genome.fa.s7956.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007956.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3102597

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652762--2652815	22	2.5	22	91	8	85	27	25	16	29	1.97
2653243--2653289	21	2.2	21	92	7	78	29	12	10	46	1.76
2653254--2653321	32	2.1	32	100	0	136	26	14	10	48	1.76
2653254--2653345	11	8.6	11	72	13	77	26	15	9	48	1.75
2653286--2653351	21	3.1	21	95	4	116	30	13	9	46	1.74
2658578--2658615	20	2.0	19	85	10	51	28	15	31	23	1.96
2660072--2660184	2	58.5	2	87	6	171	49	0	0	48	1.13
2662641--2662671	12	2.6	12	100	0	62	22	35	19	22	1.96
2669144--2669215	3	24.3	3	97	2	137	68	0	31	0	0.90
2671973--2671999	14	1.9	14	100	0	54	44	7	29	18	1.77
2678729--2678757	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
2678899--2678985	3	28.7	3	80	13	90	34	1	1	63	1.10
2678879--2678929	23	2.3	22	80	6	57	39	0	0	60	0.97
2678901--2678985	28	3.0	28	78	19	88	34	1	1	63	1.10
2678907--2678985	34	2.2	36	82	14	94	34	1	1	63	1.11
2680275--2680337	27	2.3	27	81	10	83	38	0	0	61	0.96
2680572--2680609	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
2681075--2681121	25	2.0	23	83	8	58	34	6	0	59	1.23
2688231--2688261	9	3.6	9	91	8	55	22	22	0	54	1.44
2691785--2691848	22	3.0	22	93	2	103	82	0	17	0	0.66
2691786--2691848	11	5.8	11	87	5	85	84	0	15	0	0.63
2692216--2692250	18	1.9	18	100	0	70	31	5	5	57	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2693405--2693930	121	4.4	115	81	9	544	38	14	19	27	1.90
2693405--2693841	234	1.9	232	91	2	725	38	13	19	28	1.90
2693770--2693833	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
2694442--2694512	3	23.7	3	78	13	67	35	1	1	61	1.13
2694423--2694472	23	2.3	22	80	10	57	40	0	0	60	0.97
2694445--2694512	17	3.9	17	82	5	75	35	1	1	61	1.14
2695738--2695821	27	3.2	26	76	15	75	33	1	2	63	1.15
2696030--2696087	27	2.1	27	84	12	75	41	1	0	56	1.09
2696056--2696094	17	2.2	18	90	4	62	41	0	0	58	0.98
2702963--2703020	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
2706803--2706924	31	4.0	30	74	16	99	34	16	6	42	1.74
2712247--2712302	24	2.3	24	96	0	103	28	26	28	16	1.97
2729872--2729920	21	2.3	21	85	0	71	22	32	16	28	1.95
2736343--2736396	21	2.6	21	87	0	90	25	22	24	27	2.00
2736440--2736621	74	2.4	74	88	3	249	22	19	28	29	1.98
2737206--2737258	18	2.7	19	82	8	54	58	24	0	16	1.38
2739173--2739229	23	2.6	22	83	8	71	31	14	29	24	1.94
2741152--2741191	20	1.9	21	85	10	55	35	5	32	27	1.79
2742623--2742662	20	2.0	20	85	0	53	30	22	15	32	1.94
2748447--2748493	20	2.4	20	82	3	60	31	21	14	31	1.94
2750955--2750999	19	2.4	19	92	0	72	42	2	17	37	1.62
2751036--2751097	13	4.8	13	78	13	65	56	0	22	20	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751600--2751653	24	2.2	24	87	6	74	50	0	7	42	1.30
2751607--2751654	23	2.1	21	82	14	60	52	0	6	41	1.27
2752453--2752496	16	2.7	17	86	6	65	65	0	2	31	1.05
2756479--2756531	24	2.3	23	81	12	63	30	1	0	67	1.01
2756908--2756970	32	2.0	32	83	0	81	33	14	22	30	1.93
2765136--2765200	29	2.3	29	89	2	96	29	12	9	49	1.71
2765361--2765386	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2768668--2768730	31	2.1	31	82	11	78	49	6	12	31	1.66
2781269--2781310	19	2.3	19	88	12	61	78	2	11	7	1.04
2781269--2781310	20	2.2	19	87	8	59	78	2	11	7	1.04
2786847--2786871	10	2.5	10	100	0	50	92	8	0	0	0.40
2790626--2790886	131	2.0	133	82	7	327	35	16	16	31	1.91
2790626--2790886	66	4.0	65	82	7	287	35	16	16	31	1.91
2793894--2794151	133	1.9	133	90	3	412	36	14	18	30	1.91
2793893--2794152	67	3.9	67	86	4	373	36	14	18	30	1.91
