genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2423819--2423882	14	5.3	14	66	33	58	40	0	4	54	1.21
2426706--2426907	102	2.0	102	88	1	298	53	19	6	20	1.67
2427017--2427074	20	3.0	20	79	2	64	70	5	0	24	1.07
2427206--2427373	6	27.8	6	76	5	115	9	2	39	48	1.49
2428208--2428415	76	2.8	76	87	2	285	25	30	23	21	1.99
2434177--2434239	21	2.9	21	85	4	81	20	36	25	17	1.94
2434221--2434260	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2436180--2436222	17	2.5	17	88	7	61	13	0	25	60	1.34
2436463--2436535	31	2.3	31	93	6	121	41	2	17	38	1.64
2436839--2437053	76	2.8	77	87	2	283	25	32	22	20	1.98
2437843--2437946	28	3.7	27	77	15	88	46	2	0	50	1.23
2437853--2437974	15	9.2	13	70	22	76	46	2	1	49	1.25
2437853--2437973	43	2.8	42	79	17	115	46	2	1	49	1.25
2437993--2438054	14	4.4	14	76	15	56	45	1	6	46	1.38
2438020--2438108	15	5.6	15	69	19	56	50	3	3	42	1.35
2437907--2438054	57	2.6	56	71	14	129	46	2	4	47	1.33
2437973--2438156	21	8.5	21	70	19	103	47	4	5	42	1.48
2437916--2438094	50	3.6	48	74	15	157	46	2	4	45	1.37
2437960--2438149	65	2.9	66	84	9	262	47	3	5	42	1.45
2437960--2438117	31	4.9	31	72	22	128	48	3	5	43	1.43
2438196--2438300	20	5.2	21	72	21	91	42	9	6	40	1.63
2438199--2438266	24	3.0	21	78	16	66	45	7	7	39	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438207--2438580	209	1.8	209	83	6	501	38	9	8	43	1.68
2438493--2438566	37	2.1	36	84	5	96	41	10	8	39	1.70
2438753--2438808	30	1.9	28	85	7	76	42	7	1	48	1.41
2438792--2438893	29	3.5	29	69	15	84	47	3	2	46	1.36
2438792--2438916	58	2.2	58	88	0	187	44	4	3	47	1.40
2438794--2438835	14	2.9	15	78	3	50	52	4	0	42	1.22
2438900--2439094	15	13.1	14	67	23	80	44	5	5	45	1.49
2438901--2438940	13	2.9	13	88	7	53	40	5	7	47	1.54
2439008--2439032	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
2439060--2439113	18	3.1	18	86	7	67	48	1	5	44	1.37
2439086--2439147	2	31.5	2	75	15	58	48	1	1	48	1.21
2438914--2439109	90	2.2	92	96	1	360	44	5	5	44	1.48
2439068--2439147	19	4.3	19	73	20	62	47	1	2	48	1.23
2439068--2439145	21	3.5	23	71	25	60	47	1	2	48	1.23
2440060--2440086	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
2445990--2446054	30	2.3	29	86	7	89	43	20	20	16	1.89
2448205--2448298	37	2.5	37	87	3	118	30	10	15	42	1.81
2448999--2450469	106	14.0	106	88	3	2077	22	18	24	34	1.96
2451182--2451247	24	2.8	24	90	2	98	39	3	19	37	1.67
2451437--2451488	22	2.4	21	90	9	86	19	11	28	40	1.86
2452109--2452179	12	6.4	10	76	17	61	1	12	4	81	0.90
2452122--2452179	10	5.5	10	81	16	55	0	13	3	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452139--2452184	16	2.9	16	78	12	51	0	15	4	80	0.86
2452109--2452176	36	1.9	34	88	5	100	1	13	4	80	0.92
2456946--2456996	2	25.5	2	95	0	93	52	0	0	47	1.00
2457407--2457491	37	2.3	37	81	0	98	32	11	12	42	1.80
2460286--2460377	31	2.9	31	85	4	123	35	22	17	23	1.95
2464237--2464266	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2465899--2465953	20	2.9	17	77	17	56	58	1	1	38	1.20
2467318--2467357	20	2.0	20	100	0	80	35	30	20	15	1.93
2468544--2468607	31	2.1	31	85	5	85	26	3	15	54	1.56
2489743--2489784	21	2.0	20	90	4	66	35	30	9	23	1.87
2497561--2497600	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2505797--2505831	18	1.9	18	88	11	54	22	0	11	65	1.24
2507264--2507308	16	2.7	17	80	13	58	13	0	26	60	1.34
2507547--2507590	14	3.1	14	93	0	70	40	0	38	20	1.53
2507552--2507592	14	2.9	14	96	0	73	39	0	39	21	1.54
2507923--2507964	21	2.0	21	90	4	68	35	30	9	23	1.87
2509029--2509084	21	2.7	20	78	10	67	42	7	21	28	1.79
