genome.fa.s8183.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008183.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3703--3753	8	6.4	8	78	21	54	35	0	1	62	1.06
3847--3871	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
4107--4152	19	2.3	21	88	7	69	15	6	0	78	0.95
15356--16161	418	1.9	418	95	0	1441	33	25	18	22	1.97
15356--16161	105	7.7	105	95	0	1418	33	25	18	22	1.97
17979--18014	12	2.9	13	84	16	58	36	0	0	63	0.94
17979--18028	24	2.1	24	85	7	66	36	0	2	62	1.07
23847--23878	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
27123--27207	31	2.6	34	88	5	122	64	15	1	18	1.35
27201--27253	23	2.3	23	96	0	97	56	1	15	26	1.49
27248--27280	13	2.4	14	90	10	59	72	6	6	15	1.24
29470--29532	21	2.8	23	86	13	80	69	1	0	28	0.97
29480--29535	11	4.7	11	78	12	58	73	1	0	25	0.93
33379--33437	20	3.0	20	88	9	79	42	0	1	55	1.09
34616--34667	26	2.0	26	82	10	63	38	5	3	51	1.44
38284--38393	42	2.6	42	97	0	202	16	18	16	49	1.81
38581--38624	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
38566--38631	31	2.2	31	82	17	86	48	0	0	51	1.00
38573--38653	31	2.6	32	79	16	89	46	1	0	51	1.08
38669--38763	26	3.7	26	71	21	76	49	0	1	49	1.07
38723--38758	12	2.8	14	80	20	51	52	0	0	47	1.00
38723--38786	23	2.7	23	82	4	65	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39029--39063	14	2.5	14	95	0	61	28	22	14	34	1.93
39071--39152	30	2.8	30	90	1	121	36	17	6	40	1.74
39086--39152	15	4.5	15	92	0	116	37	19	5	37	1.76
40344--40391	25	2.0	22	88	11	69	54	0	4	41	1.20
42450--42632	60	3.1	59	78	7	183	42	3	21	31	1.71
43023--43065	19	2.2	20	83	4	52	55	4	4	34	1.41
43019--43065	20	2.3	21	82	10	62	53	6	6	34	1.52
43174--43224	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
44824--44863	19	2.1	19	86	9	55	77	0	0	22	0.77
44824--44866	16	2.4	18	85	11	54	79	0	0	20	0.74
44835--44860	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
44921--45151	35	6.1	41	74	17	141	45	5	3	45	1.44
44875--45234	36	9.6	37	76	14	294	45	6	3	45	1.46
45821--47095	84	15.4	84	77	6	1148	25	20	24	29	1.99
45821--47131	164	7.9	164	81	5	1133	25	20	24	29	1.99
46019--47095	248	4.3	248	90	0	1573	25	20	24	29	1.99
53956--53982	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
54072--54348	38	7.5	39	75	16	241	45	6	3	44	1.47
54072--54348	36	7.5	37	79	11	282	45	6	3	44	1.47
54032--54348	74	4.2	73	84	8	333	44	6	4	44	1.48
55451--55476	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
56874--56922	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62586--62635	19	2.6	19	78	6	57	30	2	18	50	1.58
62983--63055	32	2.3	31	88	6	103	26	17	17	38	1.92
62983--63083	31	3.2	31	86	6	116	29	16	16	36	1.92
63001--63108	31	3.5	31	80	3	101	28	16	20	34	1.94
77506--77567	23	2.8	23	78	9	58	33	3	3	59	1.29
78689--78735	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
81804--81837	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
84955--84995	21	1.9	22	90	5	66	26	17	17	39	1.91
89728--89758	13	2.3	14	94	5	55	54	3	12	29	1.53
93263--93314	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
93407--93438	16	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
95735--95766	16	2.1	15	94	5	55	12	6	0	81	0.87
96127--96170	19	2.3	19	96	0	79	38	11	31	18	1.86
99926--100002	32	2.4	32	82	0	91	33	16	20	28	1.95
100523--101144	110	5.7	110	91	1	951	35	22	16	25	1.95
109349--109392	3	14.7	3	85	0	52	43	0	56	0	0.99
120646--120674	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
