genome.fa.s8053.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6772376

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386194--2386231	20	1.9	20	100	0	76	34	31	5	28	1.80
2386369--2386436	35	1.9	35	87	0	100	19	23	19	38	1.93
2390619--2390652	15	2.3	15	89	0	50	35	17	20	26	1.95
2391295--2391350	27	2.1	26	87	9	78	42	7	12	37	1.70
2394236--2394274	20	2.0	20	90	10	62	12	30	33	23	1.92
2395135--2395178	23	1.9	23	95	0	79	18	27	27	27	1.98
2396099--2396151	21	2.5	21	90	0	79	20	18	30	30	1.97
2396608--2396668	32	1.9	32	90	3	97	29	14	4	50	1.64
2396618--2396692	32	2.3	32	86	6	98	34	9	5	50	1.57
2402132--2402283	78	1.9	78	85	5	209	28	21	25	25	1.99
2405827--2405857	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2421465--2421565	36	2.8	36	86	6	123	39	13	15	30	1.87
2421465--2421565	37	2.8	36	86	6	123	39	13	15	30	1.87
2422007--2422090	11	7.3	11	74	19	64	35	3	1	59	1.22
2422039--2422081	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
2421988--2422084	23	3.9	25	70	21	62	37	2	1	59	1.16
2422264--2422322	21	2.7	23	76	12	61	28	5	1	64	1.24
2425615--2425668	23	2.6	21	77	13	58	77	7	14	0	0.97
2425647--2425682	13	2.7	13	91	4	54	83	8	5	2	0.89
2425623--2425684	19	3.2	19	78	13	63	80	6	11	1	0.96
2425662--2425695	18	1.9	17	88	5	50	79	5	11	2	1.02
2426496--2426605	37	3.0	37	89	2	159	27	22	12	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426514--2426969	102	4.5	102	89	1	648	29	21	12	36	1.90
2426632--2426702	37	1.9	37	82	5	90	25	19	11	43	1.84
2426718--2426804	37	2.4	37	88	5	124	26	21	13	37	1.91
2426819--2426888	36	1.9	36	88	0	104	25	21	12	40	1.89
2426846--2426974	65	2.0	66	90	3	208	31	23	13	32	1.93
2427579--2428050	109	4.4	109	84	4	555	33	25	19	22	1.97
2427579--2428200	109	5.8	107	82	6	538	33	24	19	22	1.97
2428669--2428769	37	2.8	36	84	6	114	38	13	15	31	1.87
2429238--2429280	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
2429457--2429507	21	2.4	22	87	9	70	31	3	1	62	1.24
2431815--2431839	13	1.9	13	100	0	50	0	40	8	52	1.31
2432334--2432426	18	4.9	18	75	10	87	26	27	21	23	1.99
2432332--2432427	20	5.0	20	72	7	83	26	27	21	25	2.00
2432392--2432435	20	2.2	20	83	0	52	27	34	18	20	1.96
2433939--2434051	36	3.1	36	74	22	137	27	22	1	48	1.60
2433949--2434064	36	3.3	35	72	22	125	29	22	0	47	1.57
2433939--2434082	72	2.0	72	100	0	288	29	22	1	47	1.60
2433962--2434074	36	3.1	36	72	22	128	30	21	0	47	1.57
2433974--2434097	38	3.4	38	69	28	115	29	20	0	48	1.56
2441681--2441720	21	2.0	20	85	14	55	50	25	7	17	1.72
2442535--2442595	26	2.3	26	86	5	79	49	4	11	34	1.61
2443515--2443561	3	16.0	3	82	12	62	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447726--2447774	25	2.0	24	88	4	71	22	20	14	42	1.88
2460504--2460582	36	2.2	36	90	0	122	26	25	25	22	2.00
2464706--2464766	21	3.2	21	63	29	55	42	19	4	32	1.73
2464668--2464772	35	3.0	35	94	2	176	45	18	5	30	1.72
2467827--2467871	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
2469426--2469488	23	2.7	23	95	0	108	19	26	26	26	1.99
2470756--2470785	12	2.6	12	94	5	53	43	0	0	56	0.99
2472228--2472281	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2472386--2472429	22	2.0	22	82	8	54	40	0	2	56	1.11
2473029--2473083	27	2.1	25	87	12	76	30	3	0	65	1.10
2473044--2473086	9	4.9	9	81	13	54	30	2	0	67	1.03
2477823--2477870	13	3.7	12	81	13	51	85	0	14	0	0.60
2477827--2477864	10	3.9	10	96	3	69	89	0	10	0	0.49
2480114--2480454	114	3.0	114	94	0	565	33	15	20	31	1.93
2482537--2482679	54	2.6	54	95	0	259	36	14	28	20	1.92
2482674--2482774	50	2.0	50	98	0	193	27	15	16	39	1.90
2482674--2482749	24	3.0	25	62	7	64	28	15	15	39	1.89
