3	94	5	122	67	0	0	32	0.91
2143908--2143956	23	2.2	22	92	3	80	20	51	20	8	1.73
2143908--2143964	22	2.5	23	88	2	71	21	49	22	7	1.73
2143949--2143974	10	2.6	10	100	0	52	26	42	30	0	1.56
2143927--2143989	32	1.9	33	90	3	101	22	44	25	7	1.79
2144030--2144076	21	2.3	19	80	20	51	34	10	10	44	1.74
2151030--2151165	27	4.9	27	73	18	111	34	5	13	45	1.68
2151030--2151184	29	5.6	29	73	17	114	33	5	14	46	1.67
2152041--2152118	31	2.5	31	78	2	84	15	26	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2152041--2152164	63	2.0	63	80	6	144	18	27	27	26	1.98
2157411--2157473	29	2.2	29	91	0	99	38	4	14	42	1.66
2157475--2157557	29	2.9	29	75	13	98	33	2	15	48	1.58
2158581--2158647	25	2.7	25	97	0	125	31	7	14	46	1.73
2162532--2162577	20	2.3	19	85	14	58	52	8	13	26	1.69
2166930--2166959	10	3.0	10	95	0	51	20	36	10	33	1.86
2168415--2168503	41	2.2	41	85	4	117	23	23	24	28	2.00
2171302--2171531	112	2.1	111	92	2	381	35	19	16	29	1.93
2171602--2171648	20	2.3	20	100	0	94	44	27	8	19	1.79
2172739--2172776	16	2.5	15	87	12	51	42	5	50	2	1.39
2175267--2175332	10	6.8	9	75	16	60	18	27	25	28	1.98
2175267--2175325	20	2.9	21	85	7	86	18	27	23	30	1.98
2175268--2175332	30	2.2	29	86	13	89	16	27	26	29	1.97
2175335--2175375	5	7.8	5	84	10	55	19	53	21	4	1.63
2175334--2175382	22	2.2	22	100	0	98	18	48	22	10	1.77
2175372--2175402	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2182569--2182618	9	5.3	10	80	17	54	16	30	28	26	1.96
2182614--2182652	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2185539--2185580	19	2.3	18	80	11	50	23	0	2	73	0.94
2199335--2199441	3	35.7	3	88	0	160	33	1	0	64	1.04
2202498--2202863	183	2.0	183	97	2	700	27	18	19	34	1.95
2212349--2212394	1	46.0	1	86	0	65	93	0	6	0	0.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213521--2213912	83	4.8	82	89	5	596	29	12	21	36	1.90
2213521--2213912	163	2.4	162	89	5	583	29	12	21	36	1.90
2214503--2215234	112	6.7	113	91	5	1164	37	12	19	30	1.89
2215521--2215624	3	35.3	3	86	3	149	34	1	0	63	1.06
2223337--2223606	146	1.8	147	90	2	436	36	12	14	35	1.85
2229406--2229439	15	2.4	15	90	9	54	35	0	17	47	1.48
2231709--2231737	6	4.8	6	100	0	58	51	0	13	34	1.42
2231817--2231922	11	9.7	11	67	18	53	73	0	1	23	0.99
2231815--2231877	16	3.9	16	83	6	65	74	0	0	25	0.82
2231823--2231926	4	25.8	4	70	19	65	73	0	1	24	1.00
2233288--2233344	3	20.0	3	79	16	68	70	0	0	29	0.88
2233282--2233344	20	3.1	21	84	6	85	71	0	0	28	0.86
2234172--2234201	15	2.0	15	93	0	51	36	20	3	40	1.69
2234263--2234702	227	1.9	226	96	1	810	32	17	9	39	1.83
2235713--2235743	15	2.1	15	100	0	62	48	25	0	25	1.52
2239441--2239502	27	2.3	27	100	0	124	38	12	0	48	1.42
2240115--2240162	23	2.0	24	84	11	64	27	2	0	70	0.98
2240218--2240265	14	3.1	14	78	18	51	18	8	4	68	1.31
2240274--2240311	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
2240413--2240488	21	3.3	23	78	10	75	30	3	0	65	1.10
2240363--2240502	21	6.5	21	71	13	63	28	4	1	65	1.20
2240443--2240500	28	2.1	27	81	9	64	27	3	0	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240588--2240643	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
