genome.fa.s7979.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007979.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110418_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2767453

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  12  of  13  ( 1516 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427961--2427993	15	2.2	15	100	0	66	57	0	0	42	0.98
2429971--2430003	17	1.9	17	100	0	66	33	6	12	48	1.65
2431175--2431209	13	2.6	13	90	4	52	14	5	0	80	0.89
2431175--2431217	19	2.2	20	84	12	54	18	4	0	76	0.95
2433484--2433532	24	2.0	24	96	0	89	63	2	24	10	1.37
2437911--2437943	11	2.9	12	86	13	52	30	9	9	51	1.64
2443943--2443972	12	2.5	12	94	0	51	30	10	10	50	1.69
2455523--2455569	23	2.0	24	83	4	60	31	4	8	55	1.49
2455873--2455997	65	2.0	63	84	9	164	44	4	5	45	1.45
2458228--2458278	15	3.4	15	86	0	75	17	17	11	52	1.73
2477809--2477928	42	2.9	42	98	0	231	15	20	19	44	1.87
2478123--2478182	29	2.1	30	85	14	83	55	0	0	45	0.99
2478138--2478276	24	5.5	24	70	20	81	48	1	1	48	1.19
2478439--2478508	20	3.5	20	96	0	131	35	14	10	40	1.79
2478439--2478517	40	2.0	40	89	0	122	35	15	8	40	1.78
2478491--2478557	15	4.5	15	84	3	91	34	19	7	38	1.80
2478491--2478562	30	2.4	30	97	2	137	31	19	6	41	1.78
2479173--2479562	139	2.8	138	77	6	394	28	12	13	45	1.80
2485647--2485692	19	2.4	19	100	0	92	15	13	36	34	1.86
2488407--2488503	44	2.2	44	83	7	117	25	19	27	26	1.99
2491995--2492061	15	4.5	15	88	0	98	17	22	29	29	1.97
2503249--2503434	65	2.9	65	79	7	200	26	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503274--2503484	65	3.3	62	76	13	203	26	18	24	30	1.98
2509458--2509518	10	6.4	9	74	10	59	16	29	27	26	1.97
2509458--2509518	19	3.2	19	81	11	63	16	29	27	26	1.97
2509516--2509548	14	2.4	14	94	0	57	24	51	21	3	1.62
2509546--2509589	7	6.4	7	89	5	72	15	27	27	29	1.96
2509546--2509589	20	2.1	21	91	4	72	15	27	27	29	1.96
2512149--2512181	11	3.2	11	91	8	52	18	9	9	63	1.49
2512408--2512483	32	2.4	32	84	4	82	34	10	32	22	1.88
2512948--2512999	24	2.1	25	85	3	70	46	11	17	25	1.81
2524652--2524686	4	8.8	4	93	0	61	71	0	0	28	0.86
2526090--2526288	40	5.0	40	98	0	371	22	16	27	33	1.95
2526392--2526553	44	3.6	44	94	3	279	38	8	22	30	1.84
2526963--2527002	21	1.9	21	94	0	71	25	20	27	27	1.99
2527067--2527137	26	2.7	26	93	0	115	19	21	16	42	1.89
2536518--2536573	23	2.4	24	79	8	71	17	16	12	53	1.73
2536525--2536568	22	2.0	23	86	4	63	18	9	15	56	1.65
2536849--2536902	11	5.0	11	76	17	51	66	3	0	29	1.09
2539653--2539727	32	2.3	32	93	2	123	45	17	9	28	1.79
2552564--2552633	8	8.9	7	78	18	59	18	5	1	74	1.09
2552564--2552633	17	4.4	14	75	19	59	18	5	1	74	1.09
2552556--2552605	25	2.0	26	84	11	68	20	6	2	72	1.16
2552589--2552660	16	4.5	15	71	23	58	18	4	1	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552600--2552663	27	2.4	27	77	17	71	18	4	0	76	0.95
2552640--2552825	17	10.2	17	65	24	60	18	7	2	71	1.20
2552760--2552819	26	2.3	26	83	13	63	18	10	1	70	1.24
2552786--2552849	32	2.0	31	85	8	85	17	10	1	70	1.24
2553430--2553576	65	2.3	63	94	2	249	23	21	19	36	1.95
2561414--2561456	20	2.2	20	86	0	59	32	11	20	34	1.89
2564169--2564432	96	2.7	96	88	3	370	33	17	16	32	1.93
2565223--2566108	80	11.0	80	86	4	1140	34	23	19	22	1.97
2565219--2566145	243	3.8	244	85	4	1164	34	23	19	23	1.97
2565223--2566092	401	2.2	398	87	5	1230	34	23	18	22	1.96
2567985--2568032	21	2.1	24	88	11	75	18	8	2	70	1.22
2568040--2568090	3	17.3	3	79	4	59	29	3	1	64	1.22
2568086--2568393	8	40.0	7	64	25	58	17	6	3	73	1.18
2568085--2568117	17	1.9	17	93	0	57	21	3	3	72	1.11
