genome.fa.s8138.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008138.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110694_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3838456

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650774--2650820	20	2.3	20	77	0	58	23	17	23	36	1.95
2650961--2651053	28	3.6	26	78	8	91	47	8	5	38	1.57
2651027--2651064	16	2.5	16	87	8	53	52	10	0	36	1.36
2661972--2662023	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
2661995--2662110	24	4.8	24	84	6	146	42	18	15	23	1.89
2662028--2662128	24	4.2	23	82	9	105	43	19	13	22	1.87
2662028--2662133	48	2.2	48	85	5	144	45	18	13	22	1.84
2675863--2675913	26	2.0	26	84	7	68	60	3	5	29	1.38
2676416--2676442	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2676853--2676887	17	2.1	16	89	5	52	42	0	0	57	0.99
2677249--2677293	21	2.1	21	100	0	90	42	8	13	35	1.75
2677111--2677458	184	1.9	186	95	1	637	38	8	16	36	1.80
2677838--2677877	12	3.5	11	83	10	53	60	0	0	40	0.97
2677829--2677881	23	2.3	22	78	9	61	54	0	0	45	0.99
2678138--2678200	15	4.4	14	80	11	65	53	1	0	44	1.10
2678150--2678202	28	1.9	27	84	3	70	52	0	0	47	1.00
2678612--2678654	20	2.2	20	83	8	52	41	9	13	34	1.77
2684452--2684484	17	1.9	17	100	0	66	57	18	0	24	1.40
2690637--2690692	27	2.2	24	75	24	62	26	35	28	8	1.87
2692328--2692368	21	1.9	22	85	5	57	39	12	7	41	1.70
2693981--2694020	19	2.1	19	100	0	80	42	17	0	40	1.49
2696255--2696292	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2704141--2704261	59	2.1	59	83	9	149	28	17	19	34	1.94
2710061--2710099	19	2.0	20	90	5	62	46	7	10	35	1.67
2709923--2710224	142	2.1	142	85	4	394	34	14	12	37	1.85
2710214--2710294	2	40.5	2	100	0	162	50	0	0	49	1.00
2710842--2711344	231	2.2	232	84	3	629	39	14	14	32	1.85
2713135--2713177	21	2.0	21	86	0	59	32	23	9	34	1.87
2716100--2716155	23	2.4	23	78	0	67	32	23	25	19	1.98
2721457--2721512	29	1.9	29	82	7	69	35	17	1	44	1.60
2725891--2725946	23	2.4	23	81	0	76	28	21	26	23	1.99
2729654--2729978	100	3.0	110	78	10	377	42	11	10	35	1.75
2729770--2730141	100	3.7	100	84	2	478	40	13	11	34	1.81
2729660--2730141	200	2.4	205	83	5	575	41	12	11	35	1.79
2730422--2730495	33	2.2	33	83	4	96	48	31	6	13	1.68
2731387--2731969	100	5.8	100	90	0	862	40	13	12	33	1.82
2731408--2731966	299	1.9	300	90	1	897	39	13	13	33	1.83
2731887--2732045	76	2.1	76	89	4	241	42	8	15	32	1.78
2732978--2733020	21	2.0	22	81	9	52	60	9	0	30	1.28
2733179--2733290	55	2.1	54	94	1	197	31	32	7	29	1.84
2736162--2736207	18	2.6	18	89	0	65	50	2	26	21	1.60
2738014--2738061	18	2.6	19	83	3	62	54	14	16	14	1.72
2740968--2741075	52	2.0	55	89	5	168	36	9	27	26	1.87
2744077--2744590	172	3.0	172	95	0	888	23	20	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757293--2757388	3	32.7	3	85	4	133	34	3	0	62	1.11
2770193--2770273	7	11.6	7	80	15	71	82	0	14	2	0.77
2770198--2770286	5	17.6	5	76	17	69	82	0	15	2	0.78
2770199--2770261	21	3.2	20	86	10	85	84	0	14	1	0.71
2770193--2770287	32	2.9	32	81	13	115	81	0	16	2	0.80
2770198--2770287	38	2.4	36	83	10	110	81	0	16	2	0.80
2771409--2771835	82	5.2	82	93	2	687	29	13	21	36	1.91
2772449--2773222	113	6.8	113	89	1	1167	38	13	19	28	1.90
2772456--2773222	226	3.4	226	95	0	1331	38	13	19	28	1.90
2773473--2773567	3	31.7	3	86	0	136	34	4	0	61	1.16
2800242--2800273	12	2.6	13	85	14	50	31	6	0	62	1.20
2801385--2801422	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
2801385--2801432	19	2.5	19	90	6	62	56	8	20	14	1.64
2803808--2803910	54	1.9	54	87	0	152	26	19	33	20	1.96
2805847--2805875	6	4.8	6	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2807965--2808018	21	2.6	22	82	11	69	27	24	20	27	1.99
