genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326787--2326924	59	2.3	59	81	7	138	36	10	21	31	1.87
2333690--2333906	59	3.7	59	73	7	163	38	11	20	29	1.87
2334388--2334429	11	3.8	11	87	0	57	28	14	23	33	1.94
2340215--2340253	14	2.8	14	80	0	51	53	12	15	17	1.72
2340225--2340272	21	2.1	24	88	11	75	58	10	14	16	1.63
2340732--2340758	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2342806--2343417	149	4.1	149	92	2	931	29	16	5	49	1.67
2343317--2343383	20	3.4	19	73	20	66	20	16	1	61	1.42
2356960--2357256	37	7.9	39	82	7	296	44	3	6	45	1.46
2357231--2357356	31	3.9	32	74	18	93	41	5	7	45	1.57
2357403--2357434	14	2.3	14	94	0	55	21	12	3	62	1.43
2359843--2359888	17	2.4	19	75	20	51	28	4	41	26	1.74
2364006--2364954	165	5.8	165	87	1	1260	29	22	20	26	1.99
2364006--2364954	329	2.9	329	88	0	1394	29	22	20	26	1.99
2365623--2365888	37	7.1	37	81	7	263	46	2	6	43	1.42
2365641--2365958	73	4.4	72	76	12	287	46	3	6	43	1.46
2365888--2365973	31	2.8	32	81	10	90	39	5	8	46	1.58
2365919--2366009	32	2.8	33	80	10	89	41	2	8	47	1.47
2366037--2366068	14	2.3	14	94	0	55	21	12	3	62	1.43
2367389--2367426	16	2.5	15	91	8	60	26	0	0	73	0.83
2368833--2368969	69	2.0	69	100	0	274	36	4	13	45	1.63
2369947--2369999	25	2.1	26	82	6	65	26	3	1	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369956--2370301	186	1.9	186	89	4	545	40	7	7	44	1.59
2371272--2371327	18	3.2	18	84	2	78	5	12	14	67	1.38
2373247--2373299	21	2.6	21	82	8	56	52	5	1	39	1.36
2373591--2373624	13	2.8	12	87	12	52	67	8	0	23	1.18
2375354--2375507	45	3.4	45	69	8	134	22	20	14	42	1.89
2376138--2376185	22	2.2	22	92	0	78	37	12	10	39	1.77
2380501--2380723	31	7.2	31	77	10	240	30	17	20	30	1.96
2380501--2380723	63	3.6	63	93	2	387	30	17	20	30	1.96
2380501--2380727	124	1.8	124	95	0	373	31	18	19	30	1.96
2384144--2384521	63	6.0	63	92	2	600	32	17	18	31	1.94
2387159--2387195	18	2.1	18	100	0	74	29	21	10	37	1.88
2388059--2388111	20	2.6	21	82	8	56	52	7	1	37	1.41
2391537--2391604	26	2.7	24	77	18	66	55	4	0	39	1.20
2392895--2392941	16	2.9	17	81	9	55	55	0	0	44	0.99
2393674--2393727	26	2.1	26	86	6	74	44	9	0	46	1.35
2398498--2398566	3	22.3	3	75	11	59	39	0	4	56	1.19
2398498--2398566	13	5.8	13	74	17	69	39	0	4	56	1.19
2398497--2398566	23	3.0	24	75	20	76	40	0	4	55	1.19
2399366--2399417	15	3.5	15	100	0	104	36	0	46	17	1.48
2400446--2400477	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2402069--2402136	29	2.3	29	80	5	75	44	7	8	39	1.64
2404660--2404732	12	6.0	12	76	12	51	35	2	1	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404700--2404730	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2404774--2404817	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2406014--2406048	10	3.4	10	92	4	52	20	2	0	77	0.90
2416659--2417229	64	8.8	64	92	2	926	33	25	20	20	1.96
2417186--2417401	105	2.0	107	89	2	328	31	26	19	21	1.98
2422036--2422100	2	33.0	2	96	3	123	49	0	0	50	1.00
2422261--2422296	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2435187--2435830	84	7.5	84	76	8	575	30	25	18	25	1.98
2435545--2435574	13	2.3	13	100	0	60	30	40	13	16	1.87
2435464--2435742	97	3.0	97	80	9	289	31	25	17	25	1.97
2435380--2435742	181	2.0	181	90	0	573	30	25	18	25	1.98
2435299--2435802	265	1.9	266	89	0	794	30	25	18	25	1.98
2436059--2436253	83	2.3	83	91	0	300	25	32	17	24	1.97
2436060--2436336	40	6.6	41	70	10	168	23	33	18	24	1.97
2436100--2436248	43	3.5	43	76	5	160	24	32	18	24	1.97
2435958--2436382	212	2.0	212	87	0	616	26	32	16	24	1.96
2436143--2436516	131	2.9	131	85	5	483	24	32	17	25	1.96
