genome.fa.s8138.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008138.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3838456

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2409570--2409673	44	2.3	45	85	1	129	29	16	21	32	1.95
2429434--2429487	17	2.9	19	71	20	60	48	31	14	5	1.67
2432201--2432396	65	3.0	63	80	13	220	28	17	22	32	1.96
2432177--2432356	65	2.8	64	83	7	222	30	17	22	30	1.97
2444818--2444857	21	1.9	21	84	0	53	25	37	27	10	1.88
2449426--2449487	23	2.7	23	87	2	90	22	30	25	20	1.98
2449446--2449510	19	3.3	19	82	10	60	21	29	30	18	1.97
2451795--2451827	16	2.1	16	100	0	66	39	12	6	42	1.67
2452279--2452333	20	2.8	20	88	0	83	21	30	27	20	1.98
2453843--2453919	23	3.5	22	76	7	75	28	22	23	25	1.99
2459645--2459752	45	2.4	46	87	7	159	32	16	19	31	1.94
2469599--2469625	14	1.9	14	100	0	54	55	0	37	7	1.28
2479171--2479203	7	4.7	7	100	0	66	30	0	0	69	0.88
2481053--2481159	24	4.5	24	80	0	115	49	17	10	22	1.77
2481098--2481135	12	3.2	12	84	0	58	50	18	15	15	1.79
2481053--2481161	48	2.3	48	83	0	128	49	17	11	22	1.77
2485218--2485283	24	2.8	24	85	0	78	51	16	7	24	1.70
2485237--2485328	24	3.8	24	79	2	78	50	15	10	23	1.75
2488970--2489419	236	1.9	237	95	0	812	41	14	9	34	1.78
2495756--2495784	4	7.2	4	100	0	58	72	0	27	0	0.85
2496127--2496151	13	1.9	13	100	0	50	32	8	52	8	1.60
2499390--2499414	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510374--2510414	21	2.0	21	90	0	64	63	0	21	14	1.30
2516538--2516586	20	2.5	19	81	18	57	40	6	30	22	1.78
2519949--2520060	43	2.6	43	82	0	125	30	15	19	34	1.93
2520000--2520116	42	2.7	43	73	11	123	29	11	21	38	1.88
2520110--2520289	44	4.1	44	84	1	200	31	12	22	33	1.91
2520104--2520306	44	4.7	44	81	3	198	32	13	21	32	1.93
2527459--2527600	76	1.9	76	96	0	266	28	18	34	18	1.94
2527767--2527930	43	3.9	43	70	13	117	37	18	15	28	1.91
2527748--2527940	83	2.3	84	83	6	241	36	18	15	29	1.92
2527789--2527956	83	2.0	83	91	0	273	36	19	14	29	1.92
2528045--2528166	41	3.0	41	76	13	119	31	17	18	33	1.94
2529232--2529279	22	2.1	23	88	11	73	35	16	6	41	1.74
2530253--2530286	15	2.3	15	100	0	68	17	5	0	76	0.98
2542132--2542170	20	2.0	20	94	0	69	41	5	23	30	1.76
2546265--2546314	20	2.5	20	96	0	91	48	0	26	26	1.52
2550930--2550975	22	2.1	22	91	0	74	36	2	10	50	1.50
2554202--2554238	19	1.9	19	89	10	58	62	5	0	32	1.18
2558498--2558551	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2558711--2558783	23	3.2	23	84	0	101	39	26	16	17	1.91
2558711--2558794	23	3.7	23	83	0	96	39	23	16	20	1.92
2558889--2558952	14	4.4	15	73	11	53	37	21	9	31	1.85
2558889--2559030	44	3.2	44	78	6	153	36	21	8	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561980--2562008	15	1.9	15	100	0	58	27	27	6	37	1.82
2565595--2565684	23	3.9	23	77	8	85	42	24	15	17	1.88
2569259--2569314	23	2.4	23	87	0	85	16	25	26	32	1.96
2569349--2569394	23	2.0	24	86	4	67	17	23	26	32	1.97
2569963--2570004	17	2.4	18	84	11	61	40	0	7	52	1.29
2570063--2570116	22	2.6	22	80	8	60	48	1	3	46	1.30
2570090--2570143	29	1.9	27	92	7	90	46	0	5	48	1.25
2570154--2570430	8	32.1	10	72	26	228	41	0	0	58	0.98
2570154--2570430	17	16.0	20	71	27	228	41	0	0	58	0.98
2570151--2570454	5	60.2	5	92	7	476	41	0	0	58	0.98
2574279--2574420	36	4.0	35	81	4	158	34	19	21	23	1.96
2575712--2575873	25	6.6	25	89	2	249	36	23	17	22	1.95
2575712--2575873	73	2.2	74	89	2	254	36	23	17	22	1.95
2578372--2578443	30	2.4	30	77	6	76	31	19	5	43	1.74
2582411--2582566	65	2.4	64	86	5	199	31	19	23	26	1.98
2585469--2585505	19	1.9	20	88	5	58	40	0	2	56	1.13
