genome.fa.s8138.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008138.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3838456

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  5  of  18  ( 2117 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867170--867195	10	2.6	10	100	0	52	19	11	50	19	1.77
869921--870032	51	2.2	51	87	3	154	53	8	3	34	1.48
870729--870799	26	2.8	26	79	10	76	63	1	2	32	1.18
871724--871767	21	2.1	21	86	0	61	75	0	0	25	0.81
871724--871773	18	2.8	18	85	8	59	74	0	0	26	0.83
871770--871814	17	2.6	17	85	0	63	46	4	2	46	1.35
871859--872077	37	5.9	36	78	9	192	42	8	5	43	1.59
871912--872077	72	2.3	73	81	8	187	43	7	6	42	1.58
876868--876907	21	1.9	21	89	0	62	50	17	15	17	1.79
877539--877587	22	2.3	21	86	6	71	18	22	20	38	1.93
878800--878833	3	10.7	3	87	12	50	61	0	38	0	0.96
878798--878833	10	3.7	10	96	3	65	61	0	38	0	0.96
878800--878833	13	2.7	12	86	13	50	61	0	38	0	0.96
879279--879397	57	2.1	57	92	1	195	38	18	20	22	1.93
879595--879623	11	2.5	12	94	5	51	17	10	17	55	1.69
889395--889419	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
889550--889623	24	3.1	23	78	16	62	28	22	25	22	1.99
889724--889784	30	2.0	30	87	0	86	37	18	4	39	1.72
889724--889772	15	3.3	15	73	0	53	40	18	6	34	1.75
894500--894584	29	2.8	29	85	8	98	38	4	11	44	1.62
894500--894595	29	3.0	31	82	13	97	39	5	11	43	1.63
894624--894665	22	1.9	22	90	0	66	21	4	2	71	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894622--894659	18	2.2	17	90	4	58	23	2	2	71	1.12
894624--894664	14	2.7	16	81	14	59	21	4	2	70	1.18
895763--895801	18	2.2	18	95	0	69	17	5	0	76	0.96
895837--895893	20	3.0	20	73	16	59	24	5	0	70	1.08
895867--895901	16	2.2	16	90	10	54	25	0	0	74	0.82
895827--895902	27	2.8	28	76	11	77	26	6	0	67	1.15
896281--896370	5	17.4	5	72	19	60	15	7	2	74	1.14
896275--896370	36	2.6	37	93	3	158	15	7	2	75	1.12
896325--896385	26	2.3	26	91	0	95	16	8	1	73	1.14
904798--904828	16	1.9	16	100	0	62	19	19	22	38	1.93
904855--904900	24	1.9	24	91	8	76	10	15	0	73	1.08
904883--904915	5	6.8	5	89	6	50	15	0	0	84	0.61
905558--905933	187	2.0	186	97	2	711	28	25	7	38	1.83
906742--906799	24	2.4	23	82	5	71	29	24	24	22	1.99
906900--906962	30	2.1	30	87	0	90	38	17	4	39	1.71
906900--906948	15	3.3	15	73	0	53	40	18	6	34	1.75
907481--907522	22	1.9	22	85	9	59	19	30	9	40	1.83
915622--917805	6	383.5	6	89	10	3426	66	17	0	16	1.26
918002--918042	19	2.2	19	95	0	73	39	21	7	31	1.81
918110--918222	20	5.7	19	77	12	93	30	25	12	30	1.92
917889--918186	141	2.1	141	95	0	533	37	23	12	26	1.91
918130--918222	20	4.7	19	89	4	105	32	25	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917969--918230	40	6.5	40	72	9	133	35	24	11	28	1.91
917889--918231	141	2.4	141	90	0	463	36	23	12	27	1.91
919177--919230	24	2.2	24	90	0	81	22	20	16	40	1.91
921000--921040	12	3.4	12	86	0	55	56	24	2	17	1.53
920999--921033	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
921418--921521	37	3.1	36	68	25	109	50	13	2	33	1.57
921406--921563	64	2.5	64	91	1	253	50	15	2	31	1.58
922936--923054	21	5.7	21	80	6	125	23	21	35	20	1.96
922933--923056	42	3.0	40	84	7	149	23	20	36	19	1.95
923089--923126	4	9.5	4	88	0	58	71	2	0	26	1.00
925054--925135	20	4.1	20	93	0	137	47	18	18	15	1.83
925054--925146	20	4.7	20	90	0	123	49	19	17	13	1.79
925384--925429	20	2.3	20	81	11	58	76	0	4	19	0.96
925517--925563	22	2.1	22	96	0	85	21	12	42	23	1.87
925686--925744	20	3.0	20	97	0	109	13	15	23	47	1.81
