genome.fa.s7979.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007979.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110418_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2767453

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774547--774614	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
775855--775888	5	6.4	5	87	12	50	20	35	26	17	1.95
775857--775889	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
775855--775888	16	2.1	16	89	10	52	20	35	26	17	1.95
776445--776506	29	2.1	29	82	5	72	56	4	0	38	1.21
776536--776693	64	2.5	63	94	3	280	55	2	0	41	1.13
776557--776640	40	2.2	37	87	10	116	54	1	0	44	1.07
776591--776675	24	3.3	26	81	14	106	55	1	0	43	1.07
793274--793298	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
800007--800045	18	2.2	18	95	0	69	20	35	0	43	1.52
802511--802554	21	2.0	22	86	4	63	27	34	22	15	1.95
803169--803236	24	2.9	24	84	2	84	29	22	26	22	1.99
805761--805804	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
806819--806855	19	1.9	19	88	0	56	35	24	18	21	1.96
806883--806928	21	2.2	21	96	3	85	28	32	19	19	1.96
806924--807047	21	5.9	21	72	12	103	23	20	22	33	1.97
806948--807047	42	2.4	42	91	0	164	24	19	22	35	1.96
808207--808266	6	10.0	6	98	0	84	6	10	50	33	1.62
808355--808421	19	3.3	19	76	15	80	32	19	22	25	1.97
808363--808429	19	3.3	19	76	12	71	37	20	20	20	1.95
808425--808477	21	2.5	21	90	0	79	18	18	32	30	1.96
809524--809564	21	1.9	22	85	5	57	51	0	7	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811655--811696	21	2.0	21	81	9	50	50	2	0	47	1.14
816167--816196	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
818254--818310	3	18.7	3	82	10	71	35	0	0	64	0.93
818247--818310	12	5.5	12	75	14	62	34	0	0	65	0.93
830957--831082	64	2.0	64	95	0	225	25	14	21	38	1.91
831105--831227	64	1.9	64	96	0	228	24	15	21	39	1.92
830955--831313	145	2.5	146	96	0	666	26	13	21	38	1.91
831166--831370	83	2.5	83	95	0	365	25	13	22	38	1.91
831331--831643	114	2.7	114	96	0	572	33	16	20	30	1.95
832347--832442	36	2.5	38	90	8	142	51	9	20	18	1.74
832383--833134	114	6.7	113	88	3	1090	38	14	18	28	1.90
832383--833133	227	3.3	227	93	1	1201	38	14	18	28	1.90
833366--833422	3	18.7	3	82	10	71	35	0	0	64	0.93
840971--841084	54	2.1	54	81	3	131	25	11	23	39	1.88
846052--846085	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
847586--847644	30	2.0	30	93	6	102	33	5	16	44	1.70
847724--847802	21	3.8	21	94	0	131	20	37	20	21	1.94
847844--847911	20	3.3	20	76	11	75	20	23	23	32	1.98
848915--848971	30	1.9	30	85	0	78	35	26	15	22	1.94
862503--862659	64	2.5	64	75	14	146	28	18	19	33	1.96
866327--866395	30	2.2	30	82	15	86	34	5	15	43	1.71
866336--866395	29	2.0	30	90	6	95	33	6	15	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866475--866573	21	4.8	20	81	10	119	22	35	20	22	1.96
866594--866687	20	4.7	20	81	7	100	18	24	23	34	1.96
869298--869372	39	1.9	39	88	0	114	25	30	12	32	1.92
872171--872264	47	2.0	47	89	0	143	23	19	12	44	1.85
880889--880913	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
882457--882521	30	2.2	30	81	13	73	40	3	4	52	1.38
882735--882782	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
882924--882971	22	2.2	22	85	7	62	45	6	0	47	1.27
882929--883003	27	2.7	29	77	10	75	50	2	0	46	1.15
882986--883033	22	2.3	20	85	7	60	43	2	0	54	1.12
884932--885060	63	2.0	63	92	0	213	44	17	20	17	1.87
890093--890140	20	2.4	20	96	0	87	29	31	16	22	1.96
890290--890324	17	2.1	17	100	0	70	34	34	5	25	1.80
893111--893145	18	1.9	18	88	0	52	57	22	2	17	1.53
