genome.fa.s8183.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008183.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1990069--1990101	15	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
1997365--1997417	4	13.5	4	77	18	58	79	0	18	1	0.83
1997365--1997454	14	6.2	15	71	21	68	77	0	18	3	0.90
1997374--1997454	9	9.0	9	73	18	71	77	0	18	3	0.91
1997365--1997454	15	5.9	15	78	19	80	77	0	18	3	0.90
1997362--1997453	27	3.5	27	85	11	120	78	0	18	3	0.89
1997362--1997420	7	8.3	7	76	10	57	79	0	18	1	0.81
1998490--1998949	83	5.6	83	94	1	782	28	13	22	35	1.92
1999794--2000578	113	7.0	113	96	0	1383	37	14	19	28	1.90
2000897--2001003	3	35.7	3	92	0	178	34	2	0	62	1.10
2006351--2006410	29	2.0	31	90	6	97	35	6	15	43	1.72
2006475--2006541	19	3.5	19	91	0	98	40	10	13	35	1.79
2006647--2006688	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
2006717--2006756	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
2006971--2007040	34	2.1	32	87	10	97	31	17	30	21	1.96
2013429--2013467	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
2014210--2014253	21	2.0	21	86	8	61	20	6	18	54	1.66
2016075--2016099	11	2.3	11	100	0	50	44	0	36	20	1.52
2017297--2017393	29	3.4	28	78	4	95	48	5	2	44	1.36
2025174--2025213	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2025919--2025974	27	2.1	27	96	0	103	33	14	12	39	1.83
2027753--2027778	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036023--2036088	23	2.9	23	74	0	60	36	21	21	21	1.95
2036184--2036236	20	2.7	20	96	0	97	45	18	11	24	1.82
2036567--2036591	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2042158--2042203	23	2.0	23	100	0	92	56	8	4	30	1.49
2042584--2042656	32	2.3	33	79	11	89	50	0	16	32	1.45
2044594--2044652	27	2.2	28	82	17	72	35	5	0	59	1.20
2045838--2045983	73	2.0	73	97	0	274	23	15	16	43	1.86
2049315--2049340	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2052724--2052749	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2057408--2057461	22	2.6	21	79	5	65	29	27	14	27	1.95
2058007--2058039	12	2.8	12	95	4	59	60	0	39	0	0.97
2062780--2062842	24	2.6	24	85	7	74	23	17	19	39	1.92
2075051--2075095	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2075771--2075924	31	5.0	31	96	1	274	19	19	22	38	1.94
2079602--2079646	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2080322--2080506	31	6.0	31	96	1	327	20	19	22	38	1.94
2085477--2085520	23	1.9	23	86	9	63	20	25	0	54	1.45
2085796--2085834	20	2.0	20	100	0	78	33	10	10	46	1.72
2086090--2086239	60	2.5	60	81	3	158	41	4	22	32	1.74
2094693--2094794	51	2.0	51	98	0	195	42	19	10	27	1.84
2106657--2106897	23	10.7	23	75	9	194	40	9	16	33	1.81
2106740--2106961	64	3.4	63	69	15	180	42	11	13	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2106668--2106984	133	2.4	133	92	0	526	41	10	15	32	1.81
2106925--2106974	23	2.2	23	85	0	64	40	10	16	34	1.81
2106937--2106984	23	2.1	23	92	0	78	37	8	20	33	1.83
2106850--2107077	87	2.6	87	94	0	393	44	11	12	31	1.78
2107012--2107071	23	2.6	23	81	0	66	41	11	15	31	1.82
2107399--2107488	28	3.3	28	72	7	78	50	1	1	47	1.15
2107428--2107493	30	2.2	31	83	8	82	48	0	1	50	1.10
2108025--2108104	24	2.9	29	67	21	80	57	5	3	33	1.38
2108205--2108268	31	2.0	32	82	14	80	53	1	1	43	1.19
2108806--2108881	24	2.7	29	65	23	72	57	5	3	32	1.39
2107302--2109171	790	2.4	785	94	2	3270	44	7	7	40	1.61
2108950--2108981	15	2.2	14	94	5	55	34	0	3	62	1.11
2108972--2109042	28	2.6	28	73	6	65	47	1	2	47	1.25
2109002--2109070	30	2.3	31	82	9	81	47	0	1	50	1.09
2109171--2109804	198	3.2	197	88	4	886	39	14	15	30	1.87
2109927--2109977	23	2.2	23	85	0	66	35	19	5	39	1.76
