genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195204--2195234	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2195952--2196014	19	3.1	19	67	20	54	55	14	3	26	1.54
2197285--2197331	22	2.1	23	88	4	69	23	12	25	38	1.90
2200062--2200127	16	4.1	16	75	11	62	0	39	0	60	0.97
2200062--2200120	27	2.2	27	84	0	82	0	37	0	62	0.95
2200085--2200144	22	2.8	22	76	14	63	0	41	0	58	0.98
2200077--2200148	32	2.3	31	74	9	74	0	40	0	59	0.97
2205431--2205459	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2206485--2206541	17	3.2	17	70	15	53	43	0	3	52	1.18
2206489--2206569	33	2.3	37	81	14	100	44	1	2	51	1.22
2206489--2206598	42	2.8	39	75	17	95	45	1	1	50	1.22
2206514--2206598	42	2.1	42	81	14	99	47	2	0	50	1.14
2215857--2215894	18	2.1	18	95	0	67	23	31	21	23	1.98
2216353--2216424	26	3.0	24	67	21	60	27	6	4	61	1.41
2219785--2219826	16	2.7	15	82	17	50	66	4	0	28	1.12
2219792--2219831	15	2.6	15	88	4	53	70	5	0	25	1.08
2229169--2229207	15	2.6	15	87	0	60	35	10	20	33	1.86
2238324--2238400	24	3.1	24	76	7	73	27	10	16	45	1.80
2239313--2239351	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2239596--2239651	21	2.5	22	78	15	62	46	5	3	44	1.43
2239574--2239717	31	4.6	31	73	12	125	47	5	6	40	1.54
2239617--2239719	33	3.2	32	81	10	129	46	5	6	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239617--2239877	117	2.3	114	82	5	310	43	6	8	42	1.59
2239784--2239846	31	2.0	31	93	0	108	49	6	6	38	1.54
2239828--2239987	33	4.7	34	72	14	114	43	5	6	43	1.54
2239807--2239987	51	3.5	51	90	3	283	44	5	6	43	1.53
2239696--2239987	18	17.1	18	67	18	160	43	5	7	43	1.56
2239632--2239987	82	4.2	83	78	7	362	43	5	7	42	1.57
2239917--2239956	20	2.0	20	100	0	80	50	5	0	45	1.23
2240471--2240497	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2241745--2241862	9	14.2	8	68	22	50	48	4	5	42	1.44
2241742--2241862	18	6.9	18	83	9	160	48	4	4	41	1.46
2241767--2241870	51	2.0	51	94	0	181	46	4	5	43	1.49
2242757--2242793	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2243919--2244030	34	3.3	33	85	8	145	43	0	0	56	0.99
2244752--2244798	3	15.7	3	84	8	60	31	2	2	63	1.18
2246065--2246131	35	1.9	34	85	8	91	22	7	13	56	1.62
2246168--2246418	30	8.4	30	80	3	256	19	14	8	56	1.64
2247368--2247399	16	1.9	17	93	6	57	21	0	12	65	1.25
2252654--2252681	14	2.0	14	100	0	56	7	21	21	50	1.72
2252682--2252775	28	3.3	29	83	8	104	31	14	12	40	1.84
2252778--2253146	131	2.8	131	79	4	409	28	30	16	23	1.97
2253330--2253420	3	30.0	3	87	6	130	35	1	1	62	1.10
2254844--2255017	30	5.8	30	75	6	122	17	13	9	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256308--2256362	24	2.3	24	76	17	60	63	1	1	32	1.15
2262037--2262079	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
2262952--2263023	30	2.4	31	83	2	83	26	15	23	34	1.94
2263009--2263171	30	5.4	30	99	0	317	23	19	23	32	1.98
2266423--2266465	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
2267348--2267419	30	2.4	30	83	2	81	22	16	25	36	1.94
2267249--2267589	170	2.0	170	100	0	682	28	15	25	30	1.96
2267545--2267707	30	5.4	30	99	0	317	23	19	23	32	1.98
2272817--2272855	18	2.2	18	95	0	69	25	7	23	43	1.80
2273027--2273078	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2273134--2273327	20	9.6	20	76	8	85	36	25	19	19	1.95
2273130--2273327	40	5.0	39	80	4	173	35	26	18	19	1.95
2273153--2273326	60	2.9	60	84	0	240	35	26	18	19	1.95
2273706--2273776	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2273896--2273950	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2273896--2273966	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2273962--2274054	14	5.5	18	72	21	76	9	25	22	41	1.84