2568130--2568399	5	51.2	5	65	25	57	17	7	2	72	1.19
2568132--2568198	21	3.3	20	78	14	66	14	8	0	76	1.02
2568156--2568209	19	2.9	19	84	10	67	12	9	1	75	1.11
2568269--2568333	23	2.8	22	80	17	69	18	4	1	75	1.05
2573545--2573578	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
2575674--2575713	21	1.9	21	89	0	62	27	12	37	22	1.90
2577211--2577253	23	1.9	23	85	4	61	67	4	13	13	1.38
2577533--2577588	23	2.4	23	73	5	60	57	5	0	37	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580819--2580939	45	2.7	44	85	8	156	14	28	20	36	1.92
2584634--2584704	28	2.5	28	95	2	124	53	4	25	16	1.61
2584634--2584712	28	2.8	28	90	3	88	54	3	24	17	1.59
2588613--2588650	18	2.3	17	86	13	53	60	2	7	28	1.38
2588716--2588771	23	2.4	23	73	5	60	57	5	0	37	1.22
2589995--2590033	19	1.9	19	85	10	51	48	2	0	48	1.15
2589997--2590041	23	1.9	24	86	4	65	48	2	0	48	1.13
2592271--2592306	15	2.3	16	95	4	65	13	8	33	44	1.74
2594016--2594213	99	2.0	99	100	0	396	36	19	20	24	1.95
2595974--2596049	15	5.5	14	75	19	70	44	0	0	55	0.99
2595974--2596049	18	4.1	19	80	19	97	44	0	0	55	0.99
2595986--2596038	20	2.6	21	88	8	83	41	0	0	58	0.98
2595974--2596038	3	22.3	3	75	12	64	43	0	0	56	0.99
2596774--2596812	18	2.2	18	100	0	78	10	33	43	12	1.77
2596778--2596819	18	2.3	18	91	0	66	9	35	40	14	1.78
2597112--2597156	2	24.0	2	86	13	69	51	0	0	48	1.00
2597520--2597566	24	2.0	24	84	8	62	40	2	0	57	1.11
2597913--2597967	16	3.3	17	76	16	53	54	3	0	41	1.18
2598402--2598454	25	2.2	24	86	3	70	32	3	1	62	1.24
2598870--2600302	716	2.0	716	96	1	2664	35	14	18	31	1.91
2603259--2603301	8	5.1	8	89	10	68	74	0	25	0	0.82
2603259--2603301	17	2.6	16	89	10	68	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606239--2606860	113	5.7	113	84	10	869	37	15	19	26	1.92
2606217--2606850	209	2.9	216	86	7	903	38	15	19	26	1.92
2607317--2607618	162	1.8	164	87	3	457	36	12	12	38	1.82
2607632--2608297	45	14.8	45	89	3	964	21	23	20	35	1.96
2608410--2608470	3	20.3	3	80	6	70	42	0	0	57	0.98
2608840--2608918	18	4.2	19	80	15	85	44	0	0	55	0.99
2608840--2608907	3	23.3	3	76	11	70	42	0	0	57	0.98
2609994--2610052	29	2.0	30	83	9	77	28	6	3	61	1.38
2611181--2611234	28	2.0	27	85	3	72	59	1	5	33	1.31
2614123--2614156	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
2621562--2621596	16	2.2	16	100	0	70	20	20	5	54	1.64
2621585--2621734	62	2.4	62	80	2	176	30	18	15	36	1.91
2621917--2622018	47	2.2	47	94	0	177	29	13	21	35	1.92
2622082--2622399	36	8.8	36	88	2	424	36	20	22	20	1.95
2623788--2623829	22	1.9	22	90	0	66	26	16	38	19	1.92
2633765--2633883	43	2.8	43	87	2	159	53	21	3	21	1.60
2635933--2635974	3	14.0	3	80	9	50	35	0	0	64	0.94
2635973--2636015	12	3.6	11	85	14	59	76	0	0	23	0.78
2635975--2636015	11	3.4	12	78	21	50	78	0	0	21	0.76
2637262--2637316	28	2.0	26	86	6	74	41	0	5	52	1.24
2637535--2637580	22	2.0	23	87	12	67	41	0	2	56	1.11
2638391--2638532	44	3.2	43	84	6	178	44	2	0	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644425--2644484	26	2.5	22	76	15	57	46	5	3	45	1.41
2646069--2646537	137	3.4	137	87	4	621	26	18	15	39	1.90
2646607--2646706	39	2.6	39	96	0	191	22	23	8	47	1.77
2646627--2646694	22	3.3	22	66	26	67	17	25	7	50	1.72
2646496--2646830	162	2.1	162	89	2	512	24	20	13	41	1.88
2646646--2646951	123	2.5	123	93	1	524	24	18	15	41	1.89
2647792--2647936	22	6.6	22	91	0	245	38	12	15	33	1.85
2648297--2648455	53	3.0	54	82	4	191	27	20	13	37	1.91
2651840--2651890	21	2.3	22	83	12	61	3	15	0	80	0.86
2651814--2652116	151	2.0	151	99	0	597	19	16	9	54	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13