genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93--150	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
188--321	19	7.4	19	86	9	199	14	21	17	45	1.85
169--287	52	2.3	51	97	1	220	14	21	16	47	1.82
2286--2352	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
2341--2398	14	3.9	14	77	16	62	50	24	15	10	1.75
2325--2403	32	2.4	33	89	2	124	48	22	17	11	1.79
2410--2505	19	5.6	17	71	21	69	12	19	21	45	1.83
2432--2489	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
2415--2505	32	2.8	33	93	3	157	12	18	21	47	1.81
2490--2534	20	2.3	19	81	7	54	20	26	17	35	1.95
2499--2543	20	2.3	20	88	3	65	15	22	26	35	1.94
3016--3060	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
4379--4416	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
4679--4722	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
4890--5003	20	5.7	20	77	6	88	25	16	23	34	1.95
4992--5084	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
4931--5065	41	3.3	41	84	4	148	20	20	20	38	1.94
4992--5084	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
11268--11665	69	5.8	69	92	0	634	30	21	24	23	1.99
11268--11728	138	3.3	135	86	3	573	30	21	24	23	1.99
19872--19928	28	2.1	27	86	3	78	33	1	0	64	1.04
20991--21040	17	2.9	17	85	11	59	30	0	2	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21019--21068	2	26.5	2	84	11	70	44	0	2	54	1.11
21171--21213	22	2.0	21	86	4	59	18	13	2	65	1.38
22056--22105	24	2.1	24	100	0	100	30	28	16	26	1.96
25288--25527	95	2.7	95	87	7	342	29	19	19	31	1.96
26837--26956	36	3.3	35	79	13	127	29	20	11	39	1.87
26862--27148	36	8.1	36	81	11	333	28	18	12	40	1.88
26862--27116	139	1.8	138	89	2	404	29	18	12	39	1.88
27067--27136	21	3.6	21	72	21	80	28	21	11	38	1.88
26867--27332	175	2.6	174	91	3	727	27	19	12	40	1.88
27105--27421	65	4.5	67	70	19	218	27	20	11	40	1.87
27170--27364	36	5.2	36	81	8	210	26	21	12	39	1.89
27283--27352	21	3.6	21	72	21	80	28	21	11	38	1.88
27049--27541	216	2.3	216	97	0	932	25	20	13	40	1.88
27186--27541	78	4.8	79	75	13	272	24	20	14	41	1.89
27281--27466	101	1.8	103	83	2	250	26	19	12	40	1.88
27439--27520	42	2.0	42	97	0	155	20	19	15	43	1.87
27383--27541	36	4.2	36	79	11	176	21	21	15	42	1.89
27578--27735	79	2.0	81	83	5	205	34	22	18	25	1.96
29574--29662	18	4.8	19	76	13	80	31	1	3	64	1.17
29892--29951	22	2.7	23	78	17	56	15	11	3	70	1.30
29955--30003	20	2.5	20	80	10	55	12	14	2	71	1.23
31019--31087	22	3.1	22	100	0	138	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36172--36240	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
40985--41022	16	2.4	17	82	13	53	34	7	13	44	1.72
43578--43633	29	2.0	28	86	10	78	46	0	1	51	1.11
50525--50559	15	2.3	15	100	0	70	5	25	8	60	1.49
55533--55628	48	2.0	48	100	0	192	41	25	12	20	1.87
57904--57928	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
66111--66143	17	2.0	17	88	5	50	27	18	18	36	1.94
66440--66471	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
67073--67117	15	3.0	15	78	12	56	57	2	0	40	1.11
67480--67542	11	5.9	11	69	14	51	57	3	1	38	1.24
68035--68087	21	2.5	22	81	9	65	41	28	5	24	1.77
68055--68089	14	2.5	13	90	9	52	42	28	2	25	1.69
69076--69112	2	19.5	2	83	10	51	54	2	0	43	1.14
69161--69236	22	3.4	23	78	8	77	67	1	3	27	1.17
69182--69236	28	2.0	27	82	10	67	67	1	3	27	1.17
69596--69703	37	2.9	37	97	0	198	32	12	13	40	1.83
70313--70939	84	7.5	84	77	4	548	25	18	22	33	1.96