2797154--2797411	132	1.9	133	85	3	351	36	13	17	33	1.88
2797154--2797411	66	3.9	65	83	4	311	36	13	17	33	1.88
2798983--2799059	27	3.0	27	87	10	101	33	9	7	49	1.63
2800038--2800073	11	3.2	11	88	7	54	2	8	2	86	0.77
2803515--2803630	48	2.4	48	79	2	108	32	18	19	28	1.96
2804242--2804295	27	2.0	27	88	0	81	38	9	7	44	1.65
2804408--2804443	17	2.1	17	90	10	56	13	8	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806440--2806533	46	2.0	47	95	2	172	35	8	7	48	1.62
2808253--2808314	24	2.6	24	84	2	81	50	11	4	33	1.60
2809920--2809977	19	3.1	19	68	22	50	72	8	6	12	1.28
2815984--2816045	27	2.3	27	88	2	90	53	4	9	32	1.55
2815984--2816060	27	3.0	25	80	14	68	50	9	7	32	1.63
2821113--2821462	138	2.5	136	82	5	382	45	13	13	27	1.81
2826439--2826486	25	1.9	25	95	0	87	27	14	20	37	1.92
2826872--2826943	17	4.2	17	81	10	76	37	8	13	40	1.75
2827080--2827561	241	2.0	241	100	0	964	37	16	16	29	1.91
2828345--2828396	21	2.7	19	78	18	54	21	28	3	46	1.69
2829260--2829289	15	2.1	14	93	6	51	10	6	0	83	0.81
2830382--2830436	25	2.2	25	96	0	101	25	20	21	32	1.97
2830819--2830890	17	4.2	17	77	10	67	37	8	15	38	1.77
2830822--2830924	52	2.0	52	80	3	118	38	9	15	35	1.80
2838874--2838942	15	4.7	16	66	18	51	50	1	13	34	1.50
2838870--2838969	43	2.3	43	98	0	191	50	2	13	35	1.53
2838896--2838965	23	3.2	23	66	24	60	50	2	11	35	1.53
2840153--2840259	38	2.8	38	95	0	187	27	25	11	36	1.90
2851807--2851917	53	2.0	52	83	14	136	33	4	10	51	1.57
2858626--2858650	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2879838--2880077	59	4.1	59	81	0	264	33	25	12	28	1.93
2880681--2880826	40	3.7	40	90	0	211	36	28	13	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881148--2881195	24	2.0	24	92	4	80	43	12	10	33	1.77
2881728--2881798	30	2.3	31	80	2	81	40	19	5	33	1.75
2885749--2885787	20	2.0	20	85	10	53	33	0	28	38	1.57
2889110--2889154	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
2889721--2889867	60	2.5	60	82	4	170	44	4	15	34	1.68
2891874--2892021	39	3.8	39	77	7	156	20	25	22	31	1.98
2891857--2892026	78	2.2	78	86	3	236	19	26	22	31	1.98
2893810--2893891	16	5.1	16	77	5	58	34	3	19	42	1.69
2893811--2893849	20	2.0	20	89	0	60	28	2	20	48	1.62
2893821--2893892	28	2.6	28	79	0	90	33	4	20	41	1.72
2894101--2894186	4	21.5	4	70	13	52	46	17	4	31	1.68
2894103--2894127	13	1.9	13	100	0	50	52	24	0	24	1.48
2898712--2898761	20	2.5	20	87	6	66	32	18	16	34	1.92
2899515--2899558	22	2.0	22	82	8	54	36	2	11	50	1.51
2899851--2899900	16	3.1	16	77	11	57	54	4	0	42	1.19
2900993--2901145	81	1.9	81	90	0	243	30	13	19	36	1.91
2902182--2902211	15	2.0	15	100	0	60	53	13	0	33	1.40
2903601--2903655	30	1.9	27	82	10	65	41	3	1	52	1.29
2910215--2910510	42	7.0	42	86	0	385	35	23	22	18	1.96
2922472--2922517	23	2.0	24	91	4	76	21	19	26	32	1.97
2922472--2922523	23	2.4	21	84	12	61	21	17	28	32	1.96
2929584--2929750	60	2.8	61	82	9	207	44	4	16	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2929664--2929748	29	2.8	30	70	12	84	48	3	15	32	1.62
2930714--2930768	28	2.0	28	88	0	83	27	21	20	30	1.98
2930974--2931123	62	2.4	61	78	7	160	43	16	12	28	1.83
2933289--2933377	4	23.2	4	68	8	51	20	4	30	44	1.71
2933310--2933425	16	6.9	16	77	9	106	14	7	36	41	1.75
2933337--2933425	24	3.6	24	87	3	124	14	8	37	39	1.78
2933339--2933416	8	9.8	8	88	0	120	14	8	37	39	1.77
2941434--2941527	49	1.9	49	82	0	116	28	22	10	38	1.87
2941733--2941893	81	2.0	81	90	0	250	31	13	19	36	1.90
2944317--2944400	12	7.2	12	72	20	54	67	0	2	29	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14