2241772--2241808	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
2244960--2245024	16	4.0	16	78	11	78	80	7	12	0	0.91
2244967--2245027	8	7.5	8	75	17	63	81	4	13	0	0.83
2244964--2245027	26	2.5	25	80	14	69	81	6	12	0	0.87
2244961--2245027	7	8.6	7	74	20	53	82	5	11	0	0.84
2245631--2245685	22	2.5	22	90	0	92	38	23	12	25	1.90
2246653--2247915	106	11.9	106	92	0	1999	34	24	17	22	1.96
2248659--2248762	37	2.8	37	83	0	127	41	12	12	33	1.81
2249245--2249296	20	2.6	20	81	6	61	34	3	0	61	1.14
2249337--2249404	29	2.4	28	76	11	68	26	4	4	64	1.31
2249465--2249508	12	3.6	12	82	14	54	25	2	0	72	0.96
2251523--2251561	21	1.9	20	84	5	51	35	5	10	48	1.59
2254146--2254192	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2255786--2255846	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2255778--2255886	35	3.0	36	93	5	184	29	5	20	44	1.73
2257069--2257101	15	2.2	15	94	0	57	54	15	24	6	1.63
2260387--2260496	35	3.1	37	89	7	174	30	3	20	44	1.69
2261550--2261590	21	2.0	21	90	0	64	26	36	26	9	1.88
2264778--2264815	19	1.9	19	89	5	58	44	18	10	26	1.82
2271252--2271301	16	3.4	15	76	10	50	74	2	2	22	1.03
2273926--2273956	12	2.6	12	100	0	62	12	32	6	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282571--2282629	30	2.1	28	87	9	84	18	25	23	32	1.97
2283019--2283100	41	2.0	41	85	2	112	34	14	12	39	1.84
2286008--2286042	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2289535--2289574	2	21.0	2	90	10	66	52	0	0	47	1.00
2291328--2291358	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
2291311--2291370	25	2.4	24	83	5	66	70	1	1	26	1.07
2291608--2292245	123	5.4	123	83	8	677	26	19	14	39	1.90
2291930--2292264	113	3.0	111	89	2	494	27	17	14	39	1.90
2293648--2293677	7	4.3	7	95	0	51	66	13	0	20	1.24
2295088--2295943	430	2.0	425	97	2	1603	31	16	20	31	1.95
2297406--2297461	7	7.9	7	77	15	53	0	17	0	82	0.68
2297405--2297470	19	3.8	18	79	15	68	1	16	0	81	0.76
2297405--2297472	10	6.7	10	77	14	68	1	16	0	82	0.75
2297405--2297474	30	2.2	32	87	5	99	1	17	0	81	0.77
2297420--2297472	19	2.7	19	91	2	79	1	16	0	81	0.79
2297405--2297474	11	6.8	10	76	14	63	1	17	0	81	0.77
2297520--2297675	78	2.0	78	100	0	312	26	29	8	34	1.87
2300900--2300935	15	2.4	15	90	0	54	50	16	16	16	1.79
2302687--2302769	28	3.2	26	78	13	75	62	1	4	31	1.23
2302687--2302754	26	2.7	26	76	17	72	63	1	4	30	1.23
2303427--2303471	23	1.9	23	81	4	54	51	2	4	42	1.34
2305132--2305178	3	16.0	3	82	12	62	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305132--2305182	19	2.7	19	90	6	77	70	0	0	29	0.87
2305133--2305178	13	3.6	13	85	11	60	71	0	0	28	0.86
2314809--2314868	25	2.4	25	88	0	93	43	11	8	36	1.71
2314804--2314902	42	2.3	44	76	10	107	43	11	7	38	1.68
2314899--2315026	2	66.5	2	76	18	121	49	1	3	45	1.30
2314899--2315043	8	16.3	9	72	18	85	48	1	4	44	1.32
2315085--2315124	13	2.8	13	88	11	53	47	2	7	42	1.45
2315632--2315701	31	2.3	31	85	2	88	10	32	5	51	1.59
2319489--2319545	12	4.8	12	82	4	71	56	15	15	12	1.68
2319489--2319545	24	2.4	24	87	0	87	56	15	15	12	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14