genome.fa.s8124.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008124.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3296903

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1392841--1393149	139	2.2	139	83	3	370	34	10	11	43	1.75
1394460--1394580	20	5.8	21	82	10	133	19	34	27	18	1.95
1394456--1394558	41	2.5	40	83	9	136	19	34	27	18	1.95
1394460--1394580	61	2.0	62	90	3	190	19	34	27	18	1.95
1397963--1398043	20	4.0	21	74	7	78	20	35	27	16	1.94
1406388--1406511	31	4.0	31	72	15	94	30	17	19	32	1.95
1407576--1407621	22	2.1	22	100	0	92	39	4	19	36	1.72
1410274--1410335	25	2.5	25	80	15	67	43	0	16	40	1.48
1410661--1410784	31	4.0	31	82	5	142	33	16	20	29	1.95
1412318--1412489	94	1.8	94	96	0	317	30	18	8	42	1.80
1414465--1414502	18	2.1	19	95	5	69	55	13	0	31	1.38
1414494--1414520	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1422467--1422514	21	2.3	21	75	7	53	52	2	0	45	1.12
1422535--1422590	28	2.0	28	86	10	78	41	7	0	51	1.29
1424108--1424152	17	2.9	16	80	12	58	48	0	0	51	1.00
1424115--1424152	15	2.7	15	84	8	53	50	0	0	50	1.00
1426500--1426542	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
1434199--1434233	13	2.7	13	86	0	52	11	25	0	62	1.28
1438879--1439473	254	2.4	241	83	13	685	27	12	19	40	1.88
1439830--1439874	17	2.6	17	85	0	54	31	24	6	37	1.81
1445103--1445128	3	8.7	3	100	0	52	0	34	34	30	1.58
1445059--1445158	51	2.0	51	87	0	146	19	28	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449724--1449779	28	2.0	28	96	0	103	44	8	10	35	1.71
1449797--1449914	60	2.0	60	86	6	168	30	24	5	38	1.79
1449818--1449949	60	2.2	60	81	0	165	32	24	6	36	1.82
1453978--1454076	3	33.3	3	78	6	67	44	0	1	54	1.06
1454952--1455004	21	2.5	21	93	0	88	28	30	22	18	1.98
1455012--1455326	21	15.3	20	72	11	194	21	20	22	35	1.96
1455040--1455208	40	4.2	40	95	1	284	20	18	24	36	1.95
1455013--1455208	80	2.4	80	91	3	302	20	19	23	35	1.96
1455040--1455271	63	3.8	61	78	10	233	20	18	23	37	1.94
1455410--1455442	6	5.5	6	92	0	57	30	51	18	0	1.46
1456053--1456283	42	5.5	42	93	2	385	34	24	19	20	1.96
1456050--1456288	21	11.5	21	73	14	201	33	24	19	21	1.97
1456760--1456786	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1456831--1456861	15	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
1456879--1457152	142	1.9	145	82	8	346	39	6	8	45	1.59
1459679--1459719	7	6.0	7	81	13	50	14	14	12	58	1.63
1459779--1459834	27	2.1	26	86	3	76	17	12	8	60	1.57
1461774--1461799	7	3.7	7	100	0	52	76	0	23	0	0.78
1461774--1461807	15	2.4	14	90	5	50	79	0	20	0	0.73
1466934--1467409	75	6.4	75	88	4	685	24	19	21	35	1.96
1466939--1467409	149	3.1	147	88	5	678	24	19	21	35	1.96
1467584--1467648	3	21.3	3	72	9	51	41	1	0	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467586--1467651	23	2.9	23	81	4	62	42	1	0	56	1.08
1467584--1467654	29	2.6	27	82	10	74	43	1	0	54	1.08
1468998--1469105	57	1.9	56	81	14	132	29	6	2	61	1.35
1469090--1469140	14	3.6	14	77	12	52	31	0	1	66	1.03
1469129--1469158	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1472269--1472320	25	2.1	25	96	0	95	34	11	21	32	1.89
1476887--1476952	26	2.4	27	85	5	80	51	1	4	42	1.31
1476921--1476963	22	2.1	20	83	12	52	48	0	9	41	1.35
1476970--1477161	37	4.8	37	74	15	127	42	4	8	44	1.55
1476941--1477102	82	2.0	83	81	6	197	42	5	8	43	1.58
1477043--1477161	37	3.0	40	83	10	131	45	4	9	41	1.55
1477170--1477229	29	2.2	25	80	11	57	48	1	6	43	1.39
1477184--1477250	33	1.9	36	88	8	104	49	2	5	41	1.42
1477227--1477276	21	2.4	21	83	9	59	48	4	6	42	1.46
1477225--1477281	21	2.6	21	76	15	53	47	3	5	43	1.43
