genome.fa.s8319.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008319.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4819703

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714--772	31	1.9	31	86	6	84	37	18	22	22	1.94
13037--13067	14	2.1	15	94	5	55	25	0	6	67	1.14
19924--19949	13	2.0	13	100	0	52	15	46	23	15	1.83
19981--20141	29	5.6	28	85	7	173	31	4	23	39	1.76
19980--20140	57	2.8	57	84	6	193	31	4	23	39	1.76
19986--20161	29	6.1	28	84	5	165	31	4	22	40	1.74
21074--21365	117	2.5	117	89	3	428	19	16	33	31	1.94
27471--27496	13	2.0	13	100	0	52	23	46	15	15	1.83
27521--27697	29	6.1	29	84	5	182	31	3	23	42	1.70
27521--27697	58	3.1	57	83	8	223	31	3	23	42	1.70
28614--28905	117	2.5	116	90	2	451	18	16	34	30	1.93
32610--32640	14	2.1	15	94	5	55	25	0	6	67	1.14
34421--34479	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
39107--39165	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
45508--45546	17	2.3	17	86	0	51	43	0	2	53	1.14
47045--47113	21	3.3	22	86	8	99	18	28	21	30	1.97
47623--47695	34	2.1	34	89	0	110	50	5	6	36	1.52
47904--48006	23	4.8	22	68	17	72	38	18	0	41	1.57
47888--48012	63	2.0	63	90	6	200	38	21	0	39	1.59
48144--48503	137	2.6	136	92	2	567	31	23	22	22	1.98
51670--51711	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
54925--54995	18	3.9	18	96	0	124	26	32	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59444--59516	23	3.2	23	80	1	85	32	21	26	19	1.97
60671--60709	20	2.0	19	85	5	51	35	10	5	48	1.59
66407--66516	58	1.9	58	98	0	211	25	31	15	27	1.96
71810--71883	30	2.4	31	80	13	80	50	5	0	44	1.25
72289--72341	21	2.7	20	75	18	56	52	1	15	30	1.53
72289--72341	20	2.7	19	75	16	54	52	1	15	30	1.53
76531--76608	39	2.0	39	92	0	129	16	7	26	48	1.73
82128--82181	27	2.0	27	100	0	108	40	18	11	29	1.85
93781--93908	50	2.6	50	96	0	229	40	17	17	24	1.91
96190--96216	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
96259--96332	35	2.1	35	87	0	103	33	0	22	43	1.54
105387--105451	22	3.0	22	80	10	64	32	20	21	26	1.97
112066--112146	28	2.7	29	72	16	76	64	2	14	18	1.40
119996--120136	72	1.9	73	87	4	205	41	7	4	46	1.53
122577--122648	36	2.0	36	83	2	90	40	6	6	45	1.58
124152--124198	20	2.3	20	92	0	76	34	23	27	14	1.94
124218--124338	21	5.7	21	85	8	156	19	19	37	23	1.95
126743--126832	29	3.0	30	76	6	94	35	4	1	58	1.25
127515--127548	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
134776--134860	33	2.6	33	80	0	89	40	15	8	36	1.77
135558--136336	260	3.0	260	97	0	1445	32	18	14	34	1.91
138577--138665	41	2.2	41	82	8	101	30	16	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138605--138731	41	3.1	41	86	2	157	35	15	11	37	1.83
139476--139541	33	2.0	34	93	3	116	39	22	13	24	1.90
147572--147630	21	2.8	21	84	5	75	20	5	20	54	1.63
147823--147914	44	2.1	43	86	9	125	36	16	18	28	1.92
150239--150323	32	2.7	32	82	10	102	32	17	15	34	1.91
155283--155329	23	2.0	23	83	0	58	38	19	19	23	1.93
167323--167478	29	5.6	29	72	17	132	50	12	1	35	1.52
167315--167402	28	3.1	28	79	11	90	45	10	2	42	1.50
168259--168285	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
172377--172421	22	2.0	22	100	0	90	26	20	13	40	1.89
173269--173336	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
178513--178577	30	2.3	29	82	10	80	49	1	1	47	1.20
178527--178593	35	1.9	35	84	6	91	53	1	1	43	1.19
181523--181605	3	27.7	3	92	0	139	34	1	0	63	1.02
181710--181748	3	13.0	3	88	0	60	38	0	0	61	0.96
197239--197272	14	2.4	15	85	14	54	50	5	0	44	1.26
204422--204489	29	2.3	29	97	0	127	38	35	0	26	1.57
208281--208323	11	3.7	11	82	11	59	46	20	6	25	1.76
208280--208330	24	2.1	24	100	0	102	47	19	7	25	1.76
