genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2760516--2760563	13	3.8	13	84	13	64	2	18	4	75	1.07
2760515--2760565	26	2.0	25	92	3	84	3	17	3	74	1.12
2763577--2763669	33	2.8	34	77	16	97	75	0	3	21	0.95
2763576--2763675	17	6.4	14	70	23	58	75	0	3	22	0.94
2763577--2763674	18	5.8	17	75	11	78	75	0	3	21	0.94
2765573--2765625	20	2.7	19	77	11	54	58	3	0	37	1.16
2765367--2765751	182	2.1	183	93	3	654	41	3	9	45	1.53
2767411--2767459	15	3.3	15	76	0	53	28	2	4	65	1.22
2767736--2768234	199	2.5	199	80	7	519	36	19	9	34	1.85
2770413--2770452	21	1.9	21	94	0	71	45	0	0	55	0.99
2770556--2770599	21	2.1	21	86	0	61	54	0	4	40	1.21
2784640--2784688	26	2.0	25	84	8	64	44	2	4	48	1.33
2784696--2784742	24	1.9	25	86	4	69	44	4	6	44	1.49
2784779--2784827	20	2.4	21	83	10	66	46	2	6	44	1.39
2784861--2784924	19	3.4	18	74	18	60	32	3	0	64	1.10
2785572--2785596	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2785556--2785622	31	2.2	31	83	5	82	31	1	0	67	1.00
2788231--2788306	30	2.5	30	82	4	89	40	3	25	30	1.73
2788531--2788607	23	3.3	23	77	12	77	18	25	27	28	1.98
2788986--2789035	22	2.3	22	89	0	73	22	20	18	40	1.92
2796887--2796925	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2810613--2810664	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810610--2810662	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
2810616--2810665	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
2812029--2812090	21	3.0	21	95	0	106	25	22	22	29	1.99
2817899--2817954	26	2.1	27	87	9	80	60	0	0	39	0.97
2819357--2819405	3	16.7	3	83	12	66	65	0	2	32	1.04
2819648--2819698	17	3.1	17	72	16	61	21	21	9	47	1.79
2819648--2819694	16	2.9	16	75	15	51	21	21	10	46	1.81
2819552--2819827	117	2.4	118	85	6	348	25	17	16	41	1.89
2819749--2820265	228	2.3	223	87	7	757	29	18	14	37	1.90
2819749--2820237	113	4.4	113	86	6	665	29	19	14	37	1.91
2820216--2820304	36	2.5	36	89	5	137	21	19	10	49	1.77
2820103--2820414	143	2.1	149	87	7	449	26	19	13	41	1.88
2821138--2821370	115	2.0	115	90	0	369	29	20	15	35	1.93
2822724--2822772	10	4.8	10	77	22	57	0	16	0	83	0.64
2822729--2822778	7	6.7	7	80	11	55	0	16	0	84	0.63
2822724--2822782	31	2.0	29	93	6	100	0	18	0	81	0.69
2822736--2822781	23	2.0	23	91	0	74	0	17	0	82	0.67
2835423--2835471	3	16.7	3	87	12	75	67	0	0	32	0.91
2837300--2837342	21	2.0	21	90	0	68	23	23	18	34	1.96
2839225--2839294	21	3.5	21	72	21	69	24	25	25	24	2.00
2839209--2839302	38	2.5	38	89	0	143	25	28	21	24	1.99
2839209--2839273	17	3.6	17	74	22	60	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839451--2839555	46	2.3	46	95	1	185	32	18	6	42	1.76
2839964--2840037	37	2.0	37	89	5	114	18	32	29	18	1.96
2842052--2842076	10	2.5	10	100	0	50	8	16	44	32	1.76
2857416--2857476	16	3.8	16	95	0	113	34	18	6	40	1.76
2860207--2860293	20	4.3	20	74	8	77	33	25	18	22	1.97
2860787--2860845	20	3.0	20	84	0	64	16	18	20	44	1.87
2860982--2861036	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2862162--2862206	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2862699--2862754	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
2862743--2862800	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2862727--2862817	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
2862727--2862822	19	5.6	19	69	25	88	45	21	19	12	1.83
2862834--2862924	14	5.9	14	74	20	83	10	17	23	48	1.79
2862829--2862940	33	3.4	33	97	1	208	11	18	22	47	1.81
2862927--2862980	20	2.7	20	94	0	90	14	22	24	38	1.91
2862840--2862980	33	4.0	36	88	9	154	13	19	22	44	1.85
2862927--2863005	20	4.0	20	81	0	59	18	18	24	37	1.94
