genome.fa.s8319.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008319.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4819703

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161231--2161320	33	2.7	33	89	0	135	13	21	20	45	1.84
2161260--2161320	19	3.5	19	70	21	60	11	22	19	45	1.82
2161436--2161462	14	1.9	14	100	0	54	37	25	0	37	1.57
2162858--2162937	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
2163159--2163343	91	2.0	90	89	6	282	46	19	11	22	1.82
2165032--2165177	19	8.1	18	72	18	101	43	20	23	12	1.85
2165085--2165136	14	3.4	14	72	23	50	40	25	25	9	1.85
2165057--2165155	33	3.0	33	93	1	162	41	23	24	11	1.86
2165173--2165239	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
2165759--2165933	20	8.6	20	73	9	86	26	20	20	33	1.97
2165777--2165933	41	3.8	41	70	8	138	26	20	19	33	1.96
2165820--2165975	21	7.5	21	70	11	81	31	19	21	27	1.97
2165756--2165995	103	2.3	103	87	5	326	29	19	21	30	1.97
2165848--2165948	41	2.5	41	74	6	98	28	18	21	30	1.97
2168712--2168867	65	2.4	65	84	3	208	26	23	18	32	1.97
2171433--2171535	45	2.3	45	83	5	120	33	19	19	27	1.96
2171542--2171599	20	2.7	20	86	10	62	32	20	20	25	1.97
2171562--2171599	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
2174579--2174611	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2175503--2175643	64	2.2	63	80	7	151	32	16	24	26	1.96
2175631--2175688	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
2177633--2177672	18	2.2	18	100	0	80	40	0	25	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196658--2196733	28	2.7	28	95	0	134	36	1	26	35	1.65
2200876--2200941	31	2.1	31	85	0	87	46	3	10	39	1.54
2200890--2201021	31	4.3	31	78	4	115	43	4	6	44	1.51
2200976--2201041	29	2.3	30	82	10	84	45	7	6	40	1.57
2203873--2203916	3	14.7	3	90	9	72	68	2	29	0	1.02
2204029--2204055	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
2204878--2204952	26	3.0	26	81	14	95	46	0	1	52	1.09
2204902--2204986	38	2.2	38	82	16	95	45	0	1	52	1.08
2204851--2205007	64	2.5	63	91	5	248	42	0	2	55	1.13
2205002--2205063	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
2205524--2205584	31	2.0	31	86	0	86	47	6	4	40	1.51
2206016--2206102	15	5.9	15	93	2	131	54	0	0	45	1.00
2205995--2206102	30	3.6	30	86	5	114	52	0	1	45	1.11
2206108--2206207	32	3.5	31	74	25	119	39	0	8	53	1.31
2206090--2206390	54	5.5	54	77	14	294	36	0	12	51	1.40
2206187--2206229	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
2206209--2206293	32	2.7	32	98	0	161	32	0	14	52	1.41
2206299--2206416	26	4.5	25	69	21	89	29	0	17	52	1.45
2206155--2206470	80	3.9	80	93	3	508	33	0	14	51	1.45
2206400--2206561	32	5.7	30	73	26	158	35	1	12	51	1.48
2206433--2206475	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
2206241--2206593	54	6.6	54	77	10	375	34	0	13	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206608--2206666	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
2210797--2210847	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
2210797--2211074	20	13.6	20	75	8	130	38	20	23	17	1.93
2210942--2211063	63	1.9	63	89	0	190	36	18	26	18	1.94
2210901--2211074	83	2.1	83	89	0	258	35	18	25	19	1.95
2210922--2211072	40	3.7	40	79	5	167	35	18	25	19	1.95
2211065--2211104	20	2.0	20	90	0	62	52	17	17	12	1.74
2211182--2211220	6	6.5	6	100	0	78	33	51	15	0	1.44
2211915--2212120	6	34.3	6	100	0	412	0	16	50	33	1.46
2212198--2212241	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
2212230--2212400	40	4.2	40	82	4	207	19	27	16	36	1.93
2212228--2212421	63	3.1	63	85	2	250	19	27	17	36	1.94
2212228--2212525	20	14.6	20	77	7	143	17	24	18	39	1.92
2212612--2212654	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2213696--2213729	12	2.8	12	81	0	50	44	20	17	17	1.87
