genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704679--704751	20	3.7	20	81	1	85	16	21	20	41	1.90
707359--707410	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
708250--708302	20	2.7	20	93	0	88	18	20	24	35	1.95
708299--708344	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
712891--712940	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
721557--721606	24	2.1	24	85	7	66	60	14	2	24	1.45
728411--728458	21	2.3	21	96	0	87	31	33	18	16	1.94
728466--728546	42	1.9	40	87	9	117	22	22	20	34	1.97
728515--728676	42	3.9	41	94	1	263	19	19	25	35	1.95
728467--728679	63	3.4	62	79	11	229	21	20	23	34	1.96
729428--729459	5	6.6	5	96	3	57	0	40	21	37	1.54
729456--729492	6	6.2	6	100	0	74	0	16	48	35	1.46
729589--729857	21	12.8	21	75	15	211	38	23	17	21	1.93
729589--729847	63	4.1	62	89	5	373	38	22	17	21	1.93
729582--729949	21	17.7	19	73	13	175	35	24	17	22	1.95
733543--733581	19	2.1	19	85	9	53	76	2	2	17	1.01
733749--733791	18	2.4	18	80	3	52	69	0	4	25	1.07
733782--733817	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
733811--733896	39	2.3	36	88	6	118	65	1	4	29	1.20
733918--733961	2	22.5	2	84	13	56	52	0	4	43	1.22
733918--733984	14	4.6	14	77	17	57	58	0	2	38	1.14
733953--734009	23	2.4	24	77	14	64	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736279--736582	65	4.5	65	74	10	225	39	11	19	28	1.87
736249--736444	65	2.9	67	83	6	229	38	9	20	32	1.84
736393--736618	36	6.4	36	77	10	216	39	13	19	27	1.89
736339--736610	138	2.0	138	85	0	373	39	12	19	27	1.88
736427--736699	102	2.7	101	82	4	307	39	12	19	28	1.88
736634--736705	37	1.9	37	88	0	108	40	12	20	26	1.88
738381--738422	16	2.6	17	85	11	61	0	16	2	80	0.81
738387--738423	9	4.3	9	80	13	51	0	16	2	81	0.81
738362--738421	25	2.4	25	84	15	72	1	16	3	78	0.97
738367--738426	27	2.3	27	82	8	70	1	15	5	78	1.00
741481--741513	11	2.9	11	95	4	57	81	0	0	18	0.68
741480--741510	14	2.3	13	94	5	53	83	0	0	16	0.64
741630--741723	36	2.6	36	76	15	104	69	3	5	22	1.23
741710--741793	16	5.2	16	70	23	52	70	1	4	23	1.14
741721--741786	30	2.2	30	78	10	73	69	1	6	22	1.19
741895--741945	14	3.8	14	84	10	54	72	0	0	27	0.85
741866--741928	25	2.6	25	82	7	67	61	0	3	34	1.12
741904--741984	4	19.2	4	81	9	74	67	0	4	27	1.10
742911--742965	24	2.3	24	96	0	101	25	21	23	29	1.99
743063--743102	20	2.0	20	90	0	62	47	10	2	40	1.50
748297--748340	23	1.9	23	85	0	61	45	4	6	43	1.51
751686--751731	23	2.0	23	91	0	74	28	13	23	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754922--755166	124	2.0	125	81	4	296	30	21	13	34	1.92
755174--755251	39	2.0	39	100	0	156	33	12	20	33	1.91
759016--759064	23	2.2	22	85	3	62	46	4	4	44	1.41
763485--763610	47	2.8	46	82	7	143	31	20	7	40	1.80
764001--764042	21	2.0	21	100	0	84	33	14	14	38	1.86
770671--770707	19	1.9	19	88	0	56	37	2	13	45	1.58
771461--771588	67	1.9	67	93	0	220	32	14	10	42	1.81
772525--772558	18	1.9	18	88	5	52	50	0	23	26	1.50
774376--774403	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
776947--777072	46	2.8	46	91	1	191	30	13	20	35	1.91
777819--777859	13	3.2	12	93	6	64	19	14	14	51	1.77
777819--777859	6	6.5	6	89	10	64	19	14	14	51	1.77
777819--777859	19	2.2	19	100	0	82	19	14	14	51	1.77
783348--783386	20	2.0	20	89	0	60	12	23	41	23	1.88
784056--784103	17	3.0	15	77	14	51	56	27	2	14	1.50
786133--786170	20	1.9	20	88	0	58	13	26	34	26	1.93
792303--792483	37	4.9	37	85	0	218	36	21	17	24	1.95
