genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637006--637099	25	3.8	25	98	0	179	19	27	25	27	1.99
640534--640578	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
642248--642316	25	2.8	25	95	0	129	18	28	24	27	1.98
642431--642475	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
648614--648719	23	4.7	22	74	12	81	21	18	21	37	1.94
648614--648719	46	2.3	46	84	7	137	21	18	21	37	1.94
649908--649960	19	2.8	19	91	0	88	28	18	24	28	1.98
659022--659411	195	2.0	195	98	0	762	44	17	14	23	1.86
660148--660196	20	2.3	21	79	13	55	20	24	12	42	1.86
660658--660770	37	3.0	37	81	3	138	23	17	15	44	1.86
660806--660905	42	2.4	42	89	0	146	36	20	20	24	1.95
661041--661147	42	2.6	41	72	5	99	29	20	22	27	1.98
660816--661481	237	2.8	237	86	1	917	35	17	14	32	1.90
672928--673002	23	3.3	23	87	3	109	29	25	18	26	1.98
677911--677942	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
678894--678986	32	3.0	30	75	12	89	33	6	12	47	1.68
682903--682944	16	2.6	16	100	0	84	11	30	0	57	1.35
683452--683483	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
683637--683717	32	2.6	31	82	7	110	33	6	11	49	1.63
687978--688103	56	2.2	57	88	1	182	50	10	11	28	1.71
689371--689400	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
695258--695322	3	21.3	3	87	9	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699820--699869	22	2.3	22	96	0	91	44	18	28	10	1.81
700448--700485	20	2.0	20	89	5	60	34	18	2	44	1.64
702619--702693	2	37.5	2	100	0	150	50	0	0	49	1.00
703126--703191	23	2.9	23	86	0	96	31	24	25	18	1.97
705064--705102	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
705334--705400	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
705503--705557	24	2.3	23	84	9	74	67	0	7	25	1.16
706142--706238	37	2.6	37	85	0	131	30	12	15	41	1.84
706965--708549	106	15.0	106	90	2	2307	23	17	24	34	1.96
709374--709428	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
710020--710093	34	2.2	33	83	9	87	2	17	4	75	1.07
710033--710098	34	1.9	35	87	6	100	3	15	4	77	1.06
714789--714840	25	2.0	28	88	11	83	69	1	0	28	0.99
715483--715579	37	2.6	37	83	0	122	30	11	15	42	1.82
717859--717902	23	1.9	23	100	0	88	65	18	6	9	1.42
717838--717898	13	4.8	13	69	15	56	62	21	9	6	1.49
722657--722705	24	2.0	24	84	7	64	22	2	16	59	1.47
724529--724864	173	1.9	172	86	4	480	31	13	21	33	1.91
724529--724954	43	9.9	43	81	3	374	29	13	22	34	1.93
734331--734617	41	6.9	41	82	5	294	34	18	20	27	1.95
734325--734617	83	3.5	82	79	5	313	34	18	19	27	1.95
735893--736094	41	4.9	40	80	7	203	32	15	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735894--736045	82	1.9	81	88	1	232	33	17	12	36	1.87
736058--736187	42	3.1	41	74	17	133	31	18	16	33	1.93
736065--736219	82	1.9	83	89	1	240	28	20	15	35	1.93
736079--736218	42	3.4	41	73	15	126	28	20	15	35	1.94
744813--744858	24	1.9	24	82	8	58	21	2	17	58	1.49
749207--749380	87	2.0	87	83	6	219	29	20	20	30	1.97
749401--749429	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
758167--758885	361	2.0	361	94	1	1271	32	22	14	31	1.93
759635--759677	14	3.1	14	86	0	59	53	18	13	13	1.73
759859--759894	14	2.7	13	91	4	54	27	0	25	47	1.52
761020--761124	29	3.6	29	91	3	149	32	5	11	50	1.62
764819--764909	31	3.2	27	71	22	71	40	7	1	50	1.38
764984--765077	29	3.2	29	82	8	118	54	0	6	39	1.26
764984--765119	64	2.2	63	83	13	167	52	0	5	41	1.26
764984--765154	66	2.7	63	82	12	192	51	0	4	43	1.22
764985--765218	31	7.4	31	75	15	133	50	0	5	43	1.31
