genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7702673--7702715	20	2.0	22	86	8	63	18	0	2	79	0.85
7702671--7702725	28	2.0	28	86	10	78	20	1	1	76	0.97
7702673--7702715	21	2.1	20	86	4	59	18	0	2	79	0.85
7702735--7702785	23	2.2	23	92	0	84	5	21	13	58	1.56
7703122--7703177	25	2.2	25	90	0	85	16	10	21	51	1.74
7703303--7703327	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
7707150--7707196	20	2.3	20	100	0	94	31	12	25	29	1.93
7716231--7716321	6	15.3	6	95	1	94	49	0	50	0	1.00
7716587--7716626	21	1.9	21	84	0	53	50	0	10	40	1.36
7717116--7717143	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7724084--7724113	14	2.1	14	93	0	51	56	0	6	36	1.26
7725125--7725170	20	2.3	20	88	0	65	28	13	43	15	1.83
7725242--7725314	32	2.4	30	77	11	76	17	23	20	38	1.93
7728008--7728205	42	4.7	42	89	0	306	47	4	5	42	1.44
7728181--7728340	42	3.8	42	89	0	239	48	3	4	43	1.40
7728111--7728275	70	2.4	70	89	0	240	47	3	4	44	1.42
7728013--7728331	28	11.4	28	76	7	229	48	4	5	42	1.44
7731524--7731708	81	2.2	81	83	6	212	18	13	10	56	1.66
7732953--7732977	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7745889--7745951	29	2.1	28	83	13	74	30	28	12	28	1.93
7746190--7746219	10	3.0	10	90	0	51	30	26	0	43	1.55
7746265--7746316	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7746264--7746313	17	3.0	17	91	2	75	34	2	4	60	1.27
7746273--7746318	16	2.9	16	87	6	58	30	2	2	65	1.16
7750101--7750145	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
7751616--7751833	103	2.1	103	99	0	427	26	13	23	37	1.91
7751849--7751909	23	2.7	23	86	0	86	21	26	26	26	1.99
7751840--7751917	23	3.3	23	80	1	75	24	20	21	33	1.97
7755118--7755166	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
7756629--7756846	103	2.1	103	97	0	409	26	12	23	38	1.90
7756862--7756922	23	2.7	23	84	0	86	21	26	26	26	1.99
7768876--7768909	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
7772065--7772113	22	2.2	22	82	7	64	32	30	28	8	1.86
7773715--7773766	23	2.3	23	89	0	77	23	26	25	25	2.00
7777846--7777906	25	2.5	24	89	5	95	55	0	13	31	1.38
7777856--7777906	25	2.0	25	100	0	102	47	0	15	37	1.46
7781448--7781473	11	2.4	11	100	0	52	61	11	11	15	1.57
7798116--7798146	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
7803087--7803139	27	2.0	27	96	0	97	43	5	28	22	1.76
7804867--7804894	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
7809146--7809209	19	3.7	19	69	26	61	42	29	0	28	1.56
7809151--7809210	31	1.9	31	96	0	111	45	30	0	25	1.54
7810880--7810929	25	2.0	25	96	0	91	30	20	14	36	1.91
7812412--7812469	26	2.4	24	77	11	64	29	0	8	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7815224--7815259	18	1.9	19	88	5	56	5	8	63	22	1.43
7817836--7817874	18	2.2	18	90	0	60	15	2	30	51	1.57
7819656--7819738	3	27.7	3	100	0	166	66	0	0	33	0.92
7821033--7821065	16	2.1	16	94	0	57	30	0	6	63	1.18
7822278--7822330	21	2.6	19	77	16	61	35	24	20	18	1.95
7823467--7823516	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
7824045--7824084	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7824452--7824487	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
7827615--7827733	21	5.8	20	70	8	69	35	26	17	21	1.95
7827721--7827929	20	10.4	20	81	5	208	36	25	18	19	1.94
7828622--7828668	24	2.0	24	83	8	60	25	12	21	40	1.89
7828843--7828867	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
7831166--7831394	53	4.2	54	82	14	230	45	17	22	14	1.85
7831166--7831394	19	12.7	19	81	15	290	45	17	22	14	1.85
7831166--7831394	72	3.2	72	96	1	415	45	17	22	14	1.85
7831384--7831501	54	2.2	52	95	4	218	13	24	17	44	1.85
7831403--7831501	19	5.4	19	84	12	136	14	23	17	45	1.84
