genome.fa.s8138.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008138.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3838456

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020477--2020510	12	2.9	12	91	4	52	44	2	23	29	1.68
2022359--2022416	20	2.7	20	81	10	62	32	18	20	27	1.97
2023132--2023255	31	3.9	32	70	13	87	29	18	19	32	1.96
2023133--2023256	62	2.0	62	82	4	151	29	18	19	32	1.96
2028121--2028295	90	2.0	89	94	1	305	45	6	10	37	1.65
2030570--2030682	60	1.9	60	90	7	185	31	18	14	35	1.91
2031703--2031752	22	2.2	23	82	10	59	44	12	14	30	1.81
2031749--2031793	21	2.2	20	88	4	63	44	8	15	31	1.77
2031832--2031907	35	2.1	36	95	2	136	47	15	10	26	1.78
2032760--2032888	65	2.0	64	92	1	213	38	3	9	48	1.54
2032795--2032908	32	3.5	32	73	9	97	37	3	9	49	1.53
2032756--2032903	65	2.3	65	86	3	199	37	4	10	48	1.56
2034241--2034288	16	2.9	16	78	6	51	41	22	2	33	1.66
2034790--2034955	75	2.2	75	85	0	233	37	16	13	31	1.88
2035297--2036085	413	1.9	416	86	3	1140	43	8	9	38	1.68
2036858--2037392	197	2.7	198	81	4	650	40	13	17	28	1.88
2039998--2040050	25	2.1	24	82	6	61	20	3	3	71	1.17
2040163--2040214	2	26.0	2	96	0	95	48	0	1	50	1.12
2041843--2041913	36	2.0	36	88	0	106	42	16	8	32	1.79
2042618--2042672	14	4.1	14	72	9	51	18	14	9	58	1.62
2042592--2042670	40	2.0	39	82	9	97	16	15	11	56	1.66
2045802--2046002	99	2.0	99	95	0	357	29	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047059--2047316	75	3.5	75	83	4	315	30	15	22	30	1.95
2048604--2048658	22	2.5	22	87	0	83	38	10	12	38	1.79
2049244--2049341	35	2.7	35	79	3	115	30	16	12	40	1.85
2049244--2049353	37	3.0	37	77	4	143	32	16	10	40	1.83
2049410--2049739	119	2.7	122	89	2	479	40	15	18	26	1.90
2049652--2049985	139	2.4	136	85	7	435	39	15	19	26	1.91
2049810--2049873	17	3.3	19	67	20	51	43	10	20	25	1.84
2051400--2051461	19	3.2	19	71	8	52	22	4	4	67	1.29
2051566--2051595	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
2053439--2053502	20	3.2	20	91	4	85	25	10	12	51	1.72
2054126--2054533	118	3.5	117	70	11	295	33	14	12	39	1.83
2054123--2054663	226	2.4	226	84	1	708	34	13	11	40	1.81
2056206--2057285	539	2.0	539	99	0	2133	28	13	24	33	1.93
2057430--2057489	30	2.0	30	87	6	86	33	1	3	61	1.22
2057430--2057472	15	2.9	15	75	0	50	32	0	2	65	1.06
2057546--2057603	18	3.2	18	69	11	55	48	0	1	50	1.11
2063190--2063264	35	2.1	35	95	0	132	34	28	28	9	1.88
2063325--2063376	24	2.2	24	82	0	59	42	19	9	28	1.82
2063346--2063423	24	3.3	23	78	5	84	35	17	17	28	1.94
2063348--2063416	23	2.9	24	80	2	77	36	18	15	28	1.92
2067292--2067322	7	4.4	7	95	0	53	3	0	29	67	1.06
2068288--2068347	32	1.9	30	83	6	75	45	5	6	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068462--2068507	20	2.3	20	85	7	58	43	2	10	43	1.51
2070034--2070070	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2071665--2071724	20	3.0	20	82	4	68	1	51	1	45	1.21
2072082--2072131	23	2.1	25	85	14	70	36	0	0	64	0.94
2072082--2072134	20	2.7	19	80	5	61	39	0	0	60	0.97
2072602--2072627	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2074568--2074617	17	3.0	17	76	2	57	44	0	0	56	0.99
2075432--2075469	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
2076377--2076422	16	2.9	16	84	12	51	50	0	0	50	1.00
2076398--2076422	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2076628--2076663	18	2.1	17	89	5	54	11	13	16	58	1.63
2079161--2079220	30	2.0	30	100	0	120	30	33	3	33	1.74
2086781--2086869	23	4.0	21	82	10	88	19	23	31	25	1.98
2086792--2086869	23	3.5	22	89	5	111	19	20	34	25	1.96
2088231--2088677	223	2.0	223	98	0	858	33	18	11	35	1.87
2093196--2093556	59	6.1	59	90	1	544	28	20	13	37	1.90
