genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955630--1955654	12	2.1	12	100	0	50	8	8	24	60	1.52
1957283--1957320	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
1957283--1957320	9	4.0	10	86	13	62	50	0	0	50	1.00
1969602--1969738	42	3.3	42	91	2	224	21	18	24	35	1.96
1969577--1969713	21	6.6	21	76	9	129	21	20	24	33	1.97
1969955--1970200	81	3.0	83	88	7	380	35	22	19	22	1.96
1969955--1970200	40	6.0	42	90	3	382	35	22	19	22	1.96
1970074--1970179	19	5.3	19	73	13	97	36	22	19	20	1.95
1969969--1970224	21	12.6	21	67	20	125	34	23	19	22	1.97
1970242--1970294	21	2.5	21	90	0	79	18	20	30	30	1.97
1970371--1970702	162	2.0	160	91	8	531	34	9	17	38	1.83
1976045--1976109	20	3.2	20	88	0	103	26	29	16	27	1.97
1976212--1976275	22	2.9	22	78	0	83	18	39	17	25	1.92
1976649--1976702	20	2.7	19	72	8	54	14	14	24	46	1.83
1976929--1976967	19	2.1	19	90	0	60	25	15	25	33	1.95
1977772--1978025	35	7.5	35	80	9	231	20	22	18	37	1.94
1977776--1978025	69	3.7	68	77	7	287	21	22	18	37	1.94
1977773--1978025	132	1.9	132	89	1	391	20	22	18	37	1.94
1980180--1980220	16	2.6	16	96	0	73	41	19	29	9	1.83
1983188--1983227	17	2.4	18	80	16	50	30	12	7	50	1.68
2014023--2014052	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
2014362--2014417	21	2.7	20	78	8	67	21	23	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014342--2014449	20	5.6	20	72	14	66	23	24	18	34	1.96
2015071--2015196	40	3.2	41	76	16	133	48	20	19	11	1.79
2015069--2015216	20	7.5	19	79	11	120	48	21	18	10	1.78
2015235--2015289	14	3.6	14	73	21	56	9	23	23	43	1.82
2015217--2015338	33	3.5	33	84	8	145	11	22	18	46	1.81
2015217--2015338	20	6.8	19	70	25	97	11	22	18	46	1.81
2017026--2017347	94	3.5	92	92	5	489	22	12	17	47	1.82
2017452--2017509	20	3.0	19	87	5	89	50	18	22	8	1.74
2017513--2017556	20	2.2	20	95	0	79	50	27	13	9	1.72
2017513--2017565	20	2.7	20	87	0	70	49	26	15	9	1.74
2017591--2017661	19	3.6	19	82	3	79	11	19	21	47	1.80
2018067--2018146	42	1.9	42	84	0	106	22	36	17	23	1.95
2018120--2018180	21	3.0	20	73	7	59	24	36	18	21	1.95
2019507--2019539	14	2.4	14	94	0	57	36	0	21	42	1.53
2019648--2019727	33	2.4	33	93	0	133	46	22	21	10	1.81
2019648--2019708	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
2019733--2019805	33	2.4	31	82	14	91	10	21	21	45	1.83
2019825--2019895	20	3.5	20	69	17	65	23	19	25	30	1.98
2022359--2022412	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2025339--2025378	22	1.9	21	85	10	55	47	17	10	25	1.78
2027638--2028003	186	2.0	182	97	2	689	26	26	18	28	1.98
2029399--2029459	28	2.2	28	91	5	97	18	11	9	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2031840--2031931	46	2.0	45	85	4	123	20	22	30	26	1.98
2034297--2034465	86	1.9	87	90	4	270	46	16	12	24	1.82
2041634--2041666	16	2.1	16	94	0	57	57	21	12	9	1.62
2041726--2041775	16	3.3	15	83	5	66	62	20	8	10	1.52
2042426--2042501	38	2.0	38	85	10	102	56	18	10	14	1.66
2042474--2042502	14	2.1	14	100	0	58	48	20	17	13	1.81
2042427--2042501	24	3.1	24	80	3	89	56	18	10	14	1.67
2043185--2043283	46	2.2	46	81	0	108	38	6	24	31	1.80
2046397--2046442	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
2046430--2046641	100	2.0	99	88	10	309	32	12	14	41	1.82
2056361--2056410	15	3.4	15	76	13	50	44	2	4	50	1.32
2057532--2060879	4	850.2	4	95	4	6075	24	0	25	49	1.51
2064593--2064667	35	2.1	35	92	0	123	30	0	25	44	1.55
2075449--2075523	32	2.4	32	86	2	98	34	2	34	28	1.71
2075467--2075529	32	2.0	32	96	0	117	26	3	33	36	1.73
2075527--2075555	13	2.3	13	94	5	51	48	13	0	37	1.43
2078179--2078253	36	2.1	36	100	0	150	34	16	10	38	1.83
2082923--2082957	6	5.8	6	100	0	70	68	14	0	17	1.21
