genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1597301--1597355	19	2.8	19	83	2	65	40	21	21	16	1.91
1597301--1597344	20	2.2	20	88	4	63	38	20	22	18	1.93
1597308--1597391	19	4.6	19	72	15	70	42	20	25	11	1.86
1597387--1597469	33	2.5	33	88	3	123	10	19	22	46	1.80
1597418--1597468	14	3.0	18	70	24	56	11	19	21	47	1.81
1597584--1597620	14	2.6	14	82	0	56	45	18	0	35	1.50
1598996--1599079	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
1599507--1599593	33	2.6	33	85	1	102	48	22	18	10	1.78
1599603--1599691	33	2.5	36	85	10	112	8	20	21	49	1.76
1599624--1599697	19	3.8	19	89	3	112	9	20	18	51	1.74
1599786--1600061	90	3.1	93	86	8	392	47	19	12	21	1.82
1599787--1600053	93	3.0	89	89	7	384	47	19	13	19	1.82
1601740--1601799	20	3.0	20	78	4	66	48	18	21	11	1.80
1601775--1601837	33	1.9	33	86	0	90	49	20	17	12	1.79
1601838--1601889	20	2.7	20	84	3	79	13	21	21	44	1.86
1602434--1602527	20	4.7	20	85	2	134	20	21	19	39	1.93
1602434--1602527	41	2.3	40	88	1	134	20	21	19	39	1.93
1602434--1602542	41	2.7	41	80	8	123	23	20	18	37	1.94
1602535--1602611	22	3.7	19	83	8	64	37	19	24	18	1.94
1602436--1602573	61	2.2	61	79	6	145	26	20	18	34	1.96
1602556--1602631	22	3.6	22	79	12	88	35	18	26	19	1.95
1602517--1602611	42	2.3	42	85	3	120	35	18	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1602599--1602644	20	2.3	20	96	0	83	36	21	21	19	1.95
1607889--1607940	23	2.3	23	96	0	95	40	25	3	30	1.73
1611837--1611888	26	2.0	26	96	0	95	19	17	11	51	1.75
1612777--1612806	7	4.1	7	91	8	51	56	0	0	43	0.99
1612770--1612803	15	2.2	16	94	5	61	52	0	2	44	1.16
1612802--1612843	22	2.0	22	85	4	59	66	2	4	26	1.23
1613508--1613599	36	2.5	37	82	7	107	29	15	15	40	1.87
1613539--1613608	36	1.9	37	91	8	117	25	15	17	41	1.89
1614199--1614564	109	3.4	109	84	4	483	21	20	25	32	1.98
1614121--1614564	218	2.1	213	83	6	547	22	19	25	33	1.97
1614960--1615209	104	2.4	102	79	6	247	41	13	19	25	1.88
1615097--1615275	65	2.7	65	92	0	286	36	11	20	31	1.88
1615160--1615616	102	4.5	102	92	0	738	37	12	20	29	1.89
1615227--1615634	37	11.8	37	65	20	168	37	12	20	28	1.90
1615531--1615634	34	2.9	35	85	8	129	40	12	24	23	1.89
1616400--1616449	22	2.3	22	92	0	82	26	12	30	32	1.92
1617026--1617085	20	3.0	20	80	4	59	1	15	6	76	1.06
1618756--1619063	148	2.1	145	94	4	541	34	21	16	27	1.95
1620456--1620495	21	1.9	21	85	10	55	40	17	7	35	1.78
1623869--1623913	23	2.0	23	86	8	65	26	26	24	22	2.00
1623881--1624195	149	2.1	149	97	1	587	35	20	16	27	1.94
1625604--1625643	21	1.9	21	85	10	55	40	20	7	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1625747--1625791	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
1628507--1628547	15	2.5	17	80	11	50	73	0	14	12	1.11
1628827--1628863	15	2.4	16	82	8	51	62	0	5	32	1.18
1629049--1629080	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
1630700--1630772	20	3.7	21	78	8	73	42	13	15	28	1.85
1631371--1631426	26	2.3	23	81	9	67	55	1	1	41	1.21
1631371--1631487	24	4.6	24	72	19	87	53	0	3	41	1.23
1631422--1631454	17	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
1636223--1636327	51	2.1	51	90	0	165	35	12	5	46	1.65
1641203--1641256	26	2.1	26	89	0	81	35	27	12	24	1.92
1641718--1641752	6	5.8	6	93	0	61	17	11	17	54	1.71
1641715--1641752	18	2.1	18	100	0	76	15	10	15	57	1.64
1642282--1642333	22	2.3	23	96	3	97	44	17	0	38	1.49
1645419--1645452	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
1649662--1649712	12	4.3	12	80	9	61	33	0	1	64	1.05
1649695--1649821	26	4.7	27	71	18	86	44	0	2	53	1.13
1649698--1649822	57	2.2	57	80	11	139	44	0	2	53	1.13
