genome.fa.s8087.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008087.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110597_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8279816

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2708004--2708041	17	2.3	16	86	13	51	15	0	5	78	0.91
2708769--2708808	14	2.9	14	76	0	53	65	17	5	12	1.44
2709193--2709226	16	2.1	16	89	10	52	38	2	0	58	1.13
2709586--2709698	52	2.2	50	81	7	129	39	8	0	50	1.40
2713762--2713787	9	2.9	9	100	0	52	23	57	0	19	1.40
2715695--2715742	19	2.6	19	75	18	57	62	0	0	37	0.95
2719133--2719479	60	5.8	60	91	2	484	25	48	8	18	1.75
2719345--2719440	30	3.2	30	63	26	76	25	48	7	18	1.73
2719312--2719418	33	3.4	33	64	19	84	23	48	9	18	1.77
2719133--2719479	180	1.9	180	89	2	536	25	48	8	18	1.75
2720830--2720965	2	68.0	2	100	0	272	50	0	0	50	1.00
2721815--2721850	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
2723096--2723222	3	41.7	3	88	3	191	62	2	0	33	1.13
2723519--2724239	113	6.4	113	91	2	1056	28	19	14	37	1.91
2724137--2724316	77	2.4	77	90	3	278	29	20	15	35	1.93
2724287--2724346	18	3.0	21	68	22	65	23	20	8	48	1.76
2724281--2725265	113	8.5	119	80	11	421	27	19	15	38	1.91
2725096--2725158	17	3.4	17	69	23	54	19	23	7	49	1.74
2724512--2725265	113	6.7	113	89	3	1108	28	19	15	37	1.92
2726025--2726145	22	5.5	22	87	0	179	40	13	12	33	1.82
2727686--2727786	41	2.6	39	83	9	118	23	23	26	25	2.00
2730908--2730959	7	7.1	7	77	16	52	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736538--2736573	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
2737818--2737950	3	43.7	3	89	3	203	63	2	0	33	1.12
2749241--2749314	28	2.6	28	79	8	78	36	9	18	35	1.84
2750021--2750084	33	2.0	33	84	9	87	20	34	10	34	1.88
2750029--2750093	33	2.0	33	82	11	80	21	33	10	33	1.88
2751824--2751884	21	2.9	21	95	2	104	29	24	27	18	1.98
2753388--2753455	23	3.0	23	88	0	91	20	26	26	26	1.99
2757562--2757639	31	2.5	31	85	0	102	35	12	25	25	1.92
2759422--2759494	30	2.4	30	90	0	119	30	26	19	24	1.98
2759483--2759604	63	2.0	62	86	4	174	32	18	19	28	1.96
2759480--2759606	31	4.0	32	78	10	136	34	18	18	27	1.95
2764097--2764169	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
2764155--2764282	31	4.1	31	78	6	141	33	20	18	27	1.96
2764158--2764279	63	2.0	62	88	4	183	31	19	19	28	1.97
2766710--2766748	6	6.5	6	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2767541--2767595	18	2.8	21	76	21	64	52	0	12	34	1.40
2770493--2770543	4	12.8	4	100	0	102	74	25	0	0	0.82
2772466--2772517	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2773764--2773805	13	3.3	13	78	18	52	54	0	0	45	0.99
2775341--2775381	17	2.4	17	100	0	82	58	0	7	34	1.26
2776838--2776883	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
2778027--2778072	17	2.7	17	96	0	83	26	34	21	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778176--2778238	11	5.9	11	69	14	51	57	3	1	38	1.24
2778472--2778532	17	3.7	16	75	18	54	39	3	1	55	1.26
2778666--2778776	7	15.9	7	70	14	52	48	27	0	23	1.51
2778666--2778819	14	11.2	13	75	9	87	48	30	0	20	1.50
2778669--2778818	21	6.9	21	69	19	85	50	30	0	20	1.49
2778698--2778841	27	5.0	28	72	19	91	47	30	0	21	1.56
2779594--2779640	11	4.2	11	89	5	67	25	21	23	29	1.99
2779594--2779639	23	2.0	23	91	0	74	26	21	23	28	1.99
2779594--2779628	12	3.0	12	95	4	63	25	22	25	25	2.00
2779634--2779671	19	2.0	19	89	0	58	23	7	15	52	1.69
2780112--2780183	30	2.4	30	100	0	144	31	16	20	30	1.95
2780262--2780331	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
2786661--2786825	77	2.1	78	94	3	287	44	10	6	38	1.66
2788360--2788404	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2789777--2789804	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
2789905--2790368	149	3.1	149	97	0	876	26	18	21	34	1.96
