genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  1  of  17  ( 2034 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12357--12387	15	2.1	15	93	0	53	32	32	6	29	1.83
14900--14950	3	18.0	3	81	18	65	29	0	0	70	0.87
14900--14950	5	9.0	6	91	8	65	29	0	0	70	0.87
21803--21940	36	3.8	36	82	4	152	34	20	13	31	1.91
21900--21931	16	2.0	17	88	11	50	34	25	9	31	1.87
21803--21961	36	4.3	36	79	10	128	33	18	12	34	1.89
22287--22352	32	2.0	33	82	8	82	34	12	12	40	1.80
23125--23157	3	11.0	3	87	12	50	33	0	0	66	0.92
23129--23154	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
25003--25047	5	9.0	5	90	4	65	15	2	2	80	0.92
29659--29711	4	13.8	4	88	7	83	49	24	0	26	1.51
30041--30200	36	4.3	37	81	4	162	35	18	11	35	1.87
30324--30540	67	3.3	66	77	10	221	26	16	14	42	1.86
30726--31169	132	3.4	131	75	10	393	25	32	16	25	1.96
31372--31415	3	14.7	3	90	0	70	29	0	4	65	1.12
41509--41937	160	2.7	158	81	4	493	40	15	14	29	1.87
41517--41937	80	5.3	79	78	7	404	39	15	14	30	1.87
43350--43382	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
43404--43452	22	2.1	24	81	7	57	22	22	4	51	1.65
43589--43665	34	2.2	34	84	6	93	27	15	3	53	1.60
46538--46591	21	2.6	21	87	0	72	16	18	27	37	1.93
53611--53737	21	6.0	21	76	1	112	25	13	23	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53582--53735	42	3.7	42	76	5	114	25	12	22	38	1.89
53588--53724	63	2.2	63	81	2	150	27	11	21	40	1.87
57137--57161	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
57943--57982	20	2.0	20	90	0	62	27	5	10	57	1.52
58549--58693	64	2.3	64	83	4	168	30	22	17	30	1.96
58584--58722	64	2.2	65	83	6	167	28	20	18	31	1.97
60678--60717	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
64539--64612	23	3.3	22	75	12	71	24	25	21	28	1.99
67269--67411	64	2.3	63	85	7	184	28	23	19	28	1.98
67316--67455	65	2.2	64	81	3	156	30	22	19	27	1.98
69711--69749	19	2.1	19	85	4	53	23	12	35	28	1.91
71503--71538	17	2.1	17	89	0	54	38	0	2	58	1.13
75219--75275	24	2.4	25	85	5	73	22	15	14	47	1.82
75481--75544	22	2.9	23	86	6	69	56	23	10	9	1.63
77521--77574	26	2.1	26	85	0	72	37	9	20	33	1.84
104438--104509	30	2.5	28	82	14	85	56	1	4	37	1.27
104553--104589	12	2.9	14	84	15	53	51	0	0	48	1.00
107143--107218	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
107364--107401	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
109214--109270	24	2.4	24	88	5	80	75	7	0	17	1.02
109214--109282	23	3.0	23	85	10	79	75	7	0	17	1.02
110941--111122	60	3.0	62	83	5	221	26	13	29	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111144--111274	39	3.4	39	82	3	174	36	15	16	32	1.89
111431--111526	39	2.5	39	86	1	131	38	16	14	30	1.89
111525--111656	59	2.2	60	79	4	133	28	18	24	28	1.98
111177--111776	252	2.4	251	88	2	855	31	16	21	31	1.95
111682--111853	38	4.5	38	83	4	211	34	16	15	33	1.90
111682--111853	77	2.2	76	84	1	218	34	16	15	33	1.90
111938--112050	42	2.7	41	78	4	127	32	17	21	28	1.96
115681--115731	24	2.0	26	85	7	70	54	7	17	19	1.67
117615--117672	23	2.6	23	81	13	68	75	3	1	18	1.03
121947--121996	23	2.2	23	82	7	57	48	6	20	26	1.72
121980--122028	23	2.1	23	81	7	55	36	12	32	18	1.88
122049--122096	7	6.4	7	81	13	51	47	0	2	50	1.12
122239--122274	15	2.6	14	87	12	56	30	0	8	61	1.26
126074--126136	23	2.7	23	87	0	72	36	19	17	26	1.94
129687--129747	29	2.1	29	93	0	104	24	22	8	44	1.80
129631--129828	110	1.8	110	82	4	256	26	21	10	40	1.86
129716--130017	81	3.8	81	91	0	473	28	22	12	36	1.91