7831608--7831658	14	3.6	14	94	0	84	43	21	0	35	1.53
7833582--7833735	19	8.6	19	75	14	139	46	22	20	11	1.82
7833600--7833730	33	3.8	33	88	5	172	47	22	20	9	1.79
7833599--7833735	52	2.6	51	73	7	132	46	21	21	10	1.80
7833731--7833826	19	5.3	19	78	13	103	9	16	28	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7833924--7834239	93	3.4	93	99	0	623	45	18	13	22	1.85
7835925--7836021	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
7835923--7835987	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
7835972--7836028	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
7835923--7836044	33	3.5	33	88	10	156	45	18	24	10	1.81
7836061--7836117	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
7836045--7836124	33	2.4	33	93	0	133	10	21	21	47	1.79
7836105--7836178	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
7836258--7836361	33	3.2	33	94	0	181	49	17	23	10	1.77
7836280--7836337	16	3.3	19	65	30	56	48	20	22	8	1.77
7836741--7836933	20	9.6	20	85	5	246	18	19	27	34	1.95
7847987--7848085	49	2.0	49	98	0	189	45	2	12	40	1.53
7848286--7848343	29	2.0	29	96	0	107	50	13	10	25	1.74
7859150--7859183	17	1.9	18	88	5	52	52	5	17	23	1.66
7869310--7869342	16	2.1	16	100	0	66	24	6	0	69	1.10
7870419--7870458	21	1.9	21	89	0	62	37	22	15	25	1.93
7871052--7871179	25	5.1	25	76	7	143	32	4	19	43	1.72
7871030--7871179	75	2.0	75	100	0	300	32	5	18	44	1.72
7873076--7873133	23	2.6	22	84	10	73	31	0	5	63	1.16
7875375--7875421	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
7875820--7875891	22	3.3	22	90	0	108	29	13	12	44	1.81
7876020--7876462	231	1.9	225	87	6	642	29	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879177--7879223	21	2.2	21	84	0	67	19	27	17	36	1.93
7879231--7879313	20	4.1	20	87	1	121	37	21	20	20	1.95
7879791--7879847	15	3.7	15	77	9	69	21	31	28	19	1.97
7879791--7879859	32	2.2	32	91	0	120	21	30	27	20	1.98
7879805--7879859	17	3.4	17	75	10	60	21	30	27	20	1.98
7880678--7880731	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
7883261--7883449	33	5.5	33	81	9	227	47	20	21	11	1.81
7883254--7883449	72	2.9	66	80	12	223	46	20	21	11	1.82
7883261--7883451	105	1.8	105	89	2	303	46	20	21	11	1.82
7883449--7883523	19	4.2	19	70	19	63	14	21	21	42	1.88
7883459--7883524	19	3.7	19	75	19	79	12	22	19	45	1.83
7883622--7883651	13	2.4	12	94	5	51	60	16	0	23	1.36
7884996--7885062	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
7886942--7887003	20	3.2	20	81	4	90	46	17	22	12	1.82
7886940--7887046	33	2.9	38	78	17	127	47	19	20	12	1.81
7886940--7887046	19	5.8	19	75	12	116	47	19	20	12	1.81
7886940--7887029	39	2.5	36	87	10	123	46	20	21	12	1.82
7887062--7887108	20	2.3	20	88	0	67	14	14	21	48	1.80
7887071--7887111	20	2.0	20	95	0	73	12	14	17	56	1.68
7887669--7887855	40	4.6	41	91	1	288	18	17	24	39	1.92
7887669--7887855	20	9.2	20	77	4	196	18	17	24	39	1.92
7887669--7887882	81	2.7	80	82	5	236	19	17	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7887868--7887920	20	2.7	20	85	5	72	15	18	22	43	1.87
7887666--7887920	121	2.1	121	83	4	327	18	17	24	39	1.92
7887866--7887983	21	5.7	21	73	12	75	23	17	21	37	1.94
7888420--7888552	61	2.1	63	87	5	189	30	24	14	30	1.94
7891508--7891710	99	2.1	99	96	0	370	33	27	19	20	1.97
7892525--7892563	20	1.9	21	89	5	62	43	2	30	23	1.67
7894199--7894224	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7895095--7895143	3	16.7	3	87	4	64	34	0	0	65	0.93
7905332--7905418	27	3.3	26	72	19	74	51	2	0	45	1.13
7905422--7905491	33	2.2	29	77	20	70	48	0	4	47	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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