genome.fa.s8053.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6772376

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541722--2541770	25	2.0	25	95	0	89	36	0	16	46	1.47
2541842--2541868	7	3.9	7	100	0	54	55	14	14	14	1.70
2541864--2542001	26	5.5	26	74	14	103	44	2	10	42	1.50
2541864--2542082	98	2.2	98	96	1	404	43	1	10	44	1.48
2541935--2542082	26	5.9	26	73	12	121	43	2	9	45	1.48
2542044--2542135	24	3.8	24	73	9	80	43	2	4	50	1.34
2542043--2542138	11	7.9	12	75	14	81	43	2	4	50	1.33
2542095--2542144	24	2.1	24	81	7	57	48	2	4	46	1.32
2542224--2542288	14	5.2	13	75	17	50	38	7	7	46	1.61
2542235--2542268	11	3.2	11	83	8	52	38	8	5	47	1.59
2542235--2542278	21	2.1	21	86	0	61	40	9	4	45	1.56
2542273--2542305	17	1.9	17	100	0	66	36	6	9	48	1.60
2544454--2544484	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
2544459--2544505	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
2544541--2544622	34	2.5	34	84	9	100	48	12	0	39	1.41
2544603--2544655	12	4.3	12	84	11	63	52	16	0	30	1.44
2544692--2544786	43	2.2	42	78	16	104	48	11	0	40	1.40
2544691--2544815	41	3.1	39	76	16	112	48	11	0	40	1.39
2544705--2544841	41	3.3	40	75	10	91	48	10	0	39	1.44
2544877--2544915	16	2.3	18	86	8	55	56	5	0	38	1.22
2545127--2545233	49	2.2	48	91	6	173	22	18	38	20	1.94
2545268--2545362	29	3.3	29	95	0	163	23	32	30	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2545349--2545420	32	2.2	32	90	0	117	8	30	30	30	1.87
2545435--2545472	19	2.0	19	100	0	76	10	21	36	31	1.87
2546386--2546679	58	5.1	58	86	4	341	38	9	10	41	1.73
2546386--2546713	174	1.9	172	80	8	391	38	8	10	42	1.71
2546872--2547021	39	3.9	39	72	19	120	40	2	10	48	1.48
2546935--2547022	35	2.4	37	83	7	108	39	2	7	50	1.44
2547084--2547207	63	2.0	62	88	6	187	39	6	12	41	1.68
2547158--2547281	39	3.2	39	81	4	153	36	8	9	45	1.67
2547144--2547266	39	3.2	39	82	3	140	32	8	12	47	1.70
2548583--2548621	21	1.9	21	89	5	62	66	2	12	17	1.35
2551289--2551509	64	3.5	64	81	6	218	33	20	18	27	1.96
2551997--2552029	15	2.2	15	100	0	66	15	18	33	33	1.92
2558228--2558449	64	3.5	64	80	3	187	34	18	18	28	1.95
2558937--2558969	15	2.2	15	94	0	57	18	15	33	33	1.92
2561095--2561188	30	3.2	30	89	1	145	21	20	25	32	1.97
2561887--2561929	21	2.0	21	82	8	52	32	4	11	51	1.59
2565546--2565638	30	3.1	30	92	1	143	20	20	27	31	1.97
2566329--2566371	21	2.0	21	82	8	52	34	2	11	51	1.51
2572350--2572559	64	3.3	64	83	3	235	34	20	18	26	1.95
2573047--2573079	15	2.2	15	100	0	66	15	18	33	33	1.92
2579271--2579491	64	3.5	64	81	6	227	33	19	19	28	1.96
2579979--2580010	15	2.1	15	100	0	64	15	18	31	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580704--2580919	106	2.0	106	82	1	263	20	17	26	35	1.95
2580670--2581199	279	1.9	280	91	0	873	23	18	24	34	1.96
2588127--2588165	21	1.9	21	89	5	62	66	2	12	17	1.35
2588343--2588371	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2588408--2588452	15	3.0	15	75	12	56	55	2	2	40	1.24
2595278--2595322	19	2.4	19	92	0	72	35	2	15	46	1.58
2605592--2605626	13	2.6	14	95	4	63	62	0	11	25	1.28
2608472--2608689	103	2.1	103	94	0	382	26	13	22	37	1.91
2608696--2608773	23	3.3	23	78	1	84	24	20	21	33	1.97
2613173--2613334	64	2.5	65	77	8	170	32	20	21	25	1.98
2613989--2614206	103	2.1	103	94	0	382	26	13	22	37	1.92
2617305--2617673	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
2618356--2618402	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2618577--2618601	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2620880--2621168	19	16.3	19	82	14	377	46	17	20	14	1.83
2620908--2621168	52	4.8	55	90	8	341	46	16	21	14	1.83