208686--208757	30	2.4	30	76	2	72	50	11	5	33	1.61
211601--211669	23	3.0	23	82	0	84	28	26	24	20	1.99
211685--211902	103	2.1	103	97	0	409	36	23	13	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212015--212067	24	2.2	24	83	9	65	41	24	5	28	1.77
218685--218728	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
227672--227705	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
227972--228452	243	2.0	243	93	0	818	38	14	14	32	1.87
228510--228551	17	2.5	17	80	7	50	30	2	4	61	1.29
247006--247038	15	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
253064--253158	29	3.2	29	65	19	70	36	23	1	38	1.62
254282--254346	31	2.1	31	85	0	85	33	23	4	38	1.75
271947--271997	4	12.8	4	91	0	84	27	1	21	49	1.60
272760--272885	58	2.1	58	79	5	137	33	19	18	29	1.95
277806--277897	18	5.0	18	83	2	103	23	17	28	30	1.97
284681--284736	20	2.9	18	80	15	60	23	16	30	30	1.96
287480--287527	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
287944--287995	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
287954--288016	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
288420--288506	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
288764--288800	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
289189--289239	25	2.0	25	88	0	75	41	17	7	33	1.79
289513--289584	23	3.2	22	86	4	90	38	20	5	34	1.76
289948--289999	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
289958--290020	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
289274--290577	435	3.0	435	98	0	2520	39	12	8	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290383--290455	23	3.2	23	84	0	83	41	17	5	35	1.73
290853--290889	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
291278--291328	25	2.0	25	88	0	75	41	17	7	33	1.79
291600--291651	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
291610--291672	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
292035--292107	23	3.2	23	84	0	83	41	19	5	34	1.74
291363--292229	435	2.0	434	99	0	1707	38	13	8	39	1.74
292505--292541	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
292930--292980	25	2.0	25	88	0	75	41	17	7	33	1.79
293253--293304	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
293263--293325	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
293665--293731	25	2.7	24	77	6	80	40	14	8	35	1.78
296199--296729	183	2.9	184	93	0	904	33	16	14	35	1.89
311896--311937	13	3.2	13	77	12	50	19	9	7	64	1.46
313749--313778	6	5.0	6	100	0	60	16	16	33	33	1.92
314180--314289	57	1.9	57	80	8	127	46	1	3	48	1.30
327030--327074	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
328628--328942	149	2.1	149	95	1	560	27	16	21	34	1.95
328910--328954	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
330462--330533	28	2.5	28	84	4	90	25	2	8	63	1.36
330486--330550	28	2.3	28	84	5	69	26	6	7	60	1.48
330714--330787	29	2.5	30	72	14	82	29	1	12	56	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331240--331266	14	1.9	14	100	0	54	59	29	3	7	1.42
331878--332267	150	2.7	147	88	4	585	18	28	11	41	1.86
332025--332078	27	2.0	28	81	3	65	18	37	1	42	1.61
333733--333774	17	2.7	15	86	13	66	54	4	9	30	1.53
333739--333772	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
335151--335206	16	3.3	16	73	20	51	51	0	0	48	1.00
335156--335203	19	2.5	19	83	12	62	47	0	0	52	1.00
335153--335203	20	2.7	18	82	14	66	50	0	0	49	1.00
342128--342181	27	2.0	27	92	0	90	24	20	22	33	1.97
343097--343195	21	4.8	20	71	11	85	54	4	0	41	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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