genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532404--2532454	21	2.4	22	80	9	61	31	1	1	64	1.15
2538413--2538896	62	7.8	62	87	0	610	27	19	15	36	1.93
2539087--2539651	36	15.9	35	84	5	708	35	21	23	20	1.96
2539818--2539872	3	18.0	3	81	10	67	36	0	1	61	1.06
2539819--2539872	16	3.5	15	83	11	74	37	0	1	61	1.07
2541046--2541096	21	2.4	22	80	9	61	31	1	1	64	1.15
2547875--2547904	15	1.9	16	93	6	53	26	3	10	60	1.45
2548165--2548190	12	2.2	12	100	0	52	23	53	0	23	1.46
2549142--2549176	17	2.1	17	100	0	70	28	28	5	37	1.80
2549710--2549746	18	2.1	18	100	0	74	21	0	35	43	1.53
2558484--2558511	9	3.1	9	100	0	56	78	0	0	21	0.75
2558502--2558540	11	3.5	11	92	0	60	61	5	0	33	1.18
2558483--2558546	14	5.0	13	74	14	53	64	4	0	31	1.14
2558557--2558776	36	6.2	36	77	18	182	46	4	3	45	1.41
2558556--2558792	38	6.6	37	80	14	259	46	4	3	44	1.42
2559121--2559178	22	2.7	22	91	2	91	31	24	12	32	1.91
2559486--2559555	36	1.9	37	91	2	115	47	7	2	42	1.45
2559621--2559660	2	20.0	2	89	0	62	45	0	5	50	1.23
2560390--2560463	39	1.9	37	86	8	103	24	10	10	54	1.67
2561117--2561293	60	3.0	60	82	1	212	33	20	4	41	1.73
2564698--2564822	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
2565105--2565159	24	2.4	22	80	17	58	20	5	3	70	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565160--2565288	42	3.3	38	81	14	115	29	2	1	66	1.13
2565225--2565350	9	13.4	9	68	17	60	17	6	0	75	1.05
2565142--2565286	38	3.8	37	77	14	134	28	2	1	67	1.10
2565221--2565308	28	3.0	27	77	12	86	21	3	1	73	1.04
2565232--2565290	14	4.2	13	75	12	55	22	1	0	76	0.88
2565234--2565307	23	3.1	23	74	14	62	21	2	1	74	1.02
2565258--2565344	45	1.9	45	81	9	106	14	8	1	75	1.08
2565437--2565466	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
2566541--2566568	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2568417--2568452	13	2.7	13	86	4	54	77	8	13	0	0.98
2568408--2568464	16	3.7	15	77	17	55	75	10	12	1	1.12
2568414--2568480	22	3.0	22	73	16	57	74	10	13	1	1.14
2568408--2568472	29	2.2	30	78	15	73	73	9	15	1	1.15
2569068--2569112	22	2.0	22	91	8	74	37	22	13	26	1.91
2570116--2570172	30	1.9	30	85	7	80	40	14	10	35	1.80
2570186--2570300	36	3.1	36	82	4	158	30	19	11	39	1.86
2570342--2570456	33	3.5	33	89	5	162	37	19	11	32	1.87
2570411--2570603	67	2.8	67	84	3	251	28	20	12	38	1.89
2571198--2571613	105	4.0	101	78	8	374	32	25	20	20	1.97
2572163--2572231	34	2.0	34	97	0	129	42	11	13	33	1.80
2572556--2572618	23	2.9	21	75	15	58	20	6	4	68	1.31
2572569--2572636	24	2.8	24	78	12	68	22	4	4	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572659--2572737	30	2.6	30	86	8	97	29	2	0	68	1.03
2572672--2572740	33	2.1	33	86	10	97	28	2	0	68	1.04
2572727--2572802	21	3.8	20	75	13	59	15	5	1	77	1.01
2572791--2572872	20	3.9	21	80	9	69	19	9	1	69	1.23
2572890--2572919	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
2574661--2574710	14	3.7	13	73	26	50	44	2	0	54	1.11
2586803--2586867	31	2.1	32	82	2	78	43	1	1	53	1.19
2586900--2586989	20	4.3	21	71	18	62	32	0	3	64	1.10
2586910--2586969	22	2.8	20	75	22	59	31	0	1	66	1.01
2586886--2586969	22	4.0	21	72	21	54	32	0	2	65	1.05
2586967--2587018	17	3.1	17	76	17	54	32	0	1	65	1.04
2586952--2587013	26	2.3	27	83	2	81	25	0	1	72	0.94
2590395--2590636	81	3.0	81	84	4	310	29	23	8	38	1.85
2590593--2591049	68	6.7	68	90	0	698	32	24	14	28	1.94
2591317--2591536	55	4.0	55	89	0	332	34	20	12	32	1.91
2592433--2593048	5	123.6	5	97	1	1177	39	19	0	40	1.52
2593074--2593099	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
2595485--2595532	24	2.0	24	88	8	71	37	12	16	33	1.86
