genome.fa.s7956.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007956.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110383_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3102597

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321098--2321136	20	2.0	20	100	0	78	10	35	35	17	1.84
2323348--2323390	12	3.7	12	78	6	52	53	16	20	9	1.70
2325997--2326167	45	3.8	45	86	3	245	30	19	9	40	1.83
2326009--2326206	90	2.2	90	82	5	240	30	22	9	37	1.86
2326141--2326376	81	3.0	79	88	3	339	29	24	11	34	1.90
2331311--2331345	16	2.2	16	89	0	52	45	2	2	48	1.32
2332595--2332698	3	34.0	3	80	14	115	60	0	0	38	1.03
2332595--2332695	10	9.6	10	79	14	89	60	0	0	38	1.04
2332597--2332698	23	4.4	23	80	11	120	60	0	0	38	1.03
2341275--2341314	20	2.0	21	95	5	73	15	15	35	35	1.88
2344840--2344880	20	2.0	21	85	4	57	36	19	17	26	1.94
2361568--2361649	21	4.0	20	72	12	76	23	24	18	34	1.96
2361639--2361690	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
2361624--2361855	41	5.7	41	72	7	132	33	19	19	28	1.96
2361700--2361766	21	3.2	21	78	4	73	22	22	16	38	1.92
2361762--2361873	20	5.6	20	82	4	127	37	19	20	22	1.94
2362083--2362135	27	1.9	27	84	3	70	39	32	7	20	1.81
2362422--2362466	19	2.4	19	92	0	72	46	26	17	8	1.78
2362462--2362654	19	11.1	18	66	22	76	12	23	19	44	1.85
2362486--2362605	14	7.5	14	66	24	60	10	22	21	45	1.83
2362467--2362629	33	4.9	33	92	0	245	11	23	20	44	1.84
2362597--2362654	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2364787--2364847	21	3.0	20	71	7	59	22	37	19	19	1.94
2366142--2366177	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2366284--2366401	19	6.7	19	77	20	107	46	23	19	10	1.80
2366284--2366401	33	3.4	33	88	8	148	46	23	19	10	1.80
2366316--2366411	19	5.3	19	84	14	132	45	26	16	11	1.81
2366407--2366524	19	6.7	19	63	19	58	16	21	19	42	1.89
2366411--2366504	33	2.9	32	88	3	134	17	21	18	43	1.88
2368708--2368742	12	2.9	12	100	0	70	0	25	0	74	0.82
2368927--2368973	24	2.0	24	86	0	67	34	14	19	31	1.92
2369731--2369780	20	2.5	20	80	0	73	38	22	18	22	1.94
2371538--2371629	42	2.2	42	82	1	114	21	15	41	21	1.90
2371966--2372004	20	2.0	20	89	0	60	35	25	12	25	1.92
2371992--2372078	20	4.4	20	86	1	113	37	24	22	14	1.92
2372133--2372187	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2372728--2372775	18	2.7	18	90	0	78	16	12	43	27	1.84
2374095--2374153	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
2374631--2374697	20	3.3	20	87	0	98	28	13	29	28	1.94
2374605--2374742	41	3.4	41	77	2	152	23	15	25	34	1.95
2374672--2374760	41	2.2	41	81	4	99	21	20	24	33	1.97
2374733--2374779	20	2.3	20	85	3	58	21	21	17	40	1.91
2374769--2374821	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
2376189--2376236	21	2.2	23	85	7	64	33	12	0	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2380540--2380583	20	2.2	20	91	0	70	36	34	11	18	1.86
2386454--2386481	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2387801--2387842	13	3.2	13	75	18	50	14	7	2	76	1.10
2390611--2390662	2	25.5	2	92	3	86	48	0	3	48	1.20
2390926--2390961	18	2.1	18	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2394157--2394293	45	3.0	45	94	0	238	28	14	16	40	1.87
2394929--2394968	21	1.9	21	90	10	64	47	0	7	45	1.31
2395056--2395098	8	5.4	8	85	0	59	51	16	0	32	1.45
2395056--2395103	24	2.0	24	87	0	69	50	18	0	31	1.48
2395065--2395098	16	2.1	16	100	0	68	52	17	0	29	1.45
2395065--2395103	8	4.9	8	87	0	51	51	20	0	28	1.48
2398552--2398591	19	2.1	19	95	0	71	5	32	12	50	1.62
2400287--2400327	14	2.8	15	85	7	57	56	0	4	39	1.21
