genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208779--2208845	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2209805--2209834	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2215637--2215693	28	2.0	28	93	0	96	38	17	10	33	1.84
2217371--2217445	2	37.5	2	100	0	150	50	0	0	49	1.00
2222263--2222305	22	2.0	22	85	0	59	39	4	2	53	1.34
2224635--2224708	24	3.1	24	82	3	96	36	1	2	59	1.20
2224636--2224703	23	2.9	23	86	2	91	39	0	2	57	1.14
2224635--2224710	23	3.3	22	81	9	89	38	1	2	57	1.21
2224893--2224920	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
2227851--2227881	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
2228615--2228669	24	2.2	25	81	18	71	60	7	3	29	1.41
2228623--2228675	24	2.2	24	87	9	74	67	3	3	24	1.23
2228912--2228960	20	2.5	20	96	0	89	32	12	44	10	1.75
2229585--2230174	170	3.5	170	97	0	1117	23	17	25	33	1.96
2229712--2229827	44	2.6	44	84	10	130	25	16	23	35	1.95
2230981--2231021	6	7.0	6	78	15	50	0	14	2	82	0.76
2230981--2231021	11	3.5	11	86	6	55	0	14	2	82	0.76
2237705--2237784	39	2.1	39	88	4	117	21	21	27	30	1.98
2240337--2240381	17	2.6	18	82	10	58	77	4	6	11	1.09
2242028--2242078	23	2.3	23	93	3	86	66	3	3	25	1.26
2242053--2242112	17	3.5	17	68	17	52	71	5	1	21	1.14
2242029--2242114	23	3.7	23	72	15	70	70	4	2	22	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242316--2242363	20	2.5	20	93	3	80	31	12	45	10	1.76
2245380--2245451	35	2.1	35	89	5	110	43	16	2	37	1.63
2248981--2249023	17	2.6	16	85	3	50	62	0	0	37	0.95
2255483--2255507	12	2.1	12	100	0	50	32	0	28	40	1.57
2256184--2256554	186	2.0	186	100	0	742	32	16	12	38	1.87
2261579--2261698	63	1.9	63	89	3	188	47	4	4	44	1.41
2261579--2261682	34	3.2	32	72	22	101	47	4	3	44	1.42
2269160--2269212	22	2.4	22	76	14	56	66	0	1	32	1.03
2271127--2271157	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2272074--2272369	2	156.5	2	67	27	152	40	0	5	53	1.30
2272100--2272298	23	8.2	24	74	19	75	40	0	7	52	1.33
2272060--2272369	113	2.7	109	75	17	278	39	0	5	54	1.28
2272051--2272370	7	44.6	7	72	20	184	39	0	5	54	1.28
2272277--2272389	26	4.5	26	72	19	80	40	1	0	56	1.16
2272287--2272406	58	2.1	58	81	12	140	38	1	1	58	1.18
2272139--2272407	11	22.3	12	69	22	79	39	1	4	55	1.26
2274574--2274702	45	2.9	45	91	2	215	27	23	8	40	1.83
2274796--2274917	59	2.1	59	85	0	163	29	24	17	28	1.97
2279823--2279916	10	9.8	9	72	13	71	19	25	25	29	1.98
2279823--2279890	20	3.5	20	84	7	86	20	26	22	30	1.98
2279853--2279920	19	3.5	20	82	9	63	17	26	27	27	1.98
2279852--2279908	29	1.9	30	82	3	71	19	26	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279918--2279956	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2287145--2287209	22	3.0	22	93	0	112	18	46	23	12	1.82
2290541--2290585	22	2.0	22	100	0	90	40	4	13	42	1.64
2295465--2295544	31	2.6	31	81	11	78	28	18	22	30	1.98
2304075--2304107	12	2.8	12	90	9	50	51	6	6	36	1.51
2304498--2304759	84	3.1	83	83	6	341	33	17	19	28	1.95
2310819--2310892	20	3.7	20	71	10	69	43	18	20	17	1.88
2310836--2310911	21	3.7	21	76	3	91	42	18	23	15	1.89
2310819--2310911	41	2.3	41	94	0	168	41	18	22	17	1.90
2310900--2311034	20	6.7	20	82	4	128	34	23	17	23	1.96
2310897--2311028	61	2.2	61	87	0	183	37	23	16	22	1.94
2311202--2311245	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
2311509--2311546	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
2312866--2312910	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
2313390--2313456	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2313390--2313510	19	6.6	19	77	13	92	42	22	21	14	1.88
2313517--2313620	19	5.7	19	72	18	87	12	21	24	42	1.87
