genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

This is table  4  of  37  ( 4336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658274--658446	67	2.6	67	87	5	219	32	20	8	37	1.84
659121--659591	106	4.5	105	79	6	476	36	23	17	22	1.95
659114--659590	209	2.3	204	83	4	573	35	23	18	22	1.95
659182--659628	100	4.4	99	74	11	298	36	23	18	22	1.95
660939--661005	21	3.2	20	78	16	73	25	4	0	70	1.06
661005--661066	2	31.5	2	79	9	65	41	3	4	50	1.40
660949--661038	23	4.0	21	75	13	65	30	5	0	64	1.16
661090--661149	17	3.2	17	70	20	57	30	5	1	63	1.25
661089--661173	39	2.2	38	87	8	120	27	4	2	65	1.24
661163--661213	16	3.2	17	78	10	54	23	3	0	72	1.01
661177--661213	17	2.1	18	85	14	51	18	5	0	75	0.99
661432--661485	26	2.0	27	82	10	67	12	7	7	72	1.28
663928--664080	75	2.0	75	100	0	306	37	22	22	16	1.93
665763--665804	20	2.0	21	90	4	68	40	9	14	35	1.78
678122--678146	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
683146--683193	18	2.8	17	79	17	55	47	0	20	31	1.50
683776--683848	38	1.9	38	94	2	130	39	36	9	13	1.78
684033--684107	33	2.3	33	93	6	127	40	36	10	13	1.79
683769--684317	253	2.2	248	88	8	799	38	28	11	22	1.88
684897--684952	29	1.9	29	85	7	78	30	1	7	60	1.33
697023--697087	29	2.3	28	78	7	69	40	16	12	30	1.86
699640--699731	44	2.1	44	87	0	130	54	4	2	39	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702462--702486	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
712476--712508	6	5.5	6	100	0	66	0	69	0	30	0.88
714012--714051	20	2.0	20	85	9	55	45	2	2	50	1.28
715742--715797	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
715879--715930	3	17.3	3	83	0	68	38	0	1	59	1.08
715881--715949	12	5.3	12	76	13	57	40	0	1	57	1.07
717265--717315	3	18.0	3	82	15	56	29	0	1	68	1.00
717265--717318	17	3.3	17	78	14	60	29	0	1	68	1.00
717316--717357	2	21.5	2	85	4	59	54	0	0	45	0.99
717612--717648	16	2.2	17	90	4	58	43	0	0	56	0.99
717598--717648	26	2.0	26	84	7	68	43	0	0	56	0.99
722600--722760	88	1.8	88	97	0	304	29	18	16	34	1.93
724799--725109	113	2.7	113	89	3	462	31	15	20	32	1.94
727409--727491	22	3.8	22	88	0	130	36	10	13	39	1.79
728163--729028	76	11.4	76	95	1	1540	22	20	21	35	1.96
729150--729214	3	21.0	3	81	6	76	38	0	1	60	1.07
730505--730590	15	5.7	15	73	15	61	23	2	1	73	1.02
730520--730592	3	25.3	3	80	15	75	26	0	1	72	0.93
730892--730928	16	2.2	17	90	4	58	43	0	0	56	0.99
730878--730928	26	2.0	26	84	7	68	43	0	0	56	0.99
734679--734865	42	4.5	41	80	6	171	33	19	29	17	1.94
734655--734862	84	2.5	85	73	9	210	33	20	28	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741755--741900	77	2.0	72	81	6	166	38	3	6	52	1.44
744636--744670	6	5.8	6	86	0	52	0	68	14	17	1.21
745029--745073	6	7.5	6	84	0	63	17	62	15	4	1.49
746697--746737	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
751922--752035	51	2.2	51	81	6	124	28	28	27	16	1.97
759830--759906	23	3.2	22	80	14	66	29	1	1	67	1.07
766700--766764	22	3.0	21	70	14	51	16	16	12	53	1.72
767895--767924	14	2.2	13	94	5	51	50	3	0	46	1.18
779950--779990	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
780061--780945	128	6.9	128	96	0	1635	23	25	19	32	1.98
781347--781446	33	3.0	34	82	2	130	39	2	4	55	1.30
781966--782059	21	4.5	21	89	5	120	21	26	34	18	1.96
782063--782110	21	2.3	21	85	0	60	22	12	37	27	1.90
783831--783918	19	5.0	18	70	21	62	60	2	0	37	1.10
783831--783924	32	2.9	31	79	6	89	61	2	0	36	1.08
788894--788950	22	2.5	24	86	10	77	43	0	0	56	0.99
