genome.fa.s8319.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008319.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4819703

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337543--2337589	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2337760--2337838	40	2.2	38	82	15	96	26	29	7	36	1.84
2337782--2337857	20	3.8	20	94	0	134	26	25	9	39	1.85
2350313--2350350	20	1.9	20	88	0	58	26	34	26	13	1.93
2359184--2359221	17	2.2	17	86	9	51	23	23	15	36	1.94
2364228--2364269	5	8.4	5	100	0	84	0	19	38	42	1.51
2367092--2367131	19	2.1	19	100	0	80	32	22	10	35	1.87
2371055--2371136	29	2.8	29	92	3	139	41	13	13	31	1.83
2374504--2374548	15	3.0	15	96	0	81	13	0	31	55	1.38
2375839--2375921	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
2376517--2376565	23	2.1	23	100	0	98	22	16	36	24	1.94
2389980--2390010	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2392360--2392408	2	24.0	2	95	4	89	48	2	0	48	1.12
2393779--2393834	18	3.1	18	89	0	85	8	19	46	25	1.79
2400938--2400975	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
2406414--2406742	166	2.0	166	96	1	606	38	12	13	34	1.83
2407700--2407747	20	2.3	21	78	3	53	52	10	8	29	1.65
2407811--2407838	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2407840--2407865	12	2.2	12	100	0	52	23	34	7	34	1.83
2407839--2407872	9	3.8	9	88	0	50	23	32	11	32	1.91
2414184--2414242	16	3.7	16	83	0	82	32	5	30	32	1.79
2414566--2414599	4	8.8	4	93	6	61	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416166--2416274	43	2.6	42	77	8	116	27	18	29	24	1.98
2416033--2417249	137	9.0	137	87	2	1593	26	17	29	26	1.97
2416033--2417249	543	2.2	542	93	1	2062	26	17	29	26	1.97
2417325--2417363	19	2.2	19	86	9	55	43	12	23	20	1.86
2417318--2417365	17	2.9	16	77	17	53	41	12	20	25	1.87
2427757--2427809	20	2.5	21	85	11	65	24	11	32	32	1.91
2428698--2428741	22	2.0	22	95	0	79	20	20	27	31	1.97
2428739--2428788	23	2.2	23	88	0	73	32	26	18	24	1.97
2428748--2428833	23	3.8	24	75	14	83	29	18	20	31	1.97
2434539--2434582	22	2.0	22	86	0	61	20	18	25	36	1.95
2434540--2434591	22	2.3	22	83	3	59	21	19	25	34	1.96
2434580--2434638	23	2.5	23	80	2	64	28	20	20	30	1.97
2436382--2436430	14	3.4	14	81	10	53	48	0	0	51	1.00
2439841--2439893	24	2.2	24	96	0	97	28	20	30	20	1.98
2445345--2445390	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
2445512--2445558	20	2.4	19	79	10	58	51	10	19	19	1.75
2447794--2447858	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
2447892--2447957	33	2.0	33	87	0	96	27	0	48	24	1.51
2449753--2449801	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
2450163--2451076	199	4.6	199	97	0	1704	36	14	16	32	1.89
2450163--2451076	397	2.3	398	96	0	1704	36	14	16	32	1.89
2452540--2452592	12	4.4	12	92	0	70	35	7	33	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452552--2452605	3	18.0	3	84	0	72	37	3	33	25	1.74
2452537--2452605	18	4.0	18	79	11	72	37	5	33	23	1.79
2452548--2452605	12	4.8	12	93	0	80	36	5	32	25	1.78
2454029--2455286	183	6.9	183	98	0	2336	35	14	16	33	1.89
2457754--2457818	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
2458109--2458172	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
2458109--2458181	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
2458184--2458223	21	2.0	20	85	5	53	30	15	7	47	1.72
2459566--2459638	35	2.1	35	94	0	128	32	17	19	30	1.95
2465141--2465190	24	2.1	24	85	7	66	58	2	0	40	1.10
2465592--2465633	22	1.9	22	95	0	75	30	0	11	57	1.35
2465684--2465730	20	2.3	20	88	0	67	44	4	2	48	1.34
2465695--2465743	11	4.5	11	76	21	50	42	0	2	55	1.11
2465696--2465742	20	2.4	19	89	10	76	40	0	2	57	1.11
2465705--2465749	20	2.2	20	84	7	56	46	0	2	51	1.13
