genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826348--826440	35	2.6	36	80	13	95	33	0	19	47	1.50
829600--829624	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
841100--841140	21	2.0	21	90	0	64	21	26	17	34	1.95
841139--841239	20	5.1	20	97	0	184	37	29	19	12	1.89
842054--842107	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
844646--844715	14	4.6	14	78	16	68	44	22	22	10	1.83
844646--844787	33	4.3	33	74	15	139	45	20	22	11	1.84
844659--844791	14	7.7	19	72	20	89	45	20	21	12	1.83
844787--844863	19	4.3	19	71	18	67	14	15	23	46	1.82
844816--844895	33	2.4	33	91	0	124	12	21	20	46	1.83
845002--845038	14	2.6	14	86	0	56	48	18	0	32	1.49
846404--846499	21	4.6	21	66	5	59	23	19	33	22	1.97
846390--846483	42	2.2	42	83	7	111	21	20	35	23	1.96
846421--846508	42	2.1	42	82	0	104	25	15	36	22	1.94
848847--848997	19	8.6	19	69	22	71	43	20	23	12	1.86
848887--849013	14	8.0	14	68	23	65	44	21	23	10	1.82
848900--848994	19	5.5	19	69	23	93	45	21	23	10	1.82
848870--849024	33	4.7	33	93	0	247	43	22	23	10	1.83
849057--849128	20	3.5	20	84	5	92	12	16	19	51	1.76
849662--849853	20	9.4	20	77	10	167	19	17	24	39	1.92
849657--849853	41	4.8	41	81	6	231	19	16	24	39	1.92
849662--849853	62	3.1	62	80	2	201	19	17	24	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849662--849876	41	5.3	39	75	9	121	19	17	24	38	1.93
849662--849894	102	2.3	102	83	8	296	19	17	24	38	1.93
849662--849894	20	11.4	20	74	8	141	19	17	24	38	1.93
849882--849976	20	4.7	20	68	13	68	20	18	28	32	1.96
850548--850693	40	3.7	40	92	0	247	37	10	17	33	1.85
851586--851688	45	2.4	42	80	8	118	29	28	19	23	1.98
852832--852892	23	2.7	23	86	0	86	29	27	24	18	1.98
858707--858775	23	3.0	22	80	4	75	31	26	23	18	1.97
860786--860884	21	4.7	21	87	2	110	23	19	19	38	1.93
869135--869183	25	2.0	25	84	8	64	73	6	4	16	1.19
869379--869427	25	1.9	26	87	4	73	63	8	0	28	1.23
871640--871748	43	2.6	41	81	7	123	21	19	34	24	1.96
872811--872844	5	6.8	5	90	10	52	2	14	0	82	0.79
872811--872891	16	5.2	15	77	21	69	8	13	0	77	0.98
872816--872891	9	9.0	9	85	12	83	9	13	0	77	0.99
872809--872891	25	3.5	24	79	12	91	8	13	0	78	0.96
872826--872902	16	4.8	16	83	13	95	11	10	1	76	1.08
872816--872884	32	2.1	33	91	2	113	8	13	0	78	0.97
872826--872901	25	3.2	23	87	9	107	11	10	1	76	1.09
873005--873039	16	2.2	16	100	0	70	25	40	17	17	1.90
876817--876865	25	2.0	25	84	8	64	73	6	4	16	1.19
877053--877096	13	3.4	13	78	9	54	68	9	0	22	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880354--880391	9	4.3	9	90	6	60	7	10	0	81	0.87
884745--884788	13	3.4	13	78	9	54	68	9	0	22	1.18
886656--886711	24	2.3	23	76	8	58	67	5	3	23	1.27
886939--886991	21	2.5	21	96	0	97	32	18	16	32	1.94
887258--887329	36	2.0	36	94	0	126	41	22	15	20	1.89
889942--889970	14	2.1	14	100	0	58	17	20	13	48	1.81
891594--891637	2	23.5	2	86	13	67	50	0	0	50	1.00
891645--891705	25	2.3	28	78	13	76	42	4	0	52	1.23
891645--891729	27	3.2	27	81	6	86	42	4	1	51	1.30
897610--898094	110	4.4	110	91	1	794	34	23	18	23	1.96
897610--898094	219	2.2	220	92	1	821	34	23	18	23	1.96
898266--899024	84	9.1	84	77	5	741	31	23	19	26	1.98
898266--899060	165	4.8	164	84	3	944	31	23	19	26	1.98
898266--899100	334	2.5	334	86	1	1106	30	23	19	25	1.98
900782--900806	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
900923--900973	4	13.0	4	78	12	52	27	3	0	68	1.07
900928--900985	28	2.1	28	87	12	84	27	6	0	65	1.18
904167--904251	20	4.3	20	91	2	129	29	16	7	47	1.73
