genome.fa.s8165.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008165.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110745_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2894944

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1265 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1903691--1903761	26	2.7	26	82	8	90	29	14	11	45	1.79
1903719--1903753	13	2.7	13	86	0	52	25	11	14	48	1.77
1904843--1904923	29	2.9	28	75	10	101	22	2	32	43	1.66
1905748--1905796	23	2.0	24	80	11	64	14	18	32	34	1.91
1906647--1906702	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
1906650--1906700	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
1907032--1907086	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
1907072--1907169	32	3.0	32	92	4	153	44	15	7	32	1.73
1907164--1907203	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
1909398--1909435	12	2.9	13	88	11	60	21	18	15	44	1.86
1909719--1909774	29	2.0	29	86	10	80	28	25	8	37	1.86
1910457--1910504	23	2.0	24	84	4	62	62	6	0	31	1.20
1911173--1911198	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1915161--1915192	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1915258--1915519	30	9.2	30	72	13	117	51	0	6	40	1.31
1915304--1915361	23	2.5	23	83	8	73	55	0	6	37	1.27
1919382--1919448	4	16.0	4	75	9	62	25	1	4	68	1.17
1922860--1922884	12	2.1	12	100	0	50	24	0	52	24	1.48
1923566--1923646	21	3.8	22	76	9	78	16	23	35	24	1.94
1930928--1930978	15	3.4	15	91	0	75	23	3	43	29	1.72
1938740--1938863	61	2.0	64	81	9	148	29	25	15	29	1.96
1942276--1942335	18	3.4	18	71	13	61	40	1	11	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1942265--1942335	35	2.0	36	88	5	108	38	1	11	49	1.48
1943080--1943115	18	2.0	18	94	0	63	36	33	11	19	1.87
1944483--1944543	31	1.9	31	83	3	77	21	19	31	27	1.97
1944557--1944671	32	3.6	31	78	4	95	30	27	24	17	1.97
1945718--1945771	27	2.0	28	82	10	67	38	14	5	40	1.70
1949262--1949336	20	3.7	20	78	7	96	38	20	21	20	1.93
1949269--1949329	21	2.9	21	73	9	70	40	19	21	18	1.91
1949323--1949370	20	2.4	20	85	0	69	31	25	18	25	1.98
1950206--1950256	24	2.1	24	92	0	84	23	17	21	37	1.94
1952654--1952736	20	4.2	19	78	20	89	36	24	20	19	1.95
1952654--1952736	40	2.1	40	88	4	123	36	24	20	19	1.95
1954984--1955123	20	7.3	20	78	9	123	40	20	19	19	1.91
1955170--1955216	20	2.3	20	88	0	67	25	19	19	36	1.95
1955142--1955303	87	1.9	87	93	0	279	17	19	19	43	1.89
1955190--1955283	33	2.8	34	83	3	127	14	19	21	44	1.86
1955255--1955306	20	2.6	20	93	0	86	17	17	25	40	1.90
1957178--1957232	20	2.8	20	91	0	83	49	23	16	10	1.77
1957612--1957668	22	2.6	22	82	0	69	22	12	40	24	1.88
1957848--1957959	20	5.6	20	80	4	118	22	20	20	36	1.95
1957868--1957959	41	2.3	40	84	1	112	21	20	19	38	1.94
1957846--1957959	61	1.9	60	88	1	174	23	20	20	35	1.95
1957956--1958001	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959028--1959162	67	2.0	67	100	0	270	25	22	23	28	1.99
1965308--1965379	29	2.6	29	76	12	69	33	1	2	62	1.18
1965330--1965407	35	2.2	35	81	4	86	41	3	1	53	1.27
1966407--1966454	5	9.6	5	84	8	53	77	0	4	18	0.93
1971710--1971763	26	2.1	26	92	0	90	24	14	27	33	1.94
1972802--1972899	3	32.7	3	93	0	169	64	0	3	32	1.09
1988672--1988722	26	2.0	26	88	0	75	21	11	29	37	1.89
1999170--1999249	42	1.9	41	87	7	117	38	20	20	21	1.93
1999909--1999983	37	2.0	37	94	0	132	26	5	29	38	1.78
2012819--2012871	26	2.0	26	92	0	88	28	11	7	52	1.64
2037444--2037487	20	2.2	20	87	0	61	43	13	22	20	1.87
2037564--2037588	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
2038065--2038253	59	3.2	59	85	0	243	28	23	18	29	1.98
2040094--2040245	77	1.9	81	82	7	197	43	4	9	42	1.57