2605435--2605473	19	2.1	19	85	0	51	23	2	5	69	1.21
2605955--2606042	45	1.9	47	83	4	117	36	11	20	31	1.88
2610468--2610502	16	2.2	16	89	0	52	25	5	28	40	1.78
2612123--2612325	88	2.3	88	86	0	262	37	12	24	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614079--2614126	15	2.9	16	77	17	62	52	0	0	47	1.00
2614080--2614117	9	4.2	9	83	10	51	55	0	0	44	0.99
2614079--2614143	20	3.7	18	78	16	73	49	0	1	49	1.10
2614688--2614772	21	4.0	21	78	3	82	37	11	17	32	1.86
2618018--2618058	20	2.0	20	90	0	64	82	0	7	9	0.83
2618929--2618972	19	2.3	19	100	0	88	13	13	0	72	1.12
2627002--2627084	31	2.6	31	81	10	98	72	3	16	7	1.22
2627002--2627086	32	2.7	33	83	8	97	71	3	17	7	1.23
2627066--2627102	15	2.3	17	86	9	51	78	2	16	2	0.98
2628783--2628825	18	2.4	18	84	7	52	23	9	2	65	1.34
2629348--2629435	21	4.2	21	92	0	131	29	29	9	31	1.88
2629414--2629642	114	2.0	113	87	2	325	33	20	13	33	1.91
2637127--2637178	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
2642026--2642254	124	1.8	124	94	0	404	32	21	15	30	1.95
2643626--2643658	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
2645098--2645185	46	1.9	46	85	0	122	35	22	22	19	1.96
2645098--2645186	23	3.9	23	77	0	97	34	23	22	19	1.96
2645093--2645194	46	2.2	46	75	0	105	33	25	23	17	1.96
2645776--2645826	22	2.3	22	100	0	102	19	23	17	39	1.92
2646788--2647104	20	15.8	20	79	8	223	39	23	17	18	1.92
2646788--2647119	40	8.2	40	80	6	278	39	24	17	18	1.92
2646788--2647119	60	5.5	60	75	8	260	39	24	17	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647980--2648033	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2650636--2650729	33	2.8	33	93	0	161	43	19	24	12	1.85
2650614--2650733	19	6.8	19	67	21	73	43	20	24	12	1.86
2650549--2650733	86	2.2	85	82	2	217	42	18	23	15	1.88
2650729--2650818	33	2.7	33	85	0	108	14	18	21	45	1.85
2650925--2650961	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2652849--2652964	19	6.6	19	76	18	126	43	21	24	10	1.83
2652849--2652964	52	2.2	52	96	0	214	43	21	24	10	1.83
2652961--2653023	19	3.3	19	82	4	74	14	15	25	44	1.84
2653015--2653071	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2652995--2653086	33	2.8	33	93	3	152	11	22	21	43	1.85
2652971--2653086	19	6.8	18	72	17	88	10	21	23	44	1.82
2653174--2653647	94	5.1	94	95	1	817	47	18	12	21	1.81
2655338--2655400	20	3.2	20	82	8	83	46	17	23	12	1.83
2655336--2655457	33	3.5	33	84	7	145	45	18	22	12	1.83
2655474--2655530	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2655469--2655591	33	3.4	34	82	11	140	11	20	21	47	1.81
2655488--2655593	20	5.6	20	77	13	100	11	19	20	48	1.80
2656110--2656280	20	8.4	20	76	7	166	20	17	23	38	1.93
2656110--2656280	40	4.2	41	86	1	238	20	17	23	38	1.93
2656112--2656280	61	2.8	60	77	8	166	20	17	23	38	1.93
2656110--2656280	81	2.1	81	86	2	245	20	17	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656289--2656341	20	2.7	20	88	5	72	13	16	24	45	1.83
2656110--2656322	81	2.6	80	82	5	216	20	17	24	38	1.93
2656110--2656341	121	1.9	121	82	3	288	19	17	24	38	1.93
2661982--2662026	18	2.6	18	92	3	74	15	40	0	44	1.47
2666600--2666631	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2667842--2667906	23	2.8	23	97	0	121	36	23	4	35	1.75
2670156--2670233	41	1.9	41	91	0	129	39	5	2	52	1.37
2670279--2670348	9	7.1	9	70	17	50	31	1	0	67	1.00
2670300--2670341	19	2.2	19	87	8	59	33	2	0	64	1.07
2670268--2670403	23	5.5	24	66	24	68	34	3	0	61	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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