genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032180--2032318	65	2.2	64	81	6	156	30	23	15	29	1.96
2033974--2034027	24	2.2	24	90	0	81	29	14	20	35	1.93
2034113--2034150	19	2.0	19	89	0	58	55	0	10	34	1.34
2039120--2039159	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
2052959--2053014	27	2.1	27	86	0	76	26	3	10	58	1.48
2053614--2053659	18	2.6	19	80	13	53	26	23	17	32	1.97
2053614--2053768	64	2.4	64	79	7	163	30	18	17	33	1.94
2056828--2056881	24	2.2	24	86	0	72	61	1	0	37	1.07
2057741--2057786	18	2.6	18	85	0	56	26	2	2	69	1.11
2057749--2057830	25	3.2	26	86	10	98	30	1	2	65	1.13
2065306--2065367	20	3.0	20	90	6	90	3	14	20	61	1.47
2065833--2065929	5	19.2	5	81	12	83	58	1	0	40	1.05
2065831--2065932	19	5.4	19	74	14	79	59	0	0	39	1.04
2065940--2065996	29	2.0	29	90	6	91	47	7	0	45	1.30
2065965--2066015	22	2.3	22	86	0	75	45	5	1	47	1.38
2066057--2066089	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2068233--2068263	13	2.4	13	94	0	53	0	22	0	77	0.77
2069457--2069519	29	2.2	29	85	2	92	69	7	4	17	1.30
2071470--2071514	19	2.4	19	100	0	90	48	26	8	15	1.74
2071571--2071621	23	2.2	23	82	0	57	13	15	13	56	1.67
2072038--2072073	18	1.9	20	88	11	58	61	11	8	19	1.54
2072180--2072613	217	2.0	216	90	4	676	42	7	8	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075786--2075891	45	2.4	45	98	0	203	41	29	14	15	1.86
2083274--2083387	58	2.0	58	89	3	176	38	8	14	38	1.77
2083487--2083512	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2085267--2085329	29	2.2	29	94	0	108	36	19	7	36	1.81
2085924--2085956	11	2.9	12	91	8	52	33	0	6	60	1.21
2087586--2087641	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2088547--2088609	2	33.5	2	73	17	55	46	0	3	50	1.17
2088728--2088859	2	67.0	2	83	8	155	46	2	1	49	1.23
2101868--2102296	111	3.9	111	89	2	621	31	25	16	26	1.96
2102421--2102457	3	11.7	3	88	11	56	32	0	2	64	1.07
2103841--2103986	73	2.0	73	100	0	292	34	10	9	45	1.72
2104011--2104116	2	54.5	2	81	12	132	48	0	2	49	1.16
2104235--2104259	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2106765--2106816	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2111491--2111603	38	3.0	38	69	12	88	43	3	8	44	1.52
2111556--2111646	27	3.1	27	76	15	83	40	3	6	49	1.45
2111606--2111923	36	9.2	37	75	18	221	45	4	6	43	1.49
2111634--2111902	67	4.0	68	76	15	195	46	4	5	43	1.47
2111940--2112005	19	3.5	19	76	15	57	25	3	3	68	1.19
2113232--2113282	20	2.4	21	87	6	68	11	5	5	76	1.14
2116152--2116231	29	2.8	27	78	16	81	45	5	16	33	1.69
2119139--2119216	34	2.3	35	84	4	97	26	15	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128603--2128665	23	2.7	23	90	0	99	14	26	25	33	1.94
2131036--2131076	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2135023--2135083	31	1.9	31	90	3	95	39	4	14	40	1.68
2135487--2135555	24	2.9	24	75	18	72	55	2	0	42	1.15
2135599--2135667	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
2135774--2136216	200	2.2	199	86	4	617	40	14	14	30	1.85
2136216--2136271	24	2.4	23	80	16	71	41	0	3	55	1.17
2136805--2136855	23	2.2	23	92	0	75	31	17	11	39	1.86
2136883--2136926	23	1.9	23	90	0	70	34	11	9	45	1.72
2136892--2136936	23	2.0	23	86	0	63	40	8	11	40	1.72
2136788--2137017	87	2.6	87	88	0	352	31	13	11	43	1.79
2136970--2137043	23	3.2	23	96	0	130	32	20	8	39	1.82
2136883--2137140	110	2.3	111	91	0	410	32	12	10	44	1.77
2136970--2137052	23	3.6	23	91	0	121	32	18	8	40	1.80
2137080--2137140	23	2.6	23	86	2	77	36	11	8	44	1.71
2136993--2137240	88	2.8	87	89	2	381	31	12	11	43	1.78
2137699--2137732	4	8.2	4	93	6	59	26	2	0	70	1.01