122600--122643	18	2.5	17	82	10	52	45	2	2	50	1.27
122919--122943	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
123157--123207	23	2.3	22	90	6	84	27	1	3	66	1.20
123502--123541	22	1.9	21	85	10	55	37	20	20	22	1.94
123508--123561	22	2.5	22	84	6	65	33	22	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123831--123873	17	2.5	17	84	3	50	41	18	9	30	1.82
124520--124672	70	2.2	70	92	0	252	15	22	28	33	1.94
134666--134694	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
136185--136349	61	2.7	61	90	3	253	34	17	16	31	1.92
136623--136773	71	2.2	67	90	4	230	50	11	9	29	1.69
140739--141483	369	2.0	372	98	1	1442	35	11	18	34	1.87
144964--145001	17	2.1	19	90	9	62	44	7	13	34	1.72
146144--146179	17	2.1	17	100	0	72	50	5	27	16	1.68
146605--146713	24	4.5	24	72	0	92	20	14	17	47	1.82
150066--150170	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	31	1.85
150612--150641	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
150779--150819	8	5.2	8	80	13	50	26	0	0	73	0.84
150777--150818	16	2.7	16	88	3	68	28	0	0	71	0.86
150777--150882	34	3.4	30	73	16	83	21	5	1	70	1.17
151096--151128	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
156067--156134	7	8.9	7	71	28	50	77	5	14	1	1.02
156068--156121	12	4.4	13	76	23	55	79	5	14	0	0.90
156055--156111	23	2.6	23	76	15	66	75	5	19	0	0.99
156736--156791	22	2.5	22	91	0	94	37	19	12	30	1.89
157616--159247	106	15.4	106	92	0	2524	33	24	18	23	1.97
159972--160127	31	5.0	31	88	1	224	37	21	20	20	1.95
160343--160389	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161021--161065	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
164192--164347	31	5.0	31	88	4	226	36	21	20	21	1.95
164563--164609	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
165239--165283	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
166006--166191	100	1.9	100	88	0	282	33	23	20	22	1.97
166978--167081	37	2.8	37	85	0	136	41	12	13	32	1.82
167672--167725	25	2.1	25	86	10	74	29	0	0	70	0.88
167675--167722	15	3.2	16	78	21	59	29	0	0	70	0.87
167741--167781	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
168246--168297	25	2.1	25	82	7	61	32	1	0	65	1.04
168340--168405	27	2.5	27	77	18	68	16	7	3	72	1.20
170068--170164	24	4.0	24	76	5	88	22	13	16	47	1.81
171628--171769	72	2.0	72	88	0	212	24	19	17	38	1.92
171631--171745	36	3.2	36	71	18	112	25	17	19	38	1.93
171651--171772	35	3.4	35	70	12	95	24	18	17	39	1.92
189819--189859	15	2.7	15	96	0	73	31	24	24	19	1.98
193955--194026	31	2.3	31	82	0	99	23	4	13	58	1.53
196941--196981	20	2.0	20	95	0	73	46	21	17	14	1.84
204604--204647	16	2.8	16	85	0	70	40	4	22	31	1.74
204638--204749	44	2.5	44	92	0	188	33	8	18	39	1.82
205541--205616	38	2.1	37	92	5	127	39	38	10	11	1.77
205274--205802	269	2.0	265	94	3	920	37	28	12	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207149--207218	20	3.5	20	82	1	70	37	10	17	35	1.83
209505--209557	21	2.5	21	81	0	61	33	11	16	37	1.85
210308--210490	43	4.3	42	73	12	140	54	7	13	25	1.64
210262--210466	43	4.7	43	73	10	141	52	6	15	24	1.67
217640--217674	16	2.1	17	94	5	63	20	11	5	62	1.48
220438--220526	2	44.5	2	84	4	117	47	4	1	47	1.30
232495--232539	9	5.0	9	88	0	63	71	0	28	0	0.87
232497--232544	17	2.9	15	82	14	51	72	0	27	0	0.84
233313--233472	43	3.4	43	69	18	131	35	23	19	22	1.96
233303--233644	98	3.4	98	90	3	522	33	24	19	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11