2109852--2110090	87	2.7	87	90	2	390	35	13	7	43	1.73
2110014--2110073	23	2.6	23	78	0	66	35	18	5	41	1.72
2110127--2110165	20	2.0	20	90	10	62	33	15	5	46	1.68
2111454--2111490	18	2.1	18	94	0	65	64	0	5	29	1.15
2111457--2111496	18	2.2	18	86	0	53	67	0	2	30	1.04
2112209--2112271	30	2.1	30	87	0	90	38	26	23	11	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112615--2112747	70	1.9	70	88	0	203	13	18	17	50	1.78
2115382--2115414	14	2.3	15	89	5	50	24	6	0	69	1.10
2118380--2118464	32	2.7	32	84	0	98	30	18	18	31	1.96
2119196--2119301	43	2.5	43	82	3	124	33	32	15	19	1.93
2119661--2119891	118	2.0	118	88	3	349	32	22	16	28	1.96
2121725--2121888	87	1.9	87	89	2	258	45	9	11	33	1.73
2121934--2122248	156	2.0	156	96	0	585	40	14	13	30	1.86
2122415--2122493	23	3.4	23	89	0	122	32	18	10	37	1.85
2124175--2124208	12	2.8	12	86	0	50	29	14	20	35	1.93
2131736--2131775	20	2.1	19	90	4	62	35	7	32	25	1.84
2133229--2133380	3	51.0	3	82	3	191	34	3	0	61	1.12
2133238--2133389	21	7.3	21	93	2	236	36	2	0	60	1.11
2135513--2135559	17	2.7	17	81	12	60	25	0	2	72	0.96
2146163--2146211	7	7.3	7	78	17	50	81	0	14	4	0.83
2146163--2146227	12	5.1	12	81	15	69	80	0	16	3	0.85
2147193--2147551	52	6.9	53	95	1	604	24	15	22	38	1.92
2148183--2148977	119	6.7	119	95	1	1388	37	13	20	27	1.91
2148183--2148977	237	3.4	238	95	1	1397	37	13	20	27	1.91
2148177--2148977	356	2.3	355	94	1	1396	37	13	20	27	1.91
2149221--2149372	3	51.0	3	81	3	182	34	3	0	61	1.17
2149230--2149381	21	7.3	21	91	2	227	36	2	0	60	1.15
2153231--2153333	35	2.9	35	95	2	181	27	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157180--2157224	23	2.0	24	82	8	58	42	20	20	17	1.90
2161801--2161855	23	2.4	23	84	0	83	43	16	20	20	1.88
2164965--2165003	14	2.8	14	84	0	51	35	28	12	23	1.91
2165806--2165877	20	3.5	20	90	1	108	41	18	22	18	1.90
2165908--2165960	20	2.7	20	90	0	79	28	26	18	26	1.98
2166148--2166191	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2166455--2166492	20	1.9	20	88	0	58	10	15	23	50	1.75
2167812--2167856	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2168332--2168377	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
2168387--2168444	14	3.9	14	75	16	62	48	22	17	12	1.80
2168371--2168454	32	2.6	32	92	1	132	48	20	17	13	1.80
2168478--2168535	14	3.9	14	81	16	71	8	15	24	51	1.71
2168493--2168609	20	6.4	18	77	15	80	13	18	23	43	1.86
2168473--2168551	32	2.4	33	89	2	124	10	17	22	49	1.77
2168536--2168590	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
2170614--2170681	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
2171681--2171734	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2171909--2171933	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2174227--2174326	33	3.0	33	83	11	141	40	19	22	19	1.92
2174260--2174323	19	3.6	19	70	20	66	42	20	25	12	1.87
2174319--2174361	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2174347--2174380	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174502--2174538	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
2175896--2175962	21	3.2	21	65	4	55	19	19	35	25	1.95
2175896--2176018	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	23	1.94
2177124--2177166	21	2.0	22	82	13	54	48	2	4	44	1.36
2178045--2178143	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
2178020--2178204	19	10.1	19	75	14	165	43	21	22	12	1.86
2178115--2178204	39	2.3	38	92	1	144	46	21	20	12	1.82
2178200--2178266	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2178788--2178898	20	5.5	20	82	6	116	25	18	24	31	1.98
2178788--2178904	61	1.9	61	85	0	162	25	17	23	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11