genome.fa.s8183.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008183.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
652097--652253	65	2.4	65	84	2	208	31	25	17	25	1.97
653575--653613	19	2.1	19	85	9	53	41	2	0	56	1.13
656061--656155	24	4.0	24	81	0	100	50	17	9	22	1.75
656114--656169	24	2.3	24	87	0	85	58	12	5	23	1.54
656506--656558	27	2.0	27	96	0	97	35	20	11	32	1.88
665775--665823	24	2.0	24	100	0	98	65	6	24	4	1.33
665950--665979	14	2.1	15	93	6	53	76	3	13	6	1.11
668793--668856	20	3.2	20	82	4	83	54	9	7	28	1.60
669378--669626	29	8.4	29	87	5	268	30	5	16	46	1.69
676118--676223	21	5.1	21	85	4	137	60	9	5	24	1.49
676742--677021	29	9.6	29	84	6	253	30	4	16	48	1.66
676737--677020	58	4.9	58	85	3	329	30	4	17	47	1.67
676742--677020	87	3.2	87	85	4	339	30	4	16	48	1.67
707118--707144	11	2.5	11	100	0	54	40	0	51	7	1.30
714020--714059	20	2.0	21	85	5	55	65	7	7	20	1.43
718612--718702	37	2.5	37	100	0	182	40	5	20	32	1.76
727779--727836	28	2.1	28	87	6	82	25	25	17	31	1.97
747585--747694	36	3.0	37	87	4	168	21	14	10	52	1.72
747963--748012	21	2.4	21	96	0	91	4	42	14	40	1.64
749474--749528	23	2.4	23	93	0	92	21	27	40	10	1.87
749554--749609	29	1.9	29	92	0	94	21	30	35	12	1.90
750518--750564	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750308--750777	180	2.5	186	88	3	675	42	14	17	26	1.87
750698--750744	20	2.4	19	79	10	58	55	10	14	19	1.68
750707--750749	20	2.3	20	88	11	65	53	11	13	20	1.71
752958--753022	21	3.1	21	88	0	94	41	9	30	18	1.82
753056--753121	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
754913--754961	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
756197--756381	31	6.0	31	96	1	327	37	22	20	19	1.94
757515--757550	13	2.6	15	79	20	51	61	0	36	2	1.11
760668--760851	31	6.0	31	96	2	327	38	22	19	19	1.93
760668--760851	61	3.0	62	95	3	327	38	22	19	19	1.93
760684--760851	92	1.8	92	98	0	327	39	22	19	19	1.92
762503--762687	31	6.0	31	96	1	327	38	22	18	19	1.93
764341--764525	31	6.0	31	97	1	336	38	22	19	19	1.93
766179--766332	31	5.0	31	96	1	274	38	22	19	19	1.94
767984--768168	31	6.0	31	96	1	327	38	22	18	19	1.93
769557--770090	201	2.7	200	96	0	962	36	14	17	30	1.91
771546--771609	6	10.7	6	86	0	65	39	6	32	21	1.79
771563--771613	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
771546--771609	12	5.3	12	90	0	83	39	6	32	21	1.79
772823--773841	183	5.6	183	96	0	1867	34	15	16	33	1.90
782671--782747	29	2.7	29	81	0	91	48	16	7	27	1.74
786305--786369	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786717--786789	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
787206--787278	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
787697--787769	23	3.2	23	96	0	128	34	6	21	36	1.81
786369--791108	489	9.7	490	96	0	8647	41	7	11	40	1.69
788185--788257	23	3.2	22	86	7	101	34	4	21	39	1.73
786369--791108	979	4.8	980	96	0	8640	41	7	11	40	1.69
788612--788657	22	2.1	22	84	8	58	41	10	8	39	1.71
788682--788747	23	2.9	23	90	0	105	34	6	21	37	1.78
789163--789235	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
789652--789724	23	3.2	22	86	7	101	34	4	21	39	1.73
790142--790205	23	2.8	23	92	0	101	37	4	21	35	1.75
790632--790704	23	3.2	23	90	0	110	35	5	21	36	1.77
793230--793327	31	3.2	31	80	8	101	46	10	6	36	1.63
799688--799731	14	3.1	14	80	6	54	25	2	31	40	1.68
800184--800284	31	3.3	30	71	8	78	43	7	3	44	1.52
801530--801571	21	2.0	22	90	4	68	30	7	0	61	1.22
803903--803972	3	22.7	3	88	5	104	64	0	0	35	0.94