1478434--1478495	30	2.0	31	84	9	81	27	6	3	62	1.35
1478452--1478495	16	2.9	15	77	9	54	25	9	2	63	1.35
1479552--1479585	18	1.9	17	88	5	50	5	11	8	73	1.24
1485878--1485935	31	1.9	30	89	3	89	34	8	0	56	1.30
1486805--1486894	31	3.0	31	88	6	132	36	2	5	55	1.36
1487361--1487394	17	2.0	17	88	11	52	41	2	0	55	1.15
1487310--1487384	23	3.1	23	78	18	73	44	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1487615--1487686	24	2.9	23	80	17	74	54	0	4	41	1.20
1487615--1487686	25	2.9	25	82	14	87	54	0	4	41	1.20
1487615--1487686	26	2.8	26	80	14	80	54	0	4	41	1.20
1492287--1492363	37	2.1	36	83	9	93	46	1	2	49	1.23
1492510--1492547	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
1495535--1495569	13	2.7	13	86	0	52	82	5	0	11	0.82
1498065--1498089	4	6.2	4	100	0	50	52	0	48	0	1.00
1503800--1503908	31	3.5	31	98	0	209	23	11	18	46	1.81
1503956--1503994	14	2.8	14	84	0	51	64	17	10	7	1.48
1504184--1504254	37	1.9	37	88	5	108	63	14	5	16	1.48
1504189--1504254	14	5.1	14	73	17	52	65	13	4	16	1.43
1524256--1524302	10	4.6	10	89	5	76	82	0	6	10	0.82
1524256--1524302	21	2.3	20	92	3	76	82	0	6	10	0.82
1525347--1525764	55	7.7	55	84	5	469	30	14	24	30	1.95
1525355--1525768	106	3.9	106	86	3	535	30	14	24	29	1.95
1525357--1525764	161	2.5	159	81	7	482	30	14	25	29	1.95
1525969--1526006	3	12.7	3	94	0	67	65	2	0	31	1.06
1531259--1531287	12	2.4	12	100	0	58	0	41	31	27	1.56
1536755--1536794	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
1548733--1549079	173	2.0	173	97	0	658	34	8	14	42	1.76
1549727--1549762	19	1.9	19	88	5	56	72	0	8	19	1.10
1552391--1552458	30	2.3	30	92	0	109	23	14	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1552570--1552598	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
1556578--1556606	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
1556899--1556944	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
1559831--1559889	31	1.9	30	89	3	91	27	8	10	54	1.63
1571595--1571627	14	2.3	15	89	5	50	84	0	12	3	0.72
1575706--1575787	39	2.1	39	84	4	103	21	13	17	47	1.81
1581525--1581597	36	2.0	37	89	5	112	31	4	20	43	1.70
1581755--1581794	20	2.0	20	85	0	53	17	22	20	40	1.92
1584342--1584388	21	2.2	22	85	7	71	21	25	17	36	1.94
1584380--1584486	20	5.3	20	96	0	196	42	19	17	20	1.90
1584504--1584566	20	3.2	19	82	8	72	34	26	14	23	1.93
1584517--1584570	20	2.7	20	94	0	90	33	25	14	25	1.95
1587876--1587969	20	4.7	19	87	7	125	35	23	22	19	1.96
1587876--1587969	40	2.3	40	89	7	138	35	23	22	19	1.96
1587941--1588036	33	2.8	33	87	3	129	45	20	20	12	1.83
1588051--1588126	33	2.3	34	93	2	127	13	22	18	46	1.83
1589634--1589744	42	2.7	42	76	6	111	22	18	37	20	1.94
1590225--1590290	20	3.3	20	76	0	69	36	22	18	22	1.95
1590333--1590571	20	12.6	20	81	13	247	19	18	21	41	1.91
1590303--1590548	127	1.9	126	88	3	368	18	18	20	42	1.89
1592447--1592496	20	2.5	20	93	0	82	50	24	14	12	1.76
1592468--1592541	33	2.2	34	85	7	98	44	25	18	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1592866--1592908	22	2.0	22	90	0	68	20	13	39	25	1.90
1593106--1593238	20	6.7	20	90	3	205	19	19	19	41	1.91
1593228--1593280	21	2.5	21	87	0	79	33	16	24	24	1.96
1593736--1593788	21	2.5	21	81	0	70	20	22	18	37	1.94
1593778--1593815	20	1.9	20	94	0	67	34	21	21	23	1.97
1593804--1593830	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
1593784--1593848	33	2.0	33	84	6	87	27	18	21	32	1.97
1593815--1593956	20	7.1	20	84	7	146	25	21	16	36	1.94
1593836--1593946	41	2.7	40	79	4	123	24	22	15	37	1.93
1594814--1594867	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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