2466809--2468003	312	3.9	300	84	8	1360	27	12	19	39	1.88
2478462--2478533	30	2.4	31	86	11	105	26	11	8	54	1.64
2478463--2478544	30	2.7	29	83	11	85	26	12	8	52	1.67
2484503--2484551	23	2.1	23	81	7	55	53	0	6	40	1.26
2488353--2488382	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2488680--2488726	16	2.9	16	87	0	67	48	2	12	36	1.53
2497880--2497965	21	4.1	21	96	0	154	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498571--2498892	32	10.4	32	83	7	405	34	21	17	26	1.96
2498792--2498839	24	2.0	24	100	0	96	29	25	20	25	1.99
2498760--2498871	56	2.0	56	85	0	152	33	21	17	27	1.96
2498728--2498894	88	1.9	88	91	0	271	32	21	17	27	1.96
2502675--2502715	21	2.0	21	95	0	73	24	24	21	29	1.99
2503368--2503620	32	8.0	32	92	1	386	32	24	15	28	1.95
2504570--2504611	20	2.1	21	82	8	52	11	23	40	23	1.88
2504801--2504840	20	2.0	20	90	4	64	55	7	0	37	1.29
2505247--2505292	8	5.4	9	77	12	53	54	32	2	10	1.47
2505240--2505292	17	3.2	17	89	2	81	54	30	1	13	1.49
2505240--2505292	8	6.4	8	78	8	52	54	30	1	13	1.49
2506710--2506757	20	2.3	21	82	13	64	62	14	0	22	1.32
2507202--2507243	21	2.0	22	85	4	59	19	23	30	26	1.98
2512682--2512723	20	2.1	20	86	0	57	11	26	40	21	1.88
2512913--2512952	20	2.0	20	90	4	64	55	7	0	37	1.29
2518154--2518350	101	2.0	101	87	4	290	32	16	18	32	1.93
2520624--2520738	36	3.2	36	88	1	158	36	18	21	23	1.95
2520745--2521341	165	3.6	163	82	8	685	29	17	23	30	1.97
2520751--2521342	55	10.8	55	87	4	609	29	17	23	29	1.97
2532369--2532462	42	2.2	44	92	3	156	34	17	14	34	1.90
2532369--2532466	22	4.5	22	91	5	164	33	16	14	35	1.89
2536907--2536967	31	2.0	31	96	0	113	37	8	24	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537556--2537655	22	4.5	22	93	0	173	35	16	14	35	1.88
2544409--2544443	5	7.0	5	93	0	61	57	0	22	20	1.41
2544526--2544649	61	2.0	61	100	0	248	25	18	6	49	1.71
2549988--2550045	29	2.0	29	86	0	80	13	34	27	24	1.93
2550085--2550139	10	5.0	11	74	22	53	25	36	27	10	1.89
2550102--2550155	20	2.7	20	88	0	72	25	31	27	14	1.95
2550083--2550155	34	2.3	31	84	15	96	24	32	28	13	1.94
2550234--2550317	29	2.9	28	91	5	141	20	29	36	13	1.90
2550376--2550461	29	3.0	29	92	0	154	22	31	32	13	1.93
2554310--2554436	60	2.1	60	78	8	134	36	11	14	37	1.84
2576840--2576895	2	28.5	2	92	3	96	51	1	0	46	1.11
2592752--2593068	37	8.4	37	71	15	186	45	4	6	44	1.49
2592882--2592980	25	3.9	25	69	24	73	46	4	6	43	1.47
2592812--2593052	121	2.0	119	93	5	394	46	5	6	41	1.52
2593088--2593137	27	1.9	26	84	15	68	38	0	6	56	1.24
2593137--2593169	17	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
2596159--2596201	19	2.3	18	84	7	59	11	13	11	62	1.54
2599569--2600385	85	9.8	84	86	3	994	29	26	21	22	1.99
2599520--2600408	165	5.4	166	84	4	1102	29	26	21	22	1.99
2599561--2600405	250	3.4	246	88	3	1210	29	26	21	22	1.99
2600372--2600575	84	2.5	84	95	3	360	35	19	20	25	1.95
2601100--2601280	37	4.9	37	78	8	174	45	3	6	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601232--2601330	27	3.7	27	72	18	82	47	4	5	43	1.44
2601267--2601295	14	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
2601239--2601314	25	3.0	24	72	11	71	46	2	5	46	1.39
2601281--2601421	38	3.8	37	81	9	171	44	4	6	43	1.51
2601151--2601402	125	2.0	126	98	0	488	46	4	5	43	1.49
2601490--2601522	17	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
2608392--2608555	64	2.5	65	81	11	169	32	19	22	25	1.97
2609664--2609708	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2610289--2610323	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2610380--2610423	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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