2046271--2046413	74	1.9	76	81	11	175	44	4	7	42	1.54
2053690--2053729	19	2.1	19	85	0	53	47	7	7	37	1.60
2056655--2056950	81	3.7	81	90	0	441	36	12	19	31	1.89
2062951--2063129	94	1.9	95	85	5	247	38	13	22	25	1.91
2062936--2063155	94	2.3	94	78	7	205	37	15	23	24	1.92
2063530--2063941	81	5.1	81	89	1	576	36	12	20	31	1.89
2070536--2070568	14	2.5	13	95	5	57	42	0	0	57	0.98
2071790--2071894	47	2.2	46	77	8	104	36	7	6	49	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076580--2076664	20	4.6	20	66	19	67	20	21	20	38	1.93
2077418--2077503	38	2.2	39	85	2	111	44	19	16	19	1.87
2077715--2077766	20	2.6	20	90	0	86	19	17	23	40	1.91
2077892--2077928	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2077826--2077978	80	2.0	77	83	10	197	49	17	1	31	1.55
2079327--2079418	21	4.4	21	77	0	85	21	20	33	23	1.97
2079327--2079418	42	2.2	42	88	3	132	21	20	33	23	1.97
2081576--2081622	20	2.4	19	82	6	58	44	21	19	14	1.86
2081787--2081824	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2091627--2091919	44	6.7	44	73	10	183	51	6	17	25	1.68
2091662--2091931	88	3.1	86	72	14	221	51	6	15	26	1.67
2092074--2092116	17	2.5	17	76	3	50	69	0	6	23	1.12
2094689--2094785	24	4.0	24	84	0	122	53	17	7	21	1.67
2094691--2094797	24	4.5	24	83	0	88	53	16	8	21	1.69
2096449--2096588	70	2.0	70	98	0	271	37	17	10	34	1.84
2105889--2105967	21	3.6	23	72	8	74	25	18	26	29	1.98
2111815--2111983	65	2.6	63	81	10	191	24	17	23	34	1.96
2111945--2111982	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
2113362--2113430	35	2.0	35	94	0	120	33	24	30	11	1.91
2114100--2114199	45	2.2	45	81	0	119	29	20	17	34	1.95
2114216--2114364	45	3.3	45	89	0	226	28	23	16	31	1.96
2114057--2114327	121	2.3	121	91	1	438	26	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2114261--2114485	121	1.9	121	85	0	315	28	22	15	33	1.94
2114124--2114530	166	2.5	166	90	0	625	27	22	16	33	1.96
2114382--2114570	45	4.2	45	91	2	290	25	23	15	35	1.94
2114727--2114775	15	3.3	15	83	11	64	40	0	0	59	0.98
2114723--2114768	3	15.3	3	90	0	65	39	0	0	60	0.97
2114988--2115030	16	2.7	16	96	0	77	30	30	20	18	1.97
2116510--2116790	155	1.8	153	78	9	320	39	9	8	42	1.67
2125136--2125195	26	2.3	25	82	5	75	33	8	15	43	1.76
2125196--2125279	38	2.4	33	75	17	87	13	7	36	42	1.71
2125819--2125866	16	2.8	18	90	6	73	29	31	6	33	1.82
2129243--2129616	132	2.8	132	82	4	452	32	19	16	32	1.94
2129363--2129543	45	4.1	44	73	11	154	29	20	17	32	1.96
2130566--2130618	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
2130608--2130721	21	5.5	21	75	7	83	39	19	20	21	1.93
2130608--2130746	62	2.3	60	87	8	172	38	19	19	22	1.93
2130710--2130864	20	7.7	20	79	6	93	30	25	18	25	1.97
2130625--2130762	62	2.2	62	94	0	249	39	21	18	20	1.92
2130668--2130764	21	4.7	21	72	12	83	41	21	17	19	1.91
2130752--2130859	40	2.7	40	85	0	126	25	27	18	27	1.98
2131599--2131652	24	2.2	24	86	0	72	22	16	18	42	1.89
2131827--2131851	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2134150--2134204	19	2.8	20	78	13	60	38	23	20	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2134177--2134303	33	3.8	33	92	0	209	44	19	22	12	1.84
2134157--2134307	19	8.7	18	68	22	83	43	20	23	12	1.86
2134303--2134363	19	3.2	19	88	4	70	14	16	24	44	1.85
2134320--2134430	19	6.4	18	71	21	87	12	21	19	45	1.83
2134337--2134430	33	2.8	33	93	0	170	12	23	19	44	1.85
2134537--2134573	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2135914--2136002	42	2.1	42	81	8	101	22	20	33	23	1.97
2136424--2136654	94	2.5	94	97	0	428	47	19	12	20	1.81
2136564--2136716	78	1.9	79	92	5	254	43	18	13	24	1.86
2138393--2138550	19	8.9	20	67	27	108	44	19	24	11	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11