genome.fa.s8165.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008165.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110745_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2894944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6358--6400	22	2.0	22	90	4	70	53	2	2	41	1.26
6378--6412	17	2.1	17	88	0	52	48	0	5	45	1.26
6732--7227	40	12.1	40	76	11	334	28	19	18	34	1.95
6786--7172	40	9.4	42	80	9	399	25	19	18	36	1.94
6786--7172	82	4.7	83	81	10	314	25	19	18	36	1.94
6786--7092	163	1.9	165	84	5	417	26	18	18	36	1.94
6786--7227	83	5.4	85	78	10	327	26	19	18	35	1.95
6786--7224	82	5.4	81	75	10	292	27	18	18	35	1.95
10528--10644	40	2.8	43	83	11	136	24	25	18	30	1.98
12053--12090	15	2.5	15	95	0	67	42	15	15	26	1.87
14404--14770	55	6.7	55	87	2	504	28	24	19	28	1.98
14781--14856	37	2.1	37	90	5	118	22	22	17	38	1.93
16130--16336	9	21.9	9	72	15	109	10	11	0	77	0.99
16199--16330	54	2.6	53	84	11	161	11	10	0	78	0.98
19807--19836	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
28934--28984	22	2.3	22	93	0	93	35	17	17	29	1.93
38625--38782	74	2.1	75	82	4	187	33	19	20	25	1.97
39130--39291	58	2.8	58	87	3	220	36	13	16	33	1.87
39136--39312	58	3.1	56	75	11	153	37	11	16	33	1.85
43280--43452	72	2.4	71	78	5	186	35	17	20	27	1.95
43800--43962	59	2.8	59	92	3	267	32	13	19	34	1.91
44329--44511	67	2.7	68	89	3	298	31	14	24	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44464--44695	78	2.9	79	85	1	331	38	12	20	28	1.88
45798--45855	9	6.4	9	75	0	53	34	6	48	10	1.64
45815--45858	18	2.4	18	92	0	70	34	6	47	11	1.66
48611--48703	26	3.6	28	77	17	89	53	0	3	43	1.16
50079--50144	24	2.7	25	73	15	66	40	19	18	21	1.91
50120--50192	24	3.0	24	73	2	74	41	16	15	27	1.88
56221--56263	10	4.3	10	80	8	52	30	2	30	37	1.70
60208--60272	28	2.4	28	94	2	114	46	33	7	12	1.70
66009--66079	25	2.8	25	89	2	106	7	12	12	67	1.41
66580--66794	2	110.5	2	81	10	241	53	1	0	44	1.18
67630--67695	25	2.6	25	87	0	96	6	13	15	65	1.45
67638--67699	25	2.5	25	89	0	97	6	14	12	66	1.44
68217--68252	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
68252--68300	2	24.5	2	95	0	89	2	0	46	51	1.12
68318--68554	2	125.5	2	70	19	145	54	3	0	41	1.22
68301--68514	75	2.8	76	77	14	228	54	2	0	41	1.21
68312--68514	73	2.8	74	79	15	208	54	2	0	41	1.19
68341--68554	97	2.3	93	77	17	200	54	4	0	40	1.23
69923--70185	2	140.5	2	68	21	117	54	4	1	39	1.27
69922--70136	43	5.0	44	80	13	191	55	3	1	40	1.25
69980--70186	76	2.8	73	77	17	194	55	4	0	40	1.20
70016--70185	58	3.0	55	78	14	150	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74266--74320	13	4.2	13	88	0	83	27	14	16	41	1.87
74261--74313	26	2.0	26	96	0	97	32	15	15	37	1.88
87904--87965	12	5.2	12	75	14	58	79	1	9	9	1.02
89257--89473	2	118.5	2	66	24	106	53	3	1	41	1.28
89257--89473	5	39.5	6	71	21	106	53	3	1	41	1.28
89253--89477	58	3.9	59	80	10	252	53	3	1	40	1.28
89303--89474	23	7.7	23	70	18	98	52	3	2	41	1.31
89396--89489	44	2.1	44	78	7	102	56	4	1	38	1.26
89274--89491	120	1.9	115	85	8	305	54	4	1	39	1.30
99755--99793	20	2.0	19	90	5	60	38	20	12	28	1.89
110028--110110	39	2.1	39	88	0	121	18	13	12	56	1.66
115831--115865	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
123811--123896	3	29.3	3	90	9	142	67	1	0	31	0.98
124076--124345	134	2.0	134	89	0	416	25	17	30	27	1.97
124102--124390	133	2.2	134	85	0	391	25	16	30	26	1.97
