genome.fa.s8053.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008053.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110548_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6772376

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634609--634717	42	2.6	42	80	10	116	36	24	19	19	1.94
634662--634820	43	3.7	43	76	4	124	33	17	20	27	1.95
634747--634842	44	2.2	44	79	7	106	30	18	26	25	1.98
635002--635145	74	1.9	74	87	0	207	36	21	22	19	1.95
635011--635181	74	2.3	74	82	0	189	32	23	22	22	1.98
637601--637699	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
637667--637772	20	5.3	20	85	4	133	35	27	18	17	1.94
638037--638072	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
638179--638277	19	5.4	19	83	14	136	46	17	21	15	1.84
638195--638257	33	1.9	33	96	0	117	49	17	19	14	1.80
638179--638296	53	2.2	53	93	3	202	44	17	22	14	1.85
638292--638509	53	4.1	52	88	10	311	13	22	17	45	1.84
638286--638495	72	2.9	71	86	8	264	14	22	17	45	1.85
638363--638509	33	4.2	33	81	13	188	13	21	18	46	1.83
639593--639821	20	11.4	20	86	1	244	18	17	25	37	1.93
644188--644259	28	2.5	29	90	2	110	47	18	6	27	1.74
650581--650653	24	3.0	24	79	0	92	41	19	13	26	1.88
650615--650671	24	2.4	24	79	2	62	50	17	7	24	1.70
650581--650671	48	1.9	48	81	2	112	45	17	12	25	1.83
651364--651466	29	3.6	29	90	1	154	46	16	8	28	1.76
653371--653416	22	2.1	22	91	0	74	17	6	45	30	1.73
660343--660779	216	2.0	218	99	0	860	41	15	20	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663791--663907	58	2.0	58	100	0	234	32	6	32	28	1.83
669786--669826	21	2.0	21	95	0	73	41	7	9	41	1.66
672549--672578	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
689944--689995	19	2.7	19	96	0	95	21	28	17	32	1.96
691334--691373	20	2.1	19	90	4	62	20	17	0	62	1.33
694033--694074	21	2.0	21	100	0	84	33	19	14	33	1.91
704452--704495	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
705178--705233	16	3.4	16	71	9	58	39	0	32	28	1.57
705174--705229	18	3.2	18	66	19	55	33	0	32	33	1.58
705150--705234	34	2.5	34	96	1	154	35	0	32	31	1.58
705868--705929	18	3.4	17	76	12	61	25	33	17	22	1.96
709673--709877	102	2.0	102	99	0	401	28	23	16	31	1.96
711152--711224	18	3.9	18	79	13	85	28	31	17	21	1.97
711789--711914	64	2.0	64	82	3	155	25	19	20	34	1.96
712885--712923	17	2.2	18	86	4	53	28	28	15	28	1.96
713155--713335	90	2.0	90	100	0	362	35	22	12	29	1.90
719498--719571	8	9.1	8	72	16	55	64	1	1	32	1.10
719493--719571	25	3.2	25	82	12	92	64	1	1	32	1.09
721159--721195	15	2.5	15	91	4	58	24	24	24	27	2.00
722354--722382	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
726434--726484	21	2.5	20	83	6	57	21	9	33	35	1.86
728454--728738	32	9.0	32	89	1	387	27	16	22	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730163--730201	18	2.2	18	86	9	53	38	0	2	58	1.12
730516--730560	20	2.2	20	88	7	65	37	0	6	55	1.26
730516--730581	31	2.1	30	81	10	71	39	1	6	53	1.35
731014--731081	13	5.0	13	70	10	55	39	5	8	45	1.60
731014--731101	42	2.1	41	95	2	158	42	5	7	44	1.57
731024--731095	22	3.4	22	67	21	71	41	6	8	43	1.62
731069--731163	29	3.2	29	89	4	136	41	6	9	43	1.62
731150--731203	20	2.7	20	75	11	56	42	0	7	50	1.30
731293--731317	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
731270--731751	31	14.5	34	64	21	116	45	4	4	45	1.43
731315--731354	20	2.0	20	85	9	55	47	5	0	47	1.24
731326--731670	11	33.6	10	64	23	57	45	4	4	45	1.44
731396--731451	22	2.7	21	86	5	69	50	3	0	46	1.19
731477--731538	20	3.1	20	86	4	81	38	4	9	46	1.58
