genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1338--1403	21	3.0	22	91	6	107	19	25	28	25	1.99
4506--4550	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
6221--6265	23	2.0	23	91	4	74	20	26	28	24	1.99
6228--6273	23	2.0	23	86	0	65	19	23	30	26	1.98
11569--11646	18	4.2	18	82	6	102	8	16	7	66	1.42
11555--11649	38	2.5	38	92	0	154	10	14	8	66	1.44
14632--14667	18	2.0	18	88	0	54	30	8	16	44	1.77
21305--21335	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
21493--21530	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
22015--22083	31	2.2	31	100	0	138	31	20	2	44	1.66
22015--22098	31	2.7	31	92	3	116	34	19	3	42	1.68
24886--24920	18	1.9	18	88	0	52	48	8	20	22	1.76
26012--26103	12	7.8	12	73	16	57	19	14	18	47	1.82
26036--26107	24	3.0	23	84	6	90	20	11	18	50	1.77
30629--30660	15	2.1	15	100	0	64	21	46	6	25	1.74
43896--43941	22	2.1	22	95	0	83	43	6	10	39	1.66
43899--43950	22	2.4	22	86	0	77	42	9	7	40	1.66
46437--46480	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
47063--47129	22	3.0	22	84	0	89	40	5	14	38	1.71
47127--47154	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
47430--47678	122	2.0	126	93	5	436	41	6	9	42	1.63
47766--47798	15	2.1	16	88	5	50	51	3	15	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48113--48166	22	2.3	23	78	15	58	61	1	5	31	1.30
51593--51628	15	2.6	14	91	8	56	38	0	0	61	0.96
56075--56117	22	2.0	22	85	0	59	48	13	11	25	1.77
56678--56790	56	2.0	57	98	1	219	26	23	21	28	1.99
58421--58751	42	7.7	43	76	11	270	46	7	19	26	1.77
58443--58774	129	2.6	129	80	7	291	47	7	19	25	1.75
62743--62794	18	2.9	18	85	2	79	30	19	23	26	1.98
70265--70299	14	2.4	15	85	9	54	57	5	0	37	1.23
74944--74986	21	2.0	21	86	4	59	32	30	27	9	1.88
76427--76640	100	2.1	101	92	3	351	26	13	23	36	1.92
76656--76714	22	2.7	23	76	10	68	20	25	25	28	1.99
77413--77460	20	2.4	20	100	0	96	29	20	25	25	1.99
78503--78570	23	3.0	23	82	0	82	19	29	26	25	1.98
82963--83003	19	2.2	19	90	0	64	39	21	2	36	1.67
82904--83140	79	3.0	78	91	3	379	33	20	4	41	1.73
83104--83238	60	2.3	59	84	2	173	30	25	5	38	1.79
83360--83472	57	2.0	57	84	10	151	37	4	25	32	1.76
84040--84080	19	2.2	19	90	0	64	39	21	2	36	1.67
83981--84217	79	3.0	78	90	3	370	34	19	4	41	1.72
84181--84315	60	2.3	59	84	2	173	30	25	5	38	1.79
85126--85166	19	2.2	19	90	0	64	39	21	2	36	1.67
85067--85303	79	3.0	78	90	3	370	34	19	4	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85267--85401	60	2.3	59	84	2	173	30	25	5	38	1.79
85523--85616	28	3.3	30	73	18	94	36	3	26	34	1.73
85523--85641	57	2.1	57	83	9	145	38	3	25	32	1.72
86209--86249	19	2.2	19	90	0	64	39	21	2	36	1.67
86150--86385	79	3.0	77	90	4	368	33	20	4	41	1.73
86350--86483	60	2.3	57	84	3	169	29	25	5	38	1.80
86609--86721	57	2.0	57	84	10	151	37	4	25	32	1.76
87294--87334	19	2.2	19	90	0	64	39	21	2	36	1.67
87235--87471	79	3.0	78	91	3	379	33	20	4	41	1.73
87435--87569	60	2.3	59	85	2	182	31	25	5	38	1.78
87691--87827	57	2.3	59	83	10	158	38	5	24	32	1.77
90925--90970	24	2.0	23	86	4	65	56	4	6	32	1.45
98998--99045	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
104442--104475	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
111948--111986	20	2.0	20	94	0	69	15	10	10	64	1.50
117788--117843	2	28.0	2	96	0	103	48	1	0	50	1.11
125058--125198	61	2.3	62	82	10	159	38	4	24	32	1.75
135785--135845	22	2.8	22	92	2	97	26	0	4	68	1.09
140114--140292	89	2.0	89	100	0	358	23	15	20	40	1.90
142244--142294	19	2.7	19	96	0	93	25	29	21	23	1.99