893316--893456	20	7.4	20	78	10	143	34	20	19	26	1.96
893469--893513	20	2.2	20	84	0	63	11	15	24	48	1.77
893581--893748	71	2.5	66	83	13	182	50	17	2	30	1.59
895047--895169	42	2.9	42	79	7	151	23	18	36	21	1.95
895047--895161	21	5.5	21	72	4	88	22	19	36	21	1.95
895646--895688	20	2.2	20	95	0	77	55	23	6	13	1.62
895703--895777	33	2.3	33	83	0	96	10	18	24	46	1.80
895717--895797	33	2.4	33	81	2	90	12	20	22	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895769--895817	20	2.5	20	93	0	80	16	22	24	36	1.94
896072--896098	14	1.9	14	100	0	54	7	14	25	51	1.68
896654--896725	20	3.6	20	84	0	81	25	19	29	26	1.99
896751--896787	19	1.9	19	88	0	56	21	16	27	35	1.94
902070--902105	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
909734--911467	867	2.0	864	95	4	3140	38	12	15	33	1.86
921716--921972	32	8.2	32	83	3	265	31	13	21	34	1.91
921716--921972	96	2.7	94	82	5	295	31	13	21	34	1.91
921910--921984	30	2.7	26	83	15	105	34	10	18	36	1.86
928486--928522	20	1.9	20	88	5	58	27	29	27	16	1.97
930494--930527	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
930789--930814	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
932085--932126	13	3.3	14	81	18	56	59	0	0	40	0.97
940588--940612	6	4.2	6	100	0	50	16	0	32	52	1.44
943247--943300	17	2.9	17	75	17	54	37	1	20	40	1.63
945073--945116	19	2.4	19	84	3	63	43	0	15	40	1.47
945166--945228	29	2.2	29	94	5	110	42	19	3	34	1.67
948579--948632	21	2.6	21	96	0	99	25	16	27	29	1.97
948777--948811	6	6.0	6	96	3	63	31	51	17	0	1.45
949410--949500	22	4.3	22	73	9	91	37	24	17	20	1.94
949446--949550	41	2.6	41	82	10	110	38	20	20	21	1.94
949491--949554	21	3.1	21	68	2	58	40	23	17	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969405--969434	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
969550--969602	8	6.5	8	97	2	97	0	26	0	73	0.83
970486--970526	18	2.3	18	87	4	57	60	0	7	31	1.24
976166--976196	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
976984--977031	23	2.0	23	84	4	60	35	12	0	52	1.40
977591--977648	23	2.5	23	94	0	89	20	27	13	37	1.91
979812--979873	30	2.1	30	100	0	124	30	12	0	56	1.37
982089--982142	28	1.9	28	100	0	108	55	3	3	37	1.35
982089--982131	14	3.1	14	72	0	50	55	4	2	37	1.33
982095--982141	14	3.4	14	75	0	58	55	2	4	38	1.31
982483--982551	31	2.2	31	86	0	93	40	11	11	36	1.78
983405--983454	21	2.4	21	100	0	100	24	30	28	18	1.97
983849--983875	13	2.1	13	100	0	54	37	40	0	22	1.54
984586--984631	19	2.3	20	92	3	76	23	23	32	19	1.97
987414--987451	20	1.9	20	94	0	67	13	26	34	26	1.93
991265--991304	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
994068--994108	18	2.3	18	91	0	64	2	29	21	46	1.64
1005541--1006003	231	2.0	232	99	0	919	28	16	18	37	1.92
1014000--1014066	2	34.0	2	93	3	118	49	1	0	49	1.10
1018525--1018583	3	19.3	3	81	13	68	30	0	1	67	1.00
1018548--1018580	16	2.1	16	94	0	57	33	0	0	66	0.92
1018523--1018584	19	3.4	19	80	13	76	32	0	1	66	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019950--1020016	14	5.2	13	73	21	61	23	1	0	74	0.90
1019982--1020034	22	2.5	22	81	9	56	24	1	0	73	0.93
1019984--1020037	24	2.2	24	80	12	56	24	1	0	74	0.92
1022062--1022131	4	16.8	4	80	16	72	25	2	0	71	1.00
1022062--1022152	16	6.2	15	73	22	70	24	3	0	72	0.99
1022102--1022154	18	2.9	18	72	10	54	26	1	0	71	0.96
1024574--1024711	67	2.0	69	87	7	199	18	16	20	44	1.87
1034782--1034844	33	1.9	33	83	6	83	44	1	1	52	1.20
1036582--1036628	22	2.2	20	79	17	51	31	2	12	53	1.51
1038711--1038803	30	3.1	30	79	3	107	29	23	12	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13