genome.fa.s8229.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008229.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110865_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3634043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1981631--1981697	22	3.0	22	91	4	98	13	23	44	17	1.85
1981638--1981675	17	2.2	17	100	0	76	10	23	47	18	1.79
1981694--1981812	19	6.2	19	77	13	102	30	27	26	15	1.96
1981755--1981812	30	1.9	30	89	0	89	34	22	25	17	1.96
1981694--1981812	9	12.3	9	75	13	94	30	27	26	15	1.96
1986344--1986450	29	3.5	29	68	18	90	39	15	5	39	1.71
1989614--1989706	42	2.2	41	79	5	98	26	23	12	36	1.91
1992031--1992070	21	1.9	21	90	10	64	55	7	7	30	1.56
1993345--1993398	24	2.2	24	96	0	99	35	9	14	40	1.78
1996382--1996424	18	2.3	18	84	4	50	37	6	4	51	1.50
2014102--2014153	18	2.9	18	78	13	54	23	1	3	71	1.13
2014206--2014247	17	2.5	17	80	7	50	21	2	0	76	0.90
2018863--2018924	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
2019569--2019617	19	2.6	18	78	9	53	18	4	2	75	1.06
2023868--2023896	15	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
2029105--2029151	14	3.4	14	77	16	53	70	2	6	21	1.20
2029739--2029772	13	2.6	13	95	0	59	76	0	14	8	1.01
2031466--2031543	4	18.5	4	72	27	56	71	3	1	23	1.09
2031466--2031543	27	2.9	27	79	9	81	71	3	1	23	1.09
2031466--2031542	13	5.7	13	75	15	68	72	3	1	22	1.08
2035014--2035049	13	2.8	13	95	0	63	75	0	13	11	1.06
2037571--2037614	21	2.1	21	83	8	54	56	9	2	31	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037950--2038002	26	1.9	29	85	11	76	52	16	1	28	1.54
2044710--2044742	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
2044933--2045373	141	3.0	148	91	3	716	38	12	9	39	1.75
2044950--2045369	150	2.9	142	91	3	671	39	12	9	38	1.75
2049887--2049957	20	3.5	20	94	0	115	25	22	23	28	2.00
2049887--2049978	40	2.3	40	83	3	105	25	22	21	30	1.99
2060046--2061066	84	12.4	82	78	7	968	30	24	20	24	1.99
2060059--2061066	165	6.1	165	80	7	1136	30	24	20	24	1.99
2060059--2061059	320	3.0	324	90	4	1501	30	24	20	24	1.99
2062607--2062633	12	2.2	12	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2084311--2084388	31	2.5	31	89	0	120	51	14	10	24	1.73
2084558--2084625	31	2.2	31	86	0	91	51	13	11	23	1.73
2093835--2093870	18	2.1	18	89	5	56	27	16	22	33	1.95
2093836--2093992	66	2.4	65	86	6	203	27	19	23	29	1.98
2094357--2094398	20	2.1	20	95	0	75	26	40	0	33	1.56
2094712--2094740	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
2095079--2095118	20	2.1	19	86	9	55	35	17	40	7	1.78
2096658--2096760	23	4.6	22	85	3	136	24	25	26	24	2.00
2096658--2096779	44	2.8	42	83	7	138	23	22	27	25	2.00
2096662--2096779	23	5.4	20	83	7	76	24	22	27	25	2.00
2102582--2102714	19	7.0	19	93	0	230	21	15	29	33	1.94
2104083--2104140	19	3.1	19	72	18	57	27	12	34	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108467--2108526	23	2.8	22	78	14	63	31	20	25	23	1.98
2111419--2111479	20	3.1	20	78	2	70	44	1	3	50	1.28
2112777--2112824	25	1.9	25	83	8	62	66	6	0	27	1.15
2114889--2114934	13	3.1	15	81	15	60	26	0	4	69	1.07
2119869--2119907	19	2.1	18	85	4	51	53	12	0	33	1.39
2119877--2119911	17	1.9	18	88	11	54	54	14	0	31	1.40
2121967--2122008	20	2.1	20	100	0	84	19	19	11	50	1.78
2126473--2126533	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
2141159--2141205	18	2.5	20	89	6	71	27	10	23	38	1.88
2143043--2143109	32	2.1	32	100	0	134	23	26	22	26	2.00
2144909--2144969	23	2.7	23	92	0	104	32	21	8	37	1.83
2144960--2145007	20	2.4	20	75	6	53	22	16	14	45	1.84
2145569--2145594	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2147717--2147793	20	3.8	20	76	6	84	36	32	12	18	1.89
2147806--2147845	21	1.9	21	89	0	62	22	20	17	40	1.92
