genome.fa.s8319.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008319.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111022_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4819703

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985486--1985733	130	1.9	130	91	0	406	35	12	14	36	1.85
1986130--1986205	35	2.2	35	92	0	125	35	1	23	39	1.63
1991640--1991800	64	2.5	63	81	5	180	31	19	24	24	1.98
1991769--1991865	20	4.7	20	82	10	115	26	22	24	25	2.00
1992341--1992403	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
1992957--1993035	31	2.6	30	80	6	86	29	18	21	30	1.97
1993018--1993120	30	3.4	30	94	0	179	25	20	23	31	1.98
1994784--1994831	17	2.8	17	80	3	51	56	4	0	39	1.19
1994803--1994887	31	2.7	31	85	7	102	49	1	2	47	1.22
1994804--1994888	42	2.0	41	82	6	100	49	1	2	47	1.22
1994925--1994986	27	2.1	30	82	11	76	51	0	3	45	1.17
1994955--1995023	20	3.5	21	79	13	76	42	0	5	52	1.25
2011951--2012122	60	2.9	60	81	5	170	32	22	4	40	1.75
2013796--2013834	20	2.0	20	90	5	62	20	15	20	43	1.88
2016215--2016254	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2016249--2016347	33	3.0	33	91	1	146	32	8	14	45	1.74
2016258--2016312	17	3.3	17	70	14	60	30	3	16	49	1.63
2016333--2016387	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2016582--2016639	21	2.8	21	86	0	89	22	24	25	27	2.00
2016804--2016859	15	3.6	15	79	9	67	30	12	14	42	1.82
2016950--2016981	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
2022678--2022730	26	2.0	26	100	0	106	15	33	9	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028373--2028409	19	1.9	19	94	0	65	32	24	16	27	1.96
2028491--2028566	21	3.7	21	77	10	93	36	25	18	19	1.94
2028492--2028626	41	3.3	41	88	3	193	31	27	19	22	1.98
2028513--2028643	20	6.5	20	86	5	174	27	29	20	22	1.99
2029464--2029517	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2029707--2029743	14	2.5	15	86	8	58	54	21	18	5	1.64
2031774--2031804	12	2.6	12	100	0	62	48	25	9	16	1.76
2031862--2032144	140	2.0	140	95	0	512	28	11	15	44	1.81
2032157--2032279	20	6.4	20	76	13	125	34	21	18	24	1.96
2032115--2032258	54	2.7	55	86	3	220	36	20	16	26	1.94
2032157--2032328	74	2.3	74	82	4	206	35	21	19	23	1.96
2032301--2032414	40	2.9	40	84	1	149	15	18	24	41	1.89
2032318--2032401	20	4.2	20	92	0	141	13	17	22	46	1.83
2033947--2034039	42	2.2	42	84	7	118	23	19	34	22	1.96
2033947--2034039	21	4.4	21	71	5	71	23	19	34	22	1.96
2034522--2034564	19	2.2	20	83	4	52	48	23	13	13	1.79
2034551--2034619	20	3.5	20	82	7	86	37	24	18	18	1.94
2034624--2034662	19	2.0	20	90	5	62	51	20	15	12	1.76
2034663--2034700	20	1.9	20	88	0	58	15	21	18	44	1.86
2034740--2034778	20	2.0	20	89	0	60	20	15	25	38	1.92
2034916--2034959	22	2.0	21	82	4	52	47	13	13	25	1.79
2036699--2036770	20	3.7	20	75	3	74	47	25	13	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036696--2036770	39	1.9	39	91	0	123	49	24	13	13	1.77
2037140--2037187	22	2.2	22	92	0	78	16	14	45	22	1.84
2037353--2037588	20	11.6	20	80	12	275	24	18	26	30	1.98
2037331--2037588	41	6.3	41	95	0	437	24	17	25	32	1.97
2037614--2037650	19	1.9	19	94	0	65	21	10	29	37	1.88
2043217--2043270	28	2.0	28	81	3	65	14	16	9	59	1.60
2064459--2064528	29	2.4	28	81	6	70	22	12	8	55	1.64
2067349--2067380	15	2.1	15	100	0	64	40	34	6	18	1.76
2071207--2071242	16	2.2	17	90	5	56	44	22	2	30	1.67
2073643--2073833	20	9.6	20	86	4	244	35	26	18	19	1.95
2073624--2073839	20	10.8	20	87	2	236	36	25	18	19	1.94
2074545--2074591	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2077074--2077324	33	7.2	33	76	15	238	46	17	21	13	1.83
2077088--2077348	19	14.7	19	79	16	310	45	17	21	14	1.84
2077088--2077320	72	3.3	72	81	7	293	46	17	21	14	1.83
2077074--2077342	105	2.6	102	90	7	391	46	17	21	13	1.83
2077074--2077342	52	5.1	52	89	8	413	46	17	21	13	1.83
