genome.fa.s8053.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6772376

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1938316--1939088	240	3.2	239	87	3	1063	33	22	18	25	1.97
1941437--1941473	11	3.4	11	88	0	56	16	8	0	75	1.02
1941547--1941576	13	2.3	13	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1943517--1943737	108	2.1	108	85	3	304	25	8	16	49	1.74
1948402--1948458	23	2.5	23	100	0	114	8	50	31	8	1.64
1949375--1949435	27	2.2	28	82	2	70	37	11	6	44	1.67
1949403--1949754	35	10.2	36	75	15	248	41	9	3	44	1.56
1949346--1949470	64	2.0	64	82	6	157	40	10	4	44	1.60
1949401--1949754	37	10.3	35	76	13	247	41	9	3	44	1.55
1949597--1949656	25	2.5	25	83	5	79	38	8	5	48	1.55
1949741--1949771	13	2.4	13	94	0	53	41	0	3	54	1.16
1951203--1951227	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1952677--1952703	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1952830--1953047	76	2.9	76	93	1	366	36	21	18	23	1.95
1952992--1953097	54	2.0	50	91	7	167	37	23	17	20	1.94
1952916--1953169	122	2.0	127	92	6	428	37	22	18	21	1.95
1952840--1953244	198	2.0	202	90	5	651	36	21	19	22	1.95
1953046--1953596	77	7.3	76	93	4	935	35	21	20	23	1.96
1953046--1953596	153	3.7	152	95	3	969	35	21	20	23	1.96
1956413--1956750	114	3.0	113	92	2	545	31	20	15	33	1.94
1964955--1964998	3	15.0	3	90	4	72	65	2	0	31	1.05
1965528--1965574	15	3.3	15	74	17	55	38	2	0	59	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973164--1973223	22	2.7	23	86	5	86	53	28	0	18	1.45
1973858--1973900	19	2.2	19	83	8	50	18	16	11	53	1.72
1975544--1975593	23	2.1	24	85	10	68	38	4	0	58	1.17
1980409--1980473	31	2.1	31	100	0	130	32	24	12	30	1.92
1984282--1984404	64	1.9	64	85	5	167	30	24	17	28	1.97
1985636--1985849	117	1.8	118	81	7	265	50	7	15	25	1.71
1986382--1986421	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
1986381--1986425	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
1991216--1991259	21	2.1	21	82	0	52	9	34	15	40	1.79
1992267--1992305	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1992204--1992412	65	3.2	63	82	8	192	30	26	16	26	1.96
1992253--1992413	65	2.5	65	84	3	200	31	26	14	26	1.95
2006633--2006682	25	2.0	24	81	11	57	40	2	0	58	1.10
2007504--2007569	32	2.0	33	85	8	91	28	1	4	65	1.21
2007534--2007573	20	2.0	20	85	0	53	25	2	5	67	1.23
2007516--2007582	32	2.1	32	81	10	75	29	2	4	62	1.29
2007692--2007764	19	3.8	19	74	16	55	42	0	4	53	1.20
2009728--2009789	27	2.3	27	85	0	79	41	12	43	1	1.53
2010652--2010703	26	2.0	26	88	3	77	23	1	17	57	1.49
2011545--2011804	83	3.1	83	84	4	337	29	18	17	35	1.93
2011805--2012023	83	2.6	83	84	2	278	29	19	17	33	1.95
2011886--2012160	137	2.0	137	86	1	381	29	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011592--2012207	220	2.8	219	83	2	750	30	20	17	32	1.95
2011969--2012077	54	2.0	54	89	0	164	28	20	20	31	1.97
2012018--2012213	83	2.4	83	89	0	304	30	22	16	30	1.96
2019164--2019211	20	2.3	21	92	7	89	31	8	25	35	1.85
2022286--2022332	23	2.0	23	87	0	67	34	38	6	21	1.79
2038162--2038234	20	3.7	20	92	0	119	35	17	19	27	1.94
2042364--2042542	94	1.9	94	87	0	259	32	17	24	25	1.96
2043452--2043490	21	1.9	20	89	5	60	30	5	35	28	1.79
2047154--2047214	29	2.1	29	96	3	115	45	21	3	29	1.67
2048163--2048194	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2058190--2058214	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2061942--2062009	30	2.3	29	76	16	70	26	11	10	51	1.70
2063349--2063391	11	3.7	11	93	6	68	48	0	0	51	1.00
2063694--2063733	20	2.0	19	85	9	53	40	15	0	45	1.46
2064893--2065208	157	2.0	158	98	1	616	24	28	24	23	2.00
2065202--2065286	34	2.4	37	90	5	131	23	36	30	9	1.87
