genome.fa.s8053.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6772376

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723681--2724944	199	6.3	199	97	0	2307	30	15	15	37	1.90
2725677--2725719	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2725699--2725849	67	2.2	68	90	2	234	27	28	26	17	1.98
2726335--2726628	151	2.0	149	95	1	534	27	15	19	37	1.92
2726613--2726657	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2732710--2732860	67	2.2	68	89	2	225	27	28	25	17	1.98
2733345--2733636	149	2.0	149	97	0	548	27	16	19	36	1.92
2733621--2733665	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2734340--2734388	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2736181--2736246	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2736279--2736343	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
2738577--2738623	20	2.4	19	79	10	58	17	19	10	53	1.72
2738758--2738804	20	2.3	20	96	0	85	17	17	8	57	1.63
2738758--2738813	20	2.8	20	89	5	69	17	16	10	55	1.69
2738544--2739016	181	2.6	182	89	0	696	26	17	13	42	1.86
2743689--2743800	35	3.2	35	87	0	152	41	22	0	35	1.60
2743796--2743870	35	2.1	35	87	0	105	37	0	18	44	1.50
2746263--2746331	21	3.2	21	79	2	75	57	2	1	37	1.22
2751718--2751756	20	2.0	20	84	0	51	28	23	20	28	1.99
2757905--2757939	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2758265--2758397	18	7.6	17	71	9	70	35	13	9	42	1.76
2758283--2758395	35	3.2	35	86	5	149	35	10	9	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759932--2760126	89	2.2	90	84	5	245	37	9	15	36	1.81
2759936--2760126	45	4.3	46	80	5	221	37	9	16	36	1.82
2760294--2760502	58	3.9	49	78	15	161	34	9	14	41	1.78
2760343--2760631	58	5.0	58	77	9	270	36	7	13	42	1.73
2760356--2760566	116	1.8	116	87	4	318	37	7	12	43	1.70
2760350--2760669	116	2.8	114	80	7	308	37	7	13	41	1.73
2760634--2760847	39	5.5	39	84	8	249	38	6	14	40	1.71
2760634--2760847	78	2.8	77	89	5	306	38	6	14	40	1.71
2760957--2761040	38	2.2	39	85	6	109	33	2	11	52	1.51
2761067--2761180	39	2.8	40	86	4	149	38	5	11	44	1.63
2764448--2764488	14	3.2	13	80	20	50	58	2	0	39	1.11
2764752--2764777	7	3.7	7	100	0	52	26	0	26	46	1.53
2764749--2764783	14	2.5	13	86	13	52	28	0	28	42	1.56
2764794--2764850	21	2.8	20	70	17	53	24	0	29	45	1.53
2767791--2767846	15	3.5	15	79	13	67	19	37	25	17	1.94
2767763--2767847	33	2.5	34	90	5	127	21	34	27	17	1.96
2767960--2768001	21	2.0	21	90	0	66	21	21	28	28	1.99
2768030--2768069	20	1.9	22	90	10	66	37	35	10	17	1.83
2770675--2770730	15	3.5	15	71	21	51	19	35	25	19	1.95
2770647--2770731	33	2.5	34	92	5	136	20	34	27	18	1.96
2770659--2770715	18	3.3	18	70	25	59	17	36	26	19	1.94
2770845--2770886	21	2.0	21	90	0	66	19	23	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770914--2770953	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
2772683--2772798	3	37.7	3	77	5	115	56	1	1	40	1.20
2772683--2772812	25	5.2	25	86	1	163	55	1	1	41	1.18
2772985--2773375	45	8.7	45	91	0	577	31	21	23	23	1.98
2773410--2773495	45	1.9	45	87	0	127	31	17	19	31	1.95
2773296--2773609	119	2.6	119	88	1	441	33	18	20	27	1.96
2774281--2774360	22	3.6	22	94	0	133	37	12	16	33	1.86
2774731--2774933	54	3.8	54	91	0	307	27	23	13	35	1.92
2775799--2775976	75	2.4	75	82	4	225	30	19	15	33	1.93
2776889--2776943	24	2.3	24	93	0	92	12	29	18	40	1.87
2777954--2777994	9	4.7	9	90	6	66	0	12	0	87	0.53
2777954--2777994	17	2.4	17	95	4	73	0	12	0	87	0.53
2783416--2783457	14	3.0	15	83	16	54	14	0	7	78	0.95
2787873--2787950	20	3.9	19	73	9	66	58	10	14	16	1.62
2787842--2787950	28	3.7	27	75	12	74	60	7	11	20	1.55