788898--788969	22	3.2	23	79	16	71	50	1	1	47	1.18
789605--789642	20	1.9	20	89	10	60	28	28	2	39	1.70
794189--794226	20	1.9	20	89	10	60	28	28	2	39	1.70
794170--794226	31	1.9	30	85	7	80	31	29	1	36	1.68
794634--794714	32	2.5	32	100	0	162	50	11	14	23	1.75
800316--800358	2	21.5	2	90	0	68	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806707--806775	34	2.0	34	83	5	86	24	5	11	57	1.55
810643--810687	21	2.1	22	83	4	56	40	6	0	53	1.27
810643--810687	22	2.0	22	83	8	56	40	6	0	53	1.27
823715--823768	23	2.4	22	77	17	58	42	1	1	53	1.22
826788--826858	15	4.8	15	72	10	65	46	5	14	33	1.67
826786--826858	30	2.5	29	86	2	101	45	5	16	32	1.70
826966--827064	49	2.0	50	80	9	114	47	2	0	50	1.12
827195--827260	28	2.5	26	81	13	82	54	3	0	42	1.15
827201--827240	21	1.9	20	85	10	53	50	5	0	45	1.23
827209--827264	28	2.0	28	89	6	87	57	1	0	41	1.09
827230--827289	24	2.7	23	82	7	61	56	1	0	41	1.09
827288--827346	14	3.8	16	70	20	61	49	0	1	49	1.11
827316--827361	14	3.4	14	73	14	51	58	0	0	41	0.98
827298--827362	29	2.2	31	80	5	71	52	0	1	46	1.10
827329--827372	21	2.0	23	86	8	65	52	0	0	47	1.00
827561--827678	41	2.9	41	89	1	173	49	16	15	18	1.80
829709--830095	183	2.1	184	92	2	647	42	3	8	45	1.49
830964--831612	324	2.0	324	98	0	1253	39	9	32	18	1.82
831832--831931	45	2.2	45	98	0	191	40	3	7	50	1.45
832324--832426	31	3.3	31	82	4	109	27	14	17	40	1.88
832464--832581	31	3.8	31	83	10	125	54	11	11	23	1.67
832561--832628	27	2.5	27	100	0	136	50	8	14	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832464--832609	60	2.4	61	79	8	165	54	10	11	23	1.67
836755--836810	25	2.2	25	96	0	103	30	14	16	39	1.88
837569--837637	23	3.0	23	82	4	95	31	23	24	20	1.98
839190--839253	20	2.9	23	80	17	82	28	21	17	32	1.96
842523--842583	23	2.7	23	86	0	95	29	26	26	18	1.98
844120--844177	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
861131--861183	16	3.4	16	76	10	56	43	1	5	49	1.37
861131--861178	15	3.1	15	78	3	51	43	2	6	47	1.40
861701--861729	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
862087--862319	117	2.0	117	96	1	432	41	12	5	40	1.65
862984--863041	28	2.1	27	81	12	64	22	6	17	53	1.67
864399--864447	19	2.6	19	78	12	57	63	0	0	36	0.95
865996--866023	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
875601--875625	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
876978--877066	46	1.9	47	83	2	117	26	12	16	43	1.84
891248--891294	23	2.0	23	100	0	94	17	4	4	74	1.14
892609--892690	40	2.0	40	90	0	128	36	24	14	24	1.93
902137--902397	135	1.9	135	85	1	353	32	19	18	29	1.95
913059--913117	2	29.5	2	100	0	118	49	0	50	0	1.00
915694--915783	24	3.8	24	98	0	162	27	28	28	14	1.95
916011--916047	15	2.5	15	90	0	56	8	64	16	10	1.47
922857--922901	13	3.2	14	78	9	56	48	15	17	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930993--931030	12	3.2	12	82	14	51	31	7	23	36	1.84
933462--933501	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
933530--933571	21	2.0	21	90	0	66	21	26	21	30	1.98
933744--933808	30	2.2	29	78	10	69	50	16	3	29	1.60
933925--933967	19	2.3	19	85	14	63	53	6	13	25	1.65
937035--937076	21	2.0	21	90	0	66	23	21	23	30	1.99
937260--937317	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
937260--937318	29	2.0	30	93	6	102	44	16	5	33	1.70
937766--937813	22	2.1	23	88	3	71	47	0	0	52	1.00
944339--944433	19	4.8	20	63	18	54	55	2	1	41	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37