genome.fa.s7956.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007956.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3102597

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681242--681380	63	2.2	63	82	5	156	20	38	14	26	1.91
683369--683425	20	2.8	20	81	0	78	49	19	10	21	1.78
683940--683973	12	2.8	12	90	0	50	20	2	26	50	1.63
686425--686458	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
687233--687418	20	9.3	20	71	5	99	39	12	20	27	1.88
687309--687415	40	2.7	40	83	2	117	36	12	23	28	1.90
687246--687386	60	2.3	60	78	2	149	39	13	19	27	1.90
687421--687445	13	1.9	13	100	0	50	24	24	20	32	1.98
687402--687522	20	6.1	18	70	15	71	23	16	24	34	1.95
687348--687525	40	4.4	39	75	11	135	28	15	25	30	1.95
687431--687544	60	1.9	58	84	7	149	27	17	23	31	1.97
687510--687559	19	2.6	19	100	0	100	32	20	24	24	1.98
687735--687765	16	1.9	16	93	0	53	51	6	0	41	1.27
687761--687799	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
693852--693948	2	49.5	2	93	4	171	50	0	1	48	1.07
694755--694786	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
702491--702536	3	14.7	3	91	8	74	67	0	0	32	0.91
702498--702539	19	2.2	19	100	0	84	69	0	0	30	0.89
703195--703474	124	2.3	124	88	3	411	27	16	23	32	1.96
703502--703786	156	1.8	153	87	2	417	26	14	22	36	1.93
705310--705339	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
705436--705487	23	2.3	23	76	3	61	61	0	5	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706527--706564	20	1.9	20	88	0	58	31	26	7	34	1.85
706500--706637	72	1.9	72	92	0	231	37	23	10	28	1.88
706875--706965	20	4.5	20	75	2	92	27	18	26	27	1.98
709144--709213	27	2.7	27	89	6	101	32	15	20	31	1.94
711097--711138	10	3.8	11	87	12	52	28	4	4	61	1.36
716591--716649	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
721120--721178	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
722026--722056	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
722686--722722	20	1.9	19	89	10	58	43	10	24	21	1.84
728339--728413	37	2.0	37	100	0	150	40	10	18	30	1.85
733823--734093	55	5.0	55	86	5	347	28	23	15	32	1.95
734036--734739	54	13.1	54	83	4	699	23	23	18	34	1.96
733999--734736	159	4.6	159	81	7	715	23	23	18	34	1.96
734026--734740	213	3.3	213	85	3	873	23	23	18	34	1.96
736033--736078	14	2.9	16	84	15	69	0	15	4	80	0.86
736038--736088	14	3.7	14	87	10	70	1	13	3	80	0.94
736026--736083	16	3.7	15	78	17	57	1	15	3	79	0.95
736033--736089	31	1.9	30	86	10	82	1	14	3	80	0.92
744355--744388	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
754624--754657	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
766570--766644	37	2.0	37	97	0	141	29	18	12	40	1.87
769738--769781	17	2.6	17	77	0	52	34	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770575--770608	18	1.9	18	88	5	52	29	26	23	20	1.99
774778--774851	37	2.0	37	97	0	139	41	10	17	29	1.83
786236--786278	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
787206--787264	11	5.5	11	78	9	68	57	20	1	20	1.49
787198--787238	22	1.9	21	90	5	64	60	21	0	17	1.35
787586--787834	36	7.0	35	87	3	311	22	24	18	34	1.96
787586--787834	71	3.5	71	86	2	322	22	24	18	34	1.96
791878--791919	18	2.3	18	87	0	57	57	9	7	26	1.56
793952--794016	34	1.9	34	96	0	121	15	27	20	36	1.92
794381--794414	18	1.9	17	88	5	50	64	0	2	32	1.08
801629--801674	15	3.1	15	75	15	51	28	8	0	63	1.24
803038--803188	72	2.1	72	96	0	275	17	17	18	46	1.85
804806--805015	105	2.0	105	82	0	258	38	22	15	23	1.92
806485--806565	22	3.7	22	77	9	94	19	24	22	33	1.97