2588140--2588194	3	18.7	3	94	3	94	63	0	0	36	0.95
2590424--2590467	8	5.6	8	83	2	54	40	2	0	56	1.11
2590480--2590747	37	7.1	37	79	12	253	44	2	7	45	1.46
2590603--2590800	35	5.4	38	77	18	158	45	2	5	46	1.37
2590494--2590748	73	3.4	73	79	14	245	45	2	6	45	1.43
2590513--2590730	115	1.9	117	84	8	302	46	2	5	44	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590672--2590722	26	2.0	26	84	7	68	47	1	5	45	1.38
2590708--2590754	24	2.0	24	87	8	69	46	0	4	48	1.21
2590683--2590798	33	3.4	33	77	14	112	44	0	5	49	1.30
2590789--2591060	136	2.0	135	93	0	463	23	8	13	53	1.68
2592115--2592145	13	2.3	14	94	5	55	16	12	0	70	1.16
2597241--2598923	84	20.3	83	75	7	1136	30	24	18	26	1.98
2597204--2598601	163	8.4	163	77	6	1140	30	23	19	26	1.98
2597243--2598803	249	6.3	249	85	3	1874	30	24	18	26	1.98
2597327--2599012	164	10.2	163	79	6	1087	30	24	18	26	1.98
2599667--2599818	37	3.9	39	81	14	165	48	2	4	44	1.37
2599689--2599818	40	3.4	36	83	15	156	48	2	4	44	1.36
2599721--2599844	35	3.4	35	78	12	117	44	2	5	47	1.39
2599887--2599927	3	14.7	3	85	14	61	29	0	0	70	0.87
2601166--2601207	16	2.6	17	82	14	54	19	7	2	71	1.20
2602886--2603009	3	41.0	3	82	3	97	39	1	1	57	1.18
2605018--2605084	34	1.9	36	84	6	93	47	0	1	50	1.10
2605153--2605183	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
2606488--2606525	8	4.8	8	100	0	76	13	0	0	86	0.56
2607374--2607445	12	5.8	12	71	12	65	16	19	8	55	1.66
2610590--2610633	10	4.4	10	88	8	63	84	0	11	4	0.77
2610592--2610644	15	3.6	14	82	12	63	83	0	13	3	0.79
2610589--2610644	19	2.9	19	85	12	78	82	0	14	3	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2612415--2612669	75	3.4	75	92	0	393	30	14	24	30	1.95
2613935--2614029	22	4.3	22	88	5	138	32	15	13	37	1.87
2614411--2614991	123	4.7	123	93	0	957	38	15	20	25	1.92
2614411--2614991	245	2.4	245	92	1	948	38	15	20	25	1.92
2614921--2615266	139	2.5	137	86	3	464	39	14	18	27	1.90
2615468--2615510	4	10.8	4	82	9	52	23	0	2	74	0.93
2615492--2615616	3	41.3	3	83	3	126	36	0	2	60	1.16
2615478--2615616	21	6.9	20	81	6	115	34	0	2	61	1.16
2615618--2615646	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
2617483--2617531	19	2.6	18	78	9	53	26	6	2	65	1.27
2617559--2617583	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2621295--2621324	14	2.1	14	100	0	60	43	13	13	30	1.82
2629058--2629097	21	2.0	20	90	5	62	50	0	0	50	1.00
2630784--2631146	181	2.0	182	99	0	719	32	15	24	27	1.95
2632039--2632080	22	1.9	22	85	9	59	76	0	4	19	0.96
2632039--2632071	12	2.5	13	85	14	50	75	0	6	18	1.00
2634516--2634673	65	2.4	65	81	7	180	28	15	24	32	1.95
2636923--2636947	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
2638583--2638741	80	2.0	79	98	1	309	35	18	11	33	1.88
2643335--2643476	65	2.2	65	86	7	193	28	18	24	28	1.98
2643444--2643496	19	2.8	19	97	0	97	20	15	32	32	1.93
2644383--2644432	23	2.1	25	85	7	68	36	6	0	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645321--2645372	21	2.4	22	87	9	72	26	26	15	30	1.96
2646516--2646622	20	5.3	20	85	0	151	45	26	11	16	1.81
2646610--2646682	19	3.7	19	87	5	92	35	21	12	30	1.90
2648090--2648125	18	2.0	18	94	0	63	58	25	0	16	1.38
2649905--2649968	20	3.2	20	97	0	119	48	20	20	10	1.79
2649913--2649979	20	3.4	19	80	15	73	53	16	17	11	1.72
2650001--2650027	14	1.9	14	100	0	54	7	7	33	51	1.58
2650382--2650446	22	3.0	22	80	4	71	24	15	40	20	1.91
2650548--2650769	20	11.1	20	84	0	282	18	17	23	40	1.91
2650554--2650768	60	3.6	60	90	1	324	18	17	24	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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