genome.fa.s8183.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008183.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2364390

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178788--2178922	61	2.2	61	81	2	155	24	20	22	32	1.98
2178972--2179012	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2197318--2197358	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2198901--2198992	39	2.3	40	92	5	152	40	0	1	58	1.05
2198985--2199066	26	2.8	32	75	24	106	17	9	31	41	1.82
2199000--2199064	26	2.5	26	97	2	123	15	9	33	41	1.79
2199658--2199696	17	2.6	14	78	21	51	61	0	5	33	1.18
2199663--2199695	17	1.9	17	100	0	66	60	0	6	33	1.21
2199195--2200189	502	2.0	502	99	0	1981	36	14	11	37	1.83
2212543--2212571	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2213204--2213641	219	2.0	219	95	1	790	36	19	9	34	1.84
2213868--2213900	17	2.0	17	94	5	59	48	0	3	48	1.17
2215604--2215637	15	2.3	15	100	0	68	41	5	0	52	1.25
2221009--2221118	51	2.2	51	93	0	193	27	6	17	49	1.71
2224025--2224099	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
2224026--2224113	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
2234139--2234186	18	2.7	18	100	0	96	33	6	4	56	1.44
2239475--2239513	19	2.1	19	100	0	78	43	5	0	51	1.24
2239477--2239525	19	2.5	19	90	3	71	38	6	4	51	1.46
2243697--2243773	26	2.8	26	77	14	75	35	3	1	59	1.24
2247136--2247177	22	2.0	21	86	9	59	26	23	26	23	2.00
2248457--2248849	200	1.9	205	84	4	519	38	13	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249321--2249398	39	2.0	39	92	0	129	38	8	24	28	1.85
2259503--2259550	21	2.2	23	88	7	73	41	6	18	33	1.76
2274210--2274357	20	7.3	20	85	4	172	32	24	17	25	1.97
2274312--2274364	20	2.7	20	90	0	79	26	28	18	26	1.98
2274880--2274946	19	3.5	19	83	2	80	47	23	16	11	1.80
2274985--2275038	14	3.5	14	73	22	54	11	24	24	40	1.87
2274964--2275062	33	3.0	33	93	1	162	11	25	22	41	1.86
2274942--2275087	19	8.1	19	72	17	114	12	23	19	43	1.85
2277174--2277378	42	4.9	42	75	2	180	22	35	18	23	1.95
2277174--2277348	83	2.1	84	95	1	316	22	36	17	24	1.94
2277312--2277378	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2278733--2278768	13	2.6	14	82	8	56	30	0	25	44	1.54
2278895--2278951	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2278885--2278966	33	2.5	33	95	0	146	43	20	23	12	1.85
2278885--2278937	19	3.1	19	71	23	62	45	20	24	9	1.81
2278962--2279112	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
2278966--2279092	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
2278959--2279091	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
2281380--2281404	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2281579--2281632	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2282419--2282468	21	2.4	21	86	3	66	40	16	24	20	1.91
2282453--2282544	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282744--2282773	14	2.1	14	93	0	51	43	23	23	10	1.83
2282758--2282825	20	3.4	20	76	8	84	38	23	20	17	1.93
2282852--2282919	19	3.8	19	85	12	92	14	22	16	47	1.82
2283056--2283089	14	2.4	14	90	0	50	47	20	0	32	1.51
2284953--2285086	20	7.5	19	70	18	92	44	20	20	14	1.86
2285012--2285102	14	5.9	14	74	20	83	48	23	17	10	1.79
2284996--2285107	33	3.4	33	96	1	199	47	21	18	12	1.81
2284996--2285118	65	1.9	66	89	5	196	47	22	17	12	1.81
2285136--2285193	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
2285119--2285209	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
2285194--2285237	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
2285727--2285774	18	2.7	18	80	0	60	18	12	41	27	1.86
2287094--2287152	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
2287414--2287457	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