2234733--2234834	15	6.7	15	77	1	96	23	1	10	63	1.36
2234747--2234846	30	3.3	30	77	2	94	24	2	10	64	1.35
2234838--2234888	25	2.0	25	84	0	66	17	7	7	66	1.41
2234865--2234909	22	2.0	22	83	12	56	24	6	4	64	1.37
2237639--2237690	24	2.1	25	86	10	72	3	21	5	69	1.26
2238183--2238304	3	40.7	3	87	3	174	60	0	4	34	1.18
2238625--2239630	113	8.9	113	96	0	1771	30	18	13	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2240348--2240375	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
2240442--2240598	52	3.0	52	98	0	305	34	22	17	26	1.95
2240546--2241297	83	9.0	83	95	1	1339	34	21	14	29	1.93
2242417--2242498	12	5.6	14	75	20	71	2	18	0	79	0.84
2242418--2242498	5	15.6	5	74	21	69	2	17	0	80	0.82
2242418--2242503	32	2.8	32	85	8	115	2	17	0	80	0.82
2253128--2253177	18	2.8	18	79	8	59	72	2	0	26	0.96
2254800--2254850	24	2.1	24	85	0	66	3	21	5	68	1.27
2255346--2255470	3	41.7	3	90	0	196	61	0	3	35	1.12
2257707--2257784	41	1.9	41	91	0	129	38	24	17	19	1.93
2257710--2257824	20	5.7	20	79	9	108	35	24	18	21	1.95
2257997--2258047	22	2.3	22	96	0	93	19	45	15	19	1.86
2258326--2258374	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
2258359--2258396	20	1.9	20	100	0	76	10	10	21	57	1.61
2259717--2259764	18	2.7	18	90	0	78	29	45	10	14	1.78
2260383--2260416	14	2.4	15	85	14	54	50	23	17	8	1.74
2260309--2260427	20	6.3	20	76	11	90	43	23	19	13	1.86
2260439--2260527	19	4.9	19	73	14	80	13	17	20	48	1.81
2260438--2260543	20	5.7	20	70	17	84	14	16	22	46	1.83
2260559--2260623	25	2.5	26	75	12	71	23	9	16	50	1.74
2260898--2260966	21	3.3	20	74	6	66	26	40	14	18	1.89
2260888--2260978	41	2.2	42	86	2	130	23	41	14	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262386--2262424	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2262608--2262649	19	2.2	20	95	4	77	16	19	16	47	1.83
2262617--2262691	20	3.8	19	87	5	87	16	24	22	37	1.93
2262634--2262691	20	2.9	19	90	7	89	17	25	24	32	1.96
2264955--2264979	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2265927--2265994	20	3.4	20	85	0	91	26	19	27	26	1.99
2265922--2266036	20	5.7	20	77	9	83	24	18	24	33	1.97
2265963--2266057	41	2.3	41	83	3	111	22	20	23	34	1.96
2266066--2266118	21	2.5	22	81	6	74	37	18	22	20	1.94
2285381--2285455	3	25.0	3	100	0	150	0	33	0	66	0.92
2285507--2285542	18	2.1	18	89	5	56	52	5	33	8	1.55
2288519--2288598	40	2.1	39	83	9	101	37	12	16	33	1.86
2288616--2288667	24	2.2	24	92	0	86	7	11	26	53	1.63
2288615--2288667	14	4.1	14	76	18	69	7	13	26	52	1.66
2289530--2289594	12	5.6	12	81	7	80	29	21	26	23	1.99
2289539--2289600	11	5.5	11	77	7	70	32	19	24	24	1.98
2289530--2289600	23	3.1	23	89	0	115	29	21	25	23	1.99
2289795--2289869	10	7.7	10	72	21	61	9	9	21	60	1.56
2289801--2289865	16	4.1	16	87	0	103	7	9	23	60	1.53
2289935--2289965	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
2295254--2295300	21	2.3	21	85	3	60	31	10	8	48	1.68
2298923--2298963	21	2.1	19	86	9	55	17	0	9	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304232--2304292	30	2.1	29	85	8	81	27	14	6	50	1.68
2305677--2305701	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
2308510--2308545	17	2.1	17	94	0	63	19	13	22	44	1.86
2311160--2311203	18	2.5	18	92	3	72	34	4	29	31	1.78
2311746--2311859	31	3.4	33	73	22	103	42	34	10	13	1.78
2311740--2311859	32	3.6	32	77	14	143	42	35	10	12	1.76
2312433--2312484	25	2.2	23	89	6	77	46	0	9	44	1.36
2313213--2313243	15	2.1	15	93	0	53	19	29	0	51	1.47
2334295--2334344	13	3.9	13	81	5	66	54	0	4	42	1.19
2335648--2335777	60	2.2	60	80	0	152	48	3	13	34	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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