2314055--2314122	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
2314024--2314122	52	1.9	52	91	0	162	44	20	22	13	1.85
2314141--2314198	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
2315258--2315311	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2315486--2315510	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317011--2317077	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2317011--2317133	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
2319160--2319258	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
2319135--2319319	19	10.1	19	77	14	174	43	22	22	11	1.85
2319230--2319319	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
2319315--2319395	19	4.5	19	74	16	73	11	16	24	48	1.78
2319900--2319952	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2319961--2320014	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2319901--2320017	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
2319901--2320035	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
2322673--2322813	65	2.2	65	97	0	264	27	4	12	56	1.54
2322894--2322948	26	2.0	28	82	6	69	50	3	1	43	1.30
2323162--2324594	478	3.0	477	95	0	2512	43	9	15	32	1.78
2325213--2325255	21	2.0	22	86	4	61	25	0	6	67	1.15
2329952--2329976	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
2337841--2337884	20	2.2	20	83	0	52	27	2	2	68	1.14
2349067--2349151	31	2.8	30	89	5	134	45	4	2	47	1.36
2352818--2352845	6	4.7	6	100	0	56	50	0	32	17	1.47
2353526--2353579	21	2.7	21	80	5	58	20	22	22	35	1.96
2354421--2354492	21	3.4	21	70	14	67	36	27	16	19	1.93
2354504--2354556	21	2.5	21	90	0	79	15	22	33	28	1.94
2359712--2359746	18	1.9	18	94	0	61	34	5	11	48	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367399--2367438	20	2.0	20	90	0	62	10	25	25	40	1.86
2370155--2370210	26	2.2	26	93	0	94	14	39	8	37	1.77
2377816--2378059	124	2.0	124	97	0	461	36	17	12	33	1.88
2383683--2383733	27	2.0	25	88	7	75	47	7	15	29	1.74
2401191--2401241	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2409860--2409973	34	3.1	38	83	11	155	35	22	18	23	1.96
2409963--2410401	215	2.1	213	90	1	682	32	15	19	32	1.93
2410346--2410627	80	3.5	80	89	0	449	30	17	23	29	1.97
2410585--2410688	42	2.5	43	90	3	158	24	17	23	35	1.95
2411091--2411459	53	6.9	53	85	0	452	31	20	26	21	1.98
2411092--2411402	106	2.9	106	95	0	543	32	20	27	20	1.97
2424953--2424996	12	3.8	12	78	6	54	20	20	25	34	1.97
2424942--2425005	23	2.8	23	92	0	101	25	21	23	29	1.99
2424939--2425016	11	6.9	11	77	8	68	25	23	21	29	1.99
2426926--2426963	15	2.6	15	87	4	60	50	26	0	23	1.50
2426975--2427204	7	32.7	7	67	20	51	44	28	1	25	1.62
2426939--2427208	49	5.5	49	80	6	303	45	27	1	25	1.61
2426954--2427132	99	1.8	99	85	4	254	45	26	1	26	1.61
2427086--2427152	35	1.9	35	90	0	107	44	26	1	26	1.63
2426973--2427205	21	11.0	21	67	19	87	44	28	1	25	1.62
2427052--2427205	7	22.0	7	69	7	62	45	29	0	24	1.58
2432301--2432365	21	3.6	19	79	16	68	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432305--2432361	8	6.9	8	76	7	51	26	0	0	73	0.83
2432305--2432347	16	2.7	16	88	0	59	27	0	0	72	0.85
2432613--2432672	27	2.2	27	79	5	68	71	1	0	26	0.95
2432613--2432659	20	2.3	21	79	13	55	74	0	0	25	0.82
2432626--2432663	15	2.5	15	95	4	67	71	0	0	28	0.87
2433299--2433690	186	2.1	186	92	2	655	42	3	8	45	1.51
2433946--2434007	32	2.0	32	90	3	99	30	9	22	37	1.86
2434499--2434536	20	1.9	20	84	10	51	50	0	2	47	1.15
2434556--2434645	28	3.3	28	72	7	78	50	1	1	47	1.15
2434585--2434653	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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