2400297--2400349	26	2.0	26	81	0	61	54	0	3	41	1.18
2401714--2401751	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2401910--2402116	106	2.0	106	97	1	389	42	7	17	31	1.77
2403709--2403750	14	3.0	14	85	0	57	57	19	14	9	1.64
2404774--2404964	93	2.0	94	97	1	366	36	14	18	30	1.91
2406032--2406073	12	3.4	12	83	6	57	45	19	21	14	1.85
2413699--2413743	19	2.4	19	92	0	81	42	15	20	22	1.89
2413759--2413856	21	4.8	20	83	2	79	37	24	19	18	1.94
2413779--2413832	21	2.6	21	100	0	108	29	29	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414826--2414987	37	4.3	38	80	3	150	46	5	4	43	1.46
2414820--2414987	75	2.3	75	77	4	187	45	5	4	44	1.47
2425056--2425112	29	2.0	29	83	13	73	49	0	1	49	1.11
2425046--2425114	28	2.4	29	77	15	72	47	0	1	50	1.09
2425180--2425206	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2429619--2429645	14	1.9	14	100	0	54	7	29	11	51	1.64
2431375--2431471	42	2.3	42	89	0	149	41	23	14	20	1.89
2437627--2437703	39	2.0	39	97	0	145	33	6	6	53	1.53
2437725--2437828	49	2.1	50	89	7	158	23	22	3	50	1.65
2441852--2441904	20	2.7	20	93	0	88	18	9	37	33	1.83
2441991--2442046	21	2.7	21	88	0	85	26	19	17	35	1.94
2442095--2442145	21	2.4	21	93	0	84	25	17	15	41	1.89
2442151--2442226	20	3.8	20	84	1	100	36	17	9	36	1.81
2444611--2444681	22	3.5	20	85	10	92	33	15	23	26	1.95
2445023--2445154	54	2.4	54	84	3	185	36	12	18	33	1.88
2450370--2450488	42	2.8	42	94	0	202	18	18	16	46	1.85
2450647--2450697	21	2.3	23	86	10	70	50	0	0	49	1.00
2450649--2450765	51	2.3	51	79	8	121	50	0	0	47	1.12
2450664--2450724	22	2.8	23	82	7	65	47	0	0	52	1.00
2450717--2450767	22	2.4	21	81	15	61	54	1	1	41	1.22
2450673--2450834	56	2.8	60	73	22	148	47	0	1	50	1.13
2450771--2450841	29	2.5	28	78	17	83	46	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451166--2451217	20	2.5	21	93	6	88	32	15	11	40	1.83
2451182--2451226	20	2.2	20	88	0	63	35	17	6	40	1.76
2451200--2451251	15	3.5	15	89	5	79	36	19	7	36	1.80
2459639--2459673	15	2.3	15	95	0	61	62	8	22	5	1.45
2465094--2465280	68	2.8	68	92	0	311	30	14	24	30	1.95
2465254--2465464	81	2.6	81	89	0	323	36	10	21	31	1.88
2465478--2465669	45	4.2	46	88	5	257	46	6	19	27	1.74
2466287--2466329	2	22.0	2	90	4	70	51	0	0	48	1.00
2469361--2469425	32	2.0	32	96	0	121	23	10	32	33	1.89
2470238--2470297	24	2.4	25	84	15	72	50	3	0	46	1.18
2470258--2470304	13	3.8	12	78	10	51	44	2	0	53	1.12
2470264--2470346	42	1.9	44	83	9	109	45	1	1	51	1.16
2470331--2470416	8	10.9	8	72	15	54	44	0	2	53	1.13
2470313--2470416	23	4.7	22	71	17	65	44	0	1	53	1.11
2470355--2470419	33	2.0	33	84	6	87	41	0	3	55	1.15
2470555--2470596	14	2.8	15	82	7	50	45	0	4	50	1.23
2470571--2470658	42	2.1	42	84	0	113	44	2	2	51	1.26
2470674--2470731	14	4.1	15	76	17	61	56	1	1	39	1.19
2471857--2471927	29	2.4	29	97	0	133	32	29	2	35	1.72
2476903--2476936	13	2.6	13	95	0	59	32	14	14	38	1.87
2477101--2477141	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2482259--2482288	16	1.9	15	93	6	51	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483925--2483970	23	2.0	24	91	4	76	45	2	0	52	1.13
2483925--2483989	25	2.6	25	85	7	80	44	1	0	53	1.09
2483926--2483976	23	2.2	24	85	3	68	45	1	0	52	1.12
2483949--2484000	25	2.0	25	85	3	68	48	0	1	50	1.12
2507484--2507523	21	1.9	21	84	0	53	32	7	7	52	1.58
2509888--2509954	23	2.9	23	84	0	89	26	22	17	32	1.96
2511484--2511580	7	13.9	7	75	8	72	20	2	35	42	1.64
2511485--2511580	21	4.6	21	72	5	86	19	2	35	42	1.63
2512978--2513030	16	3.1	16	75	19	61	45	18	15	20	1.85
2512937--2513104	76	2.2	77	86	8	225	38	23	17	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14