2084178--2084208	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
2088723--2088807	42	2.0	42	97	0	161	41	18	14	25	1.88
2091464--2091497	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
2094431--2094486	22	2.5	22	76	0	67	28	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094912--2094963	24	2.2	24	92	0	86	38	7	21	32	1.82
2105122--2105158	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
2106612--2106684	26	2.9	26	71	16	66	64	1	1	32	1.11
2106624--2106685	18	3.4	19	68	18	51	62	1	0	35	1.05
2110822--2110873	3	17.7	3	96	4	97	67	0	32	0	0.91
2114472--2114524	27	2.0	27	81	7	63	22	15	39	22	1.91
2116329--2116385	21	2.7	21	91	0	87	29	8	19	42	1.81
2121273--2121301	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
2126082--2126107	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2137947--2137979	10	3.3	10	100	0	66	81	9	0	9	0.87
2142056--2142132	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
2142851--2143918	355	3.0	355	98	0	2066	23	23	18	34	1.96
2148555--2148626	21	3.5	21	77	9	76	16	22	18	43	1.88
2148632--2148723	20	4.6	20	85	5	114	36	19	20	22	1.95
2149233--2149280	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
2149276--2149421	19	8.1	19	70	16	96	13	21	21	43	1.87
2149298--2149396	33	3.0	33	93	1	162	12	23	23	41	1.87
2149485--2149539	25	2.2	26	78	15	62	20	7	18	54	1.66
2151523--2151564	18	2.3	18	95	0	75	23	28	23	23	2.00
2152990--2153025	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2153148--2153193	19	2.4	19	96	0	83	45	26	15	13	1.82
2153189--2153286	19	5.7	19	64	26	65	13	21	20	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153186--2153285	33	3.0	33	82	10	132	16	21	20	43	1.88
2155528--2155552	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2156866--2156933	20	3.4	20	74	8	75	41	23	20	14	1.89
2156946--2156999	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
2157118--2157154	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2159059--2159117	14	3.9	14	72	20	55	11	15	22	50	1.76
2159042--2159133	33	2.8	33	89	0	148	14	17	19	48	1.80
2159041--2159133	19	5.4	18	66	23	58	15	17	19	48	1.81
2159118--2159172	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
2159707--2159754	18	2.7	18	86	0	69	18	14	41	25	1.88
2161073--2161131	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
2161588--2161639	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
2161567--2161681	20	5.7	20	77	5	79	23	17	24	34	1.96
2161608--2161702	41	2.3	41	80	3	102	20	20	23	36	1.95
2161752--2161805	21	2.6	21	96	0	99	29	27	16	25	1.97
2163804--2163844	2	21.0	2	85	5	57	46	4	0	48	1.23
2163943--2163991	24	2.1	23	88	3	71	34	4	0	61	1.15
2166156--2166193	19	2.0	19	89	0	58	34	2	0	63	1.09
2172934--2173013	2	40.0	2	100	0	160	0	50	0	50	1.00
2182548--2182604	27	2.1	27	86	0	78	15	45	8	29	1.77
2191943--2191989	23	2.0	23	91	0	76	55	19	19	6	1.64
2193516--2193737	112	2.0	108	86	11	308	16	24	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193999--2194044	18	2.6	18	100	0	92	26	15	34	23	1.94
2196970--2197328	172	2.1	173	90	1	569	37	18	5	39	1.73
2197842--2197895	22	2.5	22	81	0	72	18	31	18	31	1.95
2199534--2199584	18	2.8	17	82	11	57	25	0	5	68	1.12
2200160--2200212	13	4.2	13	83	9	74	47	28	5	18	1.72
2202219--2202265	21	2.2	22	80	7	60	29	27	27	14	1.96
2202853--2202887	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2203904--2203970	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
2207100--2207146	21	2.2	22	80	7	60	29	27	27	14	1.96
2207731--2207765	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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