2287646--2287697	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
2287706--2287759	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
2287625--2287762	61	2.3	61	84	0	186	23	16	23	35	1.95
2287645--2287780	61	2.2	61	81	2	157	22	19	24	33	1.97
2287856--2287901	19	2.3	20	81	7	58	21	17	32	28	1.96
2291777--2291824	21	2.3	21	82	10	62	33	16	20	29	1.95
2292657--2292696	20	2.0	20	90	0	62	37	22	12	27	1.90
2293463--2293561	29	3.3	29	71	15	76	33	24	4	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302977--2303013	18	2.0	20	89	10	60	40	0	0	59	0.97
2303174--2303230	27	2.2	26	82	14	66	49	1	0	49	1.11
2303208--2303308	53	1.9	52	82	8	123	50	0	1	46	1.19
2303296--2303349	23	2.3	23	87	6	74	42	1	1	53	1.22
2303339--2303385	22	2.1	23	88	4	69	53	0	0	46	1.00
2305977--2306030	23	2.3	24	93	3	92	44	0	7	48	1.31
2306273--2306336	23	2.8	23	90	0	101	45	4	7	42	1.54
2306273--2306336	11	5.6	11	74	7	56	45	4	7	42	1.54
2307090--2307239	29	5.1	29	68	7	88	47	6	4	42	1.49
2307129--2307205	21	3.6	21	77	10	68	46	5	3	44	1.44
2307244--2307320	20	3.9	20	74	6	77	44	6	6	42	1.56
2307243--2307330	39	2.3	38	79	11	101	44	6	5	43	1.54
2307311--2307384	37	2.1	36	87	5	105	41	9	6	41	1.64
2307587--2307658	19	3.7	19	79	3	81	43	5	6	44	1.54
2307915--2307955	18	2.4	17	87	4	55	48	2	4	43	1.37
2307938--2307991	21	2.6	19	78	21	56	46	1	3	48	1.30
2307977--2308009	9	3.8	9	88	8	50	36	6	3	54	1.41
2308107--2308163	13	4.1	13	72	16	51	49	7	0	43	1.29
2309290--2309321	16	2.0	16	100	0	64	50	18	6	25	1.70
2317163--2317274	60	1.9	59	85	7	147	33	16	3	46	1.64
2326962--2327227	131	2.0	133	88	2	394	31	16	18	32	1.94
2328560--2328615	22	2.5	23	77	8	71	64	5	0	30	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328613--2328660	21	2.3	21	88	0	69	66	0	0	33	0.92
2337283--2337510	60	3.8	58	82	8	221	38	4	22	34	1.74
2337326--2337497	59	2.9	60	87	3	240	39	2	20	36	1.68
2341771--2341806	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2343619--2343772	21	7.7	20	71	8	73	37	24	18	20	1.94
2343740--2343933	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2343740--2343933	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
2343740--2343932	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2344304--2344371	33	2.1	33	91	0	109	10	22	19	48	1.78
2344444--2344499	20	2.8	20	81	8	69	42	17	26	12	1.85
2344488--2344554	33	2.0	34	91	2	109	43	23	25	7	1.80
2344552--2344649	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2344574--2344663	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2344557--2344671	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2346342--2346720	92	4.1	93	97	1	719	22	12	18	46	1.83
2346764--2346892	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2346800--2346892	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2346764--2346892	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2346888--2347005	19	6.7	19	74	18	112	11	20	22	46	1.81
2346910--2346966	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2346893--2346985	33	2.8	33	93	0	159	11	20	20	47	1.81
2346957--2347021	19	3.4	19	85	4	78	10	16	27	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2348901--2348936	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2349043--2349125	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
2349152--2349424	19	15.4	19	81	15	345	13	21	17	46	1.83
2349152--2349424	33	7.7	38	83	13	345	13	21	17	46	1.83
2349131--2349396	52	5.0	52	92	5	437	14	22	16	45	1.84
2351876--2351922	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2352592--2352978	20	19.5	20	84	6	448	20	18	25	35	1.95
2360986--2361030	12	3.8	12	82	5	65	17	22	26	33	1.96
2360987--2361039	23	2.3	23	90	0	79	20	22	24	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

The End!