genome.fa.s7979.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007979.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110418_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2767453

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2044208--2044233	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2044392--2044459	30	2.3	30	86	0	100	22	13	13	51	1.75
2044392--2044472	30	2.7	29	79	7	90	22	13	11	53	1.71
2045492--2045539	2	24.0	2	86	0	69	43	0	6	50	1.27
2045492--2045543	18	2.9	18	85	0	77	42	0	7	50	1.31
2045501--2045547	22	2.1	22	96	0	85	38	0	10	51	1.37
2045497--2045550	26	2.1	26	100	0	108	38	0	11	50	1.38
2045987--2046019	14	2.4	14	90	5	50	24	0	27	48	1.51
2048987--2049030	20	2.2	20	88	4	63	40	0	0	59	0.98
2050597--2050643	23	2.0	23	100	0	94	59	17	4	19	1.53
2054175--2054231	29	2.0	28	83	10	71	14	29	0	56	1.39
2055187--2055231	18	2.5	18	92	0	72	28	26	17	26	1.98
2055319--2055358	21	1.9	21	84	0	53	40	17	15	27	1.89
2056212--2056251	20	2.0	20	85	0	53	30	27	15	27	1.96
2059294--2059338	18	2.5	18	92	0	72	28	26	17	26	1.98
2059426--2059465	21	1.9	21	84	0	53	40	17	15	27	1.89
2059672--2059697	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2060335--2060412	20	3.8	20	73	13	61	33	26	8	30	1.87
2063416--2063460	18	2.5	18	92	0	72	28	26	17	26	1.98
2064433--2064523	40	2.3	40	96	0	164	30	28	12	28	1.92
2064433--2064553	20	6.0	20	72	14	88	31	28	10	28	1.91
2067378--2067428	20	2.6	19	75	9	57	29	5	0	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070326--2070376	21	2.4	21	86	0	66	29	19	9	41	1.84
2070758--2070900	54	2.6	54	80	3	153	28	23	19	27	1.98
2070864--2070923	22	2.8	21	82	9	77	28	26	15	30	1.96
2077012--2077064	23	2.3	23	86	0	79	30	24	20	24	1.99
2077058--2077107	21	2.4	21	83	6	66	34	28	14	24	1.93
2077240--2077290	21	2.4	21	90	0	75	29	21	9	39	1.85
2077678--2077800	54	2.3	54	84	2	149	30	22	18	28	1.98
2077784--2077842	22	2.7	22	84	7	68	30	23	15	30	1.95
2078843--2078875	14	2.2	16	89	10	52	30	0	9	60	1.27
2078858--2078916	25	2.6	24	82	12	63	44	1	1	52	1.21
2079177--2079229	26	2.0	26	92	0	88	28	13	20	37	1.90
2079357--2079394	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2082457--2082490	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2083126--2083177	27	1.9	27	96	0	95	32	32	13	21	1.92
2084998--2085065	32	2.1	32	78	13	77	47	19	8	25	1.78
2086809--2086849	3	14.0	3	89	5	57	36	0	0	63	0.95
2088475--2088502	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2093792--2093825	17	1.9	18	94	5	61	20	44	0	35	1.52
2094420--2094465	18	2.6	18	86	3	67	41	0	43	15	1.46
2096794--2096826	3	11.0	3	100	0	66	66	33	0	0	0.92
2108841--2108894	23	2.3	23	96	0	99	33	25	24	16	1.96
2109407--2109458	2	26.0	2	92	7	88	48	0	1	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111783--2111960	90	2.0	90	88	0	266	44	8	10	35	1.69
2112765--2112805	16	2.6	16	96	0	73	63	0	34	2	1.08
2113232--2113265	17	2.0	17	100	0	68	11	23	5	58	1.55
2115587--2115647	23	2.7	23	92	0	104	31	27	22	18	1.97
2116153--2116183	14	2.2	14	94	0	53	48	0	6	45	1.28
2117295--2117454	64	2.5	63	79	9	164	25	23	20	31	1.98
2123232--2123272	5	8.8	5	89	5	52	78	0	2	19	0.87
2129049--2129162	32	3.5	33	82	4	126	36	12	16	34	1.86
2129651--2129706	24	2.3	24	96	0	103	25	7	14	53	1.66
2139217--2139325	53	2.0	54	96	1	202	44	11	12	30	1.79
2140994--2141029	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
2155657--2155701	22	2.0	22	87	8	65	46	15	13	24	1.82
2157271--2157318	24	2.0	24	95	0	87	47	16	27	8	1.75
2157271--2157339	24	3.0	23	83	8	79	44	15	27	11	1.81
2171038--2171102	23	2.9	23	90	2	105	36	0	24	38	1.56