2483109--2483163	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
2483601--2484487	113	7.7	113	84	8	1095	39	14	18	27	1.90
2483930--2484533	123	5.1	123	79	12	704	40	14	18	26	1.89
2483601--2484533	237	4.0	237	90	2	1340	39	15	18	27	1.90
2484284--2484487	112	1.8	112	90	0	327	38	14	18	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484813--2484842	12	2.6	12	94	5	53	43	0	0	56	0.99
2486286--2486350	2	33.0	2	93	3	114	47	0	0	52	1.00
2491022--2491076	23	2.4	23	93	0	92	18	27	27	27	1.98
2494050--2494078	15	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
2494036--2494140	35	3.0	35	83	2	131	47	15	4	32	1.66
2511552--2511611	31	1.9	31	86	0	84	55	18	0	26	1.43
2515592--2515693	50	2.0	50	98	0	195	24	1	16	56	1.50
2521322--2521436	46	2.5	46	84	4	144	38	7	17	36	1.79
2521581--2521865	58	4.9	58	84	2	333	38	8	10	42	1.70
2521581--2521869	115	2.5	116	84	3	370	38	8	10	42	1.71
2522069--2522208	39	3.6	39	92	2	212	37	5	12	45	1.63
2522268--2522314	24	2.0	24	95	0	85	51	4	10	34	1.56
2522271--2522319	24	2.2	22	82	10	55	46	4	14	34	1.63
2522292--2522497	34	5.6	38	81	10	209	35	6	11	46	1.66
2526584--2526681	21	4.7	21	75	15	87	38	21	18	21	1.93
2526648--2526841	20	9.7	20	84	2	210	35	25	20	19	1.95
2527222--2527292	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
2527365--2527481	41	3.1	38	79	14	136	45	17	25	11	1.82
2527372--2527447	21	3.7	21	85	3	109	44	18	25	11	1.83
2527432--2527488	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2527424--2527504	33	2.5	33	93	0	135	45	23	22	8	1.79
2527500--2527597	19	5.7	19	68	22	72	10	24	23	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527522--2527611	14	5.7	14	74	23	81	8	25	24	41	1.84
2527505--2527619	33	3.5	33	95	0	203	9	24	21	44	1.82
2529318--2529791	93	5.1	93	98	0	921	22	12	18	46	1.83
2529835--2529963	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2529871--2529963	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2529835--2529963	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2529959--2530093	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2529981--2530037	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2529964--2530056	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2531273--2531308	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2531415--2531514	19	5.5	19	84	12	147	45	17	23	15	1.85
2531415--2531531	53	2.2	53	95	1	209	43	17	24	14	1.86
2531521--2531618	19	5.7	18	69	22	77	16	21	18	43	1.87
2531545--2531632	14	5.6	14	67	23	50	12	22	19	45	1.84
2531527--2531650	33	3.7	33	96	1	221	14	22	18	44	1.86
2531709--2531806	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2531709--2531825	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
2534142--2534166	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2534341--2534387	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2535070--2535299	20	11.5	20	83	3	230	19	18	24	38	1.93
2535286--2535368	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
2535266--2535364	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538394--2538430	18	2.1	18	100	0	74	24	43	27	5	1.76
2538471--2538563	10	9.3	10	70	17	68	22	47	19	10	1.80
2538481--2538583	30	3.4	30	89	0	170	23	47	18	10	1.79
2539200--2539243	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
2539220--2539273	28	1.9	28	96	0	99	29	0	12	57	1.36
2539249--2539351	47	2.3	46	79	11	117	39	0	10	48	1.44
2541201--2541754	60	9.2	60	95	2	983	39	0	14	46	1.45
2541494--2541701	21	10.4	20	61	22	62	40	0	14	44	1.46
2541201--2541754	299	1.9	300	97	1	1058	39	0	14	46	1.45
2541722--2541769	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32