2093916--2094094	98	1.8	99	85	1	252	28	25	15	30	1.95
2100058--2100354	59	5.0	59	87	1	434	28	19	13	39	1.89
2100680--2100723	22	2.0	23	90	4	72	25	22	15	36	1.94
2100680--2100890	94	2.2	94	76	12	218	27	23	16	31	1.96
2101734--2101767	17	2.1	17	88	5	52	44	8	5	41	1.60
2101829--2101877	14	3.5	13	76	17	53	24	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109355--2109391	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
2118149--2118239	20	4.6	20	87	5	105	29	13	20	36	1.91
2118854--2118892	16	2.4	17	83	12	55	48	0	0	51	1.00
2120007--2120045	15	2.6	15	79	0	51	28	2	2	66	1.18
2120172--2120232	25	2.5	25	75	2	61	39	0	0	60	0.97
2128370--2128399	12	2.5	12	88	0	51	90	0	10	0	0.47
2130324--2130363	19	2.1	20	86	9	57	37	10	7	45	1.66
2130400--2130596	73	2.7	74	81	8	242	34	17	9	39	1.82
2130421--2130591	37	4.7	35	69	10	121	34	15	8	40	1.79
2130521--2130560	21	2.0	19	85	9	53	35	20	5	40	1.74
2130591--2130738	51	2.9	51	76	3	154	24	22	12	41	1.88
2130681--2130718	15	2.5	15	91	0	58	21	15	13	50	1.78
2130791--2130915	38	3.3	38	79	9	132	28	19	11	40	1.86
2131060--2131108	15	3.3	15	85	0	62	32	14	8	44	1.74
2130971--2131144	51	3.4	52	74	5	174	25	20	12	40	1.88
2131181--2131305	38	3.3	38	80	7	139	27	20	12	40	1.87
2130511--2131343	390	2.1	390	95	2	1516	29	19	11	40	1.86
2132273--2132333	26	2.3	27	82	2	79	62	1	31	4	1.26
2132400--2132440	14	2.8	15	85	14	59	4	0	12	82	0.81
2132405--2132448	19	2.4	19	84	3	54	9	0	11	79	0.93
2136624--2136816	84	2.3	84	82	3	226	31	11	17	38	1.86
2136957--2137000	21	2.1	21	86	0	61	47	27	0	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142852--2142936	45	1.9	44	90	2	134	31	3	12	51	1.57
2146626--2146698	36	2.0	36	100	0	146	16	10	24	47	1.78
2150295--2150609	81	3.9	81	78	8	318	37	18	14	28	1.91
2150394--2150520	42	3.1	40	73	15	100	42	17	10	29	1.82
2150284--2150609	40	8.0	40	72	7	208	38	18	14	28	1.90
2150563--2150656	47	2.0	47	89	0	143	39	18	12	29	1.88
2153962--2154030	29	2.4	29	72	13	70	39	7	15	37	1.76
2156520--2156557	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2157214--2157255	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2160847--2160880	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2161061--2161132	24	3.0	24	85	2	101	51	18	11	19	1.75
2161065--2161133	12	5.8	12	72	16	54	50	18	13	17	1.77
2162269--2162343	36	2.1	36	85	5	98	22	22	5	49	1.70
2163704--2163746	13	3.3	13	76	0	50	18	18	41	20	1.90
2163734--2163769	18	2.0	18	94	0	63	19	22	41	16	1.90
2163781--2163854	30	2.5	30	97	0	139	45	20	22	10	1.82
2165128--2165174	3	15.7	3	95	0	85	34	2	0	63	1.06
2166605--2166651	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
2167286--2167348	28	2.3	27	80	2	72	30	7	0	61	1.24
2167352--2167389	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
2177992--2178066	1	75.0	1	71	0	51	85	1	13	0	0.67
2177989--2178066	8	10.0	8	72	25	69	84	1	14	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177994--2178058	6	10.8	6	80	12	80	84	1	13	0	0.69
2179218--2179592	83	4.5	83	96	1	680	26	12	22	38	1.90
2180345--2180954	112	5.5	112	93	2	985	38	13	19	28	1.90
2181253--2181302	3	16.7	3	95	0	91	34	2	0	64	1.05
2182731--2182777	14	3.5	13	80	13	51	40	2	2	55	1.24
2184753--2185062	113	2.7	113	94	1	541	27	9	16	47	1.77
2186492--2186540	2	24.5	2	82	0	62	42	2	0	55	1.11
2186494--2186553	12	5.0	12	85	0	75	40	3	0	56	1.16
2186494--2186552	18	3.3	18	82	0	73	40	3	0	55	1.16
2186500--2186563	24	2.7	24	82	4	67	42	3	1	53	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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