70361--70939	167	3.4	167	83	3	644	25	17	23	33	1.96
71021--71274	124	2.1	123	92	0	427	27	20	23	28	1.99
73295--73362	35	1.9	36	87	3	102	58	8	13	19	1.60
77488--77520	11	3.0	11	100	0	66	36	18	9	36	1.82
77566--77626	16	4.1	16	72	23	60	49	1	0	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78642--78693	20	2.6	19	76	8	59	32	25	15	26	1.95
78618--78708	40	2.3	40	83	7	105	36	25	14	24	1.93
78867--78913	22	2.1	22	88	0	67	17	42	19	21	1.89
79239--79277	20	2.0	20	94	0	69	51	17	12	17	1.76
79258--79291	14	2.4	14	90	0	50	47	26	14	11	1.79
79304--79335	14	2.3	14	100	0	64	9	15	31	43	1.78
80555--80650	42	2.3	42	83	0	120	30	35	18	15	1.92
80767--80928	21	7.7	22	69	10	90	21	11	33	33	1.90
80770--80890	63	1.9	63	81	3	145	21	12	35	30	1.90
81039--81076	4	9.5	4	88	0	58	26	0	2	71	1.00
81223--81339	21	5.6	21	73	11	105	22	32	19	25	1.97
81221--81339	42	2.8	42	87	5	168	21	32	19	26	1.97
83054--83085	14	2.2	15	94	5	57	15	25	31	28	1.96
89026--89054	15	2.0	15	93	6	51	55	13	13	17	1.70
89299--89330	15	2.2	15	94	5	57	15	25	31	28	1.96
90864--91266	207	1.9	206	90	4	632	27	8	22	41	1.82
91471--91509	20	2.0	20	94	0	69	43	20	17	17	1.88
94113--94164	24	2.2	24	82	0	59	36	17	19	26	1.94
95341--95382	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
101968--102009	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
102648--102685	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
102842--102931	20	4.5	19	75	15	76	36	13	21	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102824--102936	60	1.9	58	84	10	149	38	14	20	26	1.90
102842--102966	40	3.1	40	83	5	137	35	12	21	30	1.91
102875--102973	20	4.9	20	73	10	76	35	12	21	31	1.90
106942--106987	22	2.1	22	88	8	67	41	4	17	36	1.69
112656--112719	24	2.7	24	92	0	110	23	28	23	25	2.00
113353--113401	13	3.9	12	84	10	55	32	6	0	61	1.21
113397--113441	21	2.1	21	84	15	58	20	2	0	77	0.87
115550--116093	257	2.1	259	87	7	773	28	12	18	41	1.86
116325--116354	7	4.3	7	95	0	51	43	0	0	56	0.99
119570--119707	60	2.3	62	81	7	144	35	19	4	40	1.72
122107--122580	181	2.6	180	86	3	648	43	13	16	26	1.85
124763--124806	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
124838--124903	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
125501--125845	172	2.0	172	100	0	690	26	13	27	32	1.94
126855--126903	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
127022--127976	199	4.8	199	95	1	1686	37	15	17	29	1.91
129445--129508	6	10.7	6	79	0	65	39	9	32	18	1.83
129445--129526	18	4.6	18	81	3	94	37	9	32	19	1.85
129445--129508	12	5.3	12	86	0	92	39	9	32	18	1.83
129445--129526	24	3.4	24	82	0	92	37	9	32	19	1.85
129458--129526	6	11.5	6	77	0	66	36	10	33	20	1.86
130715--130748	16	2.1	16	94	0	59	47	5	20	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131112--131180	22	3.1	22	85	4	86	33	4	21	40	1.73
131428--131495	23	3.0	23	88	0	100	33	4	22	39	1.74
131102--131746	320	2.0	316	95	3	1154	37	6	13	42	1.72
131844--131905	23	2.7	23	90	2	90	35	4	19	40	1.73
131844--131915	23	3.2	23	86	5	85	33	4	20	41	1.72
135164--135220	23	2.5	22	86	5	87	33	5	22	38	1.77
135164--135227	23	2.9	22	80	13	76	31	4	23	40	1.75
135576--135647	23	3.2	23	82	2	83	36	2	19	41	1.66
134896--136224	414	3.2	420	92	5	2228	39	7	12	40	1.71
135990--136061	23	3.2	23	84	4	92	34	4	22	38	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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