2790336--2790380	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2798390--2798429	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2802395--2802490	31	3.1	30	71	12	79	27	19	20	32	1.97
2802473--2802842	30	12.3	30	95	0	659	23	21	23	31	1.98
2808629--2808685	29	2.0	29	89	6	89	24	28	29	17	1.97
2808790--2808851	29	2.1	29	91	5	99	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809991--2810045	16	3.4	16	79	0	65	38	12	25	23	1.90
2810608--2810641	11	3.1	11	86	0	50	29	26	14	29	1.95
2812153--2812208	28	2.0	28	100	0	112	32	28	10	28	1.90
2815254--2815420	79	2.1	79	93	1	280	43	12	7	36	1.70
2817428--2817453	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2817500--2817870	37	9.5	37	72	15	205	44	7	5	43	1.54
2817637--2817661	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2817537--2817693	82	1.9	81	87	3	226	46	5	4	43	1.47
2817500--2817869	157	2.4	157	77	13	393	44	7	5	42	1.54
2818519--2819280	84	9.2	83	78	7	603	24	21	25	29	1.99
2818466--2819302	248	3.4	247	89	2	1128	24	21	25	29	1.99
2824632--2825001	37	9.5	37	70	15	122	44	7	4	43	1.53
2824628--2825001	38	9.6	36	70	17	128	44	7	4	43	1.53
2824668--2824826	84	1.9	84	85	3	223	46	5	3	44	1.45
2824770--2824794	11	2.3	11	100	0	50	44	8	8	40	1.63
2824627--2825004	159	2.4	157	76	14	366	44	7	4	43	1.52
2831722--2831750	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2832715--2832766	22	2.4	22	100	0	104	17	15	34	32	1.91
2834493--2834741	35	6.9	35	78	11	227	37	17	22	22	1.94
2834493--2834741	70	3.5	70	78	12	252	37	17	22	22	1.94
2835608--2835642	16	2.3	16	90	9	56	62	2	0	34	1.10
2835973--2836129	20	7.8	20	73	6	93	38	25	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835973--2836129	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	19	1.93
2836096--2836289	20	9.6	20	78	5	194	35	24	20	19	1.96
2836096--2836289	60	3.2	60	80	0	226	35	24	20	19	1.96
2836672--2836742	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2836821--2836898	41	1.9	41	97	0	147	44	16	25	12	1.83
2836822--2836897	21	3.7	21	83	3	109	46	17	25	11	1.82
2836882--2836938	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
2836877--2836941	33	2.0	33	96	0	121	44	20	24	10	1.83
2836880--2836954	33	2.3	33	90	0	114	46	22	21	9	1.79
2836950--2837047	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
2836972--2837061	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
2836955--2837069	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
2838762--2839323	93	6.1	93	98	0	1074	22	12	19	46	1.83
2839371--2839499	19	7.3	19	75	17	125	46	28	16	8	1.76
2839407--2839499	33	2.8	32	91	4	150	47	27	17	7	1.74
2839371--2839499	52	2.5	52	72	14	131	46	28	16	8	1.76
2839495--2839629	19	7.6	19	77	18	130	11	19	22	45	1.83
2839517--2839573	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2839500--2839592	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2841549--2841584	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2841691--2841788	19	5.4	19	84	13	143	45	16	22	15	1.84
2841691--2841806	53	2.2	53	96	1	216	43	17	24	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841813--2841965	33	4.5	33	74	16	159	13	22	17	45	1.84
2841835--2842051	19	12.4	19	77	19	240	13	21	18	46	1.83
2841813--2842023	52	4.0	52	99	0	413	13	23	17	45	1.83
2841854--2842051	33	5.8	33	76	14	197	13	21	18	46	1.83
2844333--2844357	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2844531--2844577	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2845260--2845469	20	10.5	20	84	2	206	19	18	24	37	1.94
2845436--2845533	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
2845436--2845592	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
2845436--2845592	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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