2510959--2510986	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2511117--2511161	23	2.0	23	82	8	56	40	2	4	53	1.33
2511441--2511521	2	40.5	2	100	0	162	0	50	0	49	1.00
2522282--2522306	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
2535502--2535621	46	2.7	43	85	7	168	22	26	11	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535519--2535624	46	2.3	46	95	0	185	18	27	11	42	1.85
2535608--2535642	12	2.9	12	86	0	52	0	31	0	68	0.90
2536134--2536224	3	30.3	3	100	0	182	0	32	0	67	0.91
2537046--2537073	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2537100--2537133	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
2537139--2537171	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2538388--2538482	3	30.3	3	89	8	145	66	0	0	33	0.92
2538557--2538738	76	2.4	76	99	0	355	34	23	19	22	1.96
2538868--2539076	76	2.8	76	94	1	366	34	22	18	23	1.96
2538557--2539415	339	2.5	338	97	0	1614	37	19	16	26	1.93
2539207--2539643	76	5.8	76	95	0	766	35	22	18	23	1.96
2540759--2540848	40	2.2	40	94	2	153	27	21	15	35	1.94
2545135--2545185	26	2.0	25	92	3	84	3	11	11	72	1.25
2550393--2550426	15	2.1	17	89	10	54	73	0	0	26	0.83
2550386--2550441	21	2.5	22	80	16	62	69	0	3	26	1.04
2551189--2551231	8	5.4	8	88	0	50	41	0	0	58	0.98
2551189--2551227	12	3.2	12	85	0	51	43	0	0	56	0.99
2551237--2551270	17	2.0	17	88	11	52	64	0	2	32	1.08
2551276--2551308	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2552543--2552592	3	16.3	3	83	4	64	60	0	0	40	0.97
2555450--2555494	21	2.1	21	84	8	56	42	0	2	55	1.12
2558459--2558537	36	2.2	36	86	0	104	21	24	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563233--2563323	46	1.9	49	84	10	127	36	15	20	27	1.93
2565019--2565055	19	1.9	19	88	0	56	18	10	13	56	1.66
2565038--2565129	36	2.6	36	79	10	91	21	17	7	53	1.68
2567322--2567365	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2567654--2567696	11	3.9	11	84	6	52	79	0	20	0	0.74
2567658--2567701	13	3.2	13	87	9	61	81	0	18	0	0.68
2567654--2567719	28	2.3	30	80	15	77	78	3	18	0	0.87
2567654--2567716	25	2.5	26	82	15	78	79	3	17	0	0.86
2567655--2567724	18	3.9	18	81	10	65	78	4	17	0	0.90
2567676--2567726	12	4.3	12	80	9	52	80	5	13	0	0.89
2572172--2572329	54	3.0	54	84	9	218	34	14	24	26	1.94
2572696--2572750	22	2.5	22	90	0	92	34	10	12	41	1.78
2573423--2574286	76	11.4	76	95	0	1525	23	19	21	35	1.96
2574416--2574464	3	16.0	3	82	4	62	40	0	0	59	0.98
2583017--2583049	17	1.9	17	100	0	66	36	36	9	18	1.82
2584398--2584542	72	2.0	72	94	0	254	31	19	16	33	1.94
2587092--2587218	51	2.5	50	83	3	139	16	32	31	19	1.94
2587338--2587377	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
2589746--2589819	26	2.9	25	68	22	64	24	6	4	64	1.35
2593466--2593591	50	2.5	50	84	6	157	19	31	31	16	1.94
2598932--2598969	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2600637--2600761	34	3.8	34	71	19	111	42	9	15	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2605214--2605268	22	2.6	22	83	13	71	85	3	9	1	0.79
2605204--2605268	29	2.2	29	83	5	87	87	3	7	1	0.70
2605204--2605279	21	4.1	19	80	12	79	84	3	10	1	0.82
2605204--2605268	1	65.0	1	75	0	58	87	3	7	1	0.70
2606435--2606470	18	2.0	18	88	0	54	19	2	33	44	1.65
2607615--2608607	105	9.5	105	89	1	1424	34	25	17	23	1.96
2607615--2608607	211	4.7	210	90	2	1453	34	25	17	23	1.96
2609156--2609272	34	3.6	34	75	13	127	43	11	12	32	1.78
2611660--2611688	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2615110--2615160	14	3.8	13	78	12	50	31	3	7	56	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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