2178662--2178775	60	1.9	60	92	0	192	39	16	7	36	1.76
2186257--2186310	20	2.7	20	97	0	99	25	37	27	9	1.87
2186257--2186310	10	5.4	10	79	16	67	25	37	27	9	1.87
2186353--2186436	33	2.5	33	90	0	123	9	38	26	26	1.87
2186357--2186497	10	13.1	10	69	11	66	10	33	29	26	1.90
2186447--2186495	20	2.5	20	96	0	89	10	28	34	26	1.89
2186438--2186494	30	1.9	30	85	7	80	12	24	35	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186542--2186643	29	3.5	29	93	1	168	14	24	38	22	1.92
2189341--2189393	24	2.2	25	89	6	90	37	9	28	24	1.86
2206019--2206049	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2206137--2206167	16	1.9	16	100	0	62	58	19	12	9	1.62
2206119--2206163	22	2.0	22	86	0	63	51	26	15	6	1.68
2206398--2206426	11	2.6	11	100	0	58	27	27	20	24	1.99
2207235--2207267	10	3.3	10	95	0	57	54	27	9	9	1.62
2207241--2207305	24	2.7	24	87	0	103	55	26	10	7	1.61
2207253--2207306	14	4.1	14	75	18	62	53	25	12	7	1.65
2207338--2207439	40	2.5	40	100	0	204	31	16	10	41	1.83
2210883--2210924	22	1.9	22	95	0	75	26	9	26	38	1.87
2214004--2214041	15	2.5	15	86	0	58	21	28	26	23	1.99
2218106--2218176	25	2.8	25	79	12	83	54	5	2	36	1.38
2218119--2218183	25	2.7	23	77	13	69	52	6	3	38	1.42
2218189--2218308	38	3.2	37	84	8	145	43	9	3	44	1.52
2218322--2218410	2	45.5	2	89	8	139	49	2	0	48	1.13
2218288--2218329	19	2.2	19	91	0	66	50	11	0	38	1.40
2219059--2219471	201	2.1	201	85	1	560	27	19	20	32	1.97
2219865--2219919	22	2.4	23	82	11	69	25	29	14	30	1.95
2242751--2242818	23	3.0	23	82	0	82	17	23	26	32	1.97
2243088--2243134	6	7.8	6	81	9	51	42	2	19	36	1.63
2243087--2243134	18	2.7	18	81	12	62	41	4	18	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243460--2243489	16	1.9	15	93	6	51	0	30	0	70	0.88
2248563--2248597	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2248615--2248782	85	2.0	85	81	6	198	30	19	20	29	1.97
2248754--2248821	26	2.6	26	78	0	73	38	14	19	27	1.91
2248776--2248821	13	3.5	13	90	0	65	39	10	17	32	1.84
2262025--2262093	23	3.0	23	82	0	84	18	26	24	30	1.98
2263140--2263200	28	2.2	28	82	5	72	52	6	1	39	1.37
2263234--2263289	23	2.4	23	88	8	78	44	3	1	50	1.29
2263503--2263537	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2263887--2263935	24	2.0	26	84	8	66	51	6	4	38	1.46
2264047--2264174	38	3.4	36	78	8	105	43	7	3	44	1.51
2264084--2264112	14	2.1	14	100	0	58	44	6	6	41	1.58
2264067--2264174	38	2.9	37	83	8	139	42	6	3	47	1.47
2264141--2264199	24	2.5	24	86	5	84	42	5	3	49	1.41
2264098--2264235	62	2.2	61	89	1	204	43	6	3	46	1.47
2264165--2264262	37	2.6	37	84	10	119	43	9	3	43	1.51
2264296--2264320	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2264449--2264473	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2271083--2271454	186	2.0	186	96	3	696	37	20	10	31	1.87
2271589--2271689	21	4.9	20	72	8	69	33	23	18	23	1.97
2271658--2271706	19	2.6	19	93	3	82	40	26	20	12	1.87
2271658--2271883	20	11.4	20	82	6	228	36	25	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275003--2275183	19	10.2	19	77	19	196	46	17	21	14	1.84
2275003--2275183	53	3.4	53	95	2	312	46	17	21	14	1.84
2275102--2275176	34	2.3	33	88	8	118	46	14	22	16	1.83
2275163--2275278	53	2.2	52	84	3	151	19	23	18	38	1.93
2275185--2275299	53	2.2	53	96	3	214	13	24	17	44	1.85
2275201--2275299	20	5.4	19	83	14	136	14	23	17	45	1.84
2275406--2275442	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2277352--2277523	19	9.6	19	73	15	125	44	24	20	10	1.82
2277446--2277501	14	3.7	14	78	17	58	42	23	23	10	1.85
2277427--2277518	32	2.8	33	90	3	150	44	22	21	10	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13