genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7525270--7525314	17	2.6	17	96	0	81	51	13	6	28	1.66
7530383--7530409	14	1.9	14	100	0	54	44	7	33	14	1.73
7530581--7530616	18	2.0	18	88	0	54	19	16	33	30	1.94
7533028--7533271	82	3.0	81	81	7	262	27	21	16	34	1.95
7533313--7533356	22	2.0	22	86	8	63	29	13	22	34	1.93
7534808--7534856	22	2.2	22	88	0	71	32	12	10	44	1.75
7540015--7540057	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
7543692--7543945	36	6.9	35	79	8	256	43	2	6	47	1.43
7543692--7544130	72	6.1	72	76	13	304	44	3	5	46	1.43
7543976--7544054	34	2.2	37	80	8	92	48	6	1	44	1.36
7543995--7544116	65	1.9	63	85	8	165	51	5	2	40	1.39
7544047--7544142	36	2.6	37	78	5	104	44	2	7	45	1.43
7544143--7544213	11	5.9	11	72	22	54	22	4	1	71	1.11
7544140--7544220	29	2.9	28	78	20	82	20	3	1	74	1.05
7545494--7545524	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7545553--7545609	4	15.0	4	75	14	50	24	1	1	71	1.04
7546650--7546682	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
7547302--7547346	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
7550695--7551615	84	11.2	81	77	7	812	29	25	21	23	1.99
7550708--7551708	333	3.1	329	84	5	1308	29	25	20	23	1.99
7551397--7551652	72	3.4	72	75	13	269	28	28	20	22	1.98
7550736--7551713	157	6.0	160	88	2	1184	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552258--7552513	34	7.3	34	74	13	189	42	2	6	47	1.44
7552546--7552612	33	2.0	34	85	2	91	46	7	1	44	1.40
7552612--7552700	34	2.6	33	75	7	90	43	2	7	46	1.45
7552699--7552771	27	2.7	27	72	19	71	19	4	1	75	1.04
7554191--7554220	12	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
7557509--7557557	20	2.5	20	89	0	71	71	2	0	26	0.97
7557692--7557730	3	13.0	3	84	10	53	30	38	0	30	1.58
7559778--7559821	15	2.8	15	89	6	61	61	0	0	38	0.96
7559862--7559904	17	2.5	17	100	0	86	37	4	18	39	1.72
7560930--7560976	20	2.4	19	79	10	58	55	10	14	19	1.68
7561110--7561156	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
7560718--7561189	180	2.6	182	89	1	705	42	13	16	26	1.86
7561121--7561161	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
7563388--7563431	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
7563462--7563529	33	2.1	33	88	5	102	25	0	50	25	1.50
7565325--7565373	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
7565607--7566572	200	4.8	200	94	0	1680	36	14	18	30	1.91
7568071--7568110	12	3.3	12	85	0	53	40	7	32	20	1.80
7568071--7568110	18	2.2	18	86	0	53	40	7	32	20	1.80
7569406--7569652	120	2.1	120	92	0	413	32	12	15	38	1.85
7569340--7570724	303	4.6	303	96	0	2504	34	14	16	35	1.89
7569709--7569955	120	2.1	120	93	0	422	32	14	16	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7570012--7570258	120	2.1	120	95	0	440	31	13	16	38	1.87
7570315--7570548	118	2.0	118	90	0	369	32	12	14	39	1.85
7573449--7573521	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
7573939--7574011	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
7574430--7574502	23	3.2	23	88	0	110	35	5	20	38	1.76
7573263--7574903	490	3.4	489	96	0	2980	41	7	11	39	1.68
7575539--7575743	112	1.8	112	90	2	331	47	13	14	24	1.80
7575622--7576146	183	2.9	183	86	2	691	45	12	14	28	1.81
7576199--7576238	21	2.0	20	85	5	53	57	7	15	20	1.61
7576148--7576646	182	2.7	182	89	1	759	45	12	13	28	1.81
7575631--7576646	529	1.9	528	88	2	1461	45	12	13	28	1.81
7577033--7577077	19	2.4	19	92	3	74	42	0	20	37	1.52
7577330--7577368	18	2.2	18	86	9	53	46	5	7	41	1.55
7577515--7577570	25	2.2	25	96	0	103	30	7	35	26	1.83
7577528--7577581	25	2.2	25	89	0	81	37	9	31	22	1.86
7580575--7580623	19	2.6	19	90	3	73	30	2	10	57	1.43
7580969--7581663	199	3.5	199	94	0	1201	42	15	14	27	1.85