142386--142478	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
142386--142478	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142489--142540	20	2.6	20	93	0	86	26	28	19	25	1.98
143059--143106	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
143102--143251	19	8.1	19	80	11	168	12	21	22	44	1.84
145309--145371	21	3.0	21	70	9	65	22	36	20	20	1.95
146853--146923	19	3.7	19	88	0	97	46	16	22	14	1.83
147080--147140	20	3.0	20	92	0	95	18	21	21	39	1.93
147762--147822	20	3.0	20	92	0	95	39	21	21	18	1.93
147841--147960	19	6.6	19	87	8	171	15	22	17	45	1.85
149947--150013	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
150002--150059	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
149986--150064	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
150071--150166	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
150093--150150	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
150076--150166	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
150151--150204	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
150139--150204	19	3.4	19	81	4	78	15	22	24	37	1.92
150675--150719	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
152244--152287	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
152455--152568	20	5.7	20	77	10	90	25	16	24	33	1.96
152557--152649	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
152496--152630	41	3.3	41	84	4	148	20	20	21	37	1.94
152557--152649	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153082--153129	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
159319--159416	31	3.2	30	74	8	81	42	7	9	40	1.64
163420--163452	18	1.9	17	88	11	50	45	0	3	51	1.16
167780--167824	19	2.2	21	84	7	58	26	17	8	46	1.78
168324--168368	19	2.2	20	85	14	58	24	4	22	48	1.68
171964--172001	16	2.4	16	95	0	67	21	28	15	34	1.94
174139--174206	33	2.1	33	100	0	136	33	14	17	33	1.91
177101--177136	17	2.1	17	89	0	54	27	0	25	47	1.52
182824--182865	21	2.0	21	85	0	57	9	23	38	28	1.86
190202--190228	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
196482--196507	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
204357--204664	151	2.0	149	93	4	521	28	9	22	39	1.85
204584--204813	113	2.0	115	96	2	428	31	8	22	37	1.84
207944--207973	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
214766--214806	16	2.7	16	81	7	50	63	2	0	34	1.08
218596--218692	30	3.3	29	76	13	110	26	35	11	26	1.90
218575--218807	57	4.0	57	70	13	215	25	35	13	25	1.93
218575--218660	27	3.1	27	70	15	84	25	36	15	23	1.94
218641--218732	45	2.0	45	87	0	130	25	38	9	27	1.87
218606--219068	132	3.6	131	84	8	657	28	36	10	24	1.88
218624--218849	117	1.9	117	95	0	407	26	35	12	25	1.91
218758--218981	45	5.0	45	73	7	206	30	37	8	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218686--218882	75	2.7	75	80	5	197	27	37	11	23	1.90
218758--218821	15	4.3	15	67	15	51	28	35	10	25	1.89
218825--218940	30	4.0	29	77	11	121	31	37	6	23	1.81
218943--219068	30	4.3	30	80	9	152	29	37	7	25	1.84
218841--219043	102	2.0	100	80	9	223	28	37	9	24	1.86
219062--219143	15	5.5	15	76	0	74	8	42	20	28	1.81
219064--219143	30	2.7	30	96	0	142	8	43	21	26	1.81
224628--224705	22	3.6	22	79	3	88	30	20	26	21	1.98
226171--226392	105	2.1	104	82	3	259	23	16	22	37	1.93
226409--226454	24	2.0	24	86	4	67	23	26	26	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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