731550--731711	20	8.2	20	71	16	99	45	4	4	46	1.42
731558--731793	9	26.2	9	64	24	65	42	2	3	50	1.35
733247--733296	21	2.5	20	83	3	64	52	10	0	38	1.35
739502--739537	18	2.0	18	88	0	54	52	2	0	44	1.15
741177--741211	12	3.0	12	87	4	54	31	0	0	68	0.90
742815--742849	13	2.6	14	90	4	54	34	8	11	45	1.71
746864--747252	194	2.0	195	97	2	739	38	15	11	34	1.84
756513--756557	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757368--757397	15	2.0	15	93	0	51	56	0	16	26	1.40
758480--758566	3	28.7	3	84	11	115	34	0	0	65	0.93
758480--758565	24	3.5	24	90	3	127	33	0	0	66	0.92
759004--759041	19	2.0	19	90	10	60	73	7	18	0	1.06
760060--760291	117	2.0	114	83	5	288	37	8	8	45	1.65
763221--763268	20	2.3	20	82	10	53	27	10	6	56	1.57
763282--763342	26	2.3	26	80	5	70	19	9	4	65	1.40
767398--767621	114	2.0	114	90	0	358	33	16	20	29	1.95
770240--770317	22	3.5	22	85	0	93	34	14	11	39	1.82
770994--771254	76	3.4	76	89	2	400	25	20	21	32	1.97
771249--771553	113	2.7	113	92	2	506	37	14	20	27	1.91
771843--771884	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
771931--771980	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
777711--777848	70	2.0	70	91	0	222	38	18	10	32	1.85
780386--780460	41	1.9	38	82	12	91	53	6	16	24	1.66
780441--780788	174	2.0	174	98	1	680	38	10	10	40	1.74
781264--781308	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
781379--783220	3	633.7	3	83	12	2406	65	0	34	0	0.95
781194--781422	115	2.0	114	99	0	449	43	6	27	21	1.78
783839--783892	27	2.0	27	96	0	99	27	14	9	48	1.75
788958--789009	13	4.2	12	80	9	61	30	0	0	69	0.89
789251--789281	7	4.4	7	100	0	62	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789514--789572	29	2.1	28	83	3	73	49	3	1	45	1.28
789687--789734	18	2.7	18	93	0	78	50	8	4	37	1.52
790449--790581	65	2.0	65	91	0	212	30	17	22	29	1.96
790449--790632	65	2.9	64	83	7	184	30	17	21	29	1.97
792669--792747	23	3.5	23	74	10	83	30	18	22	27	1.98
792682--792768	44	2.0	43	86	6	122	29	17	22	29	1.97
796552--796592	21	2.0	21	90	0	64	34	7	7	51	1.58
798515--798690	65	2.7	64	81	7	203	31	17	22	28	1.96
799546--799594	21	2.4	20	75	3	53	63	6	2	28	1.30
799765--799807	12	3.2	13	80	12	52	46	2	0	51	1.13
802800--802884	44	1.9	44	90	0	134	37	16	14	31	1.88
806588--806657	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
807271--807305	18	1.9	18	88	11	54	57	0	0	42	0.99
811151--811188	19	1.9	19	89	5	58	34	13	2	50	1.55
812140--812186	21	2.2	21	88	0	67	44	6	14	34	1.71
817904--818277	189	2.0	191	98	1	734	27	17	25	29	1.97
822759--822827	30	2.2	30	82	15	86	36	5	17	40	1.74
822768--822827	29	2.0	31	90	6	97	35	6	16	41	1.75
841187--841254	2	35.5	2	91	8	115	50	0	0	50	1.00
841245--841505	95	2.7	95	85	4	328	31	18	18	31	1.95
842144--842193	18	2.8	18	93	0	82	30	2	0	68	1.01
842145--842199	25	2.2	25	87	6	76	30	1	0	67	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843244--843275	16	2.0	16	100	0	64	31	6	0	62	1.20
843627--843745	61	2.0	59	87	7	172	33	5	15	44	1.71
844499--844531	14	2.4	14	90	5	50	9	30	0	60	1.27
846604--846802	103	1.9	103	95	0	362	35	18	18	28	1.94
852414--852441	12	2.3	12	100	0	56	14	25	42	17	1.87
852443--852494	20	2.7	19	84	3	59	26	26	25	21	1.99
854722--854879	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
854847--855040	20	9.6	20	80	7	196	35	26	19	19	1.95
854847--855039	60	3.2	60	82	6	230	34	26	19	19	1.96
855419--855489	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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