genome.fa.s8138.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008138.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3838456

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1601069--1601097	14	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
1604486--1604552	30	2.2	30	84	5	82	19	32	17	29	1.95
1604612--1604742	30	4.4	30	79	8	133	18	24	32	24	1.97
1604613--1604725	60	1.9	59	83	5	147	19	24	32	23	1.97
1606772--1606872	50	2.0	50	96	0	184	34	12	12	39	1.82
1608738--1608774	18	2.1	18	100	0	74	35	10	27	27	1.90
1609533--1609591	27	2.2	27	90	0	91	13	16	23	45	1.83
1609601--1609644	21	2.1	21	86	0	61	50	2	11	36	1.51
1611575--1611734	59	2.7	61	77	11	170	30	21	5	43	1.75
1611850--1612078	59	3.9	60	82	6	211	42	4	16	36	1.69
1611937--1612078	59	2.4	59	89	2	214	46	4	11	38	1.59
1612245--1612281	17	2.2	17	90	0	56	62	0	8	29	1.24
1613684--1613708	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1613898--1613949	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
1613918--1614035	24	4.9	24	86	6	150	40	19	16	22	1.91
1613921--1614052	48	2.8	48	81	6	160	43	18	15	22	1.88
1623595--1623638	22	2.0	22	86	0	61	50	2	0	47	1.13
1624944--1624986	3	15.0	3	90	4	63	69	2	0	27	1.00
1624944--1624994	9	5.3	10	83	9	54	70	1	0	27	0.98
1625231--1625288	17	3.4	17	68	29	50	15	25	10	48	1.77
1625216--1625544	123	2.7	118	84	8	410	27	18	15	38	1.91
1625216--1625770	113	4.7	121	80	11	436	29	19	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1625457--1626117	113	5.9	112	84	6	813	30	18	13	37	1.90
1625458--1626125	225	3.0	224	87	4	935	30	18	13	37	1.90
1626813--1627036	114	2.0	114	93	0	385	29	20	16	33	1.95
1627724--1627792	14	5.4	13	77	16	56	2	13	0	84	0.74
1627732--1627764	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
1633547--1633606	23	2.6	23	97	0	111	23	31	26	18	1.97
1634218--1634367	67	2.3	66	92	1	246	14	26	28	30	1.95
1634850--1634889	22	1.9	20	90	10	62	65	0	32	2	1.06
1637221--1637252	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
1641168--1641219	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
1641609--1641659	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
1641609--1641863	20	12.6	20	78	6	138	39	19	22	18	1.92
1641713--1641861	40	3.7	40	85	2	190	36	17	24	20	1.94
1641730--1641861	60	2.2	60	86	0	183	37	16	25	20	1.93
1641852--1641890	20	2.0	20	89	0	60	51	17	15	15	1.77
1641971--1642075	6	17.5	6	100	0	210	33	50	16	0	1.45
1642766--1642833	6	11.5	6	95	1	111	0	16	54	29	1.42
1642943--1643093	20	7.4	20	85	4	167	20	25	17	35	1.95
1642941--1643114	40	4.2	40	81	6	186	20	25	18	35	1.95
1642941--1643114	83	2.1	81	81	8	190	20	25	18	35	1.95
1643130--1643181	20	2.6	20	93	0	86	11	17	17	53	1.72
1643168--1643218	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1644560--1644604	3	15.0	3	86	9	65	68	2	0	28	1.01
1644564--1644613	24	2.0	25	92	3	84	72	2	0	26	0.96
1644561--1644609	21	2.3	21	92	3	80	71	2	0	26	0.97
1645352--1645406	29	1.9	28	85	10	76	40	20	10	29	1.86
1654088--1654126	18	2.2	18	100	0	78	35	10	5	48	1.59
1656988--1657015	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
1659259--1659297	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1659245--1659405	65	2.5	65	85	3	209	30	26	15	27	1.96
1659197--1659425	64	3.6	64	80	5	214	29	25	17	27	1.97
1665202--1665250	22	2.3	21	83	13	57	30	20	18	30	1.96
1666780--1666823	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
1667872--1667910	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
1667858--1668018	65	2.5	65	85	3	209	30	26	15	27	1.96
1667810--1668038	64	3.6	64	80	5	214	29	25	17	27	1.97
1673758--1673916	42	3.8	42	91	1	241	32	23	23	20	1.98