2787904--2787950	13	3.4	14	86	11	62	57	10	17	14	1.65
2787904--2787950	7	6.9	7	86	13	62	57	10	17	14	1.65
2792667--2792747	3	26.3	3	82	5	90	56	1	1	40	1.15
2792661--2792750	43	2.1	44	87	6	130	52	1	2	44	1.20
2792666--2792759	22	4.5	21	81	7	111	56	1	1	41	1.13
2800994--2801043	22	2.2	24	82	13	61	52	8	4	36	1.50
2801991--2802050	29	2.1	29	83	0	75	65	8	13	13	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803432--2803484	25	2.0	27	82	7	65	22	24	43	9	1.83
2803582--2803658	25	3.1	25	94	0	136	28	14	19	37	1.91
2803741--2803798	3	19.0	3	85	3	80	67	1	1	29	1.11
2804111--2804288	41	4.1	43	74	12	148	23	18	30	27	1.98
2804003--2804333	130	2.5	131	86	4	434	24	18	29	26	1.98
2804760--2804803	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
2805344--2805440	35	3.1	30	72	15	97	43	12	11	32	1.78
2805302--2805425	35	3.7	35	71	10	123	45	10	12	31	1.77
2805290--2805440	65	2.3	65	90	1	232	45	11	12	31	1.77
2805428--2805672	52	5.0	52	71	15	198	38	16	12	33	1.86
2805413--2805726	141	2.2	140	92	2	522	41	15	11	31	1.83
2805668--2805791	29	4.5	27	79	13	119	50	14	8	26	1.72
2806020--2806123	36	3.0	35	81	4	129	34	11	20	33	1.88
2806021--2806150	35	3.8	32	78	12	109	33	13	20	33	1.91
2806091--2806317	101	2.3	99	83	6	271	37	12	18	30	1.89
2806775--2806813	4	9.5	4	88	5	60	23	0	25	51	1.49
2807957--2808007	21	2.3	22	80	10	59	3	27	3	64	1.28
2808602--2808930	163	2.0	164	98	1	642	35	9	24	31	1.86
2811059--2811151	31	3.0	31	98	1	177	61	9	13	15	1.57
2812053--2812102	22	2.2	24	82	13	61	52	8	4	36	1.50
2813051--2813110	29	2.1	29	83	0	75	65	8	13	13	1.48
2814486--2814538	25	2.0	27	82	7	65	22	24	43	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814636--2814712	25	3.1	25	94	0	136	28	14	19	37	1.91
2814795--2814852	3	19.0	3	85	3	80	67	1	1	29	1.11
2815933--2816211	20	13.6	20	77	10	143	38	20	24	17	1.93
2816059--2816211	40	3.8	40	86	2	189	35	18	28	16	1.93
2816018--2816211	63	3.1	63	83	3	234	36	19	26	18	1.94
2816198--2816241	20	2.2	20	91	0	70	54	15	18	11	1.70
2815935--2816229	60	4.8	60	73	6	164	39	19	23	17	1.92
2816319--2816369	6	8.5	6	100	0	102	33	50	15	0	1.44
2817049--2817101	6	8.8	6	97	0	79	0	26	50	22	1.49
2817041--2817102	6	10.5	6	94	1	72	0	24	51	24	1.48
2817046--2817102	18	3.2	18	89	0	87	0	24	50	24	1.49
2817179--2817222	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
2817209--2817506	20	14.6	20	76	7	152	18	23	19	38	1.93
2817211--2817402	40	4.7	40	80	5	222	20	25	17	35	1.95
2817219--2817402	83	2.2	83	92	0	296	21	26	17	35	1.95
2817223--2817381	63	2.6	59	76	9	174	22	26	17	33	1.96
2817456--2817506	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
2817799--2817829	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2817960--2818011	23	2.2	22	83	10	59	42	0	1	55	1.10
2818084--2818164	22	3.6	23	74	15	71	43	1	2	53	1.22
2825278--2825588	155	2.0	154	98	1	597	24	23	23	28	2.00
2836812--2836900	47	1.9	46	90	2	142	46	15	22	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837680--2838435	98	7.5	98	90	6	1090	33	24	19	22	1.97
2837893--2838244	43	7.4	43	63	18	137	34	24	19	21	1.96
2838178--2838420	106	2.3	106	91	0	387	33	24	18	23	1.97
2840144--2840195	2	26.5	2	92	3	88	46	0	1	51	1.12
2840209--2840282	18	4.1	18	70	19	55	22	5	1	70	1.16
2848082--2848112	16	1.9	16	100	0	62	6	32	0	61	1.21
2852894--2852949	29	1.9	29	85	0	76	44	7	16	32	1.74
2855109--2855139	12	2.7	12	95	5	55	35	0	9	54	1.33
2856341--2856379	20	2.0	20	100	0	78	48	30	0	20	1.50
2859764--2859846	23	3.6	23	91	0	139	18	27	26	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32