2621200--2621301	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2621408--2621444	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2623400--2623456	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2623381--2623473	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
2623344--2623478	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
2623474--2623602	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623474--2623565	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2623646--2624301	92	7.1	92	98	0	1258	46	18	12	22	1.83
2623646--2624301	185	3.6	185	99	0	1287	46	18	12	22	1.83
2626006--2626095	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
2625998--2626112	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
2626005--2626117	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
2626129--2626183	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2626113--2626183	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
2626124--2626205	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2626136--2626224	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2626304--2626374	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2626556--2626610	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2626756--2626948	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2626756--2626948	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2627007--2627055	20	2.5	20	96	0	89	22	14	26	36	1.92
2627328--2627388	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2627320--2627438	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
2640242--2640344	51	2.0	51	100	0	206	41	11	17	29	1.85
2643235--2643282	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2644588--2644625	18	2.1	18	95	0	67	50	10	13	26	1.73
2648435--2648484	26	2.0	25	88	11	75	52	2	4	42	1.31
2648922--2648991	31	2.3	31	80	5	79	40	11	12	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652274--2652354	21	3.9	21	96	0	144	24	27	18	29	1.98
2656885--2656927	20	2.1	21	83	8	54	18	16	0	65	1.28
2660755--2660788	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
2664651--2664693	21	2.0	21	90	0	68	62	2	0	34	1.08
2664754--2664788	18	2.0	18	94	5	63	25	28	5	40	1.78
2677099--2677144	15	2.9	16	75	15	51	32	0	26	41	1.56
2677099--2677152	16	3.5	16	74	23	53	31	0	25	42	1.55
2682171--2682195	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2685173--2685567	108	3.7	105	75	10	300	16	21	18	43	1.88
2685376--2685543	57	2.9	57	85	5	223	17	19	18	44	1.88
2685275--2685691	219	1.9	221	81	3	509	16	21	18	43	1.88
2689754--2689781	13	2.2	13	100	0	56	14	7	21	57	1.61
2691102--2691333	124	1.9	126	84	7	321	29	17	20	32	1.95
2691120--2691292	42	4.2	42	73	14	144	28	18	20	31	1.96
2691181--2691381	84	2.4	85	81	4	210	29	17	20	32	1.95
2691144--2691381	42	5.7	42	75	5	144	30	16	20	32	1.95
2691353--2691460	42	2.6	42	77	5	121	25	12	26	35	1.91
2695998--2696135	72	1.9	72	92	0	231	31	19	22	26	1.98
2699524--2699587	26	2.5	26	92	0	101	31	18	23	26	1.98
2705183--2705305	63	2.0	63	96	0	228	30	21	19	28	1.97
2707781--2707849	21	3.3	21	87	0	93	53	17	2	26	1.57
2708398--2708482	43	2.0	43	95	0	152	50	2	8	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709344--2709431	40	2.2	39	91	4	140	39	14	34	11	1.82
2709598--2709726	41	3.1	41	84	1	168	31	20	19	27	1.97
2714288--2714482	82	2.4	82	86	3	268	32	16	14	36	1.89
2717837--2717888	3	17.0	3	92	4	86	32	1	1	63	1.16
2720416--2720512	41	2.4	41	85	1	124	31	27	6	34	1.82
2722037--2722066	6	5.2	6	96	4	53	30	0	0	70	0.88
2722723--2722765	22	1.9	23	85	4	61	37	9	9	44	1.69
2722773--2722820	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2723025--2723091	30	2.2	29	82	10	73	43	0	4	52	1.21
2723247--2723309	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32