2137929--2137981	19	2.8	19	94	0	97	50	15	16	16	1.78
2138009--2138286	20	13.6	20	75	10	172	40	22	18	18	1.91
2138891--2138991	52	1.9	52	93	0	175	14	21	17	45	1.85
2138967--2139022	20	2.8	20	80	20	80	16	25	19	39	1.91
2138894--2139031	19	7.7	19	70	21	91	14	23	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140726--2141105	94	4.1	93	93	1	625	22	12	18	47	1.81
2141208--2141259	14	3.4	14	74	23	50	50	19	21	9	1.76
2141193--2141303	33	3.4	33	83	4	102	50	23	17	9	1.74
2141240--2141304	33	2.0	33	90	0	103	50	26	15	7	1.70
2141348--2141414	20	3.3	20	89	0	98	22	19	20	37	1.95
2142141--2142174	13	2.6	13	95	0	59	50	23	17	8	1.74
2143371--2143406	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2143547--2143631	33	2.5	33	84	1	116	15	22	17	44	1.86
2143656--2143741	19	4.7	19	77	15	101	15	22	17	45	1.85
2143648--2143752	52	2.0	52	88	5	158	14	22	18	44	1.85
2143746--2143834	20	4.4	20	85	2	108	17	20	25	35	1.95
2143656--2143794	53	2.6	52	84	5	163	15	23	20	41	1.89
2143748--2143824	40	1.9	41	89	2	120	18	20	23	37	1.94
2143747--2143834	40	2.2	41	84	10	119	18	19	26	36	1.94
2146749--2146793	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
2146761--2147076	150	2.1	149	94	1	544	34	21	17	27	1.95
2153695--2153739	23	2.0	23	86	0	63	28	26	22	22	1.99
2157396--2157875	55	8.8	54	88	5	675	28	27	14	30	1.95
2157396--2157928	108	4.9	109	90	3	763	27	27	15	30	1.96
2157396--2157873	163	2.9	163	91	3	750	27	27	14	30	1.95
2157396--2157979	163	3.6	163	84	8	622	27	26	15	30	1.96
2157847--2158121	51	5.3	51	90	6	410	26	24	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158501--2158730	36	6.4	36	86	2	275	20	19	23	36	1.95
2158501--2158733	108	2.1	108	85	3	308	21	18	23	36	1.95
2161410--2161475	13	4.7	15	72	20	54	10	15	0	74	1.07
2161410--2161439	16	1.9	16	93	6	53	13	20	0	66	1.24
2161402--2161496	29	3.5	28	78	13	92	8	15	0	75	1.02
2161392--2161477	14	6.3	14	72	17	56	9	15	0	75	1.04
2161392--2161478	15	6.3	14	71	22	51	9	14	0	75	1.03
2163878--2164032	20	7.6	21	82	12	180	15	22	22	39	1.92
2163873--2164032	61	2.7	61	83	12	181	15	21	23	39	1.92
2164544--2164849	152	2.0	152	98	1	596	22	24	22	30	1.99
2169776--2169853	24	3.2	24	94	0	129	39	16	19	24	1.91
2170732--2170944	20	10.5	20	78	7	214	18	17	25	38	1.93
2170712--2171006	40	7.3	40	83	7	303	18	17	25	38	1.93
2170953--2171007	20	2.8	20	91	5	85	12	18	23	45	1.83
2184689--2184719	16	1.9	16	100	0	62	48	19	12	19	1.81
2185266--2185366	53	1.9	53	87	4	150	21	14	15	47	1.82
2190278--2190728	196	2.3	196	82	5	518	32	15	13	37	1.88
2193947--2195707	200	8.8	200	90	3	2581	30	13	16	40	1.86
2193947--2195707	399	4.4	399	91	2	2577	30	13	16	40	1.86
2193947--2195707	599	2.9	595	90	3	2610	30	13	16	40	1.86
2198982--2199033	15	3.5	15	89	0	77	30	0	48	21	1.51
2199508--2200077	197	2.9	197	92	1	937	31	15	15	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200410--2200459	19	2.6	19	93	0	82	58	10	2	30	1.42
2201608--2201643	17	2.1	17	94	0	63	33	8	8	50	1.63
2202626--2202681	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
2204557--2204603	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
2204531--2205167	182	3.5	180	84	2	783	27	17	13	42	1.86
2207980--2208036	6	9.5	6	100	0	114	35	0	31	33	1.58
2208584--2208617	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
2209864--2209922	16	3.4	16	74	17	64	27	27	18	27	1.98
2209836--2209941	36	2.9	36	91	0	176	25	26	18	29	1.98
2209844--2209942	20	5.4	18	70	27	75	26	28	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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