2866045--2866103	19	3.4	19	71	22	65	45	16	22	15	1.84
2866050--2866145	33	2.9	33	89	3	140	42	17	20	18	1.89
2866147--2866199	19	2.8	19	97	0	97	13	20	20	45	1.84
2866308--2866344	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2867700--2867905	42	4.9	41	73	9	164	22	17	36	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2867730--2867905	84	2.1	84	98	0	343	23	17	38	21	1.93
2867700--2867850	21	7.2	21	62	10	58	21	19	37	22	1.95
2868127--2868308	91	2.0	91	90	6	287	47	17	13	21	1.82
2869995--2870116	20	6.8	19	67	20	75	43	19	23	13	1.86
2870044--2870099	14	3.6	14	74	21	58	39	23	25	12	1.89
2870020--2870116	33	2.9	33	92	1	158	41	21	24	12	1.88
2870022--2870108	14	5.2	16	68	26	56	40	21	25	12	1.89
2870696--2870748	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
2870761--2870810	20	2.5	20	96	0	91	26	18	26	30	1.98
2870698--2870831	61	2.2	61	78	6	146	22	19	24	33	1.97
2876917--2876949	15	2.1	17	88	11	52	69	21	0	9	1.15
2882449--2882811	181	2.0	182	99	0	719	43	14	19	22	1.87
2886225--2886264	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2886578--2886607	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
2886758--2887065	153	2.0	154	99	0	609	38	9	7	44	1.65
2888139--2888164	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2889868--2890316	39	11.6	39	88	3	638	21	27	12	38	1.89
2890324--2890655	73	4.5	73	89	0	504	41	11	15	32	1.82
2891729--2891872	54	2.7	54	90	0	234	27	20	13	38	1.90
2892224--2892324	42	2.4	42	78	3	105	25	22	17	33	1.96
2893824--2893889	8	8.8	8	70	12	50	0	21	0	78	0.75
2893839--2893882	13	3.7	13	77	22	60	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2893841--2893880	12	3.5	12	80	13	57	0	20	0	80	0.72
2893832--2893889	22	2.6	22	100	0	116	0	20	0	79	0.74
2896564--2896592	8	3.8	8	95	4	51	68	0	0	31	0.89
2897557--2897581	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2904059--2904952	446	2.0	447	88	1	1310	33	19	14	32	1.92
2907039--2907087	25	1.9	26	91	4	82	30	10	20	38	1.86
2907132--2907186	26	2.1	26	86	0	74	27	7	16	49	1.72
2907018--2907375	102	3.5	102	81	2	380	29	8	19	43	1.80
2907540--2907749	40	5.2	40	70	7	158	36	18	20	24	1.95
2907517--2907770	80	3.2	80	78	5	248	38	18	19	23	1.93
2907758--2907854	40	2.5	40	80	8	110	42	19	16	21	1.89
2907758--2907841	39	2.1	39	84	6	107	41	20	17	20	1.90
2908598--2908737	60	2.3	60	83	2	174	32	15	16	35	1.90
2909281--2909311	16	2.0	15	93	6	53	6	29	0	64	1.18
2910360--2910423	21	3.0	21	81	4	74	26	23	21	28	1.99
2910976--2911021	21	2.1	22	88	4	67	21	21	32	23	1.98
2911063--2911127	12	5.6	12	72	7	53	21	18	15	44	1.86
2911072--2911128	22	2.5	23	82	8	80	22	19	14	43	1.86
2911662--2912018	4	89.8	4	92	1	511	25	5	24	44	1.74
2912614--2912678	28	2.3	28	97	0	121	40	6	18	35	1.76
2916337--2916381	21	2.1	21	95	0	81	53	0	22	24	1.46
2918665--2918719	28	2.0	28	100	0	110	50	10	12	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2919657--2919719	3	21.3	3	73	20	53	63	0	0	36	0.95
2919658--2919767	14	8.6	13	70	21	65	60	0	0	39	1.03
2919657--2919767	16	7.4	16	70	21	80	60	0	0	38	1.03
2919660--2919733	16	4.5	16	83	9	87	62	0	1	36	1.04
2932235--2932570	168	2.0	168	97	2	640	25	26	18	28	1.98
2935704--2935749	14	3.3	14	77	17	51	43	2	0	54	1.12
2935703--2935763	33	1.9	33	84	15	85	40	1	0	57	1.08
2935770--2935807	12	3.1	12	79	20	51	52	0	0	47	1.00
2936152--2936229	38	2.1	38	100	0	156	43	15	5	35	1.69
2941500--2941598	21	4.8	20	74	9	83	37	23	17	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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