807314--807353	17	2.4	17	95	0	71	62	15	7	15	1.53
808869--808934	3	21.3	3	76	11	62	63	3	1	31	1.19
808869--808934	19	3.6	18	85	6	87	63	3	1	31	1.19
815225--815288	32	2.0	32	100	0	128	53	6	18	21	1.67
816210--816434	64	3.5	64	84	2	229	32	20	20	27	1.97
816729--816771	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
817021--817273	31	8.2	31	94	0	452	38	13	15	32	1.86
817996--818025	15	2.0	15	100	0	60	60	6	13	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818028--818101	16	4.7	15	75	8	67	70	2	2	24	1.14
819255--819306	21	2.5	21	96	0	95	32	3	40	23	1.72
821617--821719	30	3.4	30	95	0	179	25	18	23	33	1.97
824199--824233	15	2.3	15	100	0	70	11	34	0	54	1.37
824199--824239	12	3.4	12	86	0	55	9	34	0	56	1.32
825937--826065	30	4.2	30	88	5	170	23	17	24	34	1.96
830342--830407	30	2.2	29	94	2	114	24	15	25	34	1.94
837967--838009	21	2.0	21	90	0	68	65	2	4	27	1.25
837980--838010	16	1.9	16	93	0	53	67	0	3	29	1.06
841491--841561	21	3.3	21	64	21	56	54	12	7	25	1.62
855318--855492	60	2.9	60	79	2	174	21	24	28	25	1.99
856095--856138	22	2.0	22	82	8	54	50	2	0	47	1.13
856195--856231	13	2.9	13	81	18	51	48	2	0	48	1.15
859317--859955	138	4.6	137	89	0	857	23	20	22	33	1.97
859332--859955	275	2.3	276	87	0	901	23	20	22	33	1.97
860247--860277	14	2.2	14	94	0	53	22	0	19	58	1.40
860398--860470	34	2.1	34	94	0	128	35	4	6	53	1.47
860988--861054	21	3.2	21	89	0	98	23	22	32	20	1.98
861036--861140	42	2.5	42	85	0	138	21	20	35	22	1.96
866193--866220	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
867088--867184	37	2.6	37	83	0	122	40	16	10	32	1.82
868240--868306	31	2.1	31	83	5	80	26	4	2	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872773--872812	16	2.5	16	88	11	64	77	7	10	5	1.11
873419--873473	22	2.5	22	93	0	92	38	23	12	25	1.90
874294--875449	106	11.0	106	87	3	1538	33	24	18	23	1.97
874294--875449	415	2.8	415	87	3	1579	33	24	18	23	1.97
876178--876282	37	2.8	37	83	0	129	40	15	12	31	1.84
876712--876759	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
876881--876923	21	2.0	22	95	4	79	30	0	0	69	0.88
876953--876988	17	2.2	16	90	5	54	27	0	2	69	1.02
877506--877570	28	2.4	27	76	16	64	15	7	3	73	1.18
878297--878369	36	2.0	36	89	0	110	31	15	26	27	1.95
885642--885687	19	2.4	19	100	0	92	19	19	34	26	1.96
885778--886007	45	5.1	45	96	0	397	40	6	20	31	1.79
885890--885963	22	3.2	24	61	24	59	45	4	16	33	1.66
894136--894180	23	2.0	23	87	8	67	44	0	0	55	0.99
899262--899341	30	2.7	30	90	0	115	23	15	11	50	1.76
899637--899669	15	2.2	15	94	0	57	36	21	3	39	1.69
908062--908235	42	4.2	42	95	0	305	24	4	18	52	1.64
909709--909747	18	2.2	18	100	0	78	15	23	33	28	1.95
909709--909757	18	2.7	18	90	0	62	18	20	30	30	1.96
913867--913903	18	2.1	18	94	0	65	21	18	32	27	1.97
913883--913928	22	2.1	22	87	0	65	28	10	26	34	1.90
914506--914546	21	2.0	21	95	0	73	29	24	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914538--914623	30	2.9	30	87	0	118	20	20	19	38	1.94
915071--915141	35	2.0	35	86	5	99	38	19	21	21	1.94
915872--915926	21	2.6	21	94	0	92	25	23	21	29	1.99
919538--919599	28	2.2	29	82	8	74	50	8	8	33	1.61
930006--930053	18	2.7	18	93	3	80	35	6	29	29	1.82
930042--930162	44	2.8	44	92	0	197	32	11	16	39	1.84
930462--931089	268	2.4	258	85	9	837	40	21	12	25	1.88
935505--935554	26	1.9	26	91	0	82	12	8	28	52	1.66
935654--935709	21	2.6	22	85	5	78	30	10	14	44	1.79
935672--935717	22	2.1	21	88	8	65	32	8	13	45	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14