7582017--7582058	15	2.8	15	88	0	66	19	52	2	26	1.58
7584414--7584455	15	2.8	15	88	0	66	19	52	2	26	1.58
7586810--7586851	15	2.8	15	88	0	66	19	52	2	26	1.58
7589439--7589484	21	2.2	21	88	0	65	45	17	15	21	1.85
7589450--7589495	21	2.3	21	85	7	60	45	17	15	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7589455--7590312	199	4.3	198	87	2	1191	41	15	14	28	1.86
7589455--7590312	398	2.2	400	91	1	1357	41	15	14	28	1.86
7593516--7593560	23	2.0	23	86	0	63	40	17	6	35	1.76
7606787--7606907	60	2.0	60	80	3	136	51	3	13	32	1.57
7611013--7611056	13	3.4	13	80	0	52	68	13	2	15	1.31
7613378--7613443	22	3.1	21	76	16	73	15	12	6	66	1.42
7620663--7620724	21	3.0	21	80	17	67	66	1	0	32	1.02
7629581--7629654	15	5.1	15	73	15	75	56	2	0	40	1.13
7629583--7629652	19	3.5	19	66	21	52	54	2	0	42	1.15
7629589--7629654	21	3.1	21	63	16	55	59	3	0	37	1.13
7629580--7629672	42	2.2	43	94	3	163	52	4	1	41	1.28
7631755--7631795	3	13.7	3	85	10	57	34	0	2	63	1.08
7631755--7631804	12	4.2	12	82	14	50	34	2	2	62	1.18
7644724--7644754	15	2.1	15	94	5	55	87	0	12	0	0.55
7645894--7646463	48	12.3	48	81	8	637	27	21	18	32	1.97
7645894--7646420	89	5.8	90	82	9	597	28	21	18	31	1.97
7645894--7646349	137	3.3	137	94	2	741	28	21	18	31	1.97
7646699--7646739	3	13.7	3	85	10	57	34	0	2	63	1.08
7646699--7646748	12	4.2	12	82	14	50	34	2	2	62	1.18
7650944--7651021	22	3.5	22	94	0	138	29	32	24	14	1.94
7651728--7651752	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7652503--7652553	19	2.7	19	96	0	93	21	29	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7662089--7662135	19	2.3	21	78	10	53	48	0	8	42	1.33
7670486--7670537	26	2.0	26	100	0	104	34	11	19	34	1.88
7673397--7673467	2	36.0	2	88	8	110	47	0	2	49	1.16
7673704--7673759	25	2.3	23	77	11	58	23	10	14	51	1.73
7674493--7674540	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
7675299--7675361	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
7675770--7675855	39	2.2	39	91	0	136	19	13	17	48	1.80
7676114--7676150	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
7676537--7676587	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
7676852--7676903	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
7676862--7676924	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
7677265--7677330	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
7679753--7680305	183	3.0	183	97	0	1034	34	14	14	35	1.87
7680226--7680383	78	2.0	78	100	0	316	38	16	18	25	1.92
7681847--7681900	3	18.0	3	84	0	72	25	33	3	37	1.74
7681847--7681904	12	4.8	12	93	0	80	25	32	5	36	1.78
7681847--7681915	18	3.8	18	86	0	75	23	33	5	37	1.79
7681860--7681912	12	4.4	12	92	0	70	22	33	7	35	1.83
7683376--7684345	395	2.4	397	97	1	1863	31	16	15	36	1.90
7683376--7684345	199	4.9	199	98	0	1865	31	16	15	36	1.90
7684463--7684512	19	2.6	19	93	0	82	56	10	2	32	1.44
7686307--7686372	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7686406--7686447	21	2.0	21	90	0	66	16	28	16	38	1.91
7688690--7688733	20	2.4	18	85	14	63	20	15	11	52	1.74
7688696--7688742	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
7688864--7688909	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
7690897--7690939	17	2.6	17	79	17	54	58	2	4	34	1.32
7692029--7692073	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
7692320--7692357	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
7692320--7692359	21	1.9	21	100	0	80	47	0	0	52	1.00
7692628--7692661	17	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
7696763--7696805	17	2.5	18	81	7	54	46	0	4	48	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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