925738--925887	20	7.3	20	84	2	147	27	18	20	33	1.96
925815--925932	20	5.8	20	71	10	78	27	16	26	29	1.97
926958--927033	3	26.3	3	75	12	70	40	1	0	57	1.07
926958--927033	16	4.6	17	80	14	88	40	1	0	57	1.07
938344--938420	22	3.5	22	92	0	127	35	10	12	41	1.78
938919--939245	165	2.0	165	91	1	530	36	13	13	36	1.84
939288--940060	72	10.8	72	95	1	1365	29	18	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940487--940549	3	22.0	3	78	15	71	39	0	0	60	0.97
940488--940549	25	2.4	25	84	10	81	40	0	0	59	0.97
957249--957284	16	2.3	15	90	4	54	50	0	11	38	1.38
964531--964576	21	2.2	21	92	0	74	34	15	8	41	1.78
969543--969570	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
969924--969974	21	2.5	20	81	12	59	31	17	17	33	1.94
974083--974140	19	3.2	19	68	22	52	15	8	17	58	1.61
974344--974381	16	2.4	16	100	0	76	44	5	13	36	1.66
974438--974476	15	2.4	16	91	8	62	20	2	23	53	1.57
975323--975549	93	2.4	96	83	6	277	33	16	23	25	1.96
975873--976249	55	6.9	55	91	0	603	28	20	19	30	1.97
982391--982588	94	2.1	95	85	4	267	32	16	23	27	1.96
982625--982690	29	2.3	29	91	0	105	42	1	21	34	1.62
982971--983347	55	6.9	55	87	0	495	29	18	20	32	1.96
984524--984573	21	2.4	21	86	6	66	50	4	30	16	1.63
984857--984900	3	14.7	3	85	0	61	38	0	0	61	0.96
984857--984905	18	2.7	18	90	0	80	40	0	0	59	0.98
986459--986494	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
986658--986716	21	2.6	22	82	15	68	40	1	1	55	1.20
987146--987180	12	3.0	12	95	4	63	51	8	0	40	1.33
989562--989650	22	4.1	22	92	2	144	33	20	12	33	1.90
990327--991399	92	11.7	92	90	2	1592	22	20	18	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990327--991399	47	23.3	46	90	2	1592	22	20	18	38	1.94
991588--991649	3	20.7	3	83	0	79	38	1	0	59	1.07
996273--996320	18	2.6	18	76	3	51	18	52	14	14	1.75
1014701--1014750	23	2.2	23	96	3	93	18	24	38	20	1.93
1014701--1014761	23	2.7	23	89	2	79	16	26	34	22	1.95
1024703--1024861	42	3.8	40	85	4	210	33	23	20	22	1.97
1025807--1025891	29	2.9	29	82	0	107	44	16	3	35	1.65
1031949--1032152	42	4.8	42	85	3	250	33	22	25	19	1.97
1033088--1033180	29	3.2	29	93	4	152	45	24	0	30	1.54
1033987--1034177	95	2.0	95	96	0	355	29	24	16	30	1.96
1035139--1035203	18	3.6	19	77	8	55	40	38	7	13	1.74
1035876--1035967	40	2.3	40	81	3	114	42	31	1	25	1.62
1036766--1036827	28	2.2	28	82	8	72	14	12	4	67	1.38
1038141--1038201	26	2.3	26	100	0	122	52	6	9	31	1.60
1040983--1041056	32	2.3	32	83	4	87	60	0	4	35	1.15
1043449--1043487	20	1.9	21	89	5	62	58	0	5	35	1.20
1044392--1044436	17	2.8	17	74	12	51	31	17	15	35	1.92
1044485--1044538	21	2.6	21	77	11	58	29	22	22	25	1.99
1061735--1062666	233	4.1	233	83	5	1075	33	16	17	33	1.92
1062409--1062504	41	2.3	41	80	7	106	25	20	20	33	1.97
1063397--1063453	23	2.5	23	94	0	96	26	26	28	19	1.99
1064715--1064749	17	2.1	17	89	5	54	54	14	5	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1065095--1065256	64	2.5	64	79	2	173	25	23	18	32	1.97
1066440--1066886	137	3.3	132	82	4	475	33	20	14	31	1.93
1067055--1067123	3	22.7	3	79	8	59	30	4	2	62	1.29
1067088--1067120	16	2.1	16	94	0	57	27	0	6	66	1.15
1067055--1067125	18	3.8	19	77	1	65	30	4	2	61	1.29
1069619--1069652	17	2.0	17	100	0	68	47	29	0	23	1.52
1077413--1077443	3	10.3	3	92	0	53	35	3	0	61	1.12
1077591--1077626	15	2.4	16	86	13	58	47	11	0	41	1.39
1085511--1085536	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1085531--1085584	24	2.3	23	75	9	54	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18