2436709--2436783	3	24.7	3	91	2	123	36	0	1	62	1.04
2436867--2436904	12	3.2	12	92	0	58	15	18	7	57	1.62
2443220--2443608	54	7.2	54	91	0	582	30	16	17	35	1.92
2449332--2449700	54	6.8	54	90	0	551	31	15	17	36	1.91
2453490--2454225	81	9.1	81	89	1	1046	32	20	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454311--2454414	55	1.9	55	87	0	154	36	15	9	38	1.80
2462858--2462885	9	3.1	9	100	0	56	0	42	21	35	1.53
2464920--2464960	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
2465001--2465031	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
2467388--2467415	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2470950--2470985	15	2.3	15	90	4	54	66	5	8	19	1.38
2471154--2471269	60	1.9	61	91	5	191	59	12	11	17	1.61
2471160--2471269	30	3.6	30	83	3	150	59	12	10	17	1.61
2472126--2472175	18	2.6	19	84	12	66	8	12	12	68	1.40
2472574--2472636	3	21.3	3	90	9	103	65	0	0	34	0.93
2472829--2473277	134	3.4	133	82	3	516	25	18	31	24	1.98
2479728--2479867	30	4.7	30	83	4	158	56	7	15	20	1.64
2479725--2479867	60	2.4	60	85	3	191	56	8	15	19	1.64
2481157--2481201	17	2.7	18	83	13	60	60	0	0	40	0.97
2486807--2487259	237	1.9	236	97	0	852	16	34	16	31	1.92
2487923--2487964	21	2.0	21	86	4	59	57	0	0	42	0.99
2498161--2498308	80	1.9	79	81	4	181	33	19	18	28	1.95
2504720--2504762	13	3.4	12	81	18	52	20	2	0	76	0.89
2505398--2505536	75	1.9	74	84	4	190	41	12	18	26	1.87
2505999--2506049	25	2.0	25	100	0	102	25	7	15	50	1.71
2506127--2506165	21	1.9	20	85	15	53	46	0	0	53	1.00
2509146--2509296	76	2.0	76	98	0	293	23	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510182--2510221	21	1.9	21	94	0	71	45	5	2	47	1.38
2510183--2510228	21	2.2	21	88	0	65	41	4	4	50	1.42
2512558--2512590	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2512844--2513037	83	2.3	83	82	0	235	24	15	29	30	1.96
2512844--2513037	40	4.7	40	68	12	115	24	15	29	30	1.96
2512936--2513195	137	1.9	138	84	2	351	26	16	27	30	1.97
2513224--2513584	140	2.6	140	85	0	472	25	14	29	30	1.95
2513579--2513775	36	5.8	35	69	16	119	38	15	15	29	1.89
2513583--2513758	66	2.7	66	88	2	264	38	15	15	30	1.90
2513717--2513789	37	2.0	37	88	0	110	38	17	17	26	1.92
2519072--2519097	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2519500--2519552	22	2.4	22	100	0	106	41	9	22	26	1.84
2519489--2519524	16	2.2	16	95	0	63	47	5	22	25	1.73
2520082--2520207	28	4.3	28	86	5	162	46	30	9	14	1.76
2520964--2521009	23	2.0	22	91	4	74	17	0	28	54	1.43
2522299--2523192	449	2.0	448	91	1	1443	36	10	15	36	1.83
2524009--2524051	23	1.9	22	85	4	59	32	4	16	46	1.67
2524701--2524757	28	2.1	26	90	6	87	61	15	1	21	1.43
2527088--2527125	15	2.5	15	100	0	76	60	10	0	28	1.30
2529079--2529159	28	2.9	28	82	14	87	72	1	1	24	0.99
2529106--2529156	3	18.0	3	77	18	56	68	1	0	29	1.00
2529106--2529156	17	3.0	17	86	11	61	68	1	0	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2529086--2529158	14	5.3	14	76	12	71	72	1	1	24	1.00
2529158--2529200	21	2.0	21	100	0	86	53	9	0	37	1.33
2529191--2529261	30	2.4	29	76	9	72	47	4	1	46	1.30
2529189--2529373	38	5.5	33	74	18	107	46	4	3	45	1.41
2529245--2529443	36	5.5	37	83	11	243	45	6	5	42	1.51
2529242--2529478	38	6.6	35	78	14	191	45	7	5	42	1.54
2530096--2530839	85	8.8	85	84	3	906	24	17	22	35	1.95
2531178--2531224	3	16.0	3	88	4	60	31	0	4	63	1.13
2531921--2531964	19	2.3	19	88	0	61	43	18	22	15	1.88
2532308--2532371	16	3.9	16	70	11	58	46	0	4	48	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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