792861--793792	55	17.1	55	86	2	1213	30	17	24	26	1.97
792861--793792	273	3.4	271	90	2	1431	30	17	24	26	1.97
792861--793785	219	4.2	218	85	4	1179	30	17	24	27	1.98
794029--794084	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
798306--798395	32	2.8	32	96	0	162	27	16	10	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798578--798695	20	5.7	20	69	12	60	32	13	5	48	1.67
800485--800525	21	1.9	22	85	5	57	24	14	17	43	1.86
802156--802224	2	35.0	2	88	8	106	47	1	1	49	1.19
803611--803655	22	2.0	22	82	0	54	33	2	0	64	1.06
803798--803823	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
803941--804004	23	2.7	24	81	15	80	21	3	0	75	0.95
803941--804018	8	9.9	8	73	23	60	23	2	0	74	0.94
803939--804022	32	2.6	31	85	11	107	22	2	0	75	0.92
803940--804037	18	5.2	18	73	24	62	23	2	2	72	1.06
803942--804037	31	3.0	32	82	11	92	23	2	2	71	1.07
803945--804037	44	2.2	42	80	14	102	23	2	2	72	1.07
803940--804024	4	22.0	4	71	25	51	23	2	0	74	0.94
804007--804058	22	2.2	25	83	10	65	21	3	7	67	1.32
813522--813566	23	2.0	23	90	0	72	28	26	26	17	1.98
815177--815220	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
820153--820197	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
822260--822389	65	2.0	65	90	0	206	36	19	16	27	1.93
822385--822412	13	2.2	13	100	0	56	39	21	17	21	1.93
824549--824587	14	2.9	13	85	7	51	28	2	0	69	1.02
824733--824791	18	3.1	18	74	16	57	18	3	1	76	1.02
824699--824792	23	4.1	23	70	17	63	15	5	3	75	1.11
824740--824792	21	2.8	18	76	18	54	16	3	1	77	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824762--824827	13	5.3	12	78	12	62	19	3	3	74	1.09
827799--827866	20	3.6	19	74	20	61	47	0	1	51	1.09
827964--828003	20	2.1	20	86	9	57	52	7	17	22	1.69
828767--828856	21	4.3	21	89	0	126	35	12	5	46	1.65
834053--834098	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
835841--835865	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
841641--841762	21	5.6	21	71	14	95	31	24	19	23	1.98
842332--842472	54	2.6	54	86	3	176	28	22	18	30	1.97
842442--842521	20	3.9	21	73	16	78	30	27	12	30	1.93
843822--843862	17	2.4	17	95	4	73	17	29	4	48	1.67
848631--848755	21	5.8	22	73	15	102	32	27	18	21	1.97
848625--848712	23	3.9	23	77	15	94	30	27	20	21	1.98
849952--850001	19	2.6	19	96	0	91	18	26	30	26	1.98
858762--858791	12	2.5	12	100	0	60	10	13	23	53	1.69
859070--859214	54	2.7	54	90	3	211	28	23	17	30	1.97
859184--859235	20	2.6	21	84	6	72	26	28	15	28	1.96
861720--861745	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
878752--878796	20	2.3	20	84	3	56	4	6	13	75	1.15
878761--878804	20	2.2	20	92	4	72	0	6	13	79	0.92
878769--878815	9	4.9	9	80	14	58	0	4	10	85	0.74
878761--878817	21	2.8	21	86	5	73	0	5	12	82	0.82
879321--879712	201	2.0	201	96	0	730	26	27	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879853--879914	10	5.9	10	74	10	52	82	4	9	3	0.93
879863--879904	12	3.7	12	84	12	61	78	2	14	4	1.01
879851--879913	22	2.9	22	80	2	83	80	4	9	4	0.99
888240--888310	21	3.3	20	77	12	70	1	11	12	74	1.13
888260--888299	11	3.3	13	83	16	59	0	17	7	75	1.03
888260--888313	23	2.3	23	87	3	72	0	12	9	77	0.98
888255--888315	24	2.5	25	76	10	72	0	11	11	77	1.01
889659--889695	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
888869--889875	503	2.0	499	89	3	1522	22	23	15	38	1.92
890046--890091	9	5.0	9	89	5	74	84	13	2	0	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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