764985--765245	31	8.3	30	72	18	117	51	1	4	41	1.33
765016--765150	30	4.2	34	75	17	119	51	0	4	44	1.21
765016--765213	66	3.1	66	78	8	167	50	1	5	42	1.32
765201--765296	29	3.2	30	82	4	104	63	4	2	30	1.24
765542--765575	16	2.1	16	88	0	50	70	2	0	26	1.01
769557--769591	16	2.2	16	90	5	54	54	0	11	34	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769623--769684	31	2.0	31	100	0	124	54	9	16	19	1.68
771257--771320	20	3.2	20	93	0	110	46	21	14	17	1.83
771475--771526	23	2.3	22	86	3	77	23	44	13	19	1.86
771468--771523	23	2.5	22	82	5	76	23	44	16	16	1.86
771885--772064	20	9.6	20	74	13	150	15	16	21	47	1.82
771884--772049	54	3.1	53	76	9	183	14	15	21	48	1.81
771874--772064	34	5.1	39	78	11	165	15	15	21	47	1.82
771976--772076	20	5.1	20	84	4	123	17	14	18	48	1.81
772151--772506	178	2.0	178	97	0	676	32	12	16	38	1.86
774408--774475	21	3.2	21	78	0	73	22	36	23	17	1.94
774357--774475	42	2.8	42	78	5	123	21	34	21	22	1.97
775870--775909	14	2.9	14	81	3	55	30	0	20	50	1.49
776057--776106	20	2.5	20	83	0	64	42	18	14	26	1.87
776132--776170	20	2.0	20	89	0	60	20	17	25	35	1.95
776137--776182	20	2.3	20	84	0	65	19	21	21	36	1.95
776430--776464	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
776423--776463	18	2.3	18	95	0	73	19	2	21	56	1.54
777535--777580	24	1.9	24	90	0	74	34	19	15	30	1.93
777538--777589	24	2.2	24	82	0	59	36	21	15	26	1.93
778566--778651	20	4.2	20	85	4	102	18	9	24	47	1.78
778566--778651	40	2.1	41	85	6	113	18	9	24	47	1.78
778644--778683	20	2.0	20	90	0	62	20	15	22	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778667--778733	20	3.3	20	76	12	73	32	17	16	32	1.93
779048--779088	17	2.4	17	87	0	55	51	0	2	46	1.14
779066--779122	28	2.1	27	80	6	62	49	0	7	43	1.29
779096--779144	22	2.2	22	85	0	62	48	2	10	38	1.48
779094--779148	22	2.4	22	80	14	58	49	1	9	40	1.45
779110--779168	29	2.1	28	87	3	82	50	5	8	35	1.55
779380--779407	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
780478--780503	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
780514--780605	25	4.4	22	69	27	58	73	3	8	14	1.19
780537--780585	16	2.9	17	81	6	64	71	4	12	12	1.28
780587--780615	12	2.4	12	100	0	58	75	0	6	17	1.01
784704--784765	19	3.3	19	75	8	72	54	0	0	45	0.99
784698--784780	38	2.1	41	91	6	136	54	0	1	44	1.08
794949--794994	21	2.1	21	84	4	56	43	8	23	23	1.82
801641--801802	29	5.6	29	88	1	236	48	12	1	37	1.49
803493--803519	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
803778--803833	21	2.7	21	94	2	96	44	8	1	44	1.45
807269--807323	3	18.7	3	78	10	60	38	1	0	60	1.08
808438--808467	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
816584--816625	21	2.0	20	86	4	57	21	14	26	38	1.91
817091--817137	13	4.1	12	79	15	55	63	2	0	34	1.06
817186--817225	22	1.9	22	85	10	57	40	2	12	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817271--817318	2	23.5	2	87	4	69	45	2	4	47	1.33
817268--817335	8	8.5	8	79	6	57	41	2	10	45	1.53
817327--817421	29	3.2	29	82	7	111	36	5	9	48	1.58
817324--817386	28	2.3	27	89	8	99	33	4	14	47	1.65
817423--817459	19	1.9	19	88	0	56	35	13	18	32	1.90
817930--817971	21	2.0	22	85	4	59	50	2	0	47	1.14
823094--823141	23	2.1	23	88	0	69	25	12	14	47	1.79
823104--823165	23	2.7	23	82	5	72	29	11	9	50	1.70
824776--824808	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
824951--825006	21	2.7	21	97	0	103	46	8	12	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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