2273984--2274072	14	5.7	14	73	21	79	8	25	22	42	1.83
2273967--2274080	33	3.5	33	91	2	194	9	24	20	45	1.81
2275766--2276139	90	4.1	92	94	4	670	21	12	18	46	1.82
2275766--2276141	182	2.1	181	95	3	684	22	12	18	46	1.82
2276183--2276311	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276219--2276311	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2276183--2276311	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2276307--2276425	19	6.8	18	74	19	110	8	19	25	47	1.77
2276329--2276385	14	3.7	14	72	20	51	7	19	28	45	1.76
2276312--2276404	33	2.8	33	91	0	159	8	19	24	47	1.77
2276307--2276441	19	7.6	19	73	20	105	9	18	25	45	1.80
2278362--2278397	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2278504--2278586	19	4.6	19	80	17	113	43	18	24	14	1.87
2278615--2278938	19	18.4	19	80	16	387	14	20	18	46	1.83
2278593--2278910	52	6.0	52	85	8	446	15	21	17	46	1.84
2278593--2278871	71	4.0	71	87	5	440	15	20	17	46	1.84
2278845--2278938	34	2.8	33	88	6	136	12	20	20	46	1.82
2278634--2278938	33	8.8	33	72	20	164	14	20	18	46	1.83
2281218--2281242	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2282145--2282513	20	18.5	20	86	4	449	20	18	26	34	1.96
2282569--2282620	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2283727--2283766	19	2.1	19	86	9	55	75	0	5	20	0.99
2283832--2283925	22	4.2	22	79	16	81	72	2	8	17	1.19
2283854--2283917	17	3.7	17	76	13	60	75	1	7	15	1.11
2283856--2283925	4	16.2	4	73	14	50	75	1	5	17	1.06
2283856--2283925	9	8.0	9	72	22	60	75	1	5	17	1.06
2283875--2283956	18	4.6	18	74	18	66	75	4	4	14	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285366--2285415	15	3.1	16	77	13	50	56	2	2	40	1.22
2285361--2285408	12	4.2	12	80	17	50	62	2	0	35	1.07
2285359--2285409	26	2.0	26	84	7	68	60	1	0	37	1.08
2286061--2286433	106	3.5	106	83	5	471	22	17	25	33	1.96
2287508--2287552	5	8.8	5	81	13	56	0	15	0	84	0.62
2287508--2287553	16	2.9	17	87	12	71	0	15	0	84	0.62
2287507--2287554	10	4.6	10	92	2	69	0	14	0	85	0.60
2288375--2288488	53	2.1	53	79	10	117	28	4	2	64	1.26
2288504--2288547	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2288568--2288637	4	16.2	4	75	11	50	17	4	2	75	1.08
2288568--2288622	9	6.2	9	76	19	62	18	3	1	76	1.02
2289335--2289359	13	1.9	13	100	0	50	28	40	16	16	1.89
2300076--2300144	4	16.2	4	73	16	50	73	2	5	17	1.15
2300053--2300171	21	5.3	21	76	17	82	72	5	8	14	1.26
2300039--2300144	9	11.8	9	65	18	51	70	2	9	16	1.25
2301582--2301626	23	2.0	23	86	8	65	60	2	0	37	1.09
2301582--2301624	12	3.7	12	82	14	54	60	2	0	37	1.10
2302468--2302502	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
2302907--2302933	7	3.9	7	100	0	54	29	25	14	29	1.95
2305582--2305638	28	2.0	28	100	0	114	28	17	28	26	1.98
2305701--2305907	94	2.2	94	92	0	353	23	16	27	32	1.96
2311512--2311561	3	17.0	3	87	4	75	62	0	2	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311689--2312377	82	8.4	82	88	1	925	22	18	22	36	1.95
2312518--2312701	89	2.1	89	82	4	219	30	20	17	30	1.96
2312881--2312976	42	2.3	41	83	3	129	33	21	18	26	1.97
2313278--2313384	42	2.6	42	85	4	137	31	22	19	26	1.98
2314879--2314948	36	1.9	37	85	8	99	40	14	11	34	1.82
2319706--2319796	44	2.1	44	83	4	112	60	12	5	21	1.52
2322536--2322564	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
2325053--2325077	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2326586--2326899	59	5.3	58	76	8	219	36	10	21	31	1.88
2326594--2326870	118	2.4	117	83	4	317	37	10	20	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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