908897--908948	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
908937--909050	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
908934--909050	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
909567--909647	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909643--909827	19	10.1	19	75	14	147	12	21	22	44	1.85
909643--909827	33	5.1	38	76	12	147	12	21	22	44	1.85
909770--909827	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
910793--910859	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
910848--910905	14	3.9	14	79	16	71	48	24	15	12	1.79
910832--910910	32	2.4	33	91	2	133	46	22	17	12	1.82
910939--910996	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
910922--911012	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
910997--911051	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
911527--911571	18	2.5	18	92	0	81	13	13	44	28	1.81
912891--912928	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
913192--913235	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
913423--913475	20	2.7	20	93	0	88	24	18	28	28	1.98
913486--913599	21	5.5	21	85	3	151	18	25	16	39	1.91
913468--913582	42	2.8	40	88	5	149	17	23	16	42	1.88
913485--913614	62	2.1	62	88	0	197	21	23	17	36	1.94
920857--920913	28	2.0	28	86	0	78	40	17	5	36	1.72
922275--922319	20	2.3	20	92	3	74	37	22	0	40	1.54
927337--927491	58	2.7	58	97	0	301	32	27	14	25	1.94
927637--927669	17	1.9	17	100	0	66	18	18	12	51	1.76
932028--932076	23	2.0	23	92	7	80	44	0	0	55	0.99
932036--932084	24	2.0	24	84	7	64	48	0	2	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941129--941281	76	2.0	76	100	0	306	47	6	9	37	1.62
941591--941631	21	2.0	21	100	0	82	39	0	9	51	1.35
943618--943664	19	2.5	20	86	6	62	46	4	17	31	1.67
948629--948771	71	2.0	71	100	0	286	16	23	16	43	1.88
949060--949097	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
949153--949205	27	2.0	26	89	10	81	28	9	0	62	1.26
949139--949201	27	2.4	25	84	10	72	22	6	1	69	1.19
949222--949252	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
952631--952684	14	3.9	14	72	18	51	77	1	16	3	1.00
952633--952685	27	2.0	27	88	3	81	75	1	16	5	1.08
952757--952894	69	2.0	69	88	2	206	39	19	13	26	1.89
953807--953894	29	2.8	32	86	10	137	32	12	19	35	1.89
953810--953912	32	3.3	30	80	10	109	31	14	18	35	1.91
954490--954706	106	2.0	106	84	0	281	33	24	19	22	1.97
954991--955176	37	5.3	37	68	14	115	29	18	12	39	1.88
954936--955203	102	2.6	102	90	0	419	31	18	12	38	1.88
955104--955176	37	2.0	37	91	0	119	27	19	10	42	1.84
955322--955437	36	3.2	36	77	10	121	26	19	13	39	1.89
955435--955515	41	2.0	42	87	2	119	45	22	7	24	1.77
956693--956919	4	56.8	4	72	16	91	22	6	0	70	1.12
956722--956832	18	6.3	17	78	15	86	20	3	0	75	0.95
956711--956847	62	2.2	62	79	12	147	22	5	0	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959261--959298	15	2.3	18	86	13	55	28	0	2	68	1.03
959933--959961	11	2.6	11	100	0	58	13	20	0	65	1.26
960818--960870	20	2.7	20	100	0	106	30	20	28	20	1.98
962309--962438	60	2.1	61	81	8	149	36	11	15	36	1.84
968583--968620	19	2.0	19	85	10	51	23	31	26	18	1.97
970240--970612	186	2.0	186	100	0	746	32	23	17	26	1.97
977031--977110	23	3.7	22	81	6	83	22	31	28	17	1.97
977031--977092	23	2.7	23	87	2	90	20	32	27	19	1.97
977075--977116	20	2.2	20	82	4	50	21	28	35	14	1.92
980527--980586	32	1.9	32	89	3	95	35	25	5	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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