2147839--2148110	20	13.6	20	75	16	217	41	23	15	20	1.90
2147839--2148110	100	2.7	98	79	11	318	41	23	15	20	1.90
2148263--2148320	22	2.6	22	83	0	80	24	43	13	18	1.87
2148660--2149096	20	21.8	19	77	9	160	40	21	15	22	1.91
2148605--2148775	60	2.8	59	68	18	136	40	21	15	22	1.90
2148693--2149000	120	2.6	120	82	5	383	40	21	16	22	1.91
2148790--2149096	40	7.6	39	73	15	184	41	20	15	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148610--2149016	140	2.9	140	85	1	512	40	20	15	23	1.91
2148693--2148895	100	2.0	100	81	7	234	40	22	16	20	1.91
2148930--2149077	61	2.4	61	83	5	167	41	21	13	22	1.88
2148693--2149096	120	3.4	119	77	10	378	41	21	15	22	1.90
2148605--2149096	140	3.5	141	81	5	421	41	20	15	22	1.90
2149090--2149130	19	2.1	20	86	4	57	24	19	14	41	1.89
2149261--2149302	22	1.9	22	90	0	66	30	42	4	21	1.73
2149616--2150002	20	19.3	19	75	16	218	41	22	14	20	1.89
2149596--2149924	120	2.7	119	86	2	437	42	23	14	20	1.88
2149616--2149924	140	2.2	140	86	5	421	42	23	14	19	1.88
2147867--2150002	986	2.2	967	82	10	2612	37	22	12	27	1.91
2148693--2150582	906	2.1	912	87	4	2713	37	22	12	27	1.90
2150500--2150546	20	2.3	20	92	0	76	36	25	17	21	1.94
2150540--2150823	20	14.1	20	71	16	187	42	22	13	20	1.87
2150540--2150823	40	7.1	40	73	10	224	42	22	13	20	1.87
2150500--2150808	160	1.9	161	90	0	494	42	22	13	21	1.88
2151061--2151204	66	2.2	66	93	2	247	30	1	16	51	1.53
2151530--2151565	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2154621--2154659	15	2.5	15	83	4	51	66	0	2	30	1.05
2154621--2154659	16	2.5	15	84	8	51	66	0	2	30	1.05
2154815--2154961	20	7.4	20	80	11	97	24	12	24	38	1.91
2154816--2154927	20	5.7	20	83	5	111	28	12	24	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154816--2154924	39	2.7	41	81	8	118	28	12	23	34	1.92
2154815--2155186	40	9.3	40	71	14	146	22	13	23	39	1.91
2154816--2154927	60	1.9	58	87	3	161	28	12	24	34	1.92
2154895--2155146	20	12.6	20	77	10	166	20	15	22	42	1.89
2154830--2155146	60	5.3	60	74	14	183	22	14	22	40	1.90
2154874--2155138	140	1.9	140	85	5	365	20	14	22	41	1.89
2154895--2155186	160	1.8	160	87	2	435	20	14	24	40	1.90
2156870--2156900	16	1.9	16	100	0	62	70	12	16	0	1.16
2156906--2156942	18	2.0	19	89	5	58	78	8	8	5	1.09
2163256--2163427	67	2.6	67	86	2	240	28	19	14	37	1.91
2163371--2163586	102	2.1	103	83	3	267	31	17	13	37	1.88
2163330--2163647	168	1.9	168	81	5	392	31	19	12	37	1.89
2163473--2163639	66	2.5	65	83	3	192	33	18	11	36	1.87
2163519--2163663	66	2.2	66	85	4	195	35	20	9	34	1.85
2167439--2167490	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2169630--2169877	120	2.1	120	96	0	462	38	18	13	29	1.89
2171064--2171222	45	3.6	45	83	2	180	19	31	18	30	1.96
2175511--2175612	30	3.4	30	90	5	154	14	7	35	42	1.75
2175538--2175590	15	3.5	15	73	0	61	15	3	35	45	1.64
2179125--2179187	23	2.7	23	82	5	72	49	9	9	31	1.68
2179135--2179196	23	2.7	23	85	2	81	53	9	6	30	1.59
2180695--2180732	20	2.0	20	85	15	53	34	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181165--2181189	11	2.3	11	100	0	50	48	12	24	16	1.79
2181414--2182120	200	3.5	201	81	8	786	30	16	14	38	1.89
2184945--2185727	200	3.9	198	86	4	1086	32	15	14	37	1.88
2184945--2185710	400	1.9	400	90	1	1221	32	15	13	37	1.88
2188713--2189671	200	4.8	200	91	1	1532	32	15	15	37	1.89
2189917--2189961	19	2.4	19	96	0	81	55	8	2	33	1.43
2191725--2191788	33	1.9	33	93	0	110	23	45	0	31	1.53
2191822--2191865	21	2.1	21	86	0	61	18	31	9	40	1.81
2192244--2192299	24	2.4	23	80	13	62	48	5	1	44	1.36
2194075--2194515	182	2.4	182	90	1	688	27	15	14	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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