129982--130240	68	3.8	68	90	0	385	30	22	16	30	1.96
135615--135648	18	1.9	17	94	5	59	26	0	2	70	1.01
136962--137000	17	2.4	15	87	12	51	28	2	2	66	1.18
137265--137321	28	2.0	28	83	12	73	29	0	5	64	1.15
137930--137970	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140386--140431	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
141715--141743	10	2.9	10	100	0	58	20	0	0	79	0.74
151495--152361	105	8.3	105	96	0	1581	33	25	17	22	1.96
155919--155988	20	3.5	20	86	2	95	47	2	31	18	1.63
156654--156685	15	2.1	15	94	0	55	25	21	6	46	1.74
163961--163990	13	2.3	13	94	0	51	70	0	20	10	1.16
164353--164393	21	2.0	20	85	4	55	31	7	4	56	1.48
165536--165982	113	4.0	113	88	2	641	37	14	19	28	1.91
165913--165977	17	3.3	20	66	20	55	40	10	24	24	1.87
166334--166414	3	27.3	3	73	12	69	33	0	1	65	1.01
166341--166408	35	1.9	36	87	3	102	35	0	1	63	1.04
167707--167745	17	2.4	15	87	12	51	28	2	2	66	1.18
167979--168059	24	3.5	24	70	20	75	22	24	23	29	1.99
170293--170336	17	2.6	17	100	0	88	47	0	31	20	1.50
170738--170826	45	2.0	46	90	2	144	29	26	16	26	1.97
171622--171820	58	3.5	58	88	1	285	31	22	11	34	1.90
172116--172162	20	2.3	20	92	0	76	27	31	14	25	1.95
172145--172354	95	2.2	94	84	0	258	25	25	14	34	1.94
176507--176563	29	2.0	29	85	0	78	28	17	8	45	1.78
176552--176931	81	4.7	81	86	0	474	31	22	10	34	1.88
180675--180743	29	2.5	28	90	4	104	46	31	8	13	1.73
180795--181138	186	1.8	186	89	1	537	36	24	11	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181154--181578	210	2.0	213	92	2	703	37	25	11	24	1.90
182307--182340	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
182306--182340	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
183202--183290	37	2.4	37	83	3	99	30	14	13	41	1.84
183850--184821	105	9.3	105	90	3	1408	22	18	26	33	1.96
183850--184821	205	4.6	206	89	4	1353	22	18	26	33	1.96
183850--184821	310	3.1	310	91	2	1473	22	18	26	33	1.96
185208--185274	29	2.3	28	74	7	71	28	16	11	43	1.83
185412--185582	68	2.5	68	83	4	213	35	9	21	32	1.87
185558--185838	36	8.0	35	75	12	236	39	14	19	26	1.90
185506--185812	138	2.2	137	83	1	382	39	13	19	28	1.89
185594--185782	102	1.9	102	85	2	263	40	13	18	28	1.88
185707--185880	72	2.4	72	86	6	230	39	14	19	26	1.91
185708--185888	36	5.1	35	79	8	188	40	14	18	25	1.89
186317--186352	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
186752--186802	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
187403--187462	20	2.9	21	80	7	61	1	13	5	80	0.96
187419--187465	9	5.1	9	78	14	51	0	14	4	80	0.85
190489--190522	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
190488--190522	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
190784--190808	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
191395--191483	37	2.4	37	83	3	99	30	14	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192098--192148	21	2.4	21	100	0	102	49	19	0	31	1.49
200986--201044	27	2.2	27	96	0	109	11	6	16	64	1.47
201363--201444	34	2.4	34	93	0	137	37	8	21	31	1.84
214887--214943	5	11.6	5	81	10	57	21	50	22	5	1.68
214887--214951	22	3.0	22	90	4	96	21	47	23	7	1.76
227413--227468	27	2.1	27	86	0	76	33	26	12	26	1.92
227676--227738	30	2.1	30	82	11	76	14	30	20	34	1.92
227797--227850	25	2.2	25	100	0	108	18	29	25	25	1.98
228709--229036	57	5.8	57	93	0	541	36	9	17	35	1.83
247134--247180	23	2.0	24	91	4	78	23	2	4	70	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17