genome.fa.s8165.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008165.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110745_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2894944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138440--2138528	14	5.6	14	69	23	61	43	21	24	10	1.83
2138391--2138545	33	4.5	33	89	5	220	45	19	23	10	1.82
2138546--2138638	33	2.8	33	90	1	132	10	21	24	43	1.84
2138576--2138644	20	3.8	19	70	20	67	11	23	21	43	1.85
2139188--2139424	20	11.6	20	73	10	158	26	19	18	35	1.95
2139188--2139424	41	5.8	40	75	8	147	26	19	18	35	1.95
2155272--2155315	19	2.3	19	84	7	54	52	2	11	34	1.50
2156201--2156228	10	2.8	10	100	0	56	64	10	14	10	1.50
2159844--2159884	21	2.0	21	90	4	66	41	14	17	26	1.88
2159990--2160025	17	2.3	15	90	9	54	47	0	0	52	1.00
2164922--2164959	19	2.0	20	89	5	60	21	34	18	26	1.96
2169742--2169788	21	2.2	20	82	10	58	78	6	0	14	0.93
2178911--2178973	31	2.0	31	100	0	126	38	17	6	38	1.75
2180631--2180898	53	5.1	53	92	1	421	31	16	15	36	1.90
2185731--2185947	45	5.0	44	75	13	202	43	15	17	23	1.87
2185752--2185901	80	1.9	80	90	0	237	43	16	18	22	1.88
2192651--2192768	45	2.6	44	86	1	155	43	11	19	26	1.84
2192651--2192783	45	3.0	45	82	3	153	42	11	19	27	1.85
2192757--2192804	20	2.4	20	92	0	87	35	10	20	33	1.87
2192780--2193030	45	5.6	44	79	8	213	38	12	22	26	1.90
2192795--2193026	90	2.6	90	80	4	263	40	12	23	24	1.88
2193106--2193144	21	1.9	20	85	15	53	51	5	17	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2197002--2197257	53	4.9	53	91	0	399	28	16	18	36	1.93
2204963--2205011	22	2.2	23	85	7	66	30	24	2	42	1.66
2206077--2206123	24	2.0	24	91	0	76	48	10	2	38	1.50
2208558--2208639	29	2.8	29	77	5	85	34	19	9	36	1.85
2228528--2228571	18	2.5	18	85	3	54	20	6	4	68	1.31
2234921--2234963	22	2.0	22	90	4	70	32	23	0	44	1.54
2236780--2236814	11	3.1	11	91	4	52	28	11	0	60	1.32
2239426--2239473	11	4.2	12	84	15	50	29	12	29	29	1.93
2239437--2239465	11	2.6	11	100	0	58	27	10	31	31	1.90
2240330--2240370	22	1.9	21	85	5	55	39	39	2	19	1.65
2245499--2245555	29	2.0	29	82	6	71	38	17	5	38	1.72
2245515--2245574	29	2.1	29	93	0	102	40	15	6	38	1.73
2246462--2246503	22	2.0	22	86	9	61	30	4	35	28	1.78
2248043--2248084	20	2.1	20	86	0	57	33	21	9	35	1.86
2253056--2253089	16	2.1	16	94	0	59	44	35	5	14	1.70
2256366--2256406	18	2.2	19	83	12	50	24	12	21	41	1.87
2257389--2257433	21	2.1	21	83	0	54	35	8	26	28	1.87
2259507--2259784	143	2.0	140	91	4	450	35	17	11	34	1.87
2262323--2262361	15	2.6	15	79	0	51	38	5	12	43	1.65
2264421--2264458	17	2.1	18	85	9	51	60	5	23	10	1.50
2272727--2272817	20	4.6	20	92	0	146	40	8	18	31	1.81
2272760--2272796	11	3.5	11	78	14	51	40	2	21	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272708--2272837	20	6.6	20	88	0	145	40	9	17	32	1.81
2276212--2276251	20	2.0	20	90	0	62	35	10	22	32	1.87
2280231--2280273	18	2.4	18	92	0	68	20	2	13	62	1.42
2281527--2281571	19	2.4	19	88	0	63	42	15	11	31	1.82
2281901--2281984	32	2.6	32	82	0	105	32	22	13	32	1.92
2283902--2283993	32	2.9	33	77	11	93	25	25	29	20	1.99
2287937--2288035	35	2.8	35	93	1	162	33	23	20	23	1.97
2288234--2288280	17	2.8	17	81	12	60	46	0	0	53	1.00
2288221--2288279	12	5.1	12	75	8	59	42	0	1	55	1.09
2296560--2296667	42	2.6	42	84	0	135	30	16	25	26	1.97
2297332--2297398	22	3.0	22	84	4	73	32	13	16	37	1.88
2297343--2297410	22	3.1	22	87	4	93	35	11	14	38	1.83
2298219--2298416	88	2.2	88	88	0	279	36	12	23	27	1.91
2305629--2305685	26	2.2	26	93	0	96	35	28	14	22	1.93
2317798--2317841	2	22.0	2	85	0	61	50	6	0	43	1.29