1684712--1684808	29	3.4	27	72	18	72	45	4	19	30	1.69
1684690--1684805	58	2.0	58	86	5	162	44	5	18	31	1.72
1689745--1689888	51	2.8	51	80	4	164	52	13	14	18	1.74
1691896--1691944	21	2.3	21	86	6	64	26	20	18	34	1.95
1699251--1699322	18	4.1	18	77	15	78	1	15	4	79	0.96
1699226--1699297	21	3.4	21	79	12	69	4	15	2	77	1.03
1699256--1699314	14	4.0	15	78	22	63	1	15	3	79	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1699251--1699319	19	3.6	19	81	9	79	1	15	2	79	0.92
1699248--1699320	9	8.6	8	71	24	53	1	15	2	80	0.89
1699248--1699320	10	7.4	9	73	19	58	1	15	2	80	0.89
1699224--1699320	15	6.6	14	71	20	65	4	14	2	79	0.97
1699223--1699314	26	3.6	25	76	12	73	4	14	2	79	0.98
1702231--1702273	20	2.2	20	86	0	59	53	20	6	18	1.67
1708526--1708597	37	1.9	37	88	0	108	31	13	9	44	1.77
1709035--1709077	20	2.2	20	91	0	68	55	20	6	16	1.64
1715510--1715548	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1720088--1720166	10	8.2	9	72	20	54	56	6	2	34	1.38
1720055--1720154	53	1.9	51	82	11	123	57	7	2	34	1.37
1720062--1720135	28	2.5	31	84	10	100	56	6	1	35	1.34
1720134--1720164	16	1.9	16	93	0	53	54	9	3	32	1.49
1720088--1720165	23	3.5	23	78	15	83	57	6	2	33	1.38
1720088--1720166	13	5.9	13	69	19	56	56	6	2	34	1.38
1720239--1720295	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
1723701--1723745	20	2.2	20	96	0	81	35	4	11	48	1.59
1723852--1723913	23	2.7	23	80	7	65	48	3	3	45	1.34
1729470--1729510	19	2.1	19	86	4	55	26	24	31	17	1.97
1730136--1730203	24	2.8	24	82	12	75	32	1	0	66	1.01
1732586--1732645	21	2.9	21	90	2	86	13	28	38	20	1.90
1734069--1734116	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735328--1735368	21	2.0	21	86	9	59	19	21	29	29	1.98
1735924--1736083	65	2.5	63	84	4	203	29	25	18	26	1.98
1736055--1736103	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
1744060--1744098	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
1744520--1744729	65	3.2	65	79	9	191	30	23	18	26	1.98
1744707--1744749	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
1744587--1744749	64	2.5	63	80	10	161	28	25	19	26	1.99
1748215--1748277	24	2.7	24	82	2	83	20	22	23	33	1.97
1751311--1751396	32	2.7	31	80	8	102	29	13	27	29	1.95
1751573--1751744	64	2.7	64	95	0	299	36	19	13	30	1.91
1751711--1752029	121	2.7	121	88	2	468	35	25	16	22	1.95
1751827--1752084	55	4.5	55	72	12	212	34	25	16	23	1.96
1751827--1752157	176	1.9	176	93	0	572	34	26	15	22	1.94
1752266--1752939	84	8.0	84	87	2	825	33	21	19	24	1.97
1754149--1754218	28	2.4	28	77	13	70	30	2	0	67	1.05
1754170--1754229	21	2.8	21	82	9	77	30	0	0	70	0.88
1754401--1754439	19	2.1	19	85	0	51	38	7	2	51	1.44
1755319--1755367	24	2.1	24	81	11	57	30	8	2	59	1.38
1755725--1755786	3	20.7	3	100	0	124	66	0	0	33	0.92
1763567--1763881	53	5.9	53	84	1	364	23	25	20	30	1.98
1764256--1764334	42	1.9	41	89	2	122	36	22	18	21	1.95
1764383--1764732	42	8.2	42	67	11	183	30	23	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764237--1764715	122	3.8	121	83	6	557	30	23	18	27	1.98
1764518--1764581	20	3.0	21	70	17	69	31	25	18	25	1.98
1764455--1764722	135	2.0	135	91	0	437	29	22	18	29	1.97
1773374--1773402	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
1775509--1775564	2	29.5	2	85	10	64	44	0	0	55	0.99
1775518--1775576	31	1.9	31	82	3	75	40	1	1	55	1.20
1775754--1775834	31	2.7	31	79	9	98	48	12	4	34	1.62
1777720--1777790	29	2.4	29	97	0	133	11	23	42	22	1.86
1778369--1778395	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1782532--1782979	231	1.9	231	94	0	779	35	14	12	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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