805046--805093	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
805470--805521	21	2.5	20	84	9	68	42	21	1	34	1.64
805475--805545	23	3.2	22	82	8	81	39	21	5	33	1.77
805948--806034	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
806294--806330	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806625--806675	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
806942--806993	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
806952--807014	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
807300--807365	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
809830--810173	184	1.9	184	93	0	589	33	16	14	36	1.89
811639--811716	3	26.0	3	74	0	66	23	34	6	35	1.80
811640--811728	42	2.1	42	89	0	133	21	34	7	35	1.82
811639--811716	18	4.3	18	76	0	75	23	34	6	35	1.80
811647--811731	21	4.6	18	68	22	59	20	35	8	36	1.82
811643--811731	6	14.3	6	74	6	61	20	34	7	37	1.82
813184--813949	199	3.9	199	96	2	1413	30	15	15	37	1.89
814066--814113	19	2.6	19	93	3	80	56	10	2	31	1.45
815902--815967	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
816000--816064	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
818293--818338	19	2.3	20	86	13	69	17	17	8	56	1.65
818458--818503	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
820832--820880	16	3.0	17	79	8	57	73	0	0	26	0.83
820844--820887	20	2.3	20	88	7	65	72	0	0	27	0.85
826346--826385	2	20.5	2	89	5	64	47	0	2	50	1.14
826399--826458	7	8.7	7	79	18	56	23	1	3	71	1.10
826399--826438	15	2.7	15	88	7	55	25	2	2	70	1.13
826442--826507	30	2.2	31	78	13	75	22	1	3	72	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826502--826533	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
828644--828702	29	2.0	30	83	6	77	35	3	20	40	1.69
829479--829550	3	23.7	3	97	2	135	34	0	0	65	0.93
843520--843590	7	10.4	7	75	23	55	77	1	12	8	1.05
843534--843597	18	3.7	18	87	8	89	76	0	14	9	1.01
843517--843604	17	5.3	17	74	19	78	78	1	11	9	1.02
843516--843611	33	2.9	33	80	10	117	77	1	13	8	1.05
844836--845087	102	2.4	102	80	3	288	39	17	18	24	1.92
844836--845123	105	2.8	101	78	6	290	39	17	18	23	1.91
845252--845320	3	23.7	3	91	5	115	36	0	0	63	0.94
849150--849176	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
852417--852612	98	2.0	98	97	0	374	37	12	27	23	1.90
865374--865417	14	2.9	16	90	10	74	18	22	11	47	1.80
869441--869468	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
870957--871014	20	2.6	22	86	10	75	29	24	22	24	1.99
871798--871868	28	2.5	28	100	0	142	18	16	28	36	1.93
871823--871933	46	2.3	48	95	4	199	16	19	30	33	1.94
871851--871886	18	2.0	18	100	0	72	16	22	33	27	1.95
871774--871913	74	1.9	74	96	0	262	17	17	29	35	1.94
875963--875987	12	2.1	12	100	0	50	40	32	12	16	1.84
881120--881197	31	2.5	32	85	2	104	42	7	8	41	1.65
883589--883657	23	3.0	23	78	0	84	36	24	21	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889265--889303	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
890675--890721	18	2.6	18	96	0	85	21	0	25	53	1.46
894699--894790	44	2.1	44	80	8	98	40	4	3	52	1.38
894823--894917	30	3.2	30	83	5	131	38	7	12	41	1.71
894908--895171	139	1.9	138	87	2	386	38	11	7	42	1.70
905198--905230	16	2.0	17	94	5	59	66	0	3	30	1.06
906618--906687	22	3.1	22	78	8	70	64	0	1	34	1.03
906635--906685	18	2.8	18	79	8	68	68	0	1	29	1.00
906632--906685	9	6.0	9	76	6	56	68	0	1	29	1.00
906995--907050	29	2.0	29	85	3	78	39	1	16	42	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11