2077338--2077444	53	2.0	52	98	1	205	13	24	16	45	1.83
2077357--2077444	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
2077535--2077585	14	3.6	14	94	0	84	43	21	0	35	1.53
2079507--2079660	19	8.6	19	73	14	103	46	23	19	11	1.82
2079525--2079655	33	3.8	33	82	5	145	47	22	19	9	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2079656--2079714	19	3.4	18	71	22	54	8	18	27	45	1.78
2079672--2079728	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
2079656--2079730	33	2.3	33	92	0	123	8	20	25	46	1.77
2079846--2080252	93	4.4	93	98	0	778	46	19	12	22	1.83
2081937--2082033	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
2081935--2081999	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
2081984--2082040	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2081935--2082057	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
2082058--2082151	19	4.7	19	82	7	98	12	18	20	48	1.80
2082069--2082163	21	4.7	20	83	7	111	13	20	18	47	1.82
2082243--2082313	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2082696--2082885	20	9.4	20	85	5	240	18	18	27	35	1.95
2094291--2094350	31	1.9	31	96	0	111	20	15	23	41	1.89
2094293--2094371	31	2.5	31	87	0	95	20	16	21	41	1.90
2098189--2098267	21	3.7	22	77	11	76	22	20	34	22	1.97
2098628--2098668	18	2.3	18	86	0	55	21	31	12	34	1.91
2103577--2103611	16	2.1	17	89	5	54	42	22	0	34	1.54
2104265--2104326	32	2.0	31	90	6	99	40	4	11	43	1.62
2106015--2106081	29	2.3	29	86	0	89	43	11	8	35	1.73
2108056--2108116	18	3.4	18	88	2	70	57	8	13	21	1.62
2118038--2118067	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2129054--2129116	30	2.1	30	93	0	108	55	0	22	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129344--2129382	20	1.9	21	89	5	62	41	10	0	48	1.37
2137155--2137241	38	2.3	38	86	5	115	28	19	24	27	1.98
2137155--2137251	38	2.6	37	82	11	108	28	19	25	25	1.99
2141593--2141636	21	2.1	21	86	0	61	29	27	27	15	1.96
2141664--2141708	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
2143301--2143352	23	2.3	23	93	0	86	21	26	26	25	1.99
2143301--2143360	23	2.6	23	89	0	75	21	26	26	25	2.00
2146957--2147046	45	2.0	45	91	0	144	41	14	11	33	1.81
2152456--2152587	61	2.2	61	84	2	167	36	23	15	24	1.94
2152459--2152593	20	6.7	20	78	7	103	34	23	17	25	1.96
2152761--2152804	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2153067--2153125	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
2154444--2154488	18	2.5	18	92	0	81	28	44	13	13	1.81
2154970--2155015	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
2155009--2155105	19	5.6	19	70	22	88	45	19	20	14	1.85
2155025--2155081	14	3.7	14	75	20	60	50	22	15	10	1.74
2155009--2155100	33	2.8	33	96	0	166	46	19	19	14	1.83
2155117--2155206	14	5.8	14	74	21	81	11	17	23	47	1.79
2155112--2155223	33	3.4	33	96	1	199	11	18	23	46	1.82
2155133--2155223	14	5.4	18	71	23	90	13	18	21	46	1.83
2155196--2155263	20	3.5	19	78	13	59	16	22	23	38	1.93
2155630--2155717	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157127--2157165	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
2157262--2157299	20	1.9	20	94	0	67	47	26	10	15	1.78
2157292--2157345	14	3.5	14	77	22	63	50	20	18	11	1.77
2157369--2157464	20	4.8	20	75	5	95	16	18	21	42	1.89
2157961--2157994	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
2158549--2158602	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
2158777--2158813	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
2161105--2161235	19	7.7	19	66	23	94	43	19	22	14	1.87
2161105--2161231	33	3.8	33	87	8	195	43	18	22	14	1.87
2161106--2161238	66	2.0	66	95	0	239	42	18	22	16	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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