1649670--1649793	63	2.0	59	90	6	194	42	0	1	55	1.09
1649670--1649775	12	8.7	12	74	14	92	40	0	1	57	1.09
1649817--1649878	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
1650342--1650401	31	1.9	31	89	0	93	45	10	5	40	1.60
1651144--1651173	15	2.0	15	100	0	60	13	26	46	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651387--1651438	9	6.1	9	76	13	56	34	0	1	63	1.06
1651386--1651435	17	3.0	17	91	2	75	36	0	4	60	1.16
1657501--1657546	20	2.3	20	100	0	92	19	8	41	30	1.82
1658056--1658118	16	3.9	16	78	16	60	58	0	0	41	0.98
1658054--1658119	3	21.0	3	78	9	60	59	0	0	40	0.98
1658257--1658900	123	5.3	122	80	7	674	25	20	15	39	1.91
1658345--1658900	124	4.6	117	78	11	493	26	20	14	38	1.92
1658257--1658900	237	2.7	241	86	6	839	25	20	15	39	1.91
1659230--1659429	95	2.1	95	98	0	382	32	16	15	37	1.89
1659842--1660145	83	3.7	83	96	0	556	38	24	12	24	1.90
1659747--1660145	166	2.3	169	90	5	610	38	24	12	24	1.90
1661137--1661191	16	3.2	17	85	12	69	52	5	7	34	1.52
1661515--1661558	13	3.4	13	90	9	72	0	13	0	86	0.57
1661518--1661563	22	2.0	22	91	4	74	0	17	0	82	0.67
1668879--1668910	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
1674302--1674344	13	3.4	13	84	12	54	58	0	0	41	0.98
1675149--1675188	17	2.3	18	86	4	55	17	20	5	57	1.58
1682065--1682132	36	1.9	34	85	11	93	42	7	7	42	1.60
1686513--1686566	21	2.6	21	96	0	99	20	11	18	50	1.77
1686970--1687024	24	2.3	24	93	3	94	21	3	34	40	1.71
1693233--1693338	53	2.0	53	87	3	151	48	14	7	30	1.71
1696595--1696645	6	9.3	6	80	18	58	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696602--1696641	10	3.8	10	87	12	62	35	0	0	65	0.93
1696600--1696645	16	2.9	16	87	9	60	34	0	0	65	0.93
1696595--1696645	22	2.4	22	93	3	86	33	0	1	64	1.05
1699720--1699757	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
1700164--1700206	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
1700202--1700235	16	2.0	18	88	11	54	26	0	2	70	1.01
1700468--1700513	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
1701509--1701578	33	2.1	34	89	2	106	31	24	8	35	1.85
1719862--1719928	28	2.4	28	92	2	109	43	32	8	14	1.77
1719891--1720000	37	2.9	37	90	1	175	42	34	8	14	1.75
1719987--1720073	30	2.9	30	77	8	86	41	26	9	22	1.84
1719985--1720093	30	3.5	29	76	9	83	41	24	8	25	1.83
1721640--1721704	21	3.4	21	65	30	63	24	29	32	13	1.94
1721605--1721711	36	3.0	36	98	1	207	21	30	30	16	1.96
1721652--1721713	21	3.2	21	63	32	57	19	37	27	16	1.93
1724994--1725042	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
1726613--1726653	20	2.0	20	100	0	82	43	21	4	29	1.73
1732124--1732166	18	2.4	18	100	0	86	20	30	34	13	1.92
1733065--1733090	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1737274--1737376	22	4.4	22	82	15	134	35	8	4	50	1.55
1737310--1737369	29	2.1	29	100	0	120	31	10	3	55	1.50
1752349--1752425	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755067--1755098	10	3.2	10	90	0	55	6	21	50	21	1.71
1757273--1757323	18	2.8	17	82	14	50	68	1	5	23	1.22
1757292--1757321	15	2.0	15	93	0	51	70	3	0	26	1.03
1757405--1757472	33	2.1	32	84	10	86	45	5	4	44	1.48
1757432--1757633	35	5.5	37	71	16	118	43	6	3	46	1.47
1757406--1757599	107	1.8	108	83	11	265	43	6	4	45	1.49
1758307--1758584	80	3.4	80	89	2	394	24	21	26	27	1.99
1758598--1759469	94	9.3	94	94	1	1473	23	18	24	33	1.97
1758837--1759180	43	7.4	43	62	17	116	22	19	24	33	1.97
1759221--1759462	43	5.3	43	64	14	124	22	16	24	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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