2328588--2328627	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2332696--2332804	26	4.2	26	86	0	146	38	25	13	22	1.91
2332696--2332804	52	2.1	52	89	0	164	38	25	13	22	1.91
2333679--2333747	29	2.3	30	78	7	79	33	24	7	34	1.83
2334438--2334500	31	2.0	31	84	0	81	36	33	4	25	1.77
2338647--2338689	20	2.2	20	86	0	59	34	20	11	32	1.89
2348974--2349016	20	2.2	20	86	0	59	34	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352719--2353698	496	2.0	496	96	0	1791	34	15	22	27	1.95
2357194--2357249	25	2.2	25	83	0	76	25	19	23	32	1.98
2367375--2367527	55	2.8	56	84	4	195	35	11	18	33	1.88
2367380--2367544	55	3.1	54	80	7	174	35	10	18	35	1.85
2367737--2367924	68	2.8	68	84	6	263	32	14	22	30	1.94
2367874--2368368	81	6.1	81	86	0	648	39	10	21	28	1.87
2367874--2368368	162	3.1	162	89	0	722	39	10	21	28	1.87
2367874--2368441	162	3.5	162	87	1	708	40	10	20	27	1.86
2372802--2372969	55	3.0	55	85	2	203	35	14	21	28	1.92
2372842--2372969	54	2.3	55	85	1	168	34	14	21	30	1.92
2373180--2373502	68	4.8	68	91	0	513	30	16	23	30	1.96
2373180--2373502	135	2.4	136	92	0	513	30	16	23	30	1.96
2373452--2373997	81	6.8	80	85	3	682	37	12	22	27	1.90
2373452--2373987	242	2.2	243	87	1	772	37	12	22	27	1.90
2376948--2376972	7	3.6	7	100	0	50	72	0	12	16	1.13
2378600--2378745	55	2.7	54	88	1	202	36	13	17	32	1.89
2378958--2379213	68	3.8	68	91	3	408	31	15	23	29	1.95
2379192--2379566	81	4.7	81	91	2	596	39	12	21	27	1.89
2382896--2383139	54	4.5	54	91	0	353	32	15	17	34	1.92
2387118--2387357	54	4.4	54	89	0	345	31	14	18	35	1.91
2387131--2387531	108	3.9	106	81	8	473	32	14	17	34	1.91
2387315--2387398	41	2.0	42	84	6	109	33	13	16	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2387261--2387440	95	1.9	96	87	1	263	33	13	16	36	1.89
2387207--2387502	149	2.0	148	89	3	452	32	14	17	35	1.91
2387357--2387531	52	3.3	53	80	7	203	34	14	16	34	1.90
2392187--2392294	54	2.0	54	90	0	171	20	18	22	38	1.93
2399032--2399082	22	2.3	22	86	0	66	11	7	7	72	1.28
2411122--2411181	30	2.0	31	83	6	79	30	16	6	46	1.73
2421683--2421742	21	3.2	19	80	13	61	31	10	23	35	1.88
2421712--2421759	17	2.6	17	87	9	60	37	12	25	25	1.91
2424366--2424648	45	6.3	45	91	0	431	43	10	22	23	1.85
2424472--2424539	21	3.1	21	71	19	66	41	11	25	22	1.87
2424510--2424580	19	3.4	19	69	23	61	42	14	21	22	1.88
2457136--2457288	77	2.0	79	82	7	188	41	8	4	45	1.55
2460113--2460183	3	23.7	3	85	0	97	59	0	1	39	1.06
2460467--2461117	113	5.8	113	95	1	1112	30	19	13	36	1.90
2461557--2461634	22	3.6	22	84	5	88	38	14	14	33	1.86
2464246--2464426	60	3.0	60	97	0	344	30	18	14	35	1.92
2464416--2464956	83	6.6	83	98	0	964	37	21	13	27	1.91
2471931--2471989	30	1.9	32	82	6	77	61	1	6	30	1.32
2472952--2473003	27	1.9	28	84	7	72	44	1	13	40	1.55
2474142--2474190	7	6.2	8	84	13	50	46	0	0	53	1.00
2474168--2474220	3	17.7	3	80	0	61	56	0	1	41	1.10
2474151--2474220	9	7.9	9	81	13	67	52	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474168--2474219	15	3.5	15	83	0	68	55	0	1	42	1.10
2475390--2475448	20	3.0	20	85	5	75	74	0	8	16	1.05
2475375--2475448	35	2.1	35	84	0	94	75	0	8	16	1.02
2475374--2475434	15	4.1	14	89	4	77	75	0	8	16	1.03
2475410--2475447	15	2.5	15	95	0	67	71	0	13	15	1.16
2475375--2475432	5	11.6	5	74	20	50	77	0	5	17	0.94
2475587--2475654	7	10.3	7	75	12	56	75	0	5	19	1.01
2475519--2475647	15	8.4	16	68	18	69	73	3	6	16	1.18
2475677--2475716	2	21.0	2	90	10	66	47	0	0	52	1.00
2475753--2475825	14	4.8	14	72	18	56	69	0	6	23	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11