2065184--2065286	48	2.2	47	87	1	143	24	36	28	10	1.89
2065188--2065268	14	5.4	14	79	16	81	24	39	27	8	1.84
2065216--2065249	10	3.4	10	84	15	52	23	38	29	8	1.85
2065250--2065334	33	2.6	33	83	7	100	25	27	36	10	1.89
2065423--2065508	29	3.0	29	98	0	163	17	31	37	13	1.89
2068819--2068861	23	2.0	23	86	9	63	41	2	2	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076153--2076308	65	2.4	64	88	3	233	28	23	17	30	1.97
2076280--2076328	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
2080500--2080544	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
2080651--2080741	46	2.0	46	97	0	173	35	14	4	46	1.64
2081109--2081158	20	2.5	20	83	3	64	38	2	0	60	1.09
2081093--2081142	27	1.9	26	88	8	75	38	0	0	62	0.96
2090542--2090577	12	2.9	13	88	12	58	22	19	33	25	1.97
2090557--2090673	21	5.5	21	79	8	121	23	17	36	23	1.94
2090896--2090935	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
2092578--2092636	3	20.0	3	79	10	59	5	27	1	66	1.22
2094055--2094131	23	3.6	21	77	17	79	20	16	36	25	1.94
2104210--2104252	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2106873--2106912	13	3.0	13	81	3	53	62	0	25	12	1.30
2114513--2114555	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
2116264--2116301	20	1.9	20	94	0	67	15	34	26	23	1.95
2116264--2116349	21	4.1	21	73	8	77	19	32	29	18	1.96
2126983--2127009	7	3.9	7	100	0	54	44	0	40	14	1.46
2128687--2128713	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2136337--2136375	20	1.9	21	89	5	62	66	2	5	25	1.25
2136837--2137131	30	9.8	28	74	12	171	38	9	1	50	1.43
2137007--2137090	35	2.4	36	82	9	104	40	9	0	50	1.35
2136836--2137159	60	5.4	58	74	14	216	39	9	1	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137102--2137161	24	2.4	25	78	10	70	43	6	0	50	1.28
2137207--2137316	29	3.7	31	79	8	104	53	0	7	38	1.35
2137207--2137292	30	2.8	31	80	5	95	51	0	5	43	1.26
2140212--2140282	36	2.0	36	91	0	115	26	38	9	25	1.87
2140966--2140993	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2141464--2141939	114	4.1	116	84	5	588	26	21	15	36	1.93
2141464--2141962	231	2.2	227	84	5	642	26	21	15	37	1.93
2142484--2142568	37	2.3	37	81	6	100	48	17	8	25	1.75
2153005--2153042	19	2.0	19	94	0	67	26	13	5	55	1.59
2162051--2162670	258	2.4	260	86	8	797	27	12	20	40	1.87
2163020--2163066	18	2.7	18	90	3	78	29	31	6	31	1.83
2163020--2163062	17	2.5	17	92	3	68	32	30	6	30	1.84
2164297--2164346	20	2.5	20	84	9	68	72	0	0	28	0.86
2164297--2164348	3	18.3	3	77	18	58	71	0	0	28	0.87
2165382--2165457	32	2.4	30	81	12	82	25	2	9	63	1.37
2166204--2166247	3	15.3	3	83	9	56	68	0	0	31	0.90
2169114--2169151	17	2.2	17	95	0	67	36	0	7	55	1.29
2169558--2169601	21	2.1	21	91	0	70	36	11	2	50	1.51
2170154--2170184	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
2173865--2173890	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2175940--2176168	114	2.0	114	85	3	309	30	11	23	34	1.90
2176152--2176234	21	4.0	21	72	0	67	36	8	22	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176151--2176233	42	2.0	42	82	0	103	34	8	24	32	1.85
2179376--2179531	78	2.0	78	98	0	303	35	17	9	37	1.83
2180619--2180741	31	4.0	31	87	5	162	38	20	19	21	1.94
2185306--2185382	35	2.2	35	92	0	127	29	10	24	35	1.89
2196126--2196190	20	3.2	20	91	0	103	12	26	23	38	1.90
2208009--2208062	21	2.6	21	96	0	99	22	44	14	18	1.86
2208124--2208215	20	4.6	20	93	2	141	18	26	20	34	1.96
2208329--2208368	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2210381--2210490	9	12.1	9	72	14	50	39	0	0	59	1.10
2210396--2210490	15	6.6	15	77	8	81	38	1	1	58	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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