2809424--2809448	13	1.9	13	100	0	50	40	0	24	36	1.55
2810292--2810339	21	2.3	20	86	10	62	35	22	8	33	1.84
2832773--2832813	20	2.0	20	90	0	64	34	9	24	31	1.88
2834730--2834760	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
2836575--2836609	9	4.0	9	92	7	63	65	0	11	22	1.24
2836578--2836624	8	6.0	8	80	12	53	68	0	8	23	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836578--2836624	17	3.0	17	82	17	66	68	0	8	23	1.17
2836588--2836635	22	2.1	23	88	7	71	68	2	6	22	1.23
2836577--2836637	22	3.0	20	76	19	56	67	1	6	24	1.24
2837226--2837399	45	3.9	45	84	6	244	29	20	9	40	1.84
2837226--2837436	90	2.3	90	83	6	232	28	21	10	39	1.86
2837361--2837522	79	2.1	79	90	2	254	25	22	11	40	1.87
2838388--2838616	112	2.1	111	88	2	334	37	18	16	28	1.92
2843138--2843204	22	3.0	22	91	0	107	26	23	22	26	2.00
2843435--2843508	28	2.6	28	93	4	123	36	12	10	40	1.78
2848195--2848221	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
2855639--2855706	35	1.9	35	87	0	100	44	22	0	33	1.53
2856234--2856305	31	2.3	31	87	0	108	40	12	12	34	1.81
2862386--2862453	34	2.0	34	97	0	127	30	11	16	41	1.84
2862624--2862703	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
2872390--2872425	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2872425--2872449	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2873988--2874273	63	4.5	63	85	7	364	24	20	13	40	1.89
2873989--2874273	124	2.2	124	84	8	344	24	20	14	40	1.89
2874315--2874487	83	2.1	83	84	3	224	27	32	17	22	1.96
2881106--2881153	12	4.1	11	84	10	60	72	2	0	25	0.95
2881127--2881176	20	2.5	21	80	6	59	64	4	2	30	1.23
2881221--2881505	35	7.9	36	77	14	243	42	7	4	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881433--2881491	12	5.0	12	68	12	50	42	10	6	40	1.65
2881195--2881513	71	4.6	69	76	17	266	43	7	3	45	1.49
2882256--2882305	25	2.1	24	88	7	75	28	6	24	42	1.78
2882412--2882488	22	3.8	22	69	22	69	44	11	18	25	1.84
2882393--2882478	37	2.3	37	87	0	127	40	11	19	27	1.86
2882412--2882533	59	2.1	58	83	4	147	41	12	19	26	1.87
2882552--2882619	34	2.0	34	97	0	127	35	14	22	27	1.93
2882335--2882641	163	1.9	162	86	8	444	40	12	19	27	1.87
2882711--2882815	36	3.0	35	89	8	151	41	10	20	27	1.84
2882704--2882824	36	3.3	36	86	11	149	39	10	19	30	1.85
2883080--2883178	43	2.4	42	83	8	114	24	13	29	33	1.93
2884177--2884376	96	2.1	97	87	3	298	31	17	18	33	1.94
2887149--2887191	15	2.8	16	85	7	70	30	37	6	25	1.82
2888286--2888329	6	7.0	6	85	10	61	84	0	0	15	0.63
2888285--2888328	20	2.2	20	95	4	79	86	0	0	13	0.57
2889456--2889505	20	2.5	21	80	6	59	64	4	0	32	1.12
2889461--2889499	12	2.9	13	88	11	53	61	5	0	33	1.18
2889456--2889516	12	5.4	11	73	13	52	62	4	0	32	1.17
2889556--2889907	35	10.1	35	73	17	222	44	7	4	43	1.52
2889606--2889899	75	4.1	72	77	16	240	44	6	4	44	1.50
2889508--2889908	39	11.6	36	72	19	204	44	7	3	44	1.50
2889778--2889840	26	2.5	26	89	5	94	46	6	3	44	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889803--2889907	34	3.0	34	86	8	140	44	7	3	43	1.50
2889738--2889875	62	2.2	62	91	6	217	44	7	4	43	1.51
2889803--2889907	36	3.0	36	86	8	146	44	7	3	43	1.50
2895198--2895240	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2895448--2895499	21	2.4	21	84	9	61	38	0	1	59	1.08
2895458--2895499	21	1.9	23	90	9	70	35	0	2	61	1.09
2896540--2896612	22	3.4	22	92	3	130	32	28	20	17	1.96
2897997--2898048	20	2.6	20	93	0	86	28	28	13	28	1.94
2905547--2905606	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2908698--2908864	60	2.8	60	87	5	214	45	7	18	28	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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