124430--124500	28	2.5	29	88	4	101	47	18	14	19	1.82
124636--124723	32	2.9	31	81	10	101	43	11	14	30	1.81
124928--125002	31	2.4	31	86	8	100	44	12	14	29	1.81
125408--125495	36	2.5	36	90	1	142	36	9	19	35	1.83
125517--125814	107	2.8	107	88	4	424	42	10	14	32	1.79
125855--125937	36	2.3	36	81	10	98	37	7	20	34	1.80
126007--126125	34	3.5	34	82	8	143	34	15	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126424--126468	12	3.5	13	85	11	58	24	0	26	48	1.51
127676--127712	16	2.2	17	90	9	58	0	16	10	72	1.10
127680--127734	27	2.0	27	85	0	74	0	18	5	76	0.97
127683--127740	16	3.6	16	79	9	57	0	17	6	75	1.01
127680--127753	27	2.7	27	81	8	69	0	18	6	74	1.04
128180--128229	25	2.0	26	88	4	75	18	30	14	38	1.89
128409--128462	28	2.0	27	88	3	81	40	12	18	27	1.87
132349--132379	15	2.1	15	100	0	62	0	45	0	54	0.99
133043--133080	3	12.7	3	83	10	51	65	2	0	31	1.06
133269--133311	3	14.0	3	90	4	68	62	2	0	34	1.08
136625--136658	11	2.9	12	86	4	52	11	14	44	29	1.81
136674--136738	24	2.6	25	79	16	73	44	0	0	55	0.99
148473--148809	68	5.0	68	89	2	480	31	24	14	29	1.94
149025--149522	59	8.4	59	87	0	701	35	19	12	31	1.89
149869--150051	95	1.9	95	85	2	251	25	24	16	33	1.96
153238--153298	28	2.2	28	82	11	72	50	9	3	36	1.52
154084--154144	29	2.1	29	84	0	77	22	19	9	47	1.79
154201--154881	68	10.1	68	85	1	886	31	24	13	31	1.93
155106--155595	59	8.4	59	89	2	747	34	17	13	35	1.88
155098--155603	175	2.9	173	89	4	768	34	17	12	35	1.88
156098--156147	21	2.4	21	93	0	82	32	12	18	38	1.87
171513--171559	19	2.5	19	86	6	60	48	2	14	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171524--171569	19	2.4	18	82	10	56	52	4	13	30	1.59
174908--175214	39	7.9	37	81	13	254	47	2	6	42	1.45
174908--175214	37	7.9	36	82	11	287	47	2	6	42	1.45
175003--175059	11	4.8	11	72	16	51	50	0	3	45	1.18
174908--175214	76	4.0	76	84	6	377	47	2	6	42	1.45
175192--175225	11	3.1	11	82	0	50	44	2	5	47	1.42
175242--175282	17	2.3	18	91	4	66	29	0	2	68	1.03
175239--175318	25	3.2	24	83	13	83	22	3	1	72	1.08
175262--175319	24	2.5	22	84	15	66	18	5	0	75	0.98
182071--182129	17	3.4	17	72	21	59	18	16	5	59	1.55
182071--182141	35	2.0	35	91	0	115	16	18	8	56	1.65
184071--184134	26	2.5	26	89	0	92	25	20	17	37	1.93
191163--191220	30	1.9	30	85	0	80	39	13	17	29	1.88
202726--202861	59	2.4	57	87	5	184	35	16	14	33	1.89
207013--207440	213	2.0	214	91	1	698	34	14	12	39	1.84
207650--207779	29	4.5	28	75	11	86	46	8	8	36	1.65
207675--207779	29	3.6	28	78	10	104	46	7	8	37	1.63
215093--215142	20	2.5	20	83	0	64	38	12	22	28	1.89
216549--216594	23	2.0	23	95	0	83	41	6	13	39	1.70
227017--227070	21	2.5	21	93	3	90	29	11	20	38	1.87
229212--229259	19	2.5	19	86	3	60	35	29	12	22	1.91
230189--230241	23	2.2	24	90	3	81	20	18	18	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230431--230467	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
236831--236870	17	2.4	17	86	0	53	57	15	12	15	1.66
239637--239731	20	4.8	20	93	0	154	31	20	20	28	1.97
239772--239835	20	3.2	20	84	0	92	14	17	21	46	1.83
239924--240046	36	3.3	36	72	14	122	52	15	2	29	1.55
239971--240005	14	2.5	14	100	0	70	48	20	0	31	1.50
239902--240068	77	2.1	78	92	4	273	50	17	1	29	1.56
241457--241537	21	3.9	21	70	6	74	22	18	37	22	1.95
241442--241535	42	2.2	42	88	3	136	20	18	38	